č. j. 30 A 10/2026 - 54

[OBRÁZEK]ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Krajský soud v Brně rozhodl v senátu složeném z předsedy Mgr. Milana Procházky a soudců Mgr. Karla Černína, Ph.D., a Mgr. Jana Čížka ve věci

žalobce:  Česká společnost ornitologická – Jihomoravská pobočka
sídlem Lidická 971/25, 602 00  Brno

proti  

žalovanému: Krajský úřad Jihomoravského kraje
sídlem Žerotínovo náměstí 3, 601 82  Brno

za účasti: Rybníkářství Pohořelice, a. s.
sídlem Vídeňská 717, 691 23  Pohořelice

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 23. 12. 2025, č. j. JMK 180441/2025

 

takto:

 

  1. Rozhodnutí žalovaného ze dne 23. 12. 2025, č. j. JMK 180441/2025, se ruší a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.  
  2. Žalovaný je povinen zaplatit žalobci jako náhradu nákladů řízení částku 3 000 Kč, a to do 1 měsíce od právní moci tohoto rozsudku.
  3. Osoba zúčastněná na řízení nemá právo na náhradu nákladů řízení.

 

Odůvodnění:

  1. Vymezení věci
  1. Městský úřad Pohořelice stanovil na žádost osoby zúčastněné na řízení (Rybníkářství Pohořelice, a. s.) ve smyslu § 5b zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, odchylný postup od postupu zákonné ochrany volně žijících ptáků. Konkrétně povolil odstřel kormorána malého za stanovených podmínek na výtažnících (jde o chovné plůdkové rybníky) Čahoun, Nohavice, Zarostlý, Rýžoviště v k. ú. Nová Ves u Pohořelic a na výtažnících a komorách v areálu střediska Velkého Dvora v k. ú. Pohořelice nad Jihlavou, a to v období od 1. 9. do 15. 4. následujícího roku (rozhodnutí ze dne 1. 10. 2025, č. j. MUPO- 30175/2025/ZP/WAJ, dále též „rozhodnutí o odstřelu“).
  2. Žalobce, jakožto environmentální spolek, podal proti uvedenému rozhodnutí odvolání. Žalovaný rozhodnutím označeným v záhlaví změnil některé podmínky rozhodnutí o odstřelu, žalobcovo odvolání však jako nedůvodné zamítl (dále též „napadené rozhodnutí“ nebo „odvolací rozhodnutí“). Žalobce se u Krajského soudu v Brně domáhá zrušení odvolacího rozhodnutí i rozhodnutí o odstřelu žalobou podanou dne 16. 2. 2026.
  1. Argumentace žalobce
  1. Ustanovení § 5b zákona o ochraně přírody a krajiny, umožňuje, aby orgán ochrany přírody a krajiny rozhodl o odchylném postupu od zákazů stanovených v § 5a téhož zákona. Jelikož § 5b zákona o ochraně přírody a krajiny transponuje čl. 5, 6, 7 a 9 Směrnice Evropského parlamentu a Rady 2009/147/ES ze dne 30. 11. 2009 o ochraně volně žijících ptáků, je nutné jej vykládat v souladu s evropskými předpisy a judikaturou Soudního dvora Evropské unie. Klíčové je, že jde o výjimku a tu je nutné vykládat restriktivně a žalovaný musí unést důkazní břemeno a náležitě odůvodnit své rozhodnutí (rozsudek Soudního dvora ve věci C‑557/15).
  2. Prvním klíčovým požadavkem je, aby orgány přírody a krajiny vycházely z přesných vědeckých údajů (rozsudek Soudního dvora ve věci C‑60/05) a tato podmínka nebyla dodržena. V napadeném rozhodnutí chybí vyhodnocení stavu místní populace kormorána malého, jak to požaduje § 5b odst. 2 zákona o ochraně přírody a krajiny. Žalovaný se spokojil s tvrzením osoby zúčastněné na řízení o počtu populace, namísto toho ale měl využít databázi Avif provozovanou žalobcem. Soudní dvůr judikoval, že nejsou‑li k dispozici žádná jiná objektivně ověřitelná ornitologická kritéria než ta používaná BirdLife International, je z nich třeba vycházet (rozsudek Soudního dvora ve věci C‑97/2017, nebo třeba C‑3/96, C‑374/98). Databáze Avif je de facto obdoba takových údajů, protože ji vede žalobce jako partnerská společnost organizace BirdLife International v České republice. Dotčené lokality ornitologové navštěvují často a v databázi je uvedena řada údajů o kormoránech malých – nikdy nebyly zaznamenány tak vysoké počty, jaké uvádí osoba zúčastněná na řízení. Údaje v databázi provozované žalobcem navíc odpovídají údajům v nálezové databázi ochrany přírody (NDOP), která je v rozhodnutích soudů považována za oficiální koncepční a metodický nástroj ministerstva životního prostředí (např. rozsudek Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 20. 10. 2021, č. j. 59 A 5/2019‑288). Údaje předložené osobou zúčastněnou na řízení tak měl žalovaný alespoň porovnat s výše zmíněnými databázemi.
  3. Druhým klíčovým požadavkem § 5b zákona o ochraně přírody a krajiny je, že neexistuje jiné uspokojivé řešení než povolení výjimky ze zákazů v § 5a téhož zákona. Žalovaný se opět spokojil pouze s konstatováním osoby zúčastněné na řízení, že akustické a světelné plašiče nefungovaly. Podle judikatury Soudního dvora ale musí být závěr o absenci jiného řešení založen na odborných podkladech (rozsudek Soudního dvora ve věci C‑557/15, nebo ve věci C‑23/23).
  4. A za třetí, v napadeném rozhodnutí zcela chybí vymezení značných škod, kterým má vydané rozhodnutí zabránit. Osoba zúčastněná na řízení jen uvedla své vyčíslení škod, aniž by bylo zřejmé, z jak velkého potenciálního zisku mu tato škoda měla vzniknout. To je důležité při posouzení přiměřenosti výjimky (rozsudek Soudního dvora ve věci C‑76/08, nebo ve věci C‑161/19). Proti přiměřenosti výjimky svědčí to, že je kormorán malý vzácný a ohrožený druh, který se na území České republiky začal pravidelně objevovat v roce 2021 a v následujícím roce 2022 tu zahnízdil. Byl zařazen mezi světově ohrožené druhy a byl pro něj vypracován celoevropský záchranný program. Ačkoliv jeho početnost narůstá, umožnění jeho odstřelu nemá obdoby v žádném z evropských států.
  5. A konečně žalovaný nestanovil, v rozporu s § 5b odst. 3 písm. d) zákona o ochraně přírody a krajiny, způsob kontrol, které má při stanovení odchylného postupu provádět. Schéma kontrol je korektní též pro zapojení spolků pro ochranu přírody a krajiny (viz rozsudek Krajského soudu v Praze ze dne 27. 1. 2022, č. j. 51 A 108/2020‑53).
  1. Argumentace žalovaného
  1. Žalovaný navrhuje podanou žalobu zamítnout a odkazuje na odůvodnění napadeného rozhodnutí. Doplňuje, že neměl povinnost vyhodnocovat stav místní populace kormorána malého, protože tato povinnost je stanovena jen pro případ upravený v § 5b odst. 2 zákona o ochraně přírody a krajiny, nikoliv pro první odstavec téhož ustanovení, podle kterého rozhodl. Pokud jde o kontroly, pak neexistuje přesný okamžik uplatňování odchylného režimu a nelze tak na něj navázat kontrolu, jako je tomu například ve stavebních věcech.
  1. Posouzení věci krajským soudem
  1. Soud rozhodl ve věci samé bez jednání za podmínek § 51 odst. 1 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“), neboť žádná ze stran jednání nepožadovala. Žalobce sice navrhoval v žalobě určité důkazy nad rámec obsahu správního spisu, návrh na provedení důkazů před správním soudem podle § 71 odst. 1 písm. e) s. ř. s. však nelze sám o sobě považovat za nesouhlas s rozhodnutím bez jednání ve smyslu § 51 odst. 1 s. ř. s. (usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 2. 2016, č. j. 7 As 93/2014‑48, č. 3380/2016 Sb. NSS). Žalobce nepodmiňoval svůj souhlas s rozhodnutím bez jednání provedením navržených důkazů – výzvu soudu ze dne 23. 2. 2026, aby se vyjádřil k možnosti rozhodnout věc bez jednání, ponechal žalobce úplně bez reakce a žádnou jasnou vůli ohledně jednání neprojevil (tím se nynější věc liší od situace řešené v rozsudku ze dne 7. 4. 2022, č. j. 10 Afs 176/2020‑58). Soud provedení navržených důkazů neshledal potřebným, jak vysvětlí dále v textu.
  2. Žaloba je důvodná.

Právní úprava a judikatura

  1. Obecná ochrana volně žijících ptáků je upravena v § 5a zákona o ochraně přírody a krajiny, který například zakazuje úmyslné usmrcování nebo odchyt volně žijících ptáků na území členských států Evropské unie, úmyslné poškozování nebo ničení hnízd a vajec apod.
  2. Od § 5a zákona o ochraně přírody a krajiny se lze odchýlit postupem stanoveným v § 5b odst. 1 téhož zákona, který říká: „Orgán ochrany přírody může, neexistuje‑li jiné uspokojivé řešení, rozhodnutím stanovit postup odchylný od postupu uvedeného v § 5a odst. 1 a 2, je‑li to potřebné v zájmu veřejného zdraví nebo veřejné bezpečnosti, v zájmu bezpečnosti leteckého provozu, při prevenci závažných škod na úrodě, domácích zvířatech, lesích, rybářství a vodním hospodářství nebo za účelem ochrany volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin. Odchylný postup může být stanoven také pro účely výzkumu a výuky, opětovného osídlení určitého území populací druhu nebo opětovného vysazení druhu v jeho původní oblasti rozšíření nebo pro chov v lidské péči pro tyto účely.“
  3. Podle §5b odst. 2 zákona o ochraně přírody a krajiny může orgán ochrany přírody „stanovit odchylný postup podle odstavce 1 pro odchyt, držení nebo jiné využívání ptáků v malém množství za předpokladu, že rozhodnutí o odchylném postupu se vydá jen na základě vyhodnocení stavu místní populace a za stanovení přísně kontrolovaných podmínek“.
  4. A podle § 5b odst. 3 zákona o ochraně přírody a krajiny musí rozhodnutí o odchylném postupu obsahovat:

„a) označení druhů a množství ptáků, na které se má odchylný postup vztahovat,

b) prostředky, způsob nebo metody povolené pro odchyt nebo zabíjení,

c) důvod pro odchylný postup vycházející z odstavce 1 nebo 2, podmínky a časové a místní okolnosti, za nichž lze takto postupovat,

d) způsob kontrol, které bude orgán ochrany přírody stanovující odchylný postup provádět.“

  1. Ustanovení § 5b zákona o ochraně přírody a krajiny je transpozicí čl. 9 směrnice Evropského parlamentu a Rady 2009/147/ES ze dne 30. listopadu 2009 o ochraně volně žijících ptáků, jehož první odstavec říká, že pokud neexistuje jiné uspokojivé řešení, mohou se členské státy odchýlit od ustanovení článků 5 až 8 z následujících důvodů:

„a) – v zájmu veřejného zdraví a bezpečnosti,

    – v zájmu bezpečnosti leteckého provozu,

    – pro předcházení závažným škodám na úrodě, dobytku, lesích, rybářství a vodním hospodářství,

     – za účelem ochrany rostlin a živočichů;

b) pro účely výzkumu a výuky, opětovného osídlení určitého území populací druhu nebo vysazení v původním areálu výskytu druhu a pro chov v zajetí pro tyto účely;

c) aby v malém množství za přísně kontrolovaných podmínek a na základě výběru umožnily odchyt, držení nebo jiné rozumné využívání některých druhů ptáků.“

  1. Ke stanovení odchylného postupu podle § 5b zákona o ochraně přírody a krajiny může správní orgán přistoupit na základě spolehlivých vědeckých údajů, které nelze nahradit domněnkami. V rozsudku ze dne 21. 6. 2018 ve věci C‑557/15, Komise v. Malta, Soudní dvůr konstatoval, že „při vykonávání svých pravomocí ke stanovení odchylek v souladu s článkem 9 směrnice musejí brát orgány členských států v úvahu řadu posuzovacích prvků, které se týkají údajů geografické, klimatické, environmentální a biologické povahy, jakož i zejména situace, pokud jde o celkovou roční reprodukci a úhyn živočišných druhů přirozenou smrtí.“ Výslovně to Soudní dvůr uvedl v rozsudku ze dne 17. 3. 2021 ve věci C‑900/19, One Voice, kde řekl, že „konkrétně důkazy o tom, že jsou splněny podmínky pro připuštění odchylky ze systému ochrany zavedeného směrnicí o ochraně ptáků, se musí zakládat na přesvědčivých vědeckých poznatcích. Orgány tak musí mít v okamžiku, kdy rozhodují o udělení povolení, k dispozici nejlepší relevantní poznatky“.
  2. Orgán ochrany přírody a krajiny se musí zabývat i tím, zda neexistuje jiné uspokojivé řešení. Jak v podobné věci konstatoval Nejvyšší správní soud, neexistence jiného uspokojivého řešení „neznamená povinnost správního orgánu zabývat se absolutně všemi možnými způsoby plašení špačka obecného, které byť i jen teoreticky připadají v úvahu. Perspektivou městského úřadu bylo namístě zabývat se především běžnými a standardně užívanými metodami plašení“ (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 6. 2009, č. j. 8 As 33/2009‑56). Závěr o neúčinnosti těchto jiných metod plašení má mít oporu ve správním spise a nemá tedy jít o pouhé domněnky. Totéž uvádí Soudní dvůr v již zmíněném rozsudku One Voice, když říká, že odchylný režim nelze uplatnit, aniž je to „podloženo zevrubným odůvodněním založeným na nejlepších relevantních vědeckých poznatcích a uvádějícím důvody, které vedly příslušný orgán k závěru, že všechny podmínky, které mohou umožnit odchylku ve smyslu článku 9 uvedené směrnice a mezi něž patří podmínka neexistence jiného uspokojivého řešení, jsou splněny“.
  3. Pokud jde o podmínku vymezení kontrol, pak „zákonodárce výslovně požaduje, že kontroly, o něž jde, musí provádět přímo orgán ochrany přírody, tj. že podle rozhodné právní úpravy nestačí, aby kontroly prováděl samotný stavebník nebo jím najatá osoba“ (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 5. 2025, č. j. 6 As 355/2023‑41). Zároveň platí, že „orgán ochrany přírody při správném vymezení kontrol bude mít již v době rozhodnutí postaveno najisto, kdy bude povinen kontroly provádět, s jakou frekvencí tak má činit a na co konkrétně má své kontroly zaměřit“ (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 9. 2024, č. j. 5 As 292/2023‑62).

Skutková zjištění

  1. Soud nejprve stručně nastíní skutkový stav, jak vyplynul z napadeného rozhodnutí a ze správního spisu (v němž soud ověřoval skutečnosti, které byly podle žalobce sporné), a to jen v rozsahu potřebném pro následné právní posouzení věci.
  2. Žádostí ze dne 30. 7. 2025 požádalo Rybníkářství Pohořelice (osoba zúčastněná na řízení) Městský úřad Pohořelice o povolení odstřelu kormorána malého. V žádosti vysvětlilo, že kormorán malý působí na jím provozovaných výtažnících velké škody a jde o inteligentního predátora, kterého se nedaří plašit jinými způsoby. Po případném vyplašení se kormorán rychle vrací zpět a pokračuje v lovu. Rybníkářství je sice oprávněno střílet kormorána velkého, ten ale konzumuje jiné ryby a jejich současný výskyt na rybníku není běžný. Navíc se kormoráni velcí vyskytují na rybníce zpravidla v malém počtu (do 5 ks) a jejich odstřel není možný. Střílení do prázdna je neefektivní, protože jsou na něj kormoráni malí už zvyklí. Cílem nemá být zabít co nejvíce kormoránů malých, ale přesměrovat jejich lov na ostatní (pro ně přirozené) vodní plochy, např. Lednické rybníky. Na plůdkových výtažnicích je pro kormorány malé lov nejjednodušší, proto se tam koncentrují. Zároveň rybnikářství ve své žádosti uvedlo, že se kormorán malý začal vyskytovat v jejich lokalitě v roce 2022 a jeho počet neustále roste. Jsou běžná hejna kolem 20‑50 ks, objevují se i hejna o 100 ks a dokonce i 200 ks.
  3. K žádosti přiložil žalobce tabulku s vyčíslením škod, které mu měl kormorán malý způsobit v roce 2024 a 2025. Ve své žádosti k tomu Rybníkářství uvedlo, že výpočet škody vycházel z průměrné spotřeby 200 g ryb na den.
  4. V rozhodnutí o odstřelu pak městský úřad povolil odstřel kormorána malého a ve výrokové části stanovil tyto podmínky: „Odstřel je povolen jen na určitých výtažnících v období od 1. 9. do 15. 4. roku následujícího, usmrcování mohou provádět jen oprávněné osoby střelnou zbraní, mimo místa odpočinku kormoránů, při dobré viditelnosti a v případě, tvoří‑li hejno nejméně 5 jedinců. Jednorázově lze ulovit maximálně 20 % jedinců a společný lov provádět nelze. Počty odlovených jedinců musí žadatel do 31. 12. každého roku písemně hlásit městskému úřadu a 1x ročně bude informovat městský úřad o výsledcích monitoringu výskytu kormorána malého na jednotlivých rybnících.“
  5. Napadené rozhodnutí pak změnilo podmínky lovu tak, že je „odstřel možný jen v období od 1. 9. do 1. 3. roku následujícího“ a zároveň, že „lze za jedno období ulovit maximálně 25 jedinců“. Žalovaný vytkl rozhodnutí o odstřelu nedostatečné zdůvodnění neexistence jiného uspokojivého řešení. Proto doplnil, že běžné metody plašení (pochůzky, akustické a vizuální plašiče) na kormorána malého fungují jen omezeně a vyplašení jedinci se rychle vrátí. Akustické plašiče navíc mohou odhánět širší spektrum živočichů. Ve zbytku považoval žalovaný odůvodnění rozhodnutí o odstřelu za dostatečné.

Právní posouzení

  1. Nejprve se soud musel zabývat námitkou nepřezkoumatelnosti napadeného rozhodnutí. Její příčinou může být buď nesrozumitelnost, nebo nedostatek důvodů. V obou případech však platí, že je potřeba s tímto institutem zacházet obezřetně a vyhradit jeho užití pouze těm případům, kdy vady odůvodnění reálně brání soudu v tom, aby napadené rozhodnutí přezkoumal (ve vztahu k soudním rozhodnutím srov. k nesrozumitelnosti rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 4. 2013, č. j. 6 Ads 17/2013‑25, bod 19, k nedostatku důvodů pak usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 5. 12. 2017, č. j. 2 As 196/2016‑123, č. 3668/2018 Sb. NSS, body 29–30). Zejména je nutno zdůraznit, že správní orgán, stejně jako soud, není povinen vyvracet jednotlivě každou dílčí námitku, pokud své rozhodnutí jako celek logicky a přesvědčivě odůvodní (srov. nález Ústavního soudu ze dne 12. února 2009, sp. zn. III. ÚS 989/08, N 26/52 SbNU 247). Rozhodnutí obou stupňů přitom tvoří jediný celek a navzájem se doplňují (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 2. 2013, č. j. 6 Ads 134/2012‑47).
  2. Napadené rozhodnutí vyhodnotil soud jako nepřezkoumatelné, a to proto, že v něm zcela chybí jedna z náležitostí podle § 5b zákona o ochraně přírody a krajiny. Jak už soud výše vysvětlil, rozhodnutí má vycházet ze spolehlivých vědeckých údajů, má být vydáno pro předejití závažné újmy (spolu s vyčíslením škody), neexistuje‑li jiné uspokojivé řešení a za současného stanovení kontrol ze strany orgánu ochrany přírody a krajiny. Nynější rozhodnutí, stejně jako rozhodnutí o odstřelu, však nestanoví žádné kontrolní mechanismy.
  3. Zcela jasně řečeno, žalovaný i městský úřad úplně opomněli stanovit způsob kontrol, které bude orgán ochrany přírody stanovující odchylný postup provádět [§ 5b odst. 3 písm. d) zákona o ochraně přírody a krajiny]. Přitom § 5b odst. 3 zákona o ochraně přírody a krajiny začíná slovy rozhodnutí podle odstavce 1 musí obsahovat.
  4. V napadeném rozhodnutí se žalovaný tváří, že rozhodnutí o odstřelu nějaký mechanismus úředních kontrol obsahuje. Například na straně 2 napadeného rozhodnutí shrnuje rozhodnutí o odstřelu a říká, že „podmínky vycházejí z požadavků § 5b odst. 3 a stanovují místní, časové a další okolnosti, kdy a jak je možné provádět odstřel jedinců kormorána malého spolu s uvedením kontrolního mechanismu ze strany prvoinstančního orgánu“. Totéž opakuje na straně 3 napadeného rozhodnutí, když zmiňuje, že v rozhodnutí o odstřelu „jsou uvedeny maximální počty jedinců, jež lze jednorázově ulovit, a nakonec i způsob kontroly tohoto odchylného postupu“. Na straně 5 napadeného rozhodnutí zase uvádí, že „na základě monitoringu a kontrol stanovených v rozhodnutí bude nutné vyhodnotit vliv tohoto odchylného postupu na místní populaci i na zmíněnou hnízdní kolonii v případě další potenciální žádosti v budoucnu“.
  5. Krajský soud nicméně přes veškeré úsilí ve výroku rozhodnutí o odstřelu žádný text o plánovaných kontrolách nenalezl. Jediná podmínka, která se tomu blíží, je, že počty odlovených jedinců musí žadatel do 31. 12. každého roku písemně hlásit městskému úřadu a 1x ročně bude informovat městský úřad o výsledcích monitoringu výskytu kormorána malého na jednotlivých rybnících. Ta ovšem upravuje povinnosti žadatele, nikoliv správního orgánu. Ve vyjádření k žalobě ostatně žalovaný sám přiznává, že způsob kontrol nestanovil. Uvádí totiž, že kontroly bude orgán ochrany přírody a krajiny provádět v rámci obecné kontrolní činnosti a de facto tak nebylo nutné v rozhodnutí o odstřelu kontroly vymezovat. Ani by to podle žalovaného nebylo dost dobře možné, protože v nynějším případě neexistují žádné předem dané okamžiky uplatňování odchylného postupu, jako tomu bylo v kauzách, na které poukazuje žalobce, kde šlo o stavební záměry.
  6. S tím ale krajský soud nesouhlasí. Z textu § 5b odst. 3 písm. d) zákona o ochraně přírody a krajiny i z navazující (výše citované) judikatury nevyplývá pro žalovaného žádná jiná možnost, než způsob kontrol v rozhodnutí stanovit, a to konkrétně.
  7. V první řadě musí rozhodnutí upravovat kontroly prováděné nezávisle na žadateli orgánem ochrany přírody, nikoliv tedy samotným žadatelem či jím placenou odborně způsobilou osobou. Výše citovaná podmínka ukládající informační povinnost žadateli tento požadavek nenaplňuje. Za druhé, musí být jasně stanoveno, kdy bude orgán ochrany přírody kontroly provádět a jaké bude jejich zaměření. Tento požadavek rozhodně neplatí jen pro stavební kauzy. Ani v nynějším případě ho nelze považovat za nikterak přepjatý. Ačkoliv způsob vymezení kontrol záleží na správních orgánech a krajský soud tu není od toho, aby jim v tom radil, alespoň naznačí možné řešení, aby bylo zřejmé, že nepožaduje po žalovaném nic nemožného. Žalovaný mohl například stanovit, že v srpnu a březnu každého roku (tedy před zahájením odstřelu a po jeho skončení) proběhne namátková kontrola toho, zda odstřel ve skutečnosti již (příp. ještě) neprobíhá. Dále mohl např. stanovit, že v polovině období odstřelu (příp. poté, co žadatel nahlásí odstřel stanoveného počtu jedinců) provede orgán ochrany přírody plánovanou kontrolu způsobu evidence odstřelených kusů spojenou s obhlídkou výtažníků. Nebo mohl žalovaný stanovit, že k určitému datu provede on nebo k tomu odborně vybavený subjekt (mohl by jím v zásadě být i žalobce) sčítání kormoránů malých na jejich hnízdištích v okolí, aby ověřil průběžný dopad odstřelu na jejich populaci.
  8. Jde skutečně pouze o příklady toho, že i v tomto případě bylo možné určitý systém kontrol nastavit. Žalovaný každopádně dluží žalobci (a případně jiným enviromentálním spolkům) alespoň krátké shrnutí toho, jak hodlá dodržování povolené výjimky kontrolovat.
  9. Závěrem této části soud uvádí, že odkaz na obecnou kontrolní činnost orgánu ochrany přírody žalovaný vznesl opožděně (až v rámci vyjádření k žalobě). V napadeném rozhodnutí se nevyskytuje. Nemohlo by to však na hodnocení věci nic změnit. Krajský soud v Praze v rozsudku ze dne 27. 1. 2022, č. j. 51 A 108/2020‑53, který se mimo jiné týkal výjimky ze zákazů uvedených v § 50 odst. 2 zákona o ochraně přírody a krajiny při realizaci určitého stavebního záměru, uvedl: „Nepostačí … obecný poukaz orgánu I. stupně i žalovaného na obecnou pravomoc správního orgánu I. stupně provádět kontrolní činnost, neboť tím není naplněn smysl předmětného ustanovení § 5b odst. 3 písm. d) zákona o ochraně přírody a krajiny.“ Krajský soud v Brně v rozsudku ze dne 5. 12. 2023, č. j. 31 A 68/2022‑172, pak konstatoval následující: „Účelem stanovení způsobu kontrol není přesně na den stanovit konkrétní kontrolní činnost, ale transparentně vymezit kdy (např. po provedení jakých prací, po provedení jakého zásahu nebo po zkušebním zprovoznění) mají proběhnout kontroly ze strany orgánu ochrany přírody a alespoň rámcově jaké, aby mohly ostatní správní orgány, veřejnost či účastníci řízení žádat výsledky těchto kontrol za účelem realizace svých oprávnění.“
  10. Již z tohoto důvodu je tedy napadené rozhodnutí nepřezkoumatelné a krajskému soudu nezbývá, než jej zrušit a vrátit žalovanému k dalšímu řízení. Proto krajský soud neprováděl pro nadbytečnost dokazování žalobcem navrženými důkazy (exporty dat z nálezových databází a publikované články), neboť by na výsledku soudního řízení nemohly ničeho změnit.
  11. Přesto se soud v zájmu procesní ekonomie vysloví i k ostatním žalobním bodům.
  12. V první řadě je třeba říci, že za jiných skutkových okolností by krajský soud musel žalovaného pokárat, že se ne zcela uspokojivě vyrovnal s otázkou, jaký je vlastně výchozí stav populace kormorána malého, jehož odstřel svým rozhodnutím povolil.
  13. Žalovaný má pravdu v tom, že nemusel vyhodnocovat stav místní populace kvůli tomu, že by mu to snad ukládal § 5b odst. 2 zákona o ochraně přírody a krajiny, neboť podle něj v nynější věci nerozhodoval (rozhodoval dle odst. 1 téhož ustanovení). To však neznamená, že mu smí být počet ptačí populace konkrétního druhu, jejíž odstřel hodlá povolit, lhostejný. Podle § 5b odst. 3 písm. c) zákona o ochraně přírody a krajiny musí rozhodnutí obsahovat důvody pro odchylný postup. Jako hlavní důvod přitom osoba zúčastněná na řízení ve své žádosti uvedla rostoucí populaci kormorána malého, zvětšující se počet jedinců v hejnech, a tím pádem větší škody.
  14. Jak plyne z výše citovaného rozhodnutí Soudního dvora ve věci One Voice, správní orgán má při rozhodování vycházet z přesvědčivých vědeckých poznatků. V napadeném rozhodnutí vyšel žalovaný (i městský úřad) prakticky výhradně jen z dat měření provedeného osobou zúčastněnou na řízení jako žadatelem. Tyto údaje ale žalobce zpochybnil a odkázal na dvě odborné databáze, jejichž údaje se od údajů naměřených osobou zúčastněnou na řízení liší. Je jasné, že počty nemohou být ve všech zdrojích zcela totožné. Pokud se ale vlastní měření osoby zúčastněné na řízení odchyluje od měření běžně prováděných odbornými spolky (např. žalobce a databáze Avif) nebo od měření a dat používaných státem a odbornou veřejností (např. Národní databáze ochrany přírody), pak za běžných okolností by se měl s tímto rozporem žalovaný rozumně vypořádat.
  15. V napadeném rozhodnutí k tomu žalovaný uvedl, že v databázi Avif se shromažďují nahodilá data od různých pozorovatelů, zatímco zaměstnanci osoby zúčastněné na řízení sbírají data každý všední den a mohou se tak vyhnout nahodilým jevům. To je poněkud málo. Ne snad, že by měření osoby zúčastněné na řízení mělo být a priori vnímáno jako nedůvěryhodné jen proto, že jde o její vlastní měření a že má tato osoba zájem na výsledku řízení. Je to pouze důvod k jejich obezřetnému hodnocení a ověření zjištěných hodnot z jiných zdrojů, je‑li to možné. Vhodnější by proto obecně bylo, kdyby žalovaný v napadeném rozhodnutí popsal, jaké údaje stran počtu kormoránů malých v dané lokalitě namítané databáze obsahují, v čem si odporují s čísly předloženými osobou zúčastněnou na řízení, zda jsou srovnatelné časově i územně, jakým způsobem probíhá sběr dat (metody, odborná zdatnost měřících osob) apod., a teprve na základě toho činil závěry o tom, zda data v databázích nějak zásadně zpochybňují věrohodnost údajů předložených žadatelem. S tím souvisí i stručné konstatování prvostupňového orgánu, že dobře zná místní poměry. Tuto znalost už ale nepřetavil do samotného rozhodnutí, kde například mohl, je‑li mu to známo, podepřít údaje uváděné osobou zúčastněnou na řízení vlastními pozorováními či své znalosti místních poměrů jinak argumentačně využít.
  16. Na druhou stranu, krajský soud to v tomto případě vnímá spíše jen jako určitý kvalitativní nedostatek napadeného rozhodnutí, nikoliv jako samostatný důvod pro jeho zrušení (tím méně pak jako nepřezkoumatelnost). Je totiž třeba vnímat celkový kontext těchto úvah: Již rozhodnutí o odstřelu obsahuje omezující podmínku – jednorázově lze ulovit maximálně 20 % jedinců v dohledové vzdálenosti. Žalovaný pak v odvolacím rozhodnutí doplnil další, ještě významnější omezení, a totiž že za jedno období lze ulovit maximálně 25 jedinců kormorána malého (stanovené období přitom trvá celkem 6 měsíců). Odůvodnil to zásadou předběžné opatrnosti. Jedná se o první stanovení odchylného postupu k tomuto druhu v tomto místě, proto je podle odůvodnění napadeného rozhodnutí nutné monitorovat, zda a jaký vliv bude mít povolený odstřel na přirozený vývoj tohoto druhu, na jeho hnízdění a na další aspekty jeho rozšíření v dané lokalitě.
  17. V situaci, kdy je zásah do populace kormoránů z důvodu předběžné opatrnosti snížen na takto malou míru, není podle krajského soudu třeba trvat striktně na důsledném vypořádání argumentů, které se týkají velikosti jeho populace. Takový požadavek by byl přemrštěný. Rozdíly mezi údaji žadatele a tvrzeními žalobce se totiž nejeví být až tak zásadní.
  18. Krajský soud v této otázce setrvává na úvahách, které v nynější věci vyslovil již v rozhodnutí o odkladném účinku a na které žalobce nijak nereagoval: „I kdyby vzal soud za bernou minci pozorování uskutečněná autory odborných článků, jež žalobce přiložil k žalobě, stále by se jednalo o počty poměrně značné. Již v roce 2021, kdy bylo poprvé zaznamenáno hnízdění kormoránů malých na území ČR, byly na nocovišti na Střední nádrži vodního díla Nové Mlýny – která se nachází v blízkosti výtažníků, na nichž byl v prosinci 2025 povolen nynější odstřel – pozorovány desítky kormoránů malých (několikrát i přes 100 kusů). Jejich populace každý rok setrvale roste. V roce 2024 zde bylo zaznamenáno již 115 hnízdících párů (podle počtu hnízd, mláďata počítána nebyla) a v zimě 2024/2025 pak 541 přezimujících jedinců.
  19. Soud není vybaven odbornými znalostmi, které by mu umožnily zhodnotit dopad odstřelu pětadvaceti jedinců v rozmezí půl roku na takto velkou populaci vodních ptáků. Nicméně nemůže přehlédnout, že žalovaný problém možných dopadů povoleného odstřelu na tento živočišný druh ve výroku i odůvodnění svého rozhodnutí reflektoval. Naproti tomu žalobce se k této otázce nijak nevyjádřil. Krajskému soudu tak nezbývá než spolehnout se na odbornost žalovaného a na vlastní laický úsudek, podle nějž při odstřelu 25 ptáků, jejichž lokální populace dosahuje v současnosti zřejmě několik stovek kusů, se dopad na tuto populaci nejeví na první pohled jako fatální.“
  20. Sečteno podtrženo, žalovaný nebyl povinen usilovat o odstranění rozporů mezi různými zdroji, pokud jde o velikost populace kormoránů malých, jestliže z důvodu předběžné opatrnosti omezil v povolení počet odstřelených jedinců na 25 za půl roku v situaci, kdy ani žalobce nepopírá, že populace kormoránů malých v ČR dosahuje minimálně 500 přezimujících jedinců. Je ovšem třeba dodat, že ve světle úvah žalovaného, podle nichž je nutné monitorovat, zda a jaký vliv bude mít povolený odstřel na přirozený vývoj tohoto druhu, na jeho hnízdění a na další aspekty jeho rozšíření v dané lokalitě, vystupuje znovu do popředí závažnost výše uvedeného pochybení, spočívajícího v tom, že žalovaný opomněl stanovit jakýkoliv systém kontrol podmínek vydaného rozhodnutí.
  21. V ostatních žalobních bodech pak již krajský soud nemohl dát žalobci za pravdu vůbec.
  22. Pokud jde o hrozící závažnou škodu, tuto náležitost rozhodnutí o odstřelu obsahuje. Je, pravda, v tomto ohledu dosti stručné – v prvostupňovém rozhodnutí je tomu věnován jediný odstavec, v němž městský úřad v podstatě jen opsal čísla, která mu poskytla osoba zúčastněná na řízení. Od orgánu ochrany přírody a krajiny ovšem nelze požadovat, aby v rozhodnutí samostatně spočítal škodu s přesností na koruny a vše podložil ekonomickými analýzami. Hrozící škody samozřejmě nejlépe vyčíslí (a vyčíslit má) žadatel o výjimku. Postačí, když správní orgán tyto údaje podrobí elementárnímu přezkumu, a to zejména pokud se objeví důvod k pochybnostem.
  23. V žádosti o povolení odstřelu a v jejích přílohách je mechanismus výpočtu uveden a srozumitelně vysvětlen, přičemž žalobce nevznesl jedinou námitku, která by jej zpochybňovala. V žalobě v podstatě jen namítal, že žadatel nedoložil též svou majetkovou situaci, aby bylo možné posoudit, jak velkou část jeho potenciálního zisku škoda tvoří. Krajský soud to považuje za přemrštěný požadavek. Zákon pouze uvádí, že škoda má být „závažná“, což je objektivní hledisko, jehož naplnění nutně nevyžaduje porovnávat výši škody s aktuální majetkovou situací konkrétního žadatele. V nynější věci jde o škodu ve výši zhruba 1,5 mil. Kč, což je sama o sobě vysoká částka. Krajský soud tak jen podotýká, že v takovém podnikatelském oboru, jako je rybníkářství, si lze stěží představit podnikatele, pro kterého by takto vysoká ztráta představovala zanedbatelnou položku.
  24. Totéž platí pro námitku, že žalovaný nezdůvodnil absenci jiného uspokojivého řešení. Podle soudu se s touto otázkou žalovaný vypořádal dostatečně, když vysvětlil, že pro zaplašení kormorána malého nefungují běžné metody, protože jde o inteligentního ptáka, který se nevyleká nebo se rychle vrátí. Souběžně povolený odstřel kormorána velkého také jako zaplašení nefunguje, neboť oba druhy se zaměřují na jiný druh kořisti a málokdy se vyskytují na stejném lovišti společně. Chtěl‑li žalobce tento názor vyvrátit, měl uvést – i s využitím svých nesporných odborných znalostí z oblasti ornitologie – proč podle něj tyto metody naopak fungují a zpochybnit odůvodnění žalovaného. To neudělal.
  25. Žalobce odkázal na rozsudek Soudního dvora ze dne 21. 6. 2018, ve věci C‑557/15, Evropská komise v. Malta, z něj nicméně neplyne žalobcem dovozený názor. Z citovaného rozsudku totiž plyne, že jím přezkoumávané rozhodnutí vůbec neobsahovalo ani zmínku o existenci či neexistenci jiného uspokojivého řešení (bod 50 rozsudku Soudního dvora C‑557/15). Žalobce dále odkazoval na rozsudek Soudního dvora ze dne 19. 9. 2024, ve věci C‑23/23, Evropská komise v. Maltská republika, kde ale Soudní dvůr konstatoval, že přezkoumávaný akt jen mluví o neexistenci jiného uspokojivého řešení, aniž by tento názor jakkoliv vysvětlil a odůvodnil (bod 69 rozsudku Soudního dvora C‑23/23). V nynější věci naopak napadené rozhodnutí obsahovalo podrobné odůvodnění, proč nestačí jiné v úvahu připadající řešení, tedy zejména mírnější prostředky plašení. A s tímto odůvodněním měl žalobce polemizovat, což neučinil.
  1. Závěr
  1. Na základě výše uvedených úvah shledal soud žalobu důvodnou, proto napadené rozhodnutí pro nezákonnost zrušil [§ 78 odst. 1 ve spojení s § 76 odst. 1 písm. a) s. ř. s.]. Věc vrací žalovanému k dalšímu řízení (§ 78 odst. 4 s. ř. s.). Jelikož v něm bude žalovaný právním názorem krajského soudu vázán (§ 78 odst. 5 s. ř. s.), shrnuje soud své závěry přehledně takto: Žalovaný musí v napadeném rozhodnutí stanovit, kdy a s jakým zaměřením bude orgán ochrany přírody provádět kontrolu plnění podmínek vydaného rozhodnutí. Pro zvýšení přesvědčivosti svých závěrů se také může (ale nemusí) lépe vypořádat s různými zjištěními o reálné velikosti populace kormorána malého.
  1. Náklady řízení
  1. Výrok o náhradě nákladů řízení vychází z ustanovení § 60 odst. 1 s. ř. s. Strana žalující měla ve věci plný úspěch, proto má vůči straně žalované právo na náhradu nákladů, které v řízení před soudem účelně vynaložila. Náklady řízení spočívají pouze v zaplaceném soudním poplatku za žalobu ve výši 3 000 Kč, protože strana žalující nebyla v řízení zastoupena advokátem. Celkem tedy má strana žalovaná uhradit straně žalující částku 3 000 Kč.
  2. Obecná třídenní lhůta pro splnění povinnosti uložené soudem (§ 160 odst. 1 o. s. ř.) by pro účely úhrady nákladů soudního řízení správního nebyla přiměřená. Jednak proto, že rozsudky správních soudů nabývají právní moci již okamžikem doručení (§ 54 odst. 5 s. ř. s.), a jednak proto, že podle zkušeností správních soudů mají správní orgány problém takto krátké lhůty dodržet s ohledem na své vnitřní administrativní členění a nutnost schválit odeslání peněz příslušným vedoucím zaměstnancem. Proto ji soud prodloužil na jeden měsíc.
  3. O nákladech osoby zúčastněné na řízení rozhodl soud podle § 60 odst. 5 s. ř. s., podle něhož má osoba zúčastněná na řízení právo na náhradu nákladů řízení jen ve dvou případech: 1. pokud bránila své právo, které jí vyplývalo z rozhodnutí nebo jiného úkonu napadeného žalobou, přičemž žalobce nebyl před soudem úspěšný, 2. pokud jí nějaké náklady vznikly v souvislosti s plněním povinnosti, kterou jí soud uložil. Ani jedna z těchto dvou podmínek nebyla v nynějším řízení splněna, proto osobě zúčastněné na řízení právo na náhradu nákladů řízení nevzniklo.

Poučení:

Proti tomuto rozsudku lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má‑li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních právních předpisů vyžadováno pro výkon advokacie.

Brno 31. 8. 2026

Mgr. Milan Procházka

předseda senátu