21 Afs 211/2025 - 57
[OBRÁZEK] |
ČESKÁ REPUBLIKA
ROZSUDEK
JMÉNEM REPUBLIKY
Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Tomáše Rychlého a soudců Mgr. Radovana Havelce a JUDr. Faisala Husseiniho v právní věci žalobkyně: BARSYS s.r.o., se sídlem B. Egermanna 939, Nový Bor, zastoupená JUDr. Ing. Ondřejem Lichnovským, advokátem se sídlem Palackého 151/10, Prostějov, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem – pobočka v Liberci ze dne 16. 9. 2025, č. j. 59 Af 16/2024 ‑ 61,
takto:
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] Žalovaný rozhodnutím ze dne 15. 8. 2024, č. j. 24370/24/5200‑11433‑712953, zamítl odvolání žalobkyně a potvrdil dodatečný platební výměr Finančního úřadu pro Liberecký kraj (dále jen „správce daně“) ze dne 31. 7. 2023, č. j. 1091591/23/2602‑50523‑505713, jímž správce daně žalobkyni doměřil daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2017 ve výši 409 830 Kč a současně jí sdělil výši penále 81 966 Kč.
[2] Podle daňových orgánů žalobkyně neprokázala nárok na odpočet daně na podporu výzkumu a vývoje pro formální nedostatky projektů; konkrétně se jednalo o tyto projekty (dále společně jen „projekty“):
Projekt 1 – Andon TV Tabule (17090), datum zahájení 9. 10. 2017, datum ukončení k 20. 11. 2017, uplatněné náklady ve výši 27 655 Kč;
Projekt 2 –‑ Mikrováhy Premix (17116), datum zahájení 8. 11. 2017, datum ukončení – předpoklad 31. 12. 2019, uplatněné náklady ve výši 67 234 Kč;
Projekt 3 – Řídicí systém pro míchárnu a šrotovnu linky na výrobu granulí (16178), datum zahájení 1. 2. 2017, datum ukončení 29. 12. 2017, uplatněné náklady ve výši 1 749 397 Kč;
Projekt 4 – Strojové vidění (17007), datum zahájení 4. 1. 2017, projekt přerušen, uplatněné náklady ve výši 131 776 Kč; a
Projekt 5 – Peletovací linka (99998), datum zahájení 4. 1. 2017, projekt přerušen, uplatněné náklady ve výši 162 408 Kč.
II. Rozsudek krajského soudu
[3] Žalobkyně podala proti rozhodnutí žalovaného žalobu ke Krajskému soudu v Ústí nad Labem – pobočka v Liberci (dále jen „krajský soud“), který ji rozsudkem ze dne 16. 9. 2025, č. j. 59 Af 16/2024 ‑ 61, zamítl jako nedůvodnou.
[4] Krajský soud nejprve konstatoval, že podle správce daně žalobkyně neprokázala splnění formálních požadavků zákona ohledně projektů, neboť:
(a) v rozporu s § 34c odst. 1 písm. c) zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů (dále jen „zákon o daních z příjmů“) projektová dokumentace neobsahuje cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení – u všech projektů,
(b) v rozporu s § 34c odst. 1 písm. f) tohoto zákona projektová dokumentace neobsahuje způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků – u všech projektů,
(c) v rozporu s § 34c odst. 1 a 2 tohoto zákona nebyla dodržena podmínka prospektivnosti projektů – u Projektu 1, Projektu 2, Projektu 3 a Projektu 5, a
(d) v rozporu s § 34b odst. 1 písm. c) tohoto zákona nebyly výdaje vynaložené na výzkum a vývoj evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů) – u Projektu 1 a Projektu 3.
[5] Žalovaný výše uvedené závěry dle krajského soudu korigoval takto: (1) u Projektu 5 žalovaný oproti správci daně uvedl, že cíle tohoto projektu lze dovodit (ve vztahu k ostatním projektům výzkumu a vývoje se žalovaný ztotožnil se závěry správce daně) [viz výše sub (a)]; (2) u všech čtyřech projektů, u kterých správce daně konstatoval nedodržení podmínky prospektivnosti [viz výše sub (c)], žalovaný dovodil, že žalobkyně nezačala s pracemi na těchto projektech před jejich schválením (tj. tato podmínka porušena nebyla); a (3) pokud jde o oddělenou evidenci výdajů na výzkum a vývoj od ostatních výdajů (nákladů) [viz výše sub (d)], žalovaný nesprávný postup shledal jen u Projektu 3.
[6] Krajský soud tedy shrnul, že daňové orgány dospěly, po částečné korekci závěrů správce daně žalovaným, k tomu, že žalobkyně neprokázala splnění formálních požadavků, a to požadavků kladených na definování cílů podle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů u čtyř projektů, dále požadavků na vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků podle § 34c odst. 1 písm. f) uvedeného zákona u všech projektů, a u Projektu 3 i z důvodu porušení § 34b odst. 1 písm. c) uvedeného zákona (tj. že výdaje vynaložené na výzkum a vývoj nebyly evidovány odděleně).
[7] Krajský soud nepřisvědčil žalobní námitce, že rozhodnutí žalovaného je nepřezkoumatelné, neboť se žalovaný výslovně nezabýval cíli všech projektů. Závěry žalovaného se podle krajského soudu výslovně týkají všech čtyř relevantních projektů. Důvody, proč takto popsané cíle nelze považovat za dostatečně konkrétní, jsou obsaženy ve zprávě o daňové kontrole, na niž žalovaný odkázal. Z hlediska soudního přezkumu tvoří prvoinstanční rozhodnutí a napadené rozhodnutí jeden celek. Skutečnost, že žalovaný korigoval některé závěry správce daně ve zprávě o daňové kontrole, nevede k vyloučení jejího použití v celém rozsahu. Žalobkyně v žalobě i v replice obšírně se závěry rozhodnutí žalovaného polemizovala, což dle krajského soudu svědčí o tom, že rozhodovací důvody lze seznat.
[8] Žalobkyně dále namítala překvapivost rozhodnutí žalovaného – porušení § 115 odst. 2 daňového řádu. Krajský soud k tomu uvedl, že žalovaný nebyl prvním, kdo vyslovil, že nebyl naplněn požadavek podle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. Připustil, že správce daně se věnoval podrobněji vymezeným cílům projektů a jejich věcné stránce. Žalovaný závěry správce daně korigoval tak, že úvahy o naplnění věcných požadavků označil za nadbytečné. Žalovaný však neformuloval nové důvody, pro které by považoval formální požadavek nedostatečného vymezení cílů u projektů za nesplněný. Není povinen postupovat dle § 115 odst. 2 daňového řádu vždy, když koriguje závěry správce daně, a přesto podané odvolání zamítne. Ve svých úvahách postavení žalobkyně nezhoršoval, nedovozoval žádná nová/odlišná skutková zjištění oproti správci daně, ani jiné právní důvody.
[9] Žalobkyně dále namítala, že popis cílů projektů byl dostatečný. Krajský soud tomu nepřisvědčil. Nejprve shrnul příslušnou judikaturu Nejvyššího správního soudu k této otázce. Poté uvedl, že Projekty 1 až 4 nevyhovují požadavkům na formulování cílů v písemných projektech a odkázal na zprávu o daňové kontrole. Žalobkyně se dlouhodobě zabývá výrobou a instalací výrobních a montážních zařízení, dodávkou řídících systémů a softwarových systémů. Měla proto v projektech nejprve alespoň rámcově popsat, jaký je aktuální stav v dané oblasti a předložit tam informace, ze kterých by bylo možné zjistit, zda se jedná o jedinečnou činnost naplňující definici výzkumu a vývoje. Dle krajského soudu nepostačuje, pokud žalobkyně obecně uvede, že s daným řešením nemá dosud vlastní zkušenosti. Žalobkyně podle krajského soudu neozřejmila důvody nutnosti změny stávajícího stavu; z popisu cílů projektů nelze zjistit postup, který žalobkyně navrhuje provést k dosažení jedinečného výzkumného a vývojového řešení; neuvedla postupy, jimiž chce cílového stavu dosáhnout, ani jejich časové rozložení, aby je bylo možné vyhodnotit.
[10] Ohledně žalobní námitky týkající se posouzení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků se krajský soud též ztotožnil se závěry daňových orgánů. Uvedl, že v projektech vymezený způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků nesplňuje požadavky stanovené zákonem. Jde pouze o obecné konstatování toho, že kontrola a hodnocení proběhnou, ovšem podle blíže nespecifikovaných interních pravidel, bez návaznosti na konkrétní projekt a není určeno, jakým konkrétním způsobem a podle jakých kritérií má kontrola proběhnout. Tyto skutečnosti nelze seznat ani z předložené směrnice žalobkyně jako interního dokumentu, na který projekty odkazovaly.
[11] Krajský soud také shledal nedůvodnou žalobní námitku, že žalovaný se na jedné straně zabýval hodnocením vedené evidence nákladů na výzkum a vývoj, na straně druhé rozporoval naplnění formálních podmínek projektů výzkumu a vývoje, a proto je jeho rozhodnutí nesrozumitelné. Podle krajského soudu měl žalovaný výhrady k formálním náležitostem projektů a dospěl k závěru, že projekty neobstojí již pro vytýkané formální nedostatky [tj. pro absenci konkrétně formulovaných cílů projektu a nedostatečné vymezení způsobu kontroly dle § 34c odst. 1 písm. c) a f) zákona o daních z příjmů]; současně u Projektu 3 podpůrně konstatoval, že též nebyla splněna podmínka týkající se vedení oddělené evidence nákladů. V takovém postupu nelze spatřovat vnitřní rozpor, který by způsobil nesrozumitelnost rozhodnutí žalovaného.
[12] Krajský soud však přisvědčil žalobní námitce, jíž se žalobkyně ohrazovala proti závěru daňových orgánů o vadách oddělené evidence nákladů na projekt vývoje a výzkumu u Projektu 3. Daňové orgány podle jeho názoru na základě věcného posouzení předložených důkazů (konkrétně konfrontací zakázkových listů s vykázanou prací jednotlivých pracovníků na zakázce s výkazy práce pracovníků na projektu výzkumu a vývoje) učinily nesprávný závěr o nesplnění formální podmínky v podobě oddělené evidence výdajů na předmětný projekt. Žalobkyně své prvotní důkazní břemeno ve formě odděleně vedené evidence výdajů na výzkum a vývoj dle krajského soudu splnila, a tedy splnila formální podmínku zakotvenou v § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. Správce daně měl proto žalobkyni sdělit svoje pochybnosti a vyzvat ji v souladu s § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu k prokázání vynaložení evidovaných osobních výdajů výhradně na daný projekt ve smyslu § 34b odst. 1 písm. a) zákona o daních z příjmů. Tento nedostatek však nemá vliv na zákonnost rozhodnutí žalovaného, neboť neuznání odpočtu na podporu výzkumu a vývoje u Projektu 3 obstojí již pro nenaplnění formálních požadavků na písemný projekt dle § 34c odst. 1 písm. c) a f) zákona o daních z příjmů.
[13] Krajský soud nakonec nepřisvědčil ani žalobní námitce ohledně vady daňového řízení, spočívající v nepřibrání znalce. Žalovaný podle něj nehodnotil splnění materiálních podmínek pro uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje, tj. nehodnotil jednotlivé projekty po věcné stránce z pohledu, zda byla prokázána přítomnost ocenitelného prvku novosti a odstraňování technické nejistoty, proto ustanovení znalce nebylo potřebné. Problém totiž nespočíval v tom, že by žalovaný nerozuměl technické stránce podnikatelské činnosti žalobkyně, což by skutečně vyžadovalo zadání vypracování znaleckého posudku, ale v tom, že z předložených projektů nebylo zřejmé, k jakým cílům má výzkumná či vývojová činnost žalobkyně směřovat.
III. Kasační stížnost a vyjádření žalovaného
[14] Proti rozsudku krajského soudu podává žalobkyně (dále jen „stěžovatelka“) kasační stížnost, jejíž důvody lze podřadit pod § 103 odst. 1 písm. a) a d) soudního řádu správního (dále jen „s. ř. s.“). Kasační stížnost je poměrně obsáhlá (41 stran textu členěných do 146 odstavců). Nejvyšší správní soud nebude na tomto místě samostatně rekapitulovat jednotlivé stížnostní body a v zájmu přehlednosti tohoto rozsudku je rozvede dále při jejich vypořádání. Stejným způsobem Nejvyšší správní soud rekapituluje níže též vyjádření žalovaného.
IV. Právní posouzení Nejvyšším správním soudem
[15] Nejvyšší správní soud nejdříve hodnotil formální náležitosti kasační stížnosti a konstatoval, že byla podána včas (§ 106 odst. 2 s. ř. s.), osobou oprávněnou (§ 102, věta první s. ř. s.), proti rozhodnutí, proti němuž je kasační stížnost ve smyslu § 102 s. ř. s. přípustná a stěžovatelka je řádně zastoupena advokátem (§ 105 odst. 2 s. ř. s.). Napadené rozhodnutí Nejvyšší správní soud přezkoumal v rozsahu podané kasační stížnosti (§ 109 odst. 3, věta před středníkem s. ř. s.) a z důvodů v ní uvedených (§ 109 odst. 4, věta před středníkem s. ř. s.). Ve věci přitom rozhodl bez nařízení jednání za podmínek vyplývajících z § 109 odst. 2, věty první s. ř. s.
[16] Kasační stížnost je důvodná.
IVa. Nepřezkoumatelnost rozhodnutí žalovaného
[17] Stěžovatelka nesouhlasí se závěrem krajského soudu, že rozhodnutí žalovaného je přezkoumatelné. Poukazuje na to, že se žalovaný odchýlil od závěrů správce daně; v takovém případě však je „propojení [obou rozhodnutí] přerušeno“. Podle stěžovatelky si žalovaný v rámci soudního přezkumu nemůže „vypomáhat závěry vzešlými z daňové kontroly“. K tomu cituje z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 11. 2022, č. j. 8 Afs 188/2020 ‑ 103, podle něhož pokud se odlišují prvostupňové a odvolací rozhodnutí, nelze vzít závěry správce daně v potaz, neboť jinak by existovaly dvě odlišné linie odůvodnění.
[18] Stěžovatelka vytýká žalovanému, že ve svém rozhodnutí nespecifikoval porušení § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů ve vztahu ke všem pěti projektům, ačkoli se jich týkalo odvolání stěžovatelky. Ze stejného důvodu je i nepřezkoumatelný napadený rozsudek, neboť i ten (jako žalovaný ve svém rozhodnutí) pouze odkázal na zprávu o daňové kontrole.
[19] Žalovaný ve svém vyjádření ke kasační stížnosti považuje napadený rozsudek za přezkoumatelný. Tvrzení, že v napadeném rozsudku chybí vlastní posouzení soudem, neboť ten shodně jako žalovaný odkazuje na zprávu o daňové kontrole, dle žalovaného neobstojí. Krajský soud se totiž v odstavci 44 napadeného rozsudku ztotožnil s postupem žalovaného s odůvodněním, proč v něm neshledává pochybení. Žalovaný nesouhlasí ani s tvrzením o nepřezkoumatelnosti svého rozhodnutí; zdůrazňuje shodně s krajským soudem jednotu rozhodnutí správce daně a žalovaného. Pokud žalovaný ve svém rozhodnutí korigoval některé závěry správce daně, nemá to za následek namítané „přerušení propojení“ obou rozhodnutí, neboť se žalovaný od závěrů správce daně neodchýlil a oba shledali porušení stejných zákonných ustanovení.
[20] Úvodem posouzení této námitky Nejvyšší správní soud konstatuje, že napadený rozsudek není nepřezkoumatelný. Důvodem nepřezkoumatelnosti nemůže být odlišný náhled stěžovatelky a krajského soudu na posouzení povahy rozhodnutí žalovaného a na právní následek toho, že žalovaný v dílčích ohledech korigoval závěry správce daně ve zprávě o daňové kontrole. Důvody napadeného rozsudku jsou z jeho odůvodnění zřetelně patrné a stěžovatelka s nimi v kasační stížnosti polemizuje. I jinak je napadený rozsudek přezkoumatelný a řádně odůvodněný.
[21] Nejvyšší správní soud tak přistoupil k řešení vlastní kasační námitky, totiž zda odlišné hodnocení vytýkaných porušení zákona o daních z příjmů ze strany žalovaného a ze strany správce daně zakládá nepřezkoumatelnost rozhodnutí žalovaného. K tomu nyní soud předně uvádí, že žalovaný fakticky redukoval počet a kvalitu vytýkaných porušení zákona, avšak i tak zbylá porušení postačovala pro zachování závěru, že stěžovatelka zákonné podmínky nesplnila. Konkrétně žalovaný u Projektu 1 neuznal porušení § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, u Projektů 1, 2, 3, 4 neuznal porušení § 34c odst. 1 a 2 zákona o daních z příjmů a dále korigoval závěry správce daně, jenž nadbytečně posuzoval splnění materiálních podmínek za situace, kdy nebyly splněny podmínky formální. Ty jsou totiž stanoveny kumulativně, takže nesplnění i jen jedné z nich postačuje pro daňovou neuznatelnost příslušných nákladů (srov. odst. 45 rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 7. 2022, č. j. 8 Afs 170/2020 ‑ 49, č. 4379/2022 Sb. NSS; všechna zde citovaná rozhodnutí tohoto soudu jsou dostupná na www.nssoud.cz).
[22] Odkaz stěžovatelky na rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 8 Afs 188/2020 ‑ 103 není přiléhavý. V tehdy projednávané věci Nejvyšší správní soud posuzoval přezkoumatelnost rozhodnutí žalovaného a jeho úvah o tzv. chybějící dani (jednalo se o doměření DPH). Žalovaný tehdy neodkazoval na zprávu o daňové kontrole a sám vycházel z odlišných skutkových závěrů než správce daně. Právě jen v tomto kontextu Nejvyšší správní soud vyslovil, že „pokud se napadené rozhodnutí a zpráva o daňové kontrole odlišují, nelze vzít závěry správce daně v potaz a zpětně jimi překlenout odůvodnění odvolacího rozhodnutí stěžovatele“. V nyní projednávané věci je situace podstatně jiná: žalovaný i správce daně vycházeli ze shodných skutkových zjištění a žalovaný pouze korigoval v dílčích ohledech počet a kvalitu porušení zákona ze strany stěžovatelky. To nemá vliv na „právní titul“ pro doměření daně z příjmů, neboť (jak uvedeno výše) i porušení jediné z (kumulativně stanovených) podmínek dle § 34b a § 34c zákona o daních z příjmů u daného projektu postačuje pro neuznání příslušného daňového výdaje na vědu a výzkum.
[23] Nejvyšší správní soud tedy shrnuje, že rozhodnutí správce daně (resp. zpráva o daňové kontrole) a rozhodnutí žalovaného na sebe logicky navazují, žalovaný závěry správce daně logicky a přezkoumatelně rozvinul a v některých ohledech korigoval. Učinil tak ovšem nikoli v neprospěch stěžovatelky. Rozhodnutí žalovaného tedy není nepřezkoumatelné a krajský soud nepochybil, pokud odpovídající žalobní námitku zamítl.
IVb. Porušení § 115 odst. 2 daňového řádu
[24] Stěžovatelka trvá na tom, že žalovaný porušil § 115 odst. 2 daňového řádu. Podle tohoto ustanovení provádí‑li odvolací orgán v rámci odvolacího řízení dokazování, seznámí před vydáním rozhodnutí o odvolání odvolatele se zjištěnými skutečnostmi a důkazy, které je prokazují, a umožní mu, aby se k nim ve stanovené lhůtě vyjádřil, popřípadě navrhl provedení dalších důkazních prostředků. Obdobně postupuje odvolací orgán i v případě, kdy dospěje k odlišnému právnímu názoru než správce daně prvního stupně, a tato změna by ovlivnila rozhodnutí v neprospěch odvolatele.
[25] Stěžovatelka tvrdí, že správce daně a žalovaný vycházeli z odlišných okolností, neboť správce daně spojoval porušení § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů s věcnými nedostatky projektů (s neexistencí ocenitelného prvku novosti a absencí technické nejistoty), zatímco žalovaný zdůraznil jen formální nedostatky (nedostatečné vymezení cílů projektů). Vzhledem k těmto odlišnostem měl žalovaný postupovat dle § 115 odst. 2 daňového řádu. Podle stěžovatelky došlo ke zhoršení jejího postavení, protože rozhodnutí žalovaného je v její neprospěch. Nevyjádří‑li žalovaný bezpodmínečný souhlas se správcem daně, musí postupovat dle § 115 odst. 2 daňového řádu.
[26] Žalovaný ve svém vyjádření ke kasační stížnosti zdůrazňuje, že pouze korigoval nadbytečné úvahy správce daně. Rozhodnutí žalovaného a správce daně nestojí na odlišných okolnostech, neboť oba shledali porušení formální podmínky kladené na projekt výzkumu a vývoje dle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, která by byla dostačujícím důvodem pro neuznání nároku na odpočet daně na podporu výzkumu a vývoje, a dále porušení podmínky stanovené § 34c odst. 1 písm. f) tohoto zákona. Žalovaný nedospěl k odlišnému právnímu názoru, ani nezhoršoval postavení stěžovatelky, nekladl jí k tíži např. porušení dalších povinností. Žalovanému není jasné, k jakým novým skutečnostem by se chtěla stěžovatelka vyjadřovat a doplňovat svá tvrzení a důkazní návrhy.
[27] Nejvyšší správní soud předně zdůrazňuje, že zákaz překvapivosti rozhodnutí žalovaného o odvolání dle § 115 odst. 2 daňového řádu míří na situace, kdy by se změnou právního názoru situace změnila v neprospěch daňového subjektu (zde stěžovatelky). Účelem je zachovat férovost daňového procesu a dát daňovému subjektu možnost procesně reagovat na podstatnou a pro něj nepříznivou změnu náhledu odvolacího orgánu. O takovou situaci se však nyní nejedná. V nyní projednávané věci totiž rozhodnutí žalovaného bylo prima facie „ve prospěch“ stěžovatelky, neboť redukovalo počet a povahu vytýkaných porušení zákona. V konečném důsledku však bylo toto rozhodnutí neutrální, neboť jen korigovalo dílčí závěry správce daně, nicméně zachovalo „ve hře“ určitá (zbylá) porušení zákona, která pro doměření daně stěžovatelce postačovala. Za těchto okolností žalovaný neměl povinnost předem seznámit stěžovatelku se svým odlišným právním hodnocením dle § 115 odst. 2 daňového řádu.
IVc. Cíle projektů
[28] Stěžovatelka má za to, že závěry krajského soudu o porušení ustanovení § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů (tj. že cíle projektů nebyly dostatečně stanoveny) nemají oporu ve zjištěném skutkovém stavu. Cíle projektů byly podle stěžovatelky vymezeny konkrétně a dostatečně. Krajský soud chybně vyložil závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 12. 2024, č. j. 2 Afs 352/2023 – 52, ve věci žalobkyně DEL a.s. (dále jen „rozsudek ve věci DEL“), v němž Nejvyšší správní soud zdůraznil, že stručnost definice cílů nemůže být sama o sobě překážkou pro uznání odčitatelné položky na podpory výzkumu a vývoje a že cíle projektu výzkumu a vývoje nemusejí představovat „přelomový“ technologický posun. Stěžovatelka z rozsudku obsáhle cituje a tvrdí, že v nynější věci jsou cíle projektů definovány podrobněji než v judikované věci, kde Nejvyšší správní soud přesto definici cílů považoval za dostačující.
[29] Poté stěžovatelka podrobně rekapituluje vymezení cílů v dotčených projektech (tj. v Projektech 1 – 4) a konkrétně uvádí, proč tyto cíle jsou podle ní dostatečně konkrétně vymezeny a splňují požadavky zákona a judikatury (zejména rozsudku ve věci DEL). Požadavky krajského soudu na kvalitu a hloubku popisu cílů považuje stěžovatelka za přemrštěné. Konkrétně požadavek na podrobný popis stávajícího stavu je „nemístný“; podle stěžovatelky, je‑li patrné, že určité zařízení neexistovalo či určité úkony byly řešeny manuálně, je evidentní, jaký byl výchozí stav a proč je třeba nové řešení dle projektu přijmout. Nelze požadovat, aby ve vymezení cíle projektu bylo vyčerpávajícím způsobem popsáno, jaký je aktuální stav lidského poznání, aby i osoba bez odborné erudice mohla pochopit, o jak významně vylepšené řešení se jedná. Stěžovatelka též nesouhlasí s výtkou krajského soudu, že cíle projektů neobsahují popis konkrétního postupu k dosažení výzkumného řešení. Takový požadavek neodpovídá povaze a smyslu výzkumně‑vývojové činnosti. Právě počáteční technická či výzkumná nejistota je totiž definičním znakem projektů výzkumu a vývoje ve smyslu § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. Na počátku projektu není známo, zda vůbec bude cíle dosaženo, natož jakým konkrétním způsobem.
[30] Žalovaný se ve svém vyjádření ke kasační stížnosti ztotožňuje s posouzením této otázky v napadeném rozsudku. Cíle projektů byly dle žalovaného stanoveny nekonkrétně, není z nich jasné, o co se usiluje, v čem se řešení liší od současného stavu, jaký má být požadovaný cílový stav a jaký bude jeho přínos, v projektech dále chybí i konkrétní popis nových podstatných vlastností, unikátního speciálního a originálního řešení. Ze stěžovatelkou popsaných cílů není možné ověřit, jaký byl aktuální stav v dané oblasti, důvod pro změnu tohoto stavu a potřeby nového řešení ani přesah běžné úrovně stávajícího stavu.
[31] Nejvyšší správní soud předně konstatuje, že relevantní právní úprava je poměrně stručná; § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů požaduje, aby daňový subjekt (zde stěžovatelka) vymezil cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení. Tento obecný požadavek dále upřesnila judikatura tohoto soudu (včetně rozsudku ve věci DEL), která je četná a ustálená. Její požadavky lze stručně shrnout tak, že písemný popis projektu musí obsahovat nejen dostatečně určité označení cíle, ale také prvek novosti, resp. prvek odstranění technické nejistoty, v čem se řešení liší od současného stavu a jaký bude jeho přínos. Daňový subjekt musí zejména dostatečně konkrétně popsat výchozí stav a zamýšlený cíl, aby bylo možno posléze posoudit, zda se skutečně jednalo o výzkumnou činnost. Vymezení cíle projektu nekonkrétním textem tak, aby pod takový cíl bylo možné zařadit neomezené množství budoucích zakázek, nelze považovat za průkazné a reálně vyhodnotitelné (viz odst. 38 rozsudku ve věci DEL a v něm odkazovanou judikaturu).
[32] Pro posouzení nynější otázky je vhodné plně rekapitulovat vymezení cílů v dotčených čtyřech projektech. K tomu kasační soud dodává, že krajský soud tak v napadeném rozsudku neučinil a odkázal pouze na zprávu o daňové kontrole. To samo o sobě není vadou, nicméně pokud je daňovými orgány vytýkán hrubý nedostatek vymezení cílů, jenž (zejména) vedl k odepření daňové výhody stěžovatelce, byla by vhodnější rekapitulace konkrétního textu projektu v napadeném rozsudku spolu s konkrétním vyjádřením krajského soudu, proč dané pasáže jsou či nejsou dostatečné.
[33] Cílem Projektu 1 je vývoj zařízení, které by monitorovalo požadovaný počet výrobních technologií a informace takto získané by zobrazovalo prostřednictvím velkoplošné informační tabule v přehledných sekcích s podáním informace, v jakém stavu se výrobní technologie nachází. Tímto projektem by dle stěžovatelky mělo dojít k odstranění neefektivního stavu, kdy vedení podniku obcházelo výrobní stanoviště a skutečný stav rozpracovanosti zjišťovalo až ze zpráv na konci směny.
[34] Cílem Projektu 2 bylo vyvinout komplexní technologii pro výrobu zakázkové směsi určené pro výrobce krmiv, přičemž byl kladen důraz na kompaktní konstrukční řešení s malou prostorovou náročností a současně na maximální přesnost dávkování a míchání směsi. Vývojové úsilí stěžovatelky směřovalo k tomu, aby bylo možné nastavit přesný poměr míchání s maximální eliminací lidských chyb, a to prostřednictvím inovovaného řídicího systému a ergonomicky optimalizovaného ovládání.
[35] Cílem Projektu 3 je vývoj kompletního silového a řídícího systému pro linku na výrobu krmiv pro psy a kočky, který bude automaticky míchat a připravovat homogenní směs pro další zpracování. Na počátku projektu budou stanoveny hlavní proměnné, na základě kterých budou vyvíjeny příslušné rozvaděče. Zařízení bude ovládáno pomocí PC z hlavního velínu provozu, kdy bude veškerá evidence procesu probíhat přes SQL včetně samotné možnosti sledování jednotlivých kroků.
[36] Cílem Projektu 4 je vyvinout zařízení, které bude schopné při svém provozu včas odhalit poškození síta mlýnu využívaného na lince pro výrobu granulí. Zařízení bude umístěno ve svodce za šrotovníkem v rámci výrobní linky a bude pracovat cyklicky, přičemž každé dvě minuty bude zařízení odebírat vzorek směsi, který přeseje přes vnitřní síto a kamerovým senzorem určí, zda na sítě zůstaly větší částečky směsi, než připouští technologický postup. Cílem projektu je zajistit tvorbu homogenní směsi pro výrobu granulí, odstranit částice, které mohou ovlivnit průchodnost extrudéru, a tím ohrozit či zpomalit výrobní proces.
[37] Nejvyšší správní soud vedle výše uvedené rekapitulace považuje za vhodné též zopakovat, jak byly vymezeny cíle (tehdy jediného relevantního projektu) v rozsudku ve věci DEL: projekt byl nazván „Robotizovaná svařovací pracoviště“ a jeho cíle byly vymezeny takto:
„1) Dosáhnout vysoké kvality svařovaných spojů současně s vysokou přesností ustavení dílů; 2) Dosažení vysoké produktivity práce s minimální obsluhou; 3) Zajištění požadované stability a opakovatelnosti svařovacího procesu; 4) Splnění nároků na bezpečnost a hygienu práce“. V Projektu byly dále definovány ocenitelné prvky novosti jako „Vyvinutí algoritmu postupu práce svařovaných pracovišť, kde musí být brány v úvahu tyto faktory: 1) Vyřešení způsobu upínání svařovaných dílů, 2) pořadí upínání dílů, 3) Přístupnost hořáku svařovacího robota, 4) Dosah svařovacích robotů“. Projekt také v položce „vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty“ uvedl: „1) Volba koncepce pracoviště, 2) Dosažení požadovaných výrobních časů, 3) Dosažení požadovaného tolerančního pole“ (odst. 39 rozsudku ve věci DEL).
[38] Nejvyšší správní soud sice tehdy připustil, že cíle jsou vymezeny heslovitě, nicméně právě v tomto kontextu uvedl, že „stručnost definice cílů nemůže být sama o sobě překážkou pro uznání odčitatelné položky na podpory výzkumu a vývoje. Vždy je nezbytné posoudit, zdali i heslovité cíle projektu v sobě zahrnují konkrétní výzkumné či vývojové prvky, jichž má projekt dosáhnout. Povinností daňových orgánů je při finálním zhodnocení ověřit, zda lze projekty daňového subjektu považovat za projekty výzkumu a vývoje ve smyslu zákona o daních z příjmů, náležitě zjistit veškeré skutkové okolnosti a posoudit veškeré aspekty zpochybněných projektů“.
[39] Nejvyšší správní soud nyní přisvědčuje stěžovatelce, že cíle jejích dotčených čtyř projektů jsou popsány podrobněji a konkrétněji než v judikované věci. Z vymezení nynějších projektů je i pro laika patrný nejen konkrétní cíl, prvek novosti, ale také určité postupy, které ke splnění cíle vedou. Kasační soud se též ztotožňuje se stěžovatelkou, že na popis stávajícího stavu nelze klást přemrštěné a formální požadavky: jestliže například stěžovatelka usiluje o vývoj „mikrováhy premix“ (Projekt 2), je zřejmé (argumentem a contrario), že takové zařízení neexistovalo a že dosavadní výrobní procesy využívaly jiných, méně efektivních technologií. Pokud popis projektu hovoří o „snížení dopadu lidského faktoru“, je zřejmé, že dosavadní stav vyžadoval vysoký podíl lidské (tj. nikoli automatizované) práce apod.
[40] Nelze též požadovat po stěžovatelce kasuistický popis konkrétního postupu k dosažení výzkumného řešení. S nadsázkou lze k tomu říci, že pokud by takový popis stěžovatelka měla k dispozici, výzkumný úkol by ztratil smysl, protože by již bylo předem známo, jak lze k jeho řešení úspěšně dospět. Významný element nejistoty zde musí vždy existovat, ostatně jako v každém výzkumu. Z toho pak plyne, že cíle projektu sice nemají být příliš obecné až nicneříkající, ale současně nemohou být na druhé straně tak konkrétní, jako kdyby byl výzkumný úkol již splněn a jeho řešení bylo předem k dispozici.
[41] Stejně má kasační soud opačný názor než krajský soud na popis aktuálního stavu lidského poznání. Tento požadavek nemůže znamenat, že daňový subjekt (zde stěžovatelka) bude věnovat mnoho stránek podrobného, ba i laikovi přístupného, rozboru toho, co už v daném oboru může být notorietou. Ad absurdum lze říci, že daňové subjekty nejsou povinny psát pro daňové orgány (a správní soudy) učebnice pro začátečníky, které do detailu popíšou aktuální stav lidského poznání v daném oboru.
[42] Nejvyšší správní soud tedy shrnuje, že tato kasační námitka je důvodná, neboť stěžovatelka dostatečným (byť jistě nikoli perfektním) způsobem vymezila cíle projektů u relevantních čtyř projektů. Popis stěžovatelky je dokonce podrobnější než ve věci DEL, takže i pro nynější věc se uplatní závěry kasačního soudu v rozsudku ve věci DEL o nutnosti hledat i ve stručných (heslovitých) popisech projektu racionální jádro.
IVd. Způsob kontroly a hodnocení projektů
[43] Stěžovatelka polemizuje se závěrem krajského soudu, že v projektech vymezený způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků je nedostatečný. Nejprve však vyjadřuje nesouhlas s tím, že krajský soud neshledal procesní vadu v postupu správce daně, který stěžovatelku nevyzval k odstranění pochybností a nevylíčil svoje důvodné pochybnosti o prokázání splnění této podmínky [§ 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů].
[44] Dle stěžovatelky správce daně nepostupoval v souladu se zákonem, neboť ve Výzvě k prokázání skutečností ze dne 10. 2. 2022, č. j. 158544/22/2602‑60561‑500935 (dále jen ,,Výzva“), neformuloval své konkrétní pochybnosti ohledně splnění formálních požadavků a nevyzval stěžovatelku k předložení důkazních prostředků prokazující splnění zákonného požadavku na projektovou dokumentaci dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů.
[45] Stěžovatelka má za to, že správce daně neunesl své důkazní břemeno ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu, neboť neprokázal skutečnosti vyvracející věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost důkazních prostředků uplatněných stěžovatelkou, přičemž tento postup dle stěžovatelky představuje procesní vadu, která měla vliv na zákonnost rozhodnutí žalovaného.
[46] Podle názoru stěžovatelky výzva k prokázání skutečností není samoúčelná, neboť prostřednictvím ní správce daně vymezuje okruh svých pochybností, se kterými se daňový subjekt následně může seznámit a případně je vyvrátit. Jestliže je účelem výzvy k prokázání skutečností ze strany daňového subjektu tyto skutečnosti prokázat, je zřejmé, že s nimi musí být daňový subjekt nejprve seznámen. Stěžovatelka dále odkazuje na rozsudek Nejvyššího správního soudu, ze kterého plyne, že nepřesnou formulaci ve výzvě nemůže správce daně následně zhojit jinými úkony (rozsudek ze dne 6. 12. 2022, č. j. 6 Afs 156/2020 ‑ 57).
[47] Žalovaný se ve svém vyjádření ztotožňuje s posouzením této otázky v napadeném rozsudku. Dle žalovaného neuvedení konkrétních pochybností ve Výzvě týkající se (ne)splnění požadavků dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmu nepředstavuje vadu, která by mohla mít vliv na zákonnost rozhodnutí správce daně. Žalovaný shodně s krajským soudem odkázal na Sdělení o dosavadním výsledku kontrolního zjištění ze dne 31. 3. 2023, č. j. 448946/23/2602‑60561‑507653 (dále jen ,,Sdělení“) (krajský soud uvádí v napadeném rozsudku chybné datum 3. 4. 2023 – dokument je skutečně datován k datu 31. 3. 2023 – pozn. NSS), s argumentací, že výše popsaná procesní vada nemůže mít vliv na zákonnost rozhodnutí, neboť stěžovatelka měla možnost se s podrobným hodnocením nedostatků náležitostí projektů seznámit a předložit další důkazní prostředky i po Výzvě.
[48] Nejvyšší správní soud přisvědčuje námitce stěžovatelky, že porušení § 92 odst. 4 ve spojení s § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu představuje procesní vadu, která má za následek nezákonnost rozhodnutí daňových orgánů.
[49] Dle § 92 odst. 4 daňového řádu pokud to vyžaduje průběh řízení, může správce daně vyzvat daňový subjekt k prokázání skutečností potřebných pro správné stanovení daně, a to za předpokladu, že potřebné informace nelze získat z vlastní úřední evidence.
[50] Dle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu platí, že správce daně prokazuje skutečnosti vyvracející věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost povinných evidencí, účetních záznamů, jakož i jiných záznamů, listin a dalších důkazních prostředků uplatněných daňovým subjektem.
[51] V prvé řadě Nejvyšší správní soud považuje za vhodné citovat Výzvu správce daně ve vztahu ke splnění požadavků plynoucích z § 34c odst. 1 písm. f): „Součástí splnění formálních náležitostí projektu je prokázání skutečností, že v průběhu prací na jednotlivých projektech v kontrolovaném zdaňovacím období jím deklarované kroky fakticky probíhaly v souladu s předloženými dokumenty vyhotovenými před zahájením řešení projektu. […] Správce daně k posouzení dodržení ustanovení § 34 odst. 4 a § 34a až § 34e zákona o daních z příjmů ze strany daňového subjektu doposud nedisponuje žádným důkazním prostředkem skutečně realizované experimentální, teoretické, projekční či konstruktérské práce, které daňový subjekt v rámci projektů v kontrolovaném zdaňovacím období vytvářel. Ze strany daňového subjektu nebyly předloženy žádné výpočty, záznamy o provedených testech, kontrolní protokoly, receptury, návrhy technologií či prototypy produktů s konkrétní návazností na dané cíle projektů. Správce daně z uvedeného důvodu proto vyzval daňový subjekt tak, jak je uvedeno ve výroku výzvy“.
[52] Úkolem správce daně je, aby ve výzvě k prokázání skutečností podle § 92 odst. 4 daňového řádu dostatečně určitě a srozumitelně formuloval své pochybnosti. Formulování konkrétních pochybností správce daně je nezbytné k aktivaci důkazního břemene na straně daňového subjektu. Je logické, že má‑li daňový subjekt prokazovat skutečnosti k výzvě správce daně, musí se jednat o výzvu, která obsahuje jasné, srozumitelné a splnitelné požadavky kladené daňovému subjektu k prokázání. Taková výzva proto musí obsahovat sdělení konkrétních pochybností o správnosti, pravdivosti nebo úplnosti podaného daňového přiznání a musí z ní plynout, které konkrétně vyslovené pochybnosti má daňový subjekt vysvětlit nebo vyvrátit (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 6. 12. 2022, č. j. 6 Afs 156/2020 ‑ 57).
[53] Judikatura Nejvyššího správního soudu připouští, že neurčitost či nedostatečné vymezení pochybností ve výzvě správce daně k prokázání skutečností nemusí mít bez dalšího za následek nezákonnost rozhodnutí správce daně, pokud daňový subjekt na výzvu věcně reagoval, aniž by jakkoli vyjádřil nejistotou či nepochopení, z důvodu jakých pochybností byla tato výzva vydána (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 12. 2021, č. j. 3 Afs 93/2020 ‑ 42). O takovou situaci se však v nyní projednávané věci nejedná.
[54] Výzva byla ve vztahu k nedodržení požadavků plynoucích z § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmu formulována obecně, stěžovatelka proto nemohla z této výzvy rozpoznat, zda‑li správce daně vůbec má nějaké pochybnosti o nesplnění konkrétního zákonného požadavku (tj. vymezený způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu). Stěžovatelka na Výzvu obsáhle reagovala, ve svém vyjádření se postupně vypořádala s jednotlivými pochybnostmi správce daně, tyto se však týkaly především (ne)splnění podmínek dle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů (nikoli § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmu). Nejvyšší správní soud má za to, že za této situace nelze po stěžovatelce spravedlivě požadovat, aby se vyjadřovala i k takovým skutečnostem, které správce daně ve Výzvě nekonkretizoval. Nejvyšší správní soud proto nesouhlasí se závěrem krajského soudu, že v daném případě došlo ke zhojení této vady. Tato vada naopak zhojena nebyla a má vliv na nezákonnost rozhodnutí správce daně.
[55] Stěžovatelka dále nesouhlasí se závěrem krajského soudu, že nebyly splněny zákonné požadavky na vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení všech projektů ve smyslu § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Má za to, že způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu je v dokumentaci obsažen a dostatečně specifikován. Dle stěžovatelky je zcela evidentní, že kontrolováno a hodnoceno bude průběžné dosahované řešení získané při realizaci projektů, a to ve vazbě na vymezené zadání plynoucí z cíle projektů. Stěžovatelka proto nesouhlasí se závěrem krajského soudu, že z vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu není zřejmé, co bude kontrolováno a hodnoceno, nebo že absentuje vazba na vytyčené cíle projektů. Stěžovatelka se dále domnívá, že žalovaný rozšířil dotčené ustanovení zákona o daních z příjmů nad rámec tohoto zákona, přičemž tímto porušil zásadu in dubio pro mitius, resp. in dubio pro libertate.
[56] Žalovaný ve svém vyjádření ke kasační stížnosti souhlasí se závěrem krajského soudu, že způsob kontroly a hodnocení postupu řešení nebyl v projektech vymezen dostatečně konkrétně. Dle žalovaného jsou ve všech projektech totožné obecné informace týkající se způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektů a dosažených výsledků spolu s plánovaným harmonogramem zahrnujícím název etapy a dobu trvání etapy. Žalovaný má za to, že ani z interní směrnice Projekty výzkumu a vývoje – identifikace činností, dokumentace projektů a nákladů na ně vynaložených Barsys s. r. o., schválené dne 2. 1. 2017 (dále jen „Směrnice“) není možné ověřit, zda kontrola podle daného plánu skutečně proběhla. K námitce stěžovatelky o existenci přímé souvislosti mezi popisem kontrol a jejich faktickým prováděním žalovaný ve shodě s krajským soudem uvádí, že se otázkou faktické realizace kontrol nezabýval, neboť s ohledem na zjištěné nesplnění formálního požadavku dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů považoval takové posouzení za nadbytečné.
[57] Žalovaný dále uvádí, že ani námitka založená na zásadách in dubio pro mitius není důvodná. Tyto zásady se uplatní pouze tehdy, existuje‑li více rovnocenných a vzájemně konkurujících výkladů právní normy; v nyní posuzované věci však taková situace dle žalovaného nenastala. Žalovaný souhlasí se závěrem krajského soudu, že nedošlo k porušení čl. 11 odst. 5 Listiny základních práv a svobod, neboť žalovaný nevyložil ustanovení § 34c odst.1 písm. f) zákona o daních z příjmů způsobem, který by rozšířil formální požadavky nad rámec tohoto zákona.
[58] Při posouzení důvodnosti této námitky vyšel Nejvyšší správní soud z dikce § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů, podle kterého projektová dokumentace obsahuje způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků prováděných ode dne podání oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje.
[59] Stěžovatelka v projektové dokumentaci všech pěti posuzovaných projektů uvedla shodný způsob kontroly a hodnocení postupu řešení a dosažených výsledků: „Společnost Barsys s. r. o. postupuje v oblasti vývoje nových produktů, postupů a technologií plánovaným postupem. Činnost společnosti v oblasti VaV jsou vytvářeny v ohraničených projektech s dokumentační podporou a výsledky výzkumu a vývoje jsou průběžně vyhodnocovány. Způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků se bude řídit interní směrnicí Projekty výzkumu a vývoje – identifikace činností, dokumentace projektů a nákladů na ně vynaložených Barsys s. r. o.“ Zároveň u každého projektu stěžovatelka uvedla plánovaný harmonogram, jednotlivé etapy řešení projektů a předpokládanou dobu trvání.
[60] Odkazovaná Směrnice obsahuje stručný popis kontroly činnosti: „a) Kontrola realizovaných činností v rámci Projektu VaV probíhá průběžně; b) O kontrole je vyhotoven dvakrát ročně písemný protokol, Zpráva o průběhu projektu, kterým je potvrzen stav probíhajících činností v rámci Projektu VaV. Kontrolu provádí Pavel Bár – jednatel; c) Vzor Zpráva o průběhu Projektu VaV je přílohou č. 2 této Směrnice; d) Osoba odpovědná za kontrolu prezentuje výsledky kontroly vedení společnosti.“
[61] Nejvyšší správní soud konstatuje, že způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektů je formulován poměrně stručně. Sama tato stručnost však bez dalšího neznamená nesplnění požadavku § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Judikatura zdejšího soudu sice vyžaduje, aby z projektové dokumentace bylo konkrétně seznatelné, jak bude projekt kontrolován a podle jakých hledisek bude hodnocena jeho úspěšnost, nepožaduje však nutně exaktní, technicky rozvedený či nadměrně formalizovaný kontrolní mechanismus. Za dostačující proto může být i stručněji vyjádřený systém kontroly, jestliže je z něj patrno, kdo a kdy kontrolu provádí, zda je správce daně schopen ověřit, zda kontrola podle plánu skutečně proběhla a za jakých podmínek budou projekty považovány za úspěšné, a to zejména v případě, kdy jsou cíle projektu popsány detailněji jako v posuzovaném případě. Jestliže kontrola navíc v praxi skutečně probíhala a výsledky projektu byly průběžně předkládány jednateli společnosti k vyhodnocení a rozhodnutí o dalším postupu, nelze bez dalšího dovozovat, že takový mechanismus neobstojí jen proto, že není popsán složitě či víceúrovňově; to platí tím spíše u menších obchodních korporací s jednodušší organizační strukturou.
[62] V každém případě je však nutné zdůraznit, že v této otázce byl postup správce daně zatížen procesní vadou (nekonkrétností Výzvy, jak vysvětleno výše), takže otázku nyní nelze definitivně zodpovědět pro nedostatečné zjištění skutkového stavu daňovými orgány.
[63] Nejvyšší správní soud z výše uvedených důvodů shledal i tuto kasační námitku stěžovatelky za důvodnou.
[64] K zásadě in dubio pro mitius nadto kasační soud uvádí, že v daném případě nemohlo dojít k porušení této zásady, neboť, jak uvedl správně krajský soud v odst. 66, tato zásada se uplatní pouze v případě existence vícera (srovnatelně přesvědčivých a vzájemně si konkurujících) způsobů výkladu rozhodných ustanovení zákona.
IVe. Rozpornost závěrů v rozhodnutí žalovaného
[65] Stěžovatelka dále v kasační stížnosti namítá, že krajský soud nesprávně uzavřel, že na nyní projednávanou věc nedopadají závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 12. 2022, č. j. 5 Afs 269/2021 ‑ 55. V kasační stížnosti zdůrazňuje, že žalovaný neopřel své rozhodnutí pouze o jediný důvod, nýbrž o více dílčích závěrů. Vedle výhrad vůči splnění formálních podmínek projektů výzkumu a vývoje se žalovaný současně zabýval i hodnocením evidence nákladů vynaložených na Projekt 3 [§ 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů], což s ohledem na vyslovené nesplnění formálních požadavků dle stěžovatelky neměl. Stěžovatelka má za to, že z citované judikatury Nejvyššího správního soudu lze dovodit závěr, že ve chvíli, kdy se žalovaný zabýval evidencí nákladů vynaložených na Projekt 3, nemohou již následně vznikat pochybnosti o splnění formálních a materiálních náležitostí. Stěžovatelka považuje rozhodnutí žalovaného za vnitřně rozporné, a tudíž za nezákonné, neboť žalovaný vyslovil ve vztahu k Projektu č. 3 nedodržení podmínek dle § 34c odst. 1 písm. c), f) a zároveň dle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů.
[66] Žalovaný ve svém vyjádření ke kasační stížnosti souhlasí se závěry krajského soudu. Uvedl, že v posuzované věci primárně shledal nesplnění formálních náležitostí projektu dle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, přičemž u jednoho z projektů pouze podpůrně konstatoval též nesplnění požadavku na vedení oddělené evidence nákladů dle § 34b odst. 1 písm. c) téhož zákona. Podle žalovaného by o vnitřní rozpornost rozhodnutí mohlo jít jen tehdy, pokud by jednotlivé závěry stály ve vzájemném protikladu do té míry, že by přijetí jednoho vylučovalo správnost druhého, což v daném případě nenastalo. Zdůraznil, že nárok na odpočet na výzkum a vývoj je podmíněn kumulativním splněním všech zákonných požadavků, tedy jak formálních náležitostí projektu, tak vedení oddělené evidence nákladů, včetně prokázání takto uplatněných výdajů a v neposlední řadě splnění věcných kritérií. Závěry o nenaplnění formálních podmínek projektu a zároveň o nesplnění podmínky vedení oddělené evidence se nevylučují. Dle žalovaného ze zákona ani ze stěžovatelkou namítané judikatury nelze vyvodit, že samotné posuzování evidence nákladů znamená, že již nemohou existovat pochybnosti o splnění formálních požadavků na projekt výzkumu a vývoje.
[67] Nejvyšší správní soud nepovažuje rozhodnutí žalovaného za vnitřně rozporné. Naopak souhlasí se závěrem krajského soudu, že vyslovení nesplnění formálních požadavků dle § 34c odst. 1 písm. c), f) zákona o daních z příjmů za současného, byť chybného, konstatování nesplnění podmínky vedení oddělené evidence nákladu dle § 34b odst. 1 písm. c) tohoto zákona nezakládá vnitřní rozpor, který by měl za následek nesrozumitelnost, resp. nepřezkoumatelnost rozhodnutí žalovaného. Nejvyšší správní soud dodává, že krajský soud správně s odkazem na judikaturu Nejvyššího správního soudu dospěl k závěru, že správce daně a následně žalovaný fakticky posuzovali, zda stěžovatelka unesla důkazní břemeno ohledně prokázání vázanosti jednotlivých výdajů na konkrétní projekty, nikoliv zda evidence výdajů vynaložených na projekty byla oddělená (odst. 75 rozsudku krajského soudu). Nejvyšší správní soud nadto uvádí, že by bylo sice logické, aby se daňové orgány nejprve zabývaly splněním formálních podmínek a teprve poté, jsou‑li tyto podmínky splněny, otázkami materiálními. Pokud však daňové orgány vedle sebe vyjádří úvahy k více zákonným podmínkám nároku na odpočet a jejich závěry jsou jinak srozumitelné, zřetelné a přezkoumatelné, nelze v tom bez dalšího spatřovat vadu odůvodnění rozhodnutí, tedy jeho vnitřní rozpornost. Jde nanejvýš o určitou dílčí, nevýznamnou nekonzistentnost v uspořádání argumentace.
IVf. Evidence nákladů na Projekt 3
[68] Stěžovatelka má za to, že absence konkrétních pochybností ve Výzvě ohledně osobních výdajů na Projekt 3 představuje procesní vadu, která má vliv na zákonnost rozhodnutí. Opakovaně proto nesouhlasí se závěrem krajského soudu, že toto pochybení může být zhojeno dalšími úkony daňových orgánů v průběhu řízení, přičemž odkázala na svou argumentaci uvedenou ke kasační námitce, rekapitulované v části Vd. Způsob kontroly a hodnocení projektů výše. Stěžovatelka shrnuje, že přestože krajský soud shledal žalobní námitku stěžovatelky týkající se neporušení § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů za důvodnou, měl napadené rozhodnutí zrušit, neboť nebyly porušeny ani další náležitosti projektů zmiňované v napadeném rozhodnutí.
[69] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti uvádí, že krajský soud považoval za rozhodné zjištění o nesplnění formálních náležitostí projektu výzkumu a vývoje dle § 34c odst. 1 písm. c) a f) zákona o daních z příjmů, a proto žalobu zamítl. Zdůrazňuje, že nesplnění byť jediné z těchto náležitostí vylučuje možnost uplatnění odpočtu, aniž by bylo třeba zabývat se splněním dalších podmínek. I tuto námitku stěžovatelky proto považuje za nedůvodnou.
[70] Nejvyšší správní soud konstatuje, že tato námitka nepolemizuje s podstatou vypořádání žalobní námitky krajským soudem ohledně splnění požadavků na vedení oddělené evidence výdajů vynaložených na Projekt 3 podle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, kterou krajský soud shledal důvodnou. Rozhodnutí žalovaného nicméně ve vztahu k Projektu 3 krajský soud nezrušil, neboť rozhodnutí správce daně a žalovaného by podle jinde obsaženého závěru v napadeném rozsudku obstálo již pro nenaplnění dalších zákonných požadavků (s těmito závěry krajského soudu se však Nejvyšší správní neztotožnil z důvodů uvedených výše).
IVg. Znalecký posudek
[71] Stěžovatelka konečně nesouhlasí se závěrem krajského soudu, že v situaci, kdy daňové orgány nehodnotí splnění materiálních podmínek pro uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje, není pochybením, nebyl‑li v daňovém řízení ustanoven znalec a vyžádán znalecký posudek. Dle jejího názoru je § 95 odst. 1 písm. a) daňového řádu nutno vykládat tak, že jsou‑li splněny zákonné podmínky, správce daně musí znalce ustanovit. V projednávané věci přitom správce daně posuzoval otázky vyžadující technické a odborné znalosti přesahující rámec běžné úřední činnosti. Již samotné posouzení, zda vymezené cíle projektů výzkumu a vývoje splňují formální náležitosti podle § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, dle stěžovatelky předpokládá znalost daného oboru a schopnost vyhodnotit, zda cíle projektů jsou reálně dosažitelné a způsobilé přinést ocenitelný prvek novosti či řešit technickou nejistotu. Za této situace měl správce daně podle stěžovatelky povinnost opatřit si odborný podklad v podobě znaleckého posudku, který by umožnil komplexně posoudit, zda z vymezených cílů projektů lze dovodit naplnění zákonných požadavků.
[72] Stěžovatelka dále odmítá závěr krajského soudu, že cíle projektů musejí být formulovány tak, aby jim „porozuměl i laik“. Takový požadavek je dle stěžovatelky v rozporu se smyslem a účelem právní úpravy daňové podpory výzkumu a vývoje a judikaturou Nejvyššího správního soudu. Podle stěžovatelky nelze nahrazovat odborné posouzení požadavkem na laické vysvětlení cílů projektů, neboť tím dochází k nepřípustnému přenesení odpovědnosti za odborné hodnocení na daňový subjekt. Z těchto důvodů uzavírá, že neustanovení znalce vedlo k porušení zákona a nezákonnosti napadeného rozhodnutí i rozsudku krajského soudu.
[73] Žalovaný ve svém vyjádření ke kasační stížnosti plně souhlasí s krajským soudem, přičemž ve svém vyjádření zopakoval závěry, které krajský soud dovodil z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 11. 2022, č. j. 6 Afs 161/2021 ‑ 57.
[74] K této kasační námitce Nejvyšší správní soud předně připomíná svou ustálenou judikaturu, dle níž daňové orgány nejsou při posuzování splnění formálních náležitostí projektů výzkumu a vývoje vždy povinny ustanovit znalce. Tato povinnost nastupuje zejména tehdy, posuzují‑li daňové orgány jednotlivé projekty z hlediska naplnění materiálních požadavků (viz např. rozsudek ze dne 19. 4. 2024, č. j. 3 Afs 62/2022 – 105) O takový případ se však v nyní projednávané věci v zásadě nejednalo, neboť, jak správně uvedl krajský soud, žalovaný nezaložil své závěry na neporozumění technické stránce činnosti stěžovatelky, nýbrž na tom, že z předložených projektů nebylo zřejmé, jaké konkrétní cíle mají být jejich prostřednictvím splněny.
[75] V posuzované věci daňové orgány posuzovaly především splnění formálních podmínek, proto znalce ustanovit nemusely.
[76] Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že napadený rozsudek je nezákonný, a proto jej zrušil dle § 110 odst. 1, věty první s. ř. s. (výrok I. tohoto rozsudku). Věc však krajskému soudu nevrátil k dalšímu řízení, jelikož současně rozhodl o zrušení rozhodnutí žalovaného dle § 110 odst. 2 písm. a) s. ř. s. a dle § 78 odst. 4 s. ř. s., ve znění účinném do 31. 12. 2025, a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení (výrok II. tohoto rozsudku). Dle § 78 odst. 5 s. ř. s., ve spojení s § 110 odst. 2 písm. a) s. ř. s., ve znění účinném do 31. 12. 2025, je žalovaný v dalším řízení vázán právním názorem Nejvyššího správního soudu vysloveným v odůvodnění tohoto rozsudku.
[77] V případě, že Nejvyšší správní soud ruší rozsudek krajského soudu a současně ruší i rozhodnutí správního orgánu, je povinen rozhodnout kromě nákladů řízení o kasační stížnosti i o nákladech řízení, které předcházelo zrušenému rozhodnutí krajského soudu (§ 110 odst. 3, věta druhá s. ř. s.). Náklady řízení o žalobě a náklady řízení o kasační stížnosti tvoří v tomto případě jeden celek a Nejvyšší správní soud rozhodne o jejich náhradě jediným výrokem vycházejícím z § 60 s. ř. s. (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 11. 2008, č. j. 1 As 61/2008 – 98).
[78] Stěžovatelka byla ve věci úspěšná, náleží jí tak dle § 60 odst. 1 s. ř. s., ve spojení s § 120 s. ř. s. náhrada nákladů řízení vůči žalovanému, který úspěšný nebyl.
[79] Důvodně vynaložené náklady v řízení o žalobě a řízení o kasační stížnosti tvoří zaplacený soudní poplatek za žalobu ve výši 3 000 Kč, za kasační stížnost ve výši 5 000 Kč a dále odměna za zastupování advokátem. Ta byla v řízení před krajským soudem určena podle § 11 odst. 1 písm. a) a písm. d) vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif), ve spojení s § 7 bodem 5 a § 9 odst. 4 písm. d) advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024, a to za tři úkony právní služby po 3 100 Kč (převzetí a příprava zastoupení, sepsání žaloby a sepsání repliky k vyjádření žalovaného), tedy v celkové výši 9 300 Kč. Náhrada hotových výdajů (režijní paušál) činí podle § 13 odst. 4 advokátního tarifu, ve znění účinném do 31. 12. 2024, částku 300 Kč za každý ze tří úkonů právní služby, tedy celkem 900 Kč.
[80] Odměna za zastupování advokátem v řízení o kasační stížnosti byla určena podle § 11 odst. 1 písm. d), ve spojení s § 7 bodem 6 a § 10b odst. 5 písm. a) advokátního tarifu, a to za jeden úkon právní služby po 9 940 Kč (sepsání kasační stížnosti), spolu s náhradou hotových výdajů za tento úkon v celkové výši 450 Kč (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu). Nejvyšší správní soud odměnu nepřiznal za repliku k vyjádření žalovaného, v níž stěžovatelka pouze setrvala na žalobní a kasační argumentaci; nejednalo se tedy o účelně vynaložené úkony právní služby, za které by odměna náležela. Odměna advokátovi za zastupování v řízení o žalobě a v řízení o kasační stížnosti tak činí 20 590 Kč.
[81] Protože je zástupce stěžovatelky plátcem DPH (§ 14a advokátního tarifu), jeho odměna se podle § 57 odst. 2 s. ř. s. zvyšuje o 21 % z částky 20 590 Kč, tedy o 4 324 Kč (zaokrouhleno na celé koruny nahoru dle § 146 odst. 1 daňového řádu).
[82] Celkové důvodně vynaložené náklady stěžovatelky činí 32 914 Kč (8 000 Kč + 10 200 Kč + 10 390 Kč + 4 324 Kč). Proto Nejvyšší správní soud uložil procesně neúspěšnému žalovanému povinnost zaplatit tuto částku úspěšné stěžovatelce na náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti a o žalobě, a to k rukám jejího zástupce. Ke splnění této povinnosti stanovil Nejvyšší správní soud přiměřenou lhůtu třiceti dnů od právní moci tohoto rozsudku (výrok III. tohoto rozsudku).
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 29. června 2026
JUDr. Tomáš Rychlý
předseda senátu