[OBRÁZEK]ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Městský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedkyně JUDr. Ivanky Havlíkové a soudkyň Mgr. Ing. Silvie Svobodové a Mgr. Olgy Zimové v právní věci

žalobce:  Biology Park Brno a. s., IČO 416 02 706

se sídlem Bauerova 491/10, Brno

zastoupen Mgr. Radkem Pokorným, advokátem

se sídlem Klimentská 1216/46, Praha 1

proti

žalovanému:  Ministerstvo průmyslu a obchodu

se sídlem Na Františku 32, Praha 1

o žalobě proti rozhodnutí ministra průmyslu a obchodu ze dne 20. 5. 2025, č. j. MPO 46699/25/21500/01000

 takto: 

1. Žaloba se zamítá.

2. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů v řízení.

Odůvodnění:

Vymezení věci

1. Žalobce se podanou žalobou domáhal přezkoumání v záhlaví uvedeného rozhodnutí ministra průmyslu a obchodu (žalovaný) ve věci jeho námitek proti opatření podle ustanovení § 14e zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech (rozpočtová pravidla) ze dne 12. 12. 2024, č. j. MPO 112018/24/61100/61150 (Opatření), podaných žalobcem jako příjemcem dotace z Operačního programu podnikání a inovace pro konkurenceschopnost dne 26. 12. 2024 ve smyslu § 14e odst. 2 rozpočtových pravidel tak, že je opatření částečně oprávněné.
2. Z odůvodnění žalobou napadeného rozhodnutí vyplynulo, že žalobce jako příjemce dotace projektu č. CZ.01.1.02/0.0/0.0/20_365/0026241 (Projekt) podal dne 12. 3. 2024 žádost o platbu č. CZ.01.1.02/0.0/0.0/20_365/0026241/2024/001/POST (žádost o platbu), v níž požadoval k proplacení částku 138 430 857,87 Kč,.
3. Žádostí požadovanou částku poskytovatel dotace podle § 14e rozpočtových pravidel zkrátil Opatřením v plné výši z důvodu nedodržení podmínek poskytnutí dotace příjemcem dotace. Konkrétně porušení bodu 6.10.1 Rozhodnutí o poskytnutí dotace č. j. MPO 25906/22/61200/142, ve znění změnového rozhodnutí (RPD), kdy žalobce nedodržel nejzazší datum pro splnění indikátorů povinných k naplnění, které bylo stanoveno na den 31. 12. 2023. Žalobce sice požádal o prodloužení termínu realizace Projektu, ale tato žádost nebyla poskytovatelem schválena. Žalovaný popsal, co bylo předmětem daného bodu RPD a konstatoval, že z harmonogramu stavby aktualizovaném v Dodatku č. 4 k veřejné zakázce, který byl podepsán 29. 2. 2024 (Dodatek č. 4), z fotodokumentace stavby doložené k témuž datu a ze stavebního deníku doloženému dne 11. 3. 2024 vyplývá, že stavba nebyla dokončena. V rámci stavby nebyla dokončena například elektrotechnika, podlahy, většina izolací, dveří, rozvodů či vzduchotechniky. Příjemce nedokončil stavbu o užitné ploše 5 937, 58 m2, tudíž nesplnil indikátor 24100 povinný k naplnění (Indikátor), a nedokončil ani stavbu o menší rozloze, tedy byl Indikátor splněn z 0 %. Stavba ve stavu ke dni 31. 12. 2023 nemohla plnit účel dotace dle bodu č. 3. 1 RPD, není možné ji považovat za novou ani rozšířenou inovační infrastrukturu, protože v probíhající výstavbě v popsaném stavu nemohou být zasídleny firmy a provozovat zde svou činnost, a to ani v omezeném rozsahu, nelze zde umístit nové vybavení a realizovat na něm společné využívání technologií, proto bylo navrženo krácení v souladu s bodem 6. 10. 3 RPD ve výši 100 % (krácení 1., primární krácení).
4. Dále žalovaný uvedl, že v Opatření bylo navrženo krácení za další pochybení příjemce dotace, ale vzhledem k tomu, že se jednotlivé sankce nesčítají, tvoří součást celkového krácení pouze v případě, že je primární krácení shledáno neoprávněným. Konkrétně se jednalo o pochybení spočívající v porušení bodu č. 6.13.11 RPD tím, že žalobce nepředložil k prvnímu podání nebo v rámci opravy žádosti o platbu ani předávací protokol stavby, ani skutečné zaměření budovy, ani stavebník deník, ze kterých by bylo zřejmé, že dílo bylo dokončeno. Ze stavebního deníku a aktualizovaného harmonogramu stavby bylo naopak patrno, že stavba nebyla ke dni 31. 12. dokončena, a žalobce tedy těmito dokumenty nemohl disponovat. Proto bylo žalobci navrženo v souladu s bodem č. 6. 12. 7 RPD krácení dotace ve výši 100 % (krácení 2.).
5. Dále dle žalovaného žalobce jako příjemce dotace porušil bod 1.8 Pravidel způsobilosti a publicity – obecná část, č. j. PO 581381/21/61160/61100 ze dne 2. 8. 2021 (Pravidla), která jsou dle bodu č. 9.1 RPD jeho nedílnou přílohou. Plnění bylo uskutečněno až po datu ukončení Projektu, který byl stanoven ke dni 31. 12. 2023, což je patrné z vyúčtovacích faktur UC14 ze dne 29. 2. 2024 a předávacího protokolu k UC16 a UC17 ze dne 27. 2. 2024. Jedná se o nezpůsobilé výdaje, proto bylo navrženo krácení ve výši 100 % (krácení 3.).
6. Dále žalobce porušil bod č. 2.9. Pravidel, neboť k zálohové faktuře nedoložil fakturu vyúčtovací, ač byl k tomu povinen do data ukončení Projektu, tj. do 31. 12. 2023, ani nedoložil vrácení nevyúčtovaného zůstatku uhrazené zálohové faktury dle bodu č. 3.5 dodatku č. 3 veřejné zakázky VZ0001. Vyúčtování tak nelze považovat za dokončené, jedná se o nezpůsobilé výdaje a bylo navrženo krácení ve výši 100 % (krácení 4.).
7. Žalobce porušil také bod č. 46 písm. a), b) Pravidel pro výběr dodavatelů č. j. MPO 28196/22/61100 s účinností od 28. 3. 2023 (PVD), neboť umožnil ve výběrovém řízení (VŘ) č. 1 podstatnou změnu závazku ze smlouvy uzavřením dodatku č. 3 ze dne 21. 12. 2023 ke smlouvě o dílo ze dne 27. 3. 2023 (Dodatek č. 3). Předmětem Dodatku č. 3 byla změna platebních podmínek, konkrétně umožnění zálohové platby ve výši 101 740 788,16 Kč, čímž došlo ke změně ekonomické rovnováhy ve prospěch vítězného účastníka. Pokud by byla zálohová platba již součástí původních zadávacích podmínek, mohli by se do VŘ č. 1 přihlásit i jiní účastníci. V souladu s dokumentem D12_2_M_katekorizace sankcí za porušení postupu zadavatele zakázek č. j. MPO 81059/19/61010/61000 s platností od 24. 10. 2019 (Kategorizace sankcí/Sazebník), bod č. 20 – Podstatná změna smlouvy na plnění zakázky, bylo navrženo krácení dotace ve výši 25 % (krácení 5.).
8. Žalobce dále porušil bod č. 46 písm. b) PVD, kdy uzavřením Dodatku č. 4 došlo ve VŘ č. 1 k podstatné změně smlouvy, neboť se tím mění ekonomická rovnováha ve prospěch vítězného účastníka tím, že nově umožňuje oddělit materiál a práci u položek, které s rozdělením v rozpočtu nepočítaly, a vyúčtovat tak náklady za materiál již v okamžiku, kdy byl naskladněn, a ještě před tím, než byl použit na stavbě. Dle Kategorizace sankcí, bod č. 9, bylo žalobci navrženo krácení ve výši 25 % (krácení 6.).
9. Žalobce se dopustil i porušení bodu č. 46 písm. a) PVD uzavřením Dodatku č. 4, který v bodě 3.1 prodlužuje termín splnění zakázky. Došlo tak k podstatné změně smlouvy, jelikož pokud by tato skutečnost byla známa již v okamžiku pořádání výběrového řízení č. 1, mohla by vést k účasti dalších účastníků, proto bylo podle Kategorizace sankcí, bodu 20, navrženo krácení dotace ve výši 25 % (krácení 7.).
10. Proti tomuto Opatření podal žalobce námitky, v nichž namítal obdobně jako v žalobě, a se kterými se žalovaný vypořádal v odůvodnění svého rozhodnutí tak, že je shledal částečně oprávněnými. Korigoval ale pouze závěry Opatření k navrženému krácení 5., a to s ohledem na informaci vydanou Oddělení metodiky a právní podpory o možnosti využití zálohových plateb faktur z důvodu ukončování programového období pro OP PIK (Informace/Metodika), pročež žalovaný zrušil v tomto rozsahu odůvodnění Opatření týkající se krácení 5. za porušení bodu 46 písm. a), b) PVD ve výši 25 %. Zároveň žalovaný konstatoval, že zrušení odůvodnění Opatření za toto pochybení nemá finanční dopad.

Žaloba

11. Žalobce v žalobě popsal průběh řízení, skutkový stav a obdobně jako v námitkách brojil proti jednotlivým bodům krácení dotace.
12. Nad rámec námitek proti Opatření tvrdil, že ustanovení § 14e odst. 1 rozpočtových pravidel žalovanému jako poskytovateli dotace neukládá povinnost dotaci nevyplatit, nýbrž mu dává pouze možnost o případném nevyplacení dotace a rozsahu krácení rozhodnout, přičemž Opatření ani žalobou napadené rozhodnutí neobsahuje ani náznak odůvodnění, ze kterého by bylo patrné, z jakých důvodů žalovaný ke konkrétnímu krácení přistoupil a jakým způsobem údajné porušení povinností žalobce posuzoval a hodnotil. Žalovaný ale postupoval ryze formalisticky a s odkazem na porušení podmínky dotace, jak bylo uvedeno v Opatření, automaticky a bez dalšího dovodil následek v podobě krácení dotace v plné výši. Vůbec nezkoumal nakolik bylo konkrétní pochybení závažné a jaké dosáhlo intenzity, ani následky porušení povinnosti, případně zda byl zmařen účel dotace. Žalobcův Projekt byl přitom úspěšně a v souladu s podnikatelským záměrem a dotačními podmínkami realizován. Takový postup žalovaného odmítl Nejvyšší správní soud (NSS) např. v rozsudku č. j. 4 Afs 253/2020-34, z něho žalobce citoval.
13. Podle žalobce žalovaný zásadní porušení práv žalobce Opatřením nenapravil ani žalobou napadeným rozhodnutím. V obou rozhodnutích tak absentuje jakékoli správní uvážení. K tomu žalobce poukázal na odbornou literaturu a citoval z ní. Žalobce opětovně připomněl znění ustanovení § 14e odst. 1 rozpočtových pravidel a považoval za nevyhnutelné, aby správní orgán ke správnímu uvážení přistoupil a konkrétně a přesně popsal, jakým způsobem a z jakých důvodů rozhodl právě tak, jak rozhodl.
14. S poukazem na rozsudek NSS č. j. 4 Afs 344/2021-52, z něhož citoval, žalobce poukázal na to, že sice uplatnil námitky, avšak s ohledem na kompletní absenci správního uvážení v Opatření, nemohl řádně sporovat jeho závěry. Konstatoval, že navzdory řádně podané žádosti o prodloužení (žádost o prodloužení/o změnu) a opakovanému upozornění žalovaného na provázanost Projektu s projektem společnosti Smart Innovation Center, s. r. o. (Projekt SIC), který jeden bez druhého nebylo možné realizovat, nedošlo ze strany žalovaného do konce roku 2023 k posunu termínu pro dokončení projektu. O tom, že žádosti o prodloužení nebylo vyhověno byl navíc informován až více než 2 týdny poté, co termín pro ukončení Projektu uběhl.
15. Nápravu v tomto ohledu nepřineslo ani žalobou napadené rozhodnutí, které je tak zatíženo stejnou vadou jako Opatření. Žalovaný se k samotné závažnosti porušení a důvodnosti a přiměřenosti s ním spojeného krácení žádným způsobem nevyjádřil, ani správnímu orgánu, který Opatření vydal, nevytknul nedostatek odůvodnění spočívající mimo jiné právě ve zcela absentujícím správním uvážení. Sám žalovaný pak tento nedostatek žádným způsobem nezhojil.
16. Žalobce dále tvrdil, že žalovaný pouze částečně vypořádal některé jeho námitky a vůbec nereflektoval, že Opatření trpí zásadními vadami a z důvodu chybějícího správního uvážení je nepřezkoumatelné. Žalovaný nezohlednil ani specifika Projektu, nevzal v potaz, že v době, kdy bylo žalobcem na výzvu reagováno a kompletoval veškeré podklady k podání žádosti o dotaci, byl provoz správních orgánů značně omezen v důsledku nouzového stavu pro Covid-19, který podrobně popsal. Žalovaný přitom existenci těchto omezení a jejich dopad na možnost žalobce při přípravě Projektu nijak nereflektoval.
17. Žalovaný rovněž nezohlednil, že ačkoliv byl Projekt dokončen se zpožděním, k jeho dokončení došlo a účel Projektu byl naplněn. Projekt byl v celém rozsahu realizován, plní svůj účel, a tedy se nejedná o situaci, při které by mělo dojít k jakémukoli zneužití finančních prostředků.
18. Žalovaný nezohlednil ani, že žalobce na realizaci Projektu použil finanční zdroje, které mu měly být následně kompenzovány přiznanou dotací, a že tak měl legitimní očekávání, že mu bude přiznaná dotace vyplacena, čímž se dostal do komplikované finanční situace.
19. Žalovaný přitom zdůrazňoval nutnost zohlednění o individuálních skutkových okolností, když zdůvodňoval, proč v případě Projektu SIC postupoval odlišně od Projektu žalobce. Ani v tomto případě však žalovaný nezohlednil, že některé dokumenty byly v případě žalobce a Projektu SIC společné, neboť se projekty obou týkaly jedné budovy, bylo vedeno jedno územní řízení, jehož výsledkem bylo vydání jednoho územního rozhodnutí, bylo vydáno jedno stavební povolení a rovněž jedno kolaudační rozhodnutí. Žalovaný individuální skutkové okolnosti reflektoval jen do té míry, pokud vyhovoval jeho argumentaci, avšak v situaci, kdy byly individuální skutkové okolnosti ve prospěch žalobce, je do svého posouzení nezahrnul ani nezohlednil.
20. Žalobce dále tvrdil, že individuální okolnosti případu žalovaný nezohlednil ani při výši ukládané sankce, resp. v uplatněných kráceních. Tím zatížil své rozhodnutí vadou, pro které nemůže obstát, není možné je přezkoumat a musí být z důvodu nezákonnosti zrušeno. Tyto nedostatky tíží též Opatření. Žalobce proto považuje rozhodnutí žalovaného a Opatření za nepřezkoumatelná pro nedostatek odůvodnění spočívajících ve zcela absentujícím správním uvážení. K tomu žalobce poukázal na judikaturu NSS týkající se nepřezkoumatelnosti správních rozhodnutí, dále na § 2 odst. 4 správního řádu, a citoval z nich.
21. Žalobce dále brojil proti postupu žalovaného, který sice konstatoval porušení podmínek RPD a označil ustanovení, z něhož je patrná sankce navázaná na porušení dané povinnosti, ale neuvedl, jakým způsobem dospěl k závěru, že v daném případě, kdy mu § 14e odst. 1 rozpočtových pravidel umožňuje uvážit, zda vyplatí dotaci v plné výši nebo nikoli, zhodnotil, jaké krácení a v jakém rozsahu je v daném případě přiměřené a odůvodněné. V rozhodnutí o námitkách ani v Opatření není ani náznakem zmíněno, že účelu Projektu bylo dosaženo a že tento naplňuje veškeré požadavky, které naplnit měl. Tyto skutečnosti měl žalovaný posoudit, jak plyne z konstantní judikatury Nejvyššího správního soudu a Ústavního soudu, kterou žalobce označil a citoval z ní.
22. S odkazem na tuto judikaturu měl žalobce za to, že chybí-li v Opatření i žalobou napadeném rozhodnutí správní posouzení, a nebyla-li zohledněna skutečnost, že Projekt byl dokončen, plní svůj účel a finanční prostředky odpovídající přiznané dotaci byly využity na realizaci Projektu, tedy účelně a efektivně, došlo ze strany žalovaného zcela jednoznačně k porušení ústavně garantovaných práv žalobce. Situace, kterou se zabýval nález Ústavního soudu (Pl.ÚS 12/14) byla při tom obdobná situaci žalobce, kdy v tam posuzované věci rovněž došlo ke 100 % krácení dotace a poskytovatel dotace zcela pominul fázi správního uvážení.
23. Žalobce zdůraznil, že po skončení realizace Projektu žalovanému předložil relevantní podklady, že účel dotace byl naplněn a z jeho strany nedošlo ke zneužití dotace. Opakovaně upozornil, že Projekt nemohl být realizován dříve s ohledem na propojení s Projektem SIC, a že by vyplacením dotace v žádném případě nebyl popřen její smysl a účel. K tomu žalobce citoval z čl. 3. RPD, konkrétně bodu 3.1 a poukázal na kolaudační rozhodnutí ze dne 10. 10. 2024 s tím, že prostory po kolaudaci začaly sloužit, byly a jsou plně vybaveny, žalobce nájemcům poskytuje technologickou podporu. Od ledna 2025 byl spuštěn provoz vědeckotechnického parku žalobce a žalobce tak plní i po skončení realizace Projektu podmínky stanovené RPD. K tomu uvedl seznam nájemců prostor. Po skončení realizace Projektu je i nadále plněna povinná publicita vyplývající z RPD a Projekt označovaný jako „Smart park“ je aktuálně dostupný pro veřejnost a plní svůj účel, k čemuž odkázal na webovou stránku a citoval z ní. Projekt splnil i parametry pro akreditaci Společnosti vědeckotechnických parků ČR, byl zařazen do seznamu akreditovaných společností a patří mezi jeden ze šestnácti akreditovaných vědecko-technických parků a jeden ze dvou akreditovaných vědecko-technických parků v rámci Jihomoravského kraje. Žalovaný však uvedené skutečnosti nevzal v potaz, správní uvážení neproběhlo a výsledkem rozhodovací činnosti žalovaného je krácení dotace v rozsahu 100 %, čímž fakticky došlo ke stavu obdobnému jako by žalobci jednou přiznaná dotace byla odňata. Ačkoliv porušení žalobce ani zdaleka nedosahují intenzity těch nezávažnějších porušení, byla mu uložena ta nejpřísnější sankce, což žalobce považuje za jednoznačné porušení zásady přiměřenosti postihu v dotačním právu.
24. Dle žalobce žalovaný postupoval formalisticky a vedle výše uvedených opomenutí nezohlednil ani, že krácení 1., krácení 2., krácení 3. a krácení 4. mají totožný základ. Pokud žalovaný svůj postup zdůvodnil tím, že krácení 1. bylo následkem v podstatě jediné události, tj. nemožnosti realizovat Projekt ve lhůtě uvedené v RPD, nelze toto považovat za tak závažné porušení podmínek, jemuž by odpovídalo krácení v rozsahu 100 % přiznané dotace. Také krácení 2., krácení 3. a krácení 4. je  jednoznačně neadekvátní, neboť žalovaný již jednou žalobci sankci uložil. Uložení další sankce v podobě krácení 2. žalobce je opětovnou penalizací totožného porušení povinnosti, jako tomu bylo v případě krácení 1. Žalobce nesporoval, že k dokončení Projektu nedošlo do dne 31. 12. 2023, avšak za nedodržení tohoto termínu mu již byla uložena sankce v podobě krácení 1.
25. Také ve vztahu ke krácení 3. poukázal na to, že nebyl sto splnit požadavky bodu 1.8 přílohy RPD Pravidla způsobilosti a publicity-obecná část, tedy uskutečnit plnění do data ukončení Projektu, protože Projekt nebyl ukončen ale jeho realizace pokračovala dál a náklady vznikaly i po 31. 12. 2023. Krácení 3. je proto opětovnou penalizací totožného porušení povinnosti jako u krácení 1.
26. Ve vztahu ke krácení 4. žalobce poukázal na to, že rovněž vychází ze stejného základu, kterým byla nemožnost ukončit realizaci Projektu do 31. 12. 2023. Dle popisu porušení měl porušit bod 2.9 přílohy RPD Pravidla způsobilosti a publictity-obecná část, tedy že nedoložil k zálohové faktuře rovněž fakturu vyúčtovací, ani nedoložil vrácení nevyúčtovaného zůstatku uhrazené zálohové faktury dle bodu 3.5 Dodatku č. 3, pročež nebylo dle žalovaného možno považovat vyúčtování za dokončené. Opětovně je tedy i krácení 4. vázáno na nerealizaci Projektu k datu 31. 12. 2023, za což již byl sankcionován zcela nepřiměřeným krácením 1. I k tomu žalobce tvrdil přepjatě formalistický přístup žalovaného, který za porušení vycházející z jednoho základu uložil ihned čtyři krácení přiznané dotace, každé v rozsahu 100 %, bez ohledu na jejich vzájemnou podmíněnost a závaznost.
27. Žalobce vyjádřil přesvědčení, že s ohledem na požadavky rozpočtových pravidel i ustálené judikatury bylo ale povinností žalovaného zabývat se výše uvedenými skutečnostmi, což neučinil.
28. Ve vztahu ke krácení 5. žalobce poukázal na to, že žalovaný jeho argumentaci akceptoval, nicméně ve vztahu ke krácení 6. a ke krácení 7. se tak již nestalo, ačkoli se opět jednalo o vzájemně propojené skutečnosti, a rovněž o skutečnosti navázané na nemožnost ukončit Projekt v termínu do 31. 12. 2023.
29. Žalobce dále vyjádřil svůj nesouhlas se způsobem, jakým byly žalovaným vypořádány jeho námitky proti jednotlivým krácením.
30. Ve vztahu ke krácení 1. až krácení 4. žalobce uplatnil námitku legitimního očekávání a nerovného zacházení s příjemci dotace. Dle žalobce došlo postupem žalovaného k zásahu do žalobcova legitimního očekávání, neboť o možnosti prodloužení plánovaného data ukončení Projektu informoval žalovaný již v RPD ve smyslu čl. 5.1 RPD, a citoval z něj. Žalobce tvrdil, že podal žádost o prodloužení více než 30 dnů před původně předpokládaným dnem ukončení Projektu, tedy dříve než ve stanovené minimální čtrnáctidenní lhůtě. Žalovaný však jeho žádost nevyřídil ani do data ukončení Projektu. Žalobce přitom s ohledem na znění článku 5.1 RPD předpokládal, že žalovaný jeho žádosti o prodloužení vyhoví a lhůta pro splnění dotčené povinnosti je pozastavena. Věřil, že nebylo by tomu tak, byl by žalovaný žalobce o nemožnosti vyhovění informoval v termínu pro realizaci Projektu, a nikoli až poté. Takové očekávání žalobce bylo navíc umocněno tím, že k prodloužení termínu realizace Projektu ze strany žalovaného v minulosti došlo. Reakci na žádost o prodloužení neobdržel do 31. 12. 2023 ani Projekt SIC. Tedy jak žalobce, tak i Projekt SIC očekávali, že pokud žalovaný do skončení běhu lhůty obou projektů žalobce ani SIC neinformoval o tom, že žádosti vyhovět nelze, tak došlo k pozastavení lhůty proto, že žádosti o prodloužení bude vyhověno.
31. Dle žalobce je zcela nepřijatelné, že žalovaný zvolil postup, kdy na žádost o prodloužení neodpověděl v takové lhůtě, aby u žalobce nedošlo k překročení termínu pro ukončení Projektu, a následně žalovaný žalobci vyčetl, že Projekt realizoval se zpožděním. Je-li povinností žadatele o prodloužení termínu podat žádost alespoň 14 dní předem, musí být korespondující povinnost správního orgánu takovou žádost ve lhůtě 14 dnů vyřídit, ačkoli taková lhůta není v právních předpisech explicitně stanovena. Žalovaný navíc jako důvod nevyhovění žádosti o prodloužení pouze stroze odkázal na nález auditního orgánu, až k dotazu žalobce upřesnil důvody nevyhovění této žádosti (k projektové žádosti bylo doloženo územní rozhodnutí ze dne 22. 3. 2021, které nesplňovalo podmínku Výzvy, neboť bylo doloženo bez vyznačení právní moci, a toto nabylo právní moci až po termínu ukončení příjmu žádostí o podporu, čímž mělo dojít k nesplnění podmínek výzvy). Zpochybnil postup auditního orgánu a uvedl, že pokud měl žalovaný informaci o závěrech auditního orgánu, a měl-li za to, že tyto jsou relevantní, měl povinnost na základě uvedených informací jednat, např. zahájit řízení o odnětí dotace. To však neučinil, a tedy nevyhodnotil nález auditního orgánu jako relevantní pro uvedený postup. V takovém případě neměl žalovaný nálezem auditního orgánu zdůvodňovat ani nevyhovění žádosti o prodloužení, neboť se nejednalo o vzájemně podmíněná jednání.
32. Dále žalobce uvedl konkrétní argumentaci, pro kterou považuje závěr auditního orgánu za nerelevantní a zdůraznil, že žalovaný vyzval žalobce k vyjádření k nálezu auditního orgánu až dne 3. 7. 2024, čímž porušil princip kontradiktornosti, neboť mu neumožnil v relevantním čase vyjádřit se ke zjištěním auditního orgánu před tím, než na základě těchto zjištění žalovaný zvolil postup, o němž musel vědět, že způsobí v rámci Projektu značné komplikace a nemožnost dokončit jej v původním termínu. Pokud by žalovaný žalobci dal možnost vyjádřit se k nálezu auditního orgánu ještě před nevyhověním žádosti, žalobce by reagoval a předložil sdělení Úřadu městské části města Brna, Brno – střed, stavebního úřadu, z něhož je patrné, že dotčené územní rozhodnutí stavební úřad vydal a nabylo právní moci dne 26. 3. 2021.
33. Žalobce dále podotkl, že legitimní důvod pro nevyhovění žádosti, a tím pro krácení 1. až 4. neexistoval, neboť prodloužením termínu realizace Projektu, obdobně jako tomu bylo u Projektu SIC, by nedošlo ani k žádnému porušení finančních závazků ČR vůči Evropské komisi, a tedy vyhovění žádosti o prodloužení ze strany žalovaného nic nebránilo.
34. Dále žalobce uvedl své úvahy, co žalovaného vedlo k postupu, který ve vztahu k žalobci zvolil, a vyjádřil přesvědčení, že postup žalovaného nebyl v souladu se základními zásadami činnosti správních orgánů ve smyslu § 2 a § 4 odst. 3 správního řádu.
35. Porušení legitimního očekávání žalobce spatřoval také v tom, že za situace, kdy již od počátku transparentně informoval, že Projekt žalobce a Projekt SIC jsou provázané, a že žalobce a Projekt SIC uzavřeli smlouvu o vzájemné spolupráci. Uvedené nebylo zohledněno a v případě Projektu žalobce bylo žalovaným ve vztahu k žádosti o prodloužení postupováno odlišně, než ve vztahu k žádosti o prodloužení termínu pro realizaci Projektu SIC. Jediným rozdílem byl nález auditního orgánu. Žalobce legitimně očekával, že žalovaný bude k oběma projektům postupovat stejně a rovně, k čemuž nedošlo.
36. Žalobce opětovně ke krácení 1. až krácení 4. žalobce poukázal na nedostatek zdůvodnění nevyhovění žádosti o prodloužení a nemožnost reakce ze strany žalobce, doplnil, že nález auditního orgánu nebyl relevantním důvodem proto, aby žádostí o prodloužení nebylo vyhověno. Žalovaný měl možnost využít jiný z institutů, která mu rozpočtová pravidla umožňují. Zdůvodnění nevyhovění žádosti o prodloužení nálezem auditního orgánu považoval za nelogické.
37. Žalobce se dále zabýval otázkou, co by se stalo, pokud by o prodloužení nepožádal. Postup žalovaného ve vztahu k jeho žádosti o prodloužení považoval za nesprávný. Žalobce zopakoval, že mu žalovaný nedal možnost se závěrům auditního nálezu vyjádřit.
38. Opakovaně ke krácení 1. až krácení 4. namítal nezohlednění individuálních skutkových okolností a zopakoval, že žalovaný od počátku věděl o propojenosti Projektu žalobce a Projektu SIC, i že tyto sdílejí infrastrukturu. Ačkoli se jednalo o dva projekty, kdy každý z nich uzavřel samostatnou smlouvu a měl povinnost plnit veškeré dotační podmínky, žalobce se dostával do situace, kdy plnění u těchto podmínek nebylo odvislé pouze od jeho vůle, nýbrž i od aktivity druhého projektu. Žalobce po žalovaném požadoval, aby vzal v potaz specifika Projektu žalobce a Projektu SIC, a při svém rozhodování zohlednil specifickou situaci obou projektů, k čemuž ale nedošlo.
39. Specifickou situaci žalovaný nezohlednil ani při ukládání krácení 1. až krácení 4., ačkoli mu to ukládají rozpočtová pravidla a ustálená judikatura.
40. Ke krácení 6. a krácení 7. žalobce zdůraznil, že stejně jako u krácení 5. žalovaný i tato krácení odůvodnil změnou podmínek výběrového řízení. Žalovaný přitom u krácení 5. akceptoval argumentaci žalobce, že úprava platebních podmínek nebyla podmíněna žádostí zhotovitele, ale potřebou žalobce. U krácení 6. a krácení 7., u nichž nastalý stav byl rovněž důsledkem potřeby žalobce, však totožnou argumentaci žalovaný nepřijal. Takový přístup je rozporný s požadavky rovného přístupu. Stejně jako u krácení 5. měl žalovaný nahlížet na kroky žalobce ve smyslu komentáře k § 222 odst. 3 písm. a) zákona o zadávání veřejných zakázek, neboť se jednalo o změny související s nemožností ukončit Projekt v původně předpokládaném termínu do 31. 12. 2023. Bylo nutné prodloužit termín realizace Projektu žalobce, aby tento byl ukončen nejpozději ve lhůtě, jak byla prodloužena u Projektu SIC. Rovněž bylo nutné sladit postup realizace Projektu žalobce s projektem SIC, jelikož se jednalo o projekty provázané.  
41. Ve vztahu ke krácení 6. žalobce poukázal na obsah svých dosavadních námitek a doplnil, že do podpisu Dodatku č. 3 probíhaly veškeré platby v souladu s původně stanovenými platebními podmínkami SOD. Poukázal rovněž na to, že k uzavření Dodatku č. 4 došlo až v době, kdy měl být dle žalovaného Projekt již ukončen. Za situace, kdy žalobci bylo uloženo krácení 1. až krácení 4., je krácení 6. zcela nelogické. Navíc není patrné, jaké části Projektu se krácení 6. týká, tj. zda postihuje pouze období po uzavření dodatků, nebo zda postihuje rovněž období před uzavření dodatků, kdy však vše probíhalo dle původní SOD, a tedy k žádné sankci za toto období nebyl dán důvod.
42. Žalobce tvrdil, že se k důvodům a logice postupu žalovaného v námitkách s ohledem na absenci správního uvážení a jakékoliv bližší odůvodnění uložené sankce v Opatření konkrétně nemohl vyjádřit. Nemůže tak učinit ani v žalobě, protože nápravu nepřineslo ani žalobou napadené rozhodnutí, kdy žalovaný svůj postup nezdůvodnil a námitky žalobce vůbec nevypořádal.
43. Ve vztahu ke krácení 7. žalobce poukázal na extrémní stručnost a obsah argumentace žalovaného. K tomu žalobce uvedl, že důvodem uzavření dodatku, jímž by došlo k prodloužení termínu realizace Projektu, nebyl požadavek zhotovitele, nýbrž nutnost sladit harmonogram Projektu s projektem SIC. Žalovaný ve svém rozhodnutí argumentoval, že pokud by taková změna byla známa již v průběhu výběrového řízení, mohlo to mít vliv na účast dalších potenciálních účastníků. Takovou argumentaci ale žalobce odmítl s tím, že o možnosti změny sjednaných podmínek, konkrétně o možnosti prodloužení termínu realizace Projektu, byl informován v bodě 4.5 Pravidel. V nich ale není nic v tom ohledu, že by posun termínu realizace měl za následek krácení dotace. Žalobce již před žádostí o prodloužení požádal o prodloužení termínu realizace Projektu a uvedená žádost mu byla schválena, což bylo reflektováno vydáním změnového rozhodnutí k RPD(ZR 2).
44. Dle argumentace žalovaného by v důsledku změny spočívající v posunu termínu realizace, která se logicky vždy přenese rovněž do uzavřené smlouvy se zhotovitelem stavby, bylo pokaždé, kdy v souladu s Pravidly dojde k posunu termínu realizace daného projektu, nutné uložit krácení dotace, protože pokud by později termín realizace daného projektu byl znám již v době výběrového řízení, mohla být množina uchazečů širší. Uvedené by však zcela popíralo smysl možnosti změn projektu, na který byla dotace přidělena. Pokud by uvedený závěr nebyl pravdivý, měl by žalovaný povinnost v každém případě, kdy po schválení k posunu termínu realizace daného projektu dojde a žalovaný následně přistoupí ke krácení z důvodu změny termínu realizace sjednané se zhotovitelem projektu, řádně zdůvodnit, proč uvedená změna v daném případě zakládá krácení a v čem je ta situace odlišná od jiných situací, kdy v důsledku schválení posunu termínu realizace projektu v souladu s Pravidly nedochází. Žalovaný však žalobci žádné důvody, proč zrovna v daném případě se dle jeho názoru jedná o podstatnou změnu závazku, nevysvětlil. Dle žalobce je argumentace žalovaného zcela nedostačující a nelogická. Navíc, pokud srovná důvody krácení 5. ve vztahu k němu, žalovaný námitky žalobce uznal, ve vztahu ke krácení 6. a krácení 7. námitky zohledněny nebyly. Dle žalobce je mezi uvedeným pouze jeden významný rozdíl, jímž je vydání informace využití zálohových faktur v rámci ukončování programového období – OP PIK, publikovaná dne 11. 12. 2023 (Informace/Metodika).
45. Podle žalobce žalovaný námitkám ke krácení 5. vyhověl mimo jiné z důvodu, že změna podmínek SOD v tomto ohledu nebyla vyvolaná zhotovitelem, ale žalobcem v důsledku vydání Informace. Žalovaným tím v podstatě řekl, že v situaci, kdy došlo k vydání Informace, je možné ZZVZ za jinak stejných podmínek interpretovat zcela odlišně, než kdyby k vydání Informace nedošlo.
46. Žalobce považoval způsob vypořádání jeho námitek ke krácení 6. a krácení 7. za zcela nevyhovující a nedostatečný, kdy chybí řádné zdůvodnění jejich vypořádání i argumentace, z jakého důvodu byl jako souladný s právními předpisy a uzavřeným RPD včetně souvisejících dokumentů, shledán pouze postup vytknutý v krácení 5., nikoliv však v krácení 6. a 7. K těmto důvodům se žalobce v žalobě vyjádřit nemůže, protože odůvodnění žalovaným zvoleného přístupu v rozhodnutí o námitkách zcela absentuje.
47. Žalobce žádal, aby soud žalobou napadené rozhodnutí zrušil pro jeho nezákonnost, neboť zcela postrádá jakékoliv správní uvážení, a pro porušení povinnosti posoudit jaká výše krácení je s ohledem na okolnosti případu přiměřená, a pro nezdůvodnění, proč argumentace žalobce byla akceptována ve vztahu ke krácení 5., avšak ta samá nebyla zohledněna ve vztahu ke krácení 6. a krácení 7., a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení.

Vyjádření žalovaného a další podání účastníků řízení

48. V písemném vyjádření k žalobě žalovaný argumentoval obdobně jako v odůvodnění svého rozhodnutí. Popsal skutkový stav, průběh řízení a zdůraznil, že byl účel dotace zmařen, což plně odůvodňuje krácení celé dotace. Pokud jde o porušení Pravidel, korekce v dané procentuální výši odpovídá Kategorizaci sankcí vydané poskytovatelem, tj. žalovaným, které tvoří přílohu RPD. Opatření a žalobou napadeného rozhodnutí tak byla vydána v souladu s pravidly dotačního programu, v souladu se zákonem a jsou plně přezkoumatelná. Z procesní opatrnosti konstatoval, že žalobce v řízení o námitkách žádným způsobem nenamítal skutečnosti související s dopady pandemií Covid-19, či omezeným fungováním stavebních úřadů, jak činil v žalobě. Nelze proto žalovanému vytýkat, že se touto otázkou nezabýval.
49. K námitce nerovného zacházení a legitimního očekávání žalovaný uvedl, že žalobce nesprávně spojuje svůj projekt s Projektem SIC, neboť přestože byly oba provozně propojené, z hlediska právního i dotačního se jednalo o dva samostatné projekty, tj. o dotace bylo požádáno odlišnými subjekty, v rámci odlišných výzev, a o každé žádosti bylo rozhodováno samostatně, samostatně byly také stanoveny podmínky poskytnutí dotace. Rozhodnutí o prodloužení termínu u Projektu SIC bylo učiněno na základě jiných skutkových okolností a nelze z něj dovozovat povinnost žalovaného rozhodnout shodně i u Projektu žalobce. Skutkové okolnosti u žalobce byly odlišné od Projektu SIC, jeho legitimní očekávání proto nemohlo ani vzniknout. Už vůbec tak nemohlo vzniknout k datu 31. 12. 2023, neboť rozhodnutí o prodloužení Projektu SIC bylo přijato dne 12. 2. 2024, tj. k datu ukončení projektu žalobce vůbec neexistovalo.
50. Legitimní očekávání dle žalovaného navíc nemohl vyvolat ani čl. 5.1 RPD, který nestanoví do kdy o žádosti o změnu poskytovatel dotace rozhodne, pouze stanoví jeden z předpokladů (časový pro podání žádosti o změnu ze strany příjemce dotace), kdy ke kladnému rozhodnutí o žádosti o změnu následně může dojít. Žalovanému tak není zřejmé, z čeho žalobce dovozuje, že žalovaný měl o žádosti o změnu z 30. 11. 2023 rozhodnout do jednoho měsíce. Nic takového neplyne ani z obecně závazných právních předpisů. Navíc z právního předpisu ani z postupu žalovaného nelze dovodit, že by žalobci byl přislíben kladný výsledek jeho žádosti o prodloužení. Žalobní tvrzení jsou v tomto ohledu mimoběžné. Neukončení Projektu k 31. 12. 2023 bylo dáno jednáním na straně žalobce, který jediný mohl a měl Projekt realizovat dle stanovených podmínek. K tomu žalovaný poukázal na obdobnou věc vedenou u Městského soudu v Praze pod sp. zn. 10 A 92/2025.
51. K námitce žalobce, že neplnění Indikátoru a nedokončení Projektu (krácení 1. až krácení 4.) je důsledkem nevyhovění žádosti o prodloužení žalovaný uvedl, že žalobce k datu 31. 12. 2023 nedokončil stavbu, a tedy nesplnil Indikátor. Výdaje realizované po tomto datu nemohou být způsobilé. Tyto skutečnosti jsou objektivně zjistitelné a žalobce je v žalobě ani nezpochybňuje. Jelikož žádost nebyla schválena, byl žalobce povinen splnit podmínky dotace k původnímu datu, se kterými byl seznámen a byl povinen dle něj postupovat. Žalobce v rámci námitek sice uvedl, že stavba byla dokončena v říjnu 2024, a tímto okamžikem měl být naplněn účel dotace, avšak tuto námitku formuloval toliko v jedné větě na straně 5 podání. Neuvedl k ní žádné související skutkové či právní argumenty. Nelze tak po žalovaném spravedlivě požadovat, aby k takto stručnému tvrzení vypracovával obsáhlé odůvodnění na několik stran. Žalovaný je povinen vypořádat konkrétně vznesené námitky, nikoli doplňovat argumentaci za žalobce.
52. Žalovaný dále zdůraznil, že dokončení stavby až v říjnu 2024 představuje podstatné, přibližně desetiměsíční zpoždění oproti stanoveným závazným podmínkám. V době, kdy měl Projet již sloužit svému účelu, nebyl dokončen, a přesto žalobce v březnu 2024 podal závěrečnou žádost o platbu, aniž by byl Projekt fakticky dokončen. Takový postup je v přímém rozporu s pravidly dotačního režimu. Žalovaný přitom nemůže v obecné rovině neomezeně vyčkávat, zda a kdy příjemce dotace projekt dokončí, neboť je povinen zajistit řádné finanční řízení celého operačního programu a vyčerpat přidělené prostředky v rámci stanoveného období. Ačkoli se poskytovatel dotace standardně snaží příjemců vycházet vstříc a posuny umožňovat, je sám omezen pravidly operačního programu a musí tento finančně řídit. Pokud by se tolerovala prodlení v řádu měsíců či ještě delší, podstatně by to ohrozilo plnění povinností žalovaného v postavení řídícího orgánu vůči Evropské komisi. Lze si představit nižší či žádné krácení v případě krátkodobého zpoždění o několik dnů, případně i situaci, kdyby stavba byla alespoň dokončena do podání žádosti o platbu, ani jedno se ale v projednávané věci nestalo. Časové porušení je u žalobce již takového charakteru, že nebylo možno k situaci přistoupit jinak, než krácením dotace v plném rozsahu.
53. Žalovaný znovu poukázal na to, že uvedená námitka byla obsažena toliko v jedné větě několikastránkového podání žalobce. Námitky formálně rozsáhlé rozepsané se ve vztahu ke krácení číslo 1. až 4. ve skutečnosti omezovaly převážně na polemiku ohledně žádosti o platbu a souvislost s Projektem SIC. Těmito námitkami se žalovaný podrobně zabýval. Pokud žalobce v námitkách neuvedl dostatečně konkrétní a vyčerpávající argumentaci, nelze žalovanému vyčítat, že rozhodnutí o námitkách neobsahuje jejich podrobné vypořádání nad rámec toho, co bylo skutečně namítáno.
54. Dále žalovaný poukázal na svou argumentaci ve vztahu k jednotlivým krácením s tím, že nebyl splněn výše uvedený indikátor a následná hodnota indikátoru byla nulová. Tedy pokud nebyl splněn požadavek užitné plochy, tak stavba nemohla sloužit zamýšlenému účelu, a tudíž nemohl být naplněn ani účel poskytnuté dotace. Rovněž nebyly předloženy povinné předávací doklady stavby, čímž byla porušena další povinnost ze strany žalobce daná RPD. Nadto žalobce uplatnil výdaje vzniklé až po datu ukončení Projektu, ale tento postup odporuje pravidlům RPD. Žalobce byl povinen vyúčtovat zálohovou fakturu a tuto povinnost nesplnil. Krácení tedy byla provedena v souladu s RPD, kdy jejich rozsah (100 %) odpovídá závažnosti porušení, neboť Projekt k rozhodnému datu nesplnil cíl dotace. Nesplnění těchto podmínek je plně na odpovědnosti žalobce a nemůže být přičítáno žalovanému.
55. K námitce porušení Pravidel pro výběr dodavatelů (krácení 6. a krácení 7.) žalovaný poukázal na žalobcem uzavřené dodatky ke smlouvě o dílo, jimiž zásadně změnil ekonomickou rovnováhu smlouvy a podmínky výběrového řízení. Zavedení oddělené fakturace materiálu a práce a prodloužení termínu plnění představuje podstatnou změnu dle bodu 46 PVD. Dále žalovaný vytkl, co se obecně rozumí podstatnou změnou závazku ze smlouvy, kterou zadavatel uzavřel na plnění zakázky. Ve vztahu k žalobci konkrétně uvedl, že umožnil zhotoviteli prodloužit termíny realizace či fakturovat materiály jinak, než s provedenými pracemi, a tedy mu žalobce poskytl významnou finanční výhodu. Takovéto změny mohly rozšířit okruh uchazečů o zakázku, jelikož finanční zátěž spojená s realizací projektu byla oproti původním podmínkám zcela jistě nižší.
56. K rozdílu oproti krácení 5., kdy metodickým pokynem došlo ke změně pravidla žalovaného, podle které bylo nově možno akceptovat jako způsobilý výdaj úhradu zálohové faktury s ohledem na ukončování programového období, pokud k té byla následně doložena i faktura vyúčtovací ve stanoveném termínu, žalovaný konstatoval, že uvedené mělo za cíl z pohledu poskytovatele dotace umožnit příjemcům běžících projektů (tedy i žalobci) předložení způsobilých výdajů k proplacení (resp. jejich co největší části) v souladu s pravidly programu (způsobilé výdaje k programu mohly vznikat a musely být uhrazeny pouze do 31. 12. 2023). To vše za dodržení ostatních pravidel programu a podmínek, za kterých byla dotace poskytnuta. Poukázal na pravidla zadávání veřejných zakázek a jejich účel.
57. Nerelevantním shledal žalovaný argument, že prodloužení termínu realizace Projektu automaticky znamená i prodloužení smlouvy o dílo. Takové uvažování žalobce je maximálně specifické, v žádném případě se nejedná o obecně platné pravidlo v rámci dotačních programů. Prodloužení termínu realizace projektu nemusí mít vůbec žádnou souvislost s plněním veřejné zakázky. Skutečnost, že tomu tak bylo v případě žalobce neznamená, že by jakékoliv prodloužení termínu realizace projektu automaticky opravňovalo k prodloužení SOD. Dodržení pravidel má zaručit, že již samotný výběr dodavatele proběhne férově a bez neodůvodněného zvýhodnění konkrétního uchazeče. Tyto změny mohly ovlivnit okruh potenciálních dodavatelů a představují zvýhodnění stávajícího dodavatele.
58. Dle žalovaného byla krácení proto uložena důvodně a v přiměřeném rozsahu. Procentní výše byla určena na základě Kategorizace, která byla nedílnou součástí RPD. Tato Kategorizace jasně stanoví, jaká procentní korekce je spojena s jednotlivými typy porušení a byla žalobci známa, neboť mu byla veřejně dostupná a byla přílohou RPD, s nimiž byl žalobce povinen se seznámit.
59. Žalovaný zásadně nesouhlasil s názorem žalobce, že je odůvodnění žalovaného rozhodnutí ve vztahu ke krácení 6. a krácení 7. nedostatečné. Zdůraznil, že žalobce měl již od počátku povědomí o tom, za jaký typ porušení PVD je standardně stanovena jaká korekce. K tomu poukázal na rozsudek NSS ve věci sp. zn. 2 Afs 192/2018, a citoval z něj.
60. K námitce žalobce, že rozhodnutí postrádá správní uvážení žalovaný zdůraznil, že správní uvážení bylo provedeno řádně a samostatně u každého z posuzovaných pochybení. Tato pochybení byla podřazena pod odpovídající bod Kategorizace, který popisoval zjištěné pochybení a stanovil k němu odpovídající korekci dle jeho závažnosti.
61. Žalovaný navrhl, aby soud žalobu pro nedůvodnost zamítl.
62. V replice k vyjádření žalovaného žalobce setrval na své žalobní argumentaci a tuto dále rozvíjel. Zejména doplnil, že žalovaný vůbec nerozlišuje účel dotace a jednotlivou podmínku stanovenou v RPD, k tomu poukázal na článek 3 RPD. Poukázal na judikaturu NSS, dle které je žalovaný povinen zkoumat, zda zvolený zásah, tedy navržené 100% krácení je vhodné, potřebné a přiměřené. Vyjádřil přesvědčení, že z pohledu naplnění účelu dotace není rozhodné, zda byl účel dotace naplněn přesně ke dni 31. 12. 2023, ale skutečnost, že účel dotace naplněn byl. Poukázal na § 68 odst. 3 správního řádu a § 2 odst. 3, 4 téhož zákona s tím, že z žádného právního předpisu neplyne, že správní orgán má povinnost námitky vypořádat pouze tehdy, jsou-li vzneseny v určité délce či stylistické kvalitě. V rozporu s požadavky zákona tak žalovaný přesunul břemeno řádného odůvodnění vlastního rozhodnutí na žalobce jako příjemce dotace. Opětovně argumentoval ke svému legitimnímu očekávání a uzavřel, že tím, že nedošlo ke splnění podmínky ukončit pro Projekt do 31. 12. 2023 nelze konstatovat, že automaticky nedošlo k naplnění účelu projektu. Dle žalobce neexistoval důvod, aby žalovaný naplnění účelu Projektu při vydávání Opatření a rozhodnutí o námitkách nezohlednil, a při ukládání sankce neprovedl správní uvážení, neřídil se zásadou materiální pravdy, jak to vyžaduje NSS a Ústavní soud. Rozhodnutí žalovaného tak nelze považovat za správné a řádné, a tento nedostatek nelze zhojit ani vyjádřením žalovaného.
63. Dále žalobce doplnil argumentaci k žalobnímu bodu nerovného zacházení a legitimního očekávání, kdy mimo jiné poukázal na § 2 odst. 4 správního řádu a rozvíjel důvody již uvedené v žalobě stran nálezu auditního orgánu a možnosti žalobce vyjádřit se k němu. Tvrdil, že žalovaný zasáhl do jeho práva na rovné zacházení, když ačkoli skutkové okolnosti projektu žalobce a projektu SIC byly v podstatě totožné, postupoval v obou případech odlišně. Žalovaný zasáhl i do legitimního očekávání žalobce, když o nevyhovění požadavku na prodloužení lhůty nerozhodl v rámci lhůty pro splnění povinnosti, ale až po jejím skončení, ačkoli předchozí žádosti žalobce o prodloužení lhůty bylo (rovněž až po skončení původní lhůty) vyhověno. Dle žalobce žalovaný porušil i povinnost jednat předvídatelně a v přiměřené lhůtě, když o žádosti o prodloužení nerozhodl do konce roku 2023, a následně o žádosti nerozhodl řádně a odpovídajícím způsobem to nezdůvodnil. Tím došlo k zásahu do práv a oprávněných zájmů žalobce a byla porušena zásada právní jistoty. Navíc neměl žalobce možnost se proti postupu žalovaného účinně bránit, což je rovněž zásahem do práv žalobce.
64. Dále žalobce argumentoval ke krácení 1. až krácení 4. a setrval na svých dosavadních tvrzeních.Legitimní důvod pro nevyhovění žádosti o prodloužení neexistoval, neboť  prodloužením termínu realizace Projektu, obdobně jako tomu bylo u Projektu SIC, by nedošlo k žádnému porušení finančních závazků ČR vůči Evropské komisi.
65. Ke krácení 6. až krácení 7. žalobce rovněž setrval na své žalobní argumentaci a tuto dále rozvíjel. Poukázal na skutkový stav v souvislosti s uzavřením Dodatku č. 4 a tvrdil, že žalovaný nevzal v potaz, že uzavřením Dodatku č. 4 nedošlo k žádné podstatné změně v podmínkách. Vyjádřil přesvědčení, že existence Sazebníku s pevně určenými hodnotami sankcí nezbavuje žalovaného povinnosti na řádné odůvodnění zda došlo k naplnění předpokladu pro uložení sankce, ani povinnosti správního uvážení, zda v daném případě je na místě aplikace sankce uvedené v Sazebníku, případně, zda posuzovaný případ nevyžaduje s ohledem na jeho specifika a zásadu přiměřenosti individuální přístup. Zdůraznil, že úprava SOD uzavřením Dodatku č. 4 nepředstavovala porušení SOD. Ztotožnil se se závěrem žalovaného, že úprava SOD Dodatkem č. 3 nepředstavovala žádné porušení PVD, ale nemohl se ztotožnit s postojem žalovaného ve vztahu ke krácení 6. v situaci, kdy dopady úpravy SOD Dodatkem č. 4 byly výrazně omezenější, než tomu bylo v případě Dodatku č. 3. Zdůraznil, že již dle SOD bylo možné fakturovat za dodávky provedené v daném měsíci. Uzavřením Dodatku č. 4 tedy nedošlo k žádné podstatné změně v platebních podmínkách, pouze k jejich konkretizaci. Naproti tomu metodickým pokynem bylo umožněno jednání, kdy se finanční prostředky hradily zhotovitelům bez toho, aby byl materiál nakoupen a práce provedeny. Dle žalovaného taková situace nebyla změnou podstatnou. Naproti tomu umožnění samostatné fakturace materiálu a prací bylo využitelné pouze v případě, kdy reálně došlo k nákupu materiálu, který nebyl pro zpracování do díla v rámci daného měsíce nutný. Žalovaný v rozhodnutí o námitkách neozřejmil, proč právě možnost rozdělit fakturaci za již řádně dodaný materiál a práce měla narušit ekonomickou rovnováhu a mít potenciál rozšířit okruh potenciálních dodavatelů, ale vystavení zálohové faktury takový potenciál nemělo.
66. Žalobce trval na tom, že k uzavření obou dodatků došlo na jeho žádost, tyto by byly uzavřeny s jakýmkoli zhotovitelem stavby, nikoli pouze s dodavatelem. Závěry žalovaného ve vztahu ke krácení 5. bylo nutné zohlednit a dospět k totožným závěrům i v případě krácení 6. a krácení 7. Dle žalobce není možné na uzavření Dodatku č. 3 a Dodatku č. 4 nahlížet odlišnou optikou, a v případě krácení 6. a krácení 7. stejné skutkové okolnosti, které byly shledány jako relevantní v případě krácení 5., bez dalšího vysvětlení nezohlednit.
67. Žalobce připustil, že má žalovaný právo učinit ve věci vlastní závěry, nicméně tak nemůže učinit bez toho, aby řádně a náležitě popsal, které skutečnosti vzal v potaz, jak je hodnotil, z jakého důvodu je hodnotil právě tak, jak je hodnotil, a k jakým závěrům na základě dostupných skutečností a svých úvah dospěl. Rozhodnutí žalovaného tak vykazuje znaky libovůle a nedůvodně rozdílného přístupu správního orgánu v hodnocení námitek žalobce, kterýžto postup žalovaného je nepřípustný. Již v námitkách upozornil, že Dodatek č. 3 a Dodatek č. 4 se nakonec týkaly pouze menší části Projektu. Až do podpisu Dodatku č. 4, k čemuž došlo dne 20. 12. 2023, nebyly vystavovány zálohové faktury a nedocházelo ani k rozdělování fakturace za materiál a práce. V souladu s SOD probíhala fakturace na měsíční bázi, a ani podpisem Dodatku č. 4 se na této frekvenci ničeho nezměnilo. Dodavatel měl pouze možnost fakturovat v daném měsíci i materiál, který nakoupil, ale zatím nepoužil. Taková úprava smluvních podmínek nedává dodavateli žádnou výhodu a nepředstavovala podstatnou změnu závazku, ani nenarušila ekonomickou rovnováhu a nebyla sto ani změnit okruh objektů, které se do výběrového řízení přihlásily. Žalovaný navíc nezohlednil, že k uzavření Dodatku č. 4 došlo až poté, co měl být účel dle žalovaného zmařen. Žalobce vyjádřil přesvědčení, že postupoval s péčí řádného hospodáře v souladu s dotačními pravidly a při realizaci projektu neporušil bod 46 PVD. Naproti tomu postup žalovaného vykazuje znaky libovůle a nerovného přístupu. Způsob, jakým žalovaný vypořádal námitky v části vztahující se ke krácení 6. a krácení 7. je dle žalobce zcela nevyhovující a nedostatečný, kdy chybí řádné zdůvodnění, jejich vypořádání argumentace, z jakého důvodu byl jako souladný s právními předpisy i uzavřeným RPD včetně souvisejících dokumentů shledán pouze postup vytknutý krácení 5., nikoli však již v krácení 6. a 7. Zopakoval, že se v žalobě k těmto důvodům vyjádřit nemůže, protože odůvodnění zvoleného přístupu v žalobou napadeném rozhodnutí zcela absentuje.
68. Žalobce setrval na svém žalobním návrhu a domáhal se i nadále zrušení rozhodnutí žalovaného a vrácení věci žalovanému k dalšímu řízení.
69. Žalovaný v reakci na repliku žalobce setrval na svém vyjádření. K tvrzení žalobce, že při krácení dotace žalovaný nepoužil správní uvážení uvedl, že odmítá přistoupit na konstrukci žalobce, že „z pohledu naplnění účelu dotace není rozhodné, zda byl účel naplněn k 31. 12. 2023, ale skutečnost, že účel dotace naplněn byl“. K tomu poukázal na § 14 odst. 4, 5 rozpočtových pravidel a rozhodnutí o poskytnutí dotace, kde se mimo jiné v čl. 2 stanoví výše dotace a v čl. 3 specifikuje její účel a lhůtu, v níž má být účelu dotace dosaženo. Poukázal na své vyjádření k žalobě k tomu, co se rozumí účelem dotace. Zdůraznil, že v rámci realizace Projektu žalobce bylo podstatné nejen splnit účel, ale tento účel bylo zároveň třeba splnit ve stanovené lhůtě. Účel dotace je nejzásadnější náležitost stanovena RPD, které stanoví další podmínky. Za nesplnění účelu nelze stanovit snížený odvod dle § 14 odst. 5 rozpočtových pravidel, neboť ten lze stanovit pouze za nesplnění některé z podmínek dle § 14 odst. 4 písm. g). Stejně tak nelze stanovit snížený odvod za nesplnění lhůty, v níž má být stanoveného účelu dosaženo. Tuto lhůtu je nutno odlišit od ostatních termínů a lhůt stanovených RPD. Poukázal na novelu rozpočtových pravidel, dle které může poskytovatel dotace problémy s plněním účelu příjemcem dotace řešit za využití § 14e či § 15 (odnětí dotace, ale pouze v situaci, kdy poskytovatel zjistí, že nemůže být splněn účel dotace, tedy v situaci, která se vztahuje do budoucna, v okamžiku před uplynutím „lhůty pro dosažení účelu“). Dle žalovaného jsou účel dotace a lhůta pro jeho splnění základními parametry poskytnuté dotace, které jsou spolu neoddělitelně spjaty. Není tomu tak, jak tvrdí žalobce, že na účel dotace a lhůtu pro jeho splnění lze pohlížet samostatně.
70. K námitce nepřiměřenosti, resp. neuplatnění zásady přiměřenosti žalovaný poukázal na dříve uvedené s tím, že účel dotace a lhůta pro jeho splnění jsou nerozlučně spjaty, nelze je od sebe oddělit a nedbat na lhůtu pro jeho splnění. Žalobce naplnění účelu dotace ve lhůtě neprokázal, proto nebyl prostor na jakoukoli proporcionalitu krácení dotace, jelikož tím, že nesplnil účel dotace v dané lhůtě, byly veškeré výdaje posouzeny jako nezpůsobilé. K tomu žalovaný charakterizoval způsobilé výdaje s odkazem na metodický pokyn pro způsobilost výdajů a jejich vykazování v programovém období 2014-2020.
71. K tvrzenému přesunu důkazního břemene odůvodnění na příjemce dotace žalovaný konstatoval, že je to pouze a jenom žalobce, koho tíží důkazní břemeno splnění podmínek, resp. účelu dotace, jak vyplývá z rozsudku NSS, které žalovaný označil.
72. K tvrzenému legitimnímu očekávání žalobce žalovaný uvedl, že změny projektu jsou přípustné pouze se souhlasem poskytovatele (schválení požadované změny), přičemž účel, na který byla dotace poskytnuta, měnit nelze. Poukázal na čl. 5.1. RPD týkající se změn projektu a z článku vyplývající lhůtu pro podání žádosti o změnu. Důvodem pro stanovení takové lhůty je především snaha poskytovatele, aby nedocházelo k podávání žádostí o změnu ex post. Z včasného podání žádosti o změnu ovšem nelze automaticky usuzovat na to, že poskytovatel dotace této žádosti automaticky vyhoví a požadovanou změnu schválí. RPD stanoví závazné povinnosti příjemce dotace a pouze změnovým rozhodnutím může být RPD změněno. Zároveň situace, že poskytovatel dotace jednou (dříve) žádosti o změnu vyhověl neznamená, že každé další (nové) žádosti bude automaticky vyhověno.
73. K tvrzení o nepřiměřenosti krácení 1. až 4., kdy žalovaný uložil čtyři krácení, každé v rozsahu 100 %, žalovaný poukázal na četnou judikaturu soudů, dle které krácení dotace nemá sankční charakter a nejedná se tedy o správní trestání, neboť účelem je ochrana veřejných prostředků. Uvedl, že pokud jako poskytovatel dotace zjistí, že došlo k pochybení/porušení RPD či podmínek stanovených RPD či jeho přílohách, musí toto pochybení příjemci dotace vytknout a například za použití § 14e rozpočtových pravidel dotaci zkrátit. V Opatření jsou uvedena právě krácení související s nedokončením Projektu ve lhůtě (krácení 2. až 4.), a vztahující se k veřejné zakázce (krácení 5. až 7.).

Posouzení věci Městským soudem v Praze

74. Při ústním jednání účastníci setrvali na svých stanoviscích.
75. Zástupkyně žalobce odkázala na žalobu ve znění pozdějších podání a zdůraznila, že žalobou napadené rozhodnutí je nezákonné, neboť postrádá správní uvážení ve smyslu § 14e rozpočtových pravidel správního řádu a judikatury NSS. Žalovaný měl povinnost posoudit přiměřenost výše krácení. Rovněž nezdůvodnil argumentaci žalobce stran faktury ve vztahu k jiným krácením dotace. Žalobou napadené rozhodnutí je formalistické a nezohledňuje skutečnosti, které nastaly. Poukázala na legitimní očekávání žalobce. Konstatovala, že žalovaný nereagoval na žádost o prodloužení lhůty do data 31. 12. 2023, žalobce tak měl legitimní očekávání, že bude jeho žádosti vyhověno. Až v lednu 2024 mu bylo sděleno, že žádosti vyhovět nelze s odkazem na nález auditního orgánu. V žalobou napadeném rozhodnutí nejsou uvedeny skutečnosti uplatněné žalovaným až v průběhu řízení před soudem. Žalovaný ve svém rozhodnutí nevysvětlil krácení dotace ve vztahu k Dodatku č. 3, ani z jakého důvodu postupoval jinak oproti jiným případům.
76. Zástupce žalovaného odkázal na svá dosavadní podání v průběhu řízení před soudem. Shrnul, že žalobce účel dotace nesplnil, kdy podstatou sporu je, zda splnil účel dotace včas a zda porušil podmínky dotace. V rozhodnutí o poskytnutí dotace je závazně stanoveno k jakému účelu je dotace poskytnuta, do kdy má být účel naplněn, přičemž do června 2023 měl žalobce splnit povinnosti směřující k ukončení, resp. naplnění účelu dotace k 31. 12. 2023. Konstatoval, že končil operační program, Projekt byl předmětem auditního zkoumání a ministerstvo kontrolovalo stav, zda bylo postupováno správně. Bylo ale zjištěno, že tento projekt neměl být vůbec vybrán. Tento závěr auditního orgánu byl pro žalovaného závazný. Nemohla tak být schválena žalobcova žádost o změnu Projektu s dokončením až v říjnu 2024. Žádost o platbu tak byla zkrácena na 0 Kč, neboť Projekt nebyl dokončen k závaznému datu dle RPD. Tvrzení žalobce, že byl účel dotace splněn, proto považoval za irelevantní, protože účel je vázán s dobou, kdy měl být naplněn. Jednalo se o závažné porušení, proto byl použit 100% odvod. I když ministr jedno z opatření zrušil, nemělo to vliv na 100% krácení.
77. K námitce nedostatku správního uvážení v rozhodnutí žalovaný odkázal na uvedené skutečnosti. K poukazu žalobce, že účel naplnil- pouze se zpožděním-konstatoval, že účel měl být naplněn do 31. 12. 2023.
78. Pokud žalobce uváděl, že opakovaně žalovaného upozorňoval na provazbu na Projekt SIC, zdůraznil, že každý projekt byl realizován na základě jiné výzvy, za jiných podmínek, každý projekt byl samostatný a nelze je směšovat, byť se jednalo o rekonstrukci jedné budovy. Zopakoval, že je povinen řádně hospodařit s dotačními prostředky. Poukázal na několik článků z minulého týdne o probíhajícím trestním řízení ve vztahu k tomuto projektu a pro informaci několik těchto článků soudu předložil.
79. Zástupce žalobce omezil dosud navrhované důkazy na důkaz fotodokumentací dokončeného projektu, smlouvy s uživateli prostor (nájemní smlouvy) a výpisy z internetových stránek. Uvedené důkazy navrhoval provést pro své tvrzení, že došlo k naplnění účelu Projektu. Soud tyto důkazy neprovedl, neboť je pro posouzení věci považoval za nadbytečné, kdy mezi účastníky řízení nebylo sporu o tom, že byl Projekt realizován. Předmětem posouzení je otázka zákonnosti rozhodnuí o námitkách, které je vystavěno na závěru, že účel Projektu měl být naplněn ve lhůtě do 31. 12. 2023. Pro zodpovězení této otázky soudu postačoval obsah spisového materiálu, který si od žalovaného vyžádal a jímž se důkaz neprovádí.
80. Při posouzení věci soud vyšel z následující právní úpravy:
81. Podle § 14e rozpočtových pravidel Poskytovatel nemusí vyplatit dotaci nebo její část, domnívá-li se důvodně, že její příjemce v přímé souvislosti s ní porušil povinnosti stanovené právním předpisem nebo nedodržel účel dotace nebo podmínky, za kterých byla dotace poskytnuta; je-li stanoven nižší odvod za porušení rozpočtové kázně podle § 14 odst. 5, výše nevyplacené části dotace musí být stanovena v rámci částek vypočítaných podle § 14 odst. 5. Přitom v rámci procentního rozmezí přihlédne poskytovatel k závažnosti porušení a jeho vlivu na dodržení účelu dotace. Nevyplatit dotaci nebo její část nelze při nedodržení povinnosti podle § 14 odst. 4 písm. i). (2) Poskytovatel o opatření podle odstavce 1 bez zbytečného odkladu vhodným způsobem informuje příjemce. Příjemce může do 15 dnů ode dne, kdy tuto informaci obdržel, podat poskytovateli proti tomuto opatření námitky. O námitkách rozhoduje ten, kdo stojí v čele poskytovatele. (3) V rozhodnutí o námitkách se rozhodne o tom, zda opatření poskytovatele bylo plně oprávněné, částečně oprávněné nebo zda oprávněné nebylo. Proti rozhodnutí o námitkách se nelze odvolat. (4) Bylo-li opatření poskytovatele v rozhodnutí o námitkách posouzeno jako plně oprávněné, poskytovatel dotaci nebo její část příjemci nevyplatí. Bylo-li posouzeno jako částečně oprávněné, poskytovatel vyplatí příjemci část dotace, kterou mu neoprávněně nevyplatil. Bylo-li posouzeno jako neoprávněné, poskytovatel příjemci vyplatí nevyplacenou dotaci nebo její část. Poskytovatel vyplatí příjemci dotaci nebo její část, kterou mu neoprávněně nevyplatil, do pěti pracovních dnů ode dne právní moci rozhodnutí o námitkách. (5) Poskytovatel informuje o opatření podle odstavce 1 a o rozhodnutí o námitkách podle odstavce 3 vhodným způsobem bez zbytečného odkladu finanční úřad. (6) Provede-li poskytovatel opatření podle odstavce 1, může pokračovat v proplácení zbývající části dotace.
82. Soud přezkoumal žalobou napadené rozhodnutí, jakož i řízení, které předcházelo jeho vydání, v rozsahu žalobou uplatněných bodů, kterými je vázán, podle skutkového a právního stavu ke dni jeho vydání , a dospěl k závěru, že žaloba není důvodná. 
83. Mezi účastníky nebyl sporný skutkový stav, soud jej proto ověřil z obsahu spisového materiálu a přistoupil k vypořádání žalobních bodů.
84. S ohledem na to, že žalobou uplatněné body byly postupně stranou žalující rozvíjeny a vlastní žalobní argumentace vzájemně prolíná, přistoupil soud k vypořádání žalobních námitek v souladu se závěry nálezu Ústavního soudu ve věci sp. zn. I.ÚS 1412/11 ze dne 23.7.2012, podle něhož „není porušením práva na spravedlivý proces, pokud obecné soudy „nebudují vlastní závěry na podrobné oponentuře (a vyvracení) jednotlivě vznesených námitek, pakliže proti nim staví vlastní ucelený argumentační systém, který logicky a v právu rozumně vyloží tak, že podpora správnosti jejich závěrů je sama o sobě dostatečná“ (shodně též rozhodnutí ze dne 12.2.2009, sp. zn. III.ÚS 989/08).
85. K rozvíjejícím se žalobním námitkám soud dále uvádí, že oproti nim byly vlastní námitky žalobce proti Opatření stručné a směřující téměř výhradně proti jednotlivým důvodům krácení. Společnou podstatou všech námitkových bodů proti Opatření je důraz, který žalobce kladl na provázanost jeho Projektu a Projektu SIC, a skutečnost, že Projekt žalobce byl dokončen a slouží k zamýšlenému účelu, byť se tak nestalo k datu 31. 12. 2023.
86. Pro přehlednost soud rozčlenil žalobní námitky do třech okruhů, a sice na tvrzení o nepřezkoumatelnosti žalobou napadeného rozhodnutí, na tvrzení o nedostatku správního uvážení a na tvrzení proti vypořádání jednotlivých krácení dotace.
87. Předně se soud zabýval prvním okruhem, tedy žalobcem na různých místech žaloby namítanou nepřezkoumatelností napadeného rozhodnutí.
88. Z ustálené judikatury správních soudů je zřejmé, že institut nepřezkoumatelnosti nelze libovolně rozšiřovat a vztáhnout jej i na případy, kdy se správní orgán podstatou námitky účastníka řízení řádně zabývá a vysvětlí, proč nepovažuje argumentaci účastníka správnou, byť výslovně v odůvodnění rozhodnutí nereaguje na všechny myslitelné aspekty vznesené námitky a dopustí se dílčího nedostatku odůvodnění. Nedostatkem důvodu nelze rozumět dílčí nedostatky odůvodnění, ale pouze nedostatek důvodů skutkových (např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 4. 12. 2003, č. j. 2 Ads 58/2003-75).
89. Nepřezkoumatelnost není způsobena ani nižší kvalitou odůvodnění, nýbrž závěrem o tom, zda rozhodnutí obsahuje alespoň základní náležitosti do té míry, že může být podrobeno soudnímu přezkumu. Správní orgán není povinen vypořádat každý dílčí argument. Pokud žalobce uplatní pouze obecné námitky, může se s nimi rozkladový orgán vypořádat pouze v obecné rovině (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 7. 2018, č. j. 8 Afs 71/2007 – 116). Námitky lze vypořádat i tak, že správní orgán prezentuje v odůvodnění právní názor odlišný od názoru účastníka řízení, pakliže zdůvodnění tohoto názoru poskytuje dostatečnou oporu výroku rozhodnutí. Tím jsou minimálně implicitae vypořádány i námitky účastníka, absence odpovědi na jednotlivé námitky účastníka v odůvodnění rozhodnutí bez dalšího nezpůsobuje nepřezkoumatelnost rozhodnutí. Podstatné je, aby se správní orgán vypořádal se všemi základními námitkami (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 5. 2015, č. j. 6 As 152/2014 – 78).
90. V projednávané věci žalobou napadené rozhodnutí těmto požadavkům dostálo. Z jeho odůvodnění je totiž zřejmé, jakými úvahami byl žalovaný veden, jakými skutečnostmi se zabýval, z jakých důvodů a na základě jakých konkrétních skutečností své závěry učinil. Zároveň se dostatečně vypořádal se všemi základními námitkami, jež žalobce proti Opatření uplatnil. Žalovaný prezentoval ucelený právní názor na skutková zjištění, pročež tento poskytuje dostatečnou oporu výroku napadeného rozhodnutí. Z napadeného rozhodnutí lze seznat, na základě jakých podkladů a na základě jakých úvah žalovaný dospěl ke svým závěrům. Nenastala situace, kdy by žalovaný dospěl k závěrům na základě úvah, jež by byly žalobci skryty, s nimiž by nemohl polemizovat. O tom ostatně svědčí také skutečnost, že žalobce uplatnil ke každému z dílčích zjištění žalovaného velmi rozsáhlou žalobní argumentaci. Rozhodnutí tak není nepřezkoumatelné pro nedostatek důvodů.
91. Soud neshledal, že by rozhodnutí bylo vnitřně rozporné. Napadené rozhodnutí je nutno číst v jeho celku, nelze jednotlivé úvahy žalovaného vytrhávat z jejich celkového kontextu a žalovaného „chytat za slovo“. Nelze přitom pominout, že výsledná podoba napadeného rozhodnutí je silně ovlivněna způsobem argumentace žalobce v námitkách předcházejícím řízení. Rozhodnutí proto není nepřezkoumatelné ani pro nesrozumitelnost.
92. Námitky nejsou důvodné.
93. Ve druhém okruhu žalobních bodů žalobce tvrdil, že žalovaný nepostupoval podle § 14e rozpočtových pravidel a v jeho posouzení absentuje správní uvážení. Žalobce příhodně poukázal na odbornou literaturu (In: SKULOVA, S. Správní uvážení, základní charakteristika a souvislosti pojmu. Brno: Masarykova univerzita, 2003), dle které „… akt vydaný s použitím volné úvahy musí být vždy přezkoumatelný soudem nebo jiným nezávislým orgánem, aniž by to vylučovalo možnost přezkoumání správním orgánem jak z hlediska zákonnosti, tak z hlediska účelnosti. (…) Při přezkoumání rozhodnutí vydaných na základě správního uvážení půjde vždy o správné určení, zda přezkumné řízení se má a bude dotýkat otázky správního uvážení, zda je volná úvaha správního orgánu v příslušném předpise založena, jaký je rozsah a obsah této úvahy, a zda vskutku správní uvážení bylo v rozhodování použito.“  Podle stanoviska soudu žalobou napadené rozhodnutí správní úvahu, byť velmi stručnou, obsahuje. Z jeho odůvodnění je totiž zřejmé, na základě jakých úvah žalovaný v konkrétní věci dospěl ke svému rozhodnutí, k čemu přihlédl, resp. nepřihlédl a proč rozhodl tak, jak rozhodl. V napadeném rozhodnutí žalovaný vyložil svůj náhled na žalobcem uplatněné námitky proti Opatření. Tyto jeho „odpovědi“ zcela pochopitelně směřovaly k vysvětlení důvodů, proč na konkrétní námitky žalobce žalovaný nevešel.
94. Soudu nevyvstaly pochybnosti o tom, že žalovaný při posouzení důvodnosti námitek pečlivě zvažoval zjištěný skutkový stav, jak jej žalovaný rekapituloval v úvodu svého rozhodnutí (strana 1 až 3) a podrobně vymezil námitky, v nichž žalobce svůj nesouhlas se závěry Opatření vyjevil (strana 4 až 9). Následně žalovaný v souladu s žalobcem namítaným ustanovením § 68 odst. 3 správního řádu, dle kterého V odůvodnění se uvedou důvody výroku nebo výroků rozhodnutí, podklady pro jeho vydání, úvahy, kterými se správní orgán řídil při jejich hodnocení a při výkladu právních předpisů, a informace o tom, jak se správní orgán vypořádal s návrhy a námitkami účastníků a s jejich vyjádřením k podkladům rozhodnutí. V případě, že podkladem rozhodnutí jsou písemnosti a záznamy, které jsou za podmínek v § 17 odst. 3 uchovávány odděleně mimo spis, v odůvodnění rozhodnutí se na tyto podklady odkáže takovým způsobem, aby nebyl zmařen účel jejich utajení; není-li to možné, uvedou se v odůvodnění rozhodnutí pouze v obecné rovině skutečnosti, které z těchto podkladů vyplývají  uvedl v odůvodnění svého rozhodnutí nepochybně důvody pro výrok svého rozhodnutí, podklady z nich vyšel za použití jakých právních předpisů, a vyjevil, jak o námitkové argumentaci žalobce uvážil a z jakých důvodů ke svým závěrům dospěl. Své úvahy, pro které se s posouzením v Opatření v daném rozsahu ztotožnil podrobně a výstižně ke každému krácení dotace v rozhodnutí o námitkách popsal (str. 9 až 16). Vysvětlil rovněž, proč oproti Opatření přisvědčil žalobci v jeho argumentaci proti krácení 5. a z jakého důvodu v tomto ohledu považoval argumentaci žalobce za přiléhavou (str. 13 až 15).
95. K otázce správního uvážení stran k přiměřenosti krácení dotace soud přisvědčuje žalobci, že rozhodnutí o námitkách výslovně úvahu o přiměřenosti krácení neobsahuje. Soud na tomto místě podotýká, že si je vědom judikatury správních soudů, jakož i nálezu Ústavního soudu ve věci sp. zn. III. ÚS 1344/23, který požadavek na to, aby se správní orgán přiměřeností krácení dotace vždy zabýval, vytkl.
96. V nyní projednávané věci soud po zvážení všech skutkových okolností a posouzení odůvodnění žalobou napadeného rozhodnutí jako celku dospěl k závěru, že toto pochybení žalovaného nemohlo mít vliv na zákonnost posouzení věci samé. Zrušení žalobou napadeného rozhodnutí pro tuto vadu by soud považoval za formalistické, neboť by v následném řízení při vydání nového rozhodnutí o námitkách byla sice tato vada žalovaným napravena, a a žalovaný by uvedl výslovnou úvahu o přiměřenosti krácení dotace, ale s ohledem na zjištěný skutkový stav lze bez rozumných pochybností očekávat, že věcně by se na jeho posouzení ničeho nezměnilo. Je tomu tak proto, že se žalobce dopustil vícero porušení (krácení 1., krácení 2., krácení 3., krácení 4., krácení 6. a krácení 7.), přičemž za krácení 1. až 4. předpokládá sazebník krácení dotace ve výši 100 %. Žalovaný v této souvislosti přitom právem uvážil, že se taková krácení nesčítají a vyšel z krácení 1. jako primárního. Soud přitom neshledal posouzení tohoto primárního pochybení nezákonným. Zárověň se jednalo u krácení 1. až 4. o pochybení v dotačním právu nejzávažnější povahy, jak je ostatně patrno z možnosti krácení ve výši 100 %. Uvedená vada rozhodnutí žalovaného se tak nestala důvodem pro jeho zrušení.
97. Podle stanoviska soudu tedy rozhodnutí o námitkách jako celek nárokům kladeným žalobcem označovanou odbornou literaturou, jakož i judikaturou správních soudů a soudu Ústavního, dostálo.
98. K třetímu žalobnímu okruhu stran námitek proti krácením a setrvalým tvrzením žalobce, že účel dotace byl naplněn, projekt byl realizován a slouží svému účelu soud předně uvádí, že  Opatření poskytovatele dotace dle § 14e rozpočtových pravidel nelze považovat za rozhodnutí ve smyslu správního řádu. Tím je až rozhodnutí o námitkách proti tomu opatření dle § 14e odst. 3 rozpočtových pravidel. Vydání opatření poskytovatelem dotace dle § 14e odst. 1 citovaného zákona nepředchází správní řízení, opatření je vydáváno na základě podkladů, které má poskytovatel k dispozici, aniž by prováděl formalizované dokazování (obdobně rozsudek NSS ze dne 14. 12. 2023 č. j. 9 Afs 203/2023-45, bod 22, resp. rozsudek téhož soudu ze dne 23. 5. 2025 č. j. 4 Afs 191/2024-50). Soud tedy již na tomto místě odmítá námitky žalobce stran vad Opatření, pro které nemohl svou argumentaci soustředit již v námitkách, ale až v žalobě. Z obsahu spisového materiálu se zároveň nepodává, že by žalobci nebylo umožněno se v průběhu řízení o námitkách k věci vyjádřit a svou argumentaci předestřít.  
99. Soud dále poukazuje na čl. 1 Způsobilé výdaje bod 1.1 a bod 1.2 Pravidel způsobilosti a publicity-obecná část, které byly přílohou rozhodnutí o poskytnutí dotace. Z nich vyplývá, že způsobilé výdaje jsou definovány na řízením Evropského parlamentu a rady EU č. 1303/2013, vycházejí z právních předpisů EU a ČR a musí splňovat obecné principy způsobilosti výdajů z hlediska věcného, přiměřenosti, času, umístění a účelu. Způsobilý výdaj musí být prokazatelný, doložitelný a vykázán s jednoznačným identifikátorem a vynaložen v souladu se zásadami hospodárnosti, účelnosti a efektivnosti. Pravidla způsobilosti výdajů – zvláštní část pro jednotlivé programy či výzvy mohou stanovit podrobnější úpravu ve vztahu k jednotlivým položkám způsobilých výdajů. (…) Věcná způsobilost výdaje je definována jako výdaj, který byl vynaložen na stanovený účel projektu, splňuje pravidla programu. Každý způsobilý výdaj musí být prokazatelně nezbytný pro realizaci projektu a mít přímou vazbu k projektu.“ ( srovnej rozsudek NSS ze dne 23. 5. 2025, č. j. 4 Afs 19/2024-50).
100. Soud k tomuto žalobnímu okruhu poukazuje i na čl. 2 RPD ve znění změn, z něhož se podává, že dotace je stanovena jako maximální a bude vyplacena pouze na základě skutečně vynaložených, odůvodněných a řádně prokázaných způsobilých výdajů projektu (čl. 2.1. a čl. 2.2.).
101. Soud k tomu připomíná čl. 3 RPD, konkrétně čl. 3. 1, dle kterého je příjemce povinen prokazatelně splnit účel, na který mu byla poskytnuta dotace. Tímto účelem se ve věci žalobce rozumělo rozšíření prostor infrastruktury, pořízení nového vybavení, zlepšení kapacit pro společné využívání technologií (aktivita C)/výstavba nové sdílené inovační infrastruktury (aktivita D), přičemž realizace Projektu musí být dle tohoto článku ukončena nejpozději ve lhůtě 31. 12. 2023 (čl. 3.4.) ve znění změnového rozhodnutí o poskytnutí dotace (č. j. 259/06/22/61200/142/ZR2).
102. Žalobce ve své argumentaci zcela pomíjí zmíněný čl. 3 RPD vymezující účel dotace (3.1.), který nelze změnit (3.2.), a že Projekt musí být realizován nejpozději ve lhůtě do 31. 12. 2023 (3.4.). Z toho je zřejmá provázanost účelu dotace, ale i nejzazší lhůty, ve které má být tento účel naplněn a realizován. Se systematiky rozhodnutí o poskytnutí dotace, ale i obecně z dotačního práva, bez pochyb plyne, že účel dotace a lhůta (maximální), kdy má být projekt, na který byla dotace poskytnuta, realizován, jsou základními parametry poskytnuté dotace, jak žalovaný přiléhavě uvedl v duplice k vyjádření žalobce. Zákon o rozpočtových pravidlech v § 14 odst. 5 umožňuje stihnout porušení rozpočtové kázně nižším odvodem pouze ve vazbě na § 15 odst. 4 písm. g).
103. Žalovaný tedy postupoval právem podle § 14e téhož zákona. Při vědomí povinností, které rozhodnutí o poskytnutí dotace žalobci ukládalo, a při vědomí účelu dotace a nejzazší lhůty, ve které musí být Projet realizován, pak podle stanoviska soudu žalovaný zohlednil u krácení 1., jakožto primárního krácení, že žalobce nesplnil čl. 3 bod 3.4., neboť nerealizoval Projekt v nejzazší lhůtě a nebyl proto rozhodnutím o poskytnutí dotace splněn Indikátor, jehož dosažení byl žalobce povinen doložit (zrekonstruované, rozšířené a metry čtvereční nově vybudované kapacity dle čl. 6 bodu 6.10.1.), přičemž nedodržení této povinnosti v rozsahu menším než 40 % (u žalobce 0) je stiženo krácením ve výši 100 % (bod 6.10.3.). Žalobce si přitom musel být vědom povinností příjemce dotace dle čl. 6 RPD, kde se uvádí, že pokud bude před vyplacením dotace nebo její části zjištěno, že příjemce porušil povinnosti stanovené právním předpisem, nedodržel účel dotace nebo podmínky tohoto rozhodnutí a jeho příloh, nebo podmínky tohoto rozhodnutí, má poskytovatel dotace právo dotaci nebo její část dle § 14e rozpočtových pravidel nevyplatit. A dále, že…v případech, kdy toto rozhodnutí stanoví, že příjemci nebude vyplaceno 100 % poskytnuté dotace, bude tak učiněno postupem podle § 14e rozpočtových pravidel …. 
104. K tomu soud dále připomíná bod 6.12.7. téhož článku RPD, který ukládá ve vztahu ke všem případům, kdy toto rozhodnutí stanoví, že příjemce je povinen k poslední žádosti o platbu doložit určité dokumenty, povinnost příjemce předkládat tyto dokumenty spolu s prvním podáním poslední žádosti o platbu. Pro případ nedoložení je zde výslovně uvedeno krácení 100 % dotace, není-li dále uvedeno jinak.
105. Mezi účastníky přitom není sporu o tom, že se u žalobce jednalo o první podání poslední žádosti o platbu ve smyslu bodu 6.13.11., k čemuž měl předložit předávací protokol stavby, skutečné zaměření vybudované plochy a stavební deník, což žalobce k nejzazšímu datu realizaci Projektu neučinil, neboť Projekt byl realizován až na podzim roku 2024.
106. Soud dále podotýká, že se žalobce dopustil porušení vícero povinností stanovených RPD (resp. ve vztahu ke krácení 6. a 7. příloh RPD, tj. Pravidel způsobilosti a publicity-obecná část a Pravidel pro výběr dodavatelů) postižených stoprocentním krácením.
107. Konkrétně u krácení 2. nepředložením dokumentů (bod 6.12.7.), a sice nepředložením předávacího protokolu stavby, ze kterého bude patrné, že stavba byla dokončena k datu ukončení Projektu, skutečného zaměření vybudované plochy (půdorysy pater a místností) po patrech, potvrzené projektantem a/nebo dodavatelem stavby a stavební deník, ze kterých by bylo zřejmé, že je dílo dokončeno nejpozději k datu ukončení Projektu. Žalovaný rozhodnutím o námitkách aproboval Opatření, kde se k tomuto krácení 2. uvádí, že žalobce jako příjemce nepředložil k prvnímu podání nebo v rámci opravy žádosti o platbu ani předávací protokol stavby, ani skutečné zaměření budovy, ani stavební deník, ze kterých by bylo zřejmé, že dílo bylo dokončeno. Naopak ze stavebního deníku a aktualizovaného harmonogramu stavby, který byl přílohou Dodatku č. 4 k veřejné zakázce je zřejmé, že stavba nebyla k 31. 12. 2023 dokončena a příjemce tedy těmito dokumenty nemohl disponovat. Uvedený závěr opatření žalobce nijak nerozporoval a bránil se tomuto krácení poukazem na argumentaci ke krácení 1., kterou lze shrnout jako argumentaci propojeností Projektu žalobce s Projektem SIC. Dále se žalobce bránil tomuto krácení tvrzením o legitimním očekávání, že k němu bude přistupováno stejně jako přistupoval poskytovatel dotace k Projektu SIC, dále tvrzením o rozdílném přístupu poskytovatele k žalobci a k Projektu SIC, a dále tvrzenou nečinností poskytovatele při rozhodování o žádosti žalobce o změnu.
108. S ohledem na výše uvedené má soud za to, že u krácení 2. bylo Opatřením a žalovaným právem rozhodnuto o nevyplacení 100 % dotace ve smyslu bodu 6.12.7. RPD.
109. Po právu soud shledal také krácení 3. a krácení 4., neboť se jednalo o nesplnění požadavku na způsobilé výdaje tak, jak ve vymezen v čl 1. bodu 1.1 a 1.2 Pravidel způsobilosti a publicity-obecná část, kde se uvádí „způsobilé výdaje jsou definovány nařízením 1303/2013, vycházejí z právních předpisů EU a ČR a musí splňovat obecné principy způsobilosti výdajů z hlediska věcného, přiměřenosti, času, umístění a účelu. Způsobilý výdaj musí být prokazatelný, doložitelný a vykázán s jednoznačným identifikátorem a vynaložen v souladu se zásadami hospodárnosti, účelnosti a efektivnosti. Pravidla způsobilosti výdajů – zvláštní část pro jednotlivé programy či výzvy mohou stanovit podrobnější úpravu ve vztahu k jednotlivým položkám způsobilých výdajů. (…) Věcná způsobilost výdaje je definována jako výdaj, který byl vynaložen na stanovený účel projektu, splňuje pravidla programu. Každý způsobilý výdaj musí být prokazatelně nezbytný pro realizaci projektu a mít přímou vazbu k projektu.“. Konkrétně nebyly u krácení 3. uznány jako způsobilé výdaje hrazené po 31. 12. 2023 dle bodu 1.8 Pravidel způsobilosti a publicity-obecná část s odkazem na vyúčtovací fakturu z 29. 2. 2024 a předávací protokol z 27. 2. 2024. Ke krácení 4. došlo z důvodu porušení bodu 2.9 Pravidel způsobilosti a publicity-obecná část, který mimo jiné ukládá, aby v případě, kdy probíhají platby více faktur jednou úhradou, doložil žalobce všechny faktury z úhrady souvisejících s Projektem, aby bylo možné zkontrolovat, že byly všechny řádně uhrazeny. Žalobce k zálohové faktuře ale nedoložil fakturu vyúčtovací, resp. se tak nestalo do data ukončení Projektu 31. 12. 2023, a nedoložil ani vrácení nevyúčtovaného zůstatku uhrazené zálohové faktury ve smyslu bodu 3.5 Dodatku č. 3 veřejné zakázky VZ0001, pročež vyúčtování nebylo možné považovat za ukončené. Za krácení 3. a 4. byl žalobce stižen opravou ve výši 100 %.
110. Mezi účastníky přitom ani v tom směru nebylo sporu o tom, že tyto své vytýkané povinnosti stižené 100 % krácením dotace žalobce nesplnil. Vzhledem k tomu, že se podle Kategorizace nedostatků při zadávání zakázek ve stanovení výše odvodu za pochybení v zadávacím/výběrovém řízení (Kategorizace/Sazebník) při souběhu porušení více pravidel procentní částky nesčítají a sazba finanční opravě je uložena podle nejzávažnějšího porušení, postupoval žalovaný souladně se zákonem, tj. § 14e odst. 1 rozpočtových pravidel, a RPD ve znění jeho příloh, kdy uvážil, že nevyplatí žalobci dotaci, neboť tento nedodržel účel dotace a podmínky, za kterých byla dotace poskytnuta.
111. Žalobci byla stanovena oprava též krácením 6. ve vztahu k veřejné zakázce 0001, kdy porušil RPD, resp. bod 46 písm. b) Pravidel pro výběr dodavatelů jako přílohy RPD, neboť umožnil podstatnou změnu závazku ze smlouvy, kterou uzavřel naplnění zakázky tak, že měnil ekonomickou rovnováhu jakýchkoliv závazků ze smlouvy ve prospěch vybraného dodavatele uzavřením Dodatku č. 4 (ze dne 29. 2. 2024). Kdy tímto dodatkem v bodě 3.6 měnil ekonomickou rovnováhu závazku ve prospěch dodavatele, jelikož nově umožnil oddělit materiál a práci i u položek, které s rozdělením v rozpočtu nepočítaly, a vyúčtovat tak náklady za materiál již v okamžiku, kdy byl naskladněn, a ještě před tím, než byl použit na stavbě. Za to byl Opatřením, aprobovaným žalovaným napadeným rozhodnutím, ztížen dle kategorizace sankcí v rozsahu 25 %.
112. Žalobce se dopustil rovněž porušení povinnosti vyplývající z rozhodnutí o poskytnutí dotace bodu 6.5.1. ve spojení s bodem 46 písm. a) Pravidel pro výběr dodavatelů tím, že bodem 3.1. Dodatku č. 4 umožnil podstatnou změnu závazku, kdy prodloužil termín splnění zakázky pevně stanovený v zadávací dokumentaci. Ale pokud by v původní zadávací dokumentaci byla prodloužena doba na splnění zakázky, mohla by tato okolnost vést k účasti většího množství dodavatelů. Za to byl dle zmíněné Kategorizace dotčen krácením 7. ve výši 25 %.
113. Soud zdůrazňuje, že z přehledu krácení (1. až 4., 5. a 6.) Opatřením ve spojení s rozhodnutím žalovaného o námitkách je patrno, že každé z těchto krácení má svůj základ v jiném porušení povinností rozhodnutí o poskytnutí dotace ve spojení s přílohami, které jsou jeho nedílnou součástí.
114. Soud odmítá žalobní tvrzení, dle kterého žalovaný nevysvětlil, proč nepoužil argumentaci žalobce ke krácení 5. také ve vztahu ke krácením 6. a 7. Žalobce totiž svou námitku proti Opatření v tomto směru nijak blíže nerozvinul, ani nespecifikoval, v čem konkrétně považuje své argumenty proti krácení 5. za nosné i vůči krácení 6. a 7. Žalovaný tedy nemohl na blíže nespecifikovanou argumentaci reagovat. Stalo se tak proto až ve vyjádření k žalobě, v níž již žalobce tuto svou argumentaci uplatnil. Soud k tomu podotýká, že podle obsahu spisového materiálu předcházela podání námitek proti Opatření čilá komunikace mezi žalobcem a žalovaným od ledna 2024. Z této komunikace soud zejména poukazuje na sdělení žalovaného žalobci ze dne 16. 1. 2024 ve spojení se sdělením ze dne 25. 1. 2024 o tom, že žádosti o prodloužení lhůty pro realizaci projektu nelze vyhovět z důvodu nálezu auditního orgánu (depeše). Podle zprávy auditního orgánu měla být žádost žalobce o podporu ze strany žalovaného zamítnuta a vyřazena z dalšího hodnocení, neboť nesplňovala podmínky výzvy. Dále je z této komunikace zřejmé, že žalobce podal žádost o platbu (ze dne 29. 2. 2024), žalovaný vytkl k této žádosti připomínky, na které žalobce opakovaně reagoval, je zde  (mj.) zachyceno i vyjádření žalobce k Indikátoru (ze dne 17. 10. 2024) a jeho poukaz na metodiku MPO Využití zálohových faktur v rámci ukončování programového období - OP PIK, a další dokumenty svědčící o vzájemné komunikaci mezi poskytovatelem dotace a žalobcem.
115. Z toho je nepochybné, že žalobce měl ještě před vydáním Opatření zcela zřejmé povědomí o tom, že podle auditního orgánu měla být jeho žádost o podporu zamítnuta a vyřazena z dalšího hodnocení, jakož i výzvy žalovaného k jeho žádosti o platbu. Nelze rovněž nevidět, že bylo povinností žalobce znát podmínky kladené mu RPD ve znění příloh, jež jsou jeho nedílnou součástí. Lze tedy rozumně očekávat, že žalobce věděl, že stěžejní podmínku (splnění Indikátoru l 31. 12. 2023) nedodržell. Tomu ostatně svědčí i jeho podání žádosti o změnu. Ani v tomto ohledu tak neobstojí žalobní tvrzení, že žalobce v námitkách proti Opatření nemohl uplatnit celou šíři argumentace, jak se stalo až v žalobě.
116. Soud proto odmítá námitku žalobce, že žalovaný neakceptoval jeho argumentaci ve vztahu ke krácení 5. také ve vztahu ke krácení 6. a ke krácení 7., ačkoli se jednalo o vzájemně propojené skutečnosti navázané na nemožnost ukončit Projekt v termínu do 31. 12. 2023. Jak již bylo výše uvedeno, stěžejní argumentace žalobce v námitkách proti Opatření se soustředila na to, že nebylo rozhodnuto o jeho žádosti o změnu Projektu, na nemožnost aby žalobce na takové rozhodnutí reagoval, na nerovné zacházení s příjemci dotací a na porušení zásad transparentnosti a předvídatelnosti. K tomu žalobce poskytl bohatou argumentaci (str. 3 až 9 námitek) a na tuto argumentaci žalovaný v rozhodnutí o námitkách také reagoval. V námitkách vůči krácení 6. a krácení 7. Opatřením žalobce výslovně danou námitku neuplatnil, a již vůbec ne v takové šíři, aby na ni mohl žalovaný reagovat. Pokud tak žalobce činí až v nyní podané žalobě, soud na jeho námitku za tohoto procesního stavu nemohl reagovat, neboť nemůže za žalovaný správní orgán ničeho domýšlet, a rovněž proto, že, jak již bylo uvedeno shora, dopustil se žalobce porušení jednotlivých povinností stanovených rozhodnutím o poskytnutí dotace a jeho přílohami, kterými byl vázán a které nepochybně znal, neboť byl žadatelem o dotaci a adresátem tohoto rozhodnutí, v jehož obsahu ve znění připojených příloh jsou tyto povinnosti výslovně uvedeny, jak vyplývá z přehledu jednotlivých krácení. Nadto žalobce před podáním žádosti o platbu znal podstatný závěr stanoviska auditního orgánu, který žalovanému jednoznačně sdělil, že žalobcova žádost o podporu měla být zamítnuta (viz výše).
117. Soud v této souvislosti odmítá žalobní tvrzení stran nálezu auditního orgánu, zpochybnění jeho relevance, námitku, že se k němu žalobce nemohl vyjádřit apod.. Žalobce se o nálezu auditního orgánu dozvěděl v lednu 2024 (viz shora) a následně se k němu i vyjádřil. Soudu není zřejmé, z čeho žalobce dovozuje povinnost žalovaného sdělit obsah nálezu auditního orgánu žalobci bezodkladně poté, kdy se o něm jako poskytovatel dotace dozvěděl. Podstatou projednávané věci a krácení dotace žalobci je totiž primární pochybení žalobce, spočívající v nenaplnění účelu dotace (Indikátor) k nejzašímu datu, tj. k 31. 12. 2023.
118. K dalšímu žalobnímu tvrzení stran (ne)rozhodnutí o žádosti žalobce o změnu soud poukazuje na RPD, které připouštělo změny Projektu a příjemci ve svém čl. 5 umožňovalo podat žádost o změnu nejpozději čtrnáctý den před uplynutím lhůty, ve které má být daná povinnost stanovena a tímto rozhodnutím příjemcem splněna (čl. 5.1.). Z RPD ani z jiných právních předpisů ale nevyplývá povinnost žalovaného jako poskytovatele dotace rozhodnout o žádosti o změnu ve stanovené lhůtě, resp. ve věci žalobce do data ukončení Projektu (do 31. 12. 2023).
119. Soud tak přisvědčuje žalovanému v jeho odpovědi na žalobní tvrzení žalobce prolínající všemi žalobními námitkami, že žalobci nemohlo vzniknout legitimní očekávání, že bude jeho žádosti vyhověno. Soud opětovně zdůrazňuje, že podle článku 3.3.4. měla být realizace Projektu ukončena nejpozději ve lhůtě do 31. 12. 2023. Žalobce měl tedy tuto povinnost zohlednit a neočekávat, že o jeho žádosti o změnu bude rozhodnuto před uplynutím této nejzazší lhůty, ani, že pokud jej žalovaný nevyrozuměl o tom, že žádosti nevyhoví, je běh této lhůty pozastaven proto, že žádosti vyhověno bude. Irelevantní soud shledal též odkaz žalobce na to, že jeho předchozí žádosti o změnu vyhověno bylo, neboť každá taková žádost je jedinečná skutkovými okolnostmi, pro které je podávána, a její posouzení je vymezeno podmínkami dotace daných RPD a jeho přílohami.
120. K porušení legitimního očekávání žalobce a k porušení zásady rovnosti nedošlo ani tím, že žádosti Projekt Smart žalovaný vyhověl. Žalovaný právem v rozhodnutí o námitkách poukázal na to, že se jednalo o dva samostatné projekty, o dotaci žádaly odlišné subjekty, v rámci různých výzev, každé žádosti bylo vyhověno na základě samostatného rozhodnutí o poskytnutí dotace, a tímto rozhodnutím byly stanoveny i samostatné podmínky. Z odůvodnění rozhodnutí žalovaného je zjevné, že si byl vědom skutkových okolností dané věci  a uvážil, že se jedná o propojené projekty. Důvodně však uzavřel, že se ve skutečnosti jedná o dva samostatné projekty. Nelze tak předjímat, že by žalovaný jako poskytovatel dotace k oběma projektům přistupoval naprosto totožně, ani že by nezohlednil individuální skutkové okolnosti, které u obou projektů nastaly (str. 11 napadeného rozhodnutí). Soud k tomu ve shodě se žalovaným dále uvádí, že žádosti o změnu ze strany společnosti Smart bylo žalovaným vyhověno až dne 12. 2. 2024, tedy po datu, kdy měl být v nejzazší lhůtě Projekt žalobce realizován (do 31. 12. 2023). S ohledem na různé skutkové okolnosti dvou různých projektů, na základě různých dotačních výzev a završené různými rozhodnutími o poskytnutí dotace se samostatnými podmínkami, tak nelze oprávněně dospět k závěru o důvodném očekávání žalobce, že bude v případě jeho žádosti o změnu postupováno shodně jako u společnosti Smart. Soud tak neshledal nerovný přístup ze strany žalovaného. Ten by totiž mohl být zjištěn jen pokud by ve shodných věcech rozhodoval žalovaný různě. A tak tomu v projednávané věci žalobce nebylo.
121. Žalovaný rovněž správně vytkl, že k narušení zásady rovného přístupu nemohlo dojít i s ohledem na skutečnost, že žalobcem namítaná žádost o změnu projektu nebyla dosud věcně projednána, neboť je v jeho systému vedena stále ve stavu „rozpracována“. Jak již bylo shora uvedeno, žalovaný přitom žalobce informoval „depeší“, že v důsledku nálezu auditního orgánu nemůže být tato jeho žádost schválena. Sou opětovně uvádí, že podle zprávy auditního orgánu měla být žádost žalobce o podporu ze strany řídícího orgánu zamítnuta a vyřazena z dalšího hodnocení, neboť nebyly splněny podmínky výzvy, resp. tyto byly splněny až po termínu ukončení příjmu žádostí o podporu, pročež žádost o změnu nemůže být schválena. Žalovaný k tomu v odůvodnění svého rozhodnutí na podkladě dokumentů z obsahu spisového materiálu doplnil, že v této věci došlo k několika osobním setkáním poskytovatele dotace (žalovaný) se zástupci příjemce dotace (žalobce), jejichž předmětem byla problematika nálezů auditního orgánu a nemožnost vyhovět žádosti o změnu projektu (str. 9–11 napadeného rozhodnutí).
122. Soud k žalobní argumentaci zdůrazňuje, že se z odůvodnění žalobou napadeného rozhodnutí nepodává, že by žalovaný jakkoliv zpochybnil vlastní realizaci Projektu, ke které ovšem došlo až po nejzazší lhůtě, tj. po 31. 12. 2023, ani že by žalovaný zpochybnil, že by Projekt svému účelu nesloužil, či neuvážil konkrétní skutkové okolnosti ve věci žalobce.
123. Soud odmítá i argumentaci žalobce stran důkazního břemene, neboť je to právě žalobce jako příjemce dotace na kterém spočívalo důkazní břemeno ohledně výdajů jím uplatňovaných jako způsobilých k proplacení. Rozšířený senát NSS k tomu v bodech 30 a 31 usnesení ze dne 18. 4. 2017, č. j. 6 Afs 270/2015‑48, č. 3579/2017 Sb. NSS, uvedl „o poskytnutí dotace rozhoduje poskytovatel na základě žádosti příjemce. Vydáním rozhodnutí, případně výjimečně uzavřením dohody (§ 17 rozpočtových pravidel), vzniká podle ustálené judikatury mezi poskytovatelem a příjemcem dotace veřejnoprávní vztah (usnesení zvláštního senátu pro rozhodování některých kompetenčních sporů dle zákona č. 131/2002 Sb. ze dne 7. 5. 2010, č. j. Konf 14/2010 ‑ 8). Poskytování dotací ze státního rozpočtu je činností spadající do oblasti veřejné správy, konkrétně do oblasti veřejných financí; poskytovatel je vůči příjemci dotace v postavení správního orgánu. Podmínky či pravidla čerpání dotace jsou stanoveny v rozhodnutí o poskytnutí dotace a dokumentech, na které rozhodnutí odkazuje. Tomu ostatně odpovídá i výrok rozhodnutí o poskytnutí dotace, který váže poskytnutí dotace vedle jejího účelu též na soulad s žádostí o dotaci a soulad s podmínkami, které jsou součástí rozhodnutí a které upravují povinnosti, které musí příjemce dotace splnit.“  Z judikatury NSS vyplývá i charakteristika zvláštní povahy poskytování dotací, které je specifické v tom, že podle příslušných dokumentů, na základě nichž jsou dotace poskytovány (rozhodnutí o poskytnutí dotace popř. smlouva o poskytnutí dotace, včetně příloh a jimi odkazovaných dalších dotačních podmínek), jsou to právě příjemci dotací, kteří mají prokázat splnění všech stanovených povinností, jimiž je čerpání dotace podmíněno, a za tímto účelem jsou povinni předložit relevantní listiny a důkazy (srovnej rozsudek NSS ze dne 23. 5. 2025, č. j. 4 Afs 191/2024-50).
124. Za ndůvodnou soud považuje i námitku nepřihlédnutí žalovaného k (ne)činnosti státní správy v období COVId-19. Žalovaný se k této námitce ve svém rozhodnutí vyjádřit nemohl, neboť v tomto směru žalobce v námitkách proti Opatření ničeho neuvedl. Soud tak jen pro úplnost uvádí, že se z obsahu spisového materiálu žádné takové žalobcem tvrzené obtíže v jednání s poskytovatelem nepodávají. 
125. Námitky nejsou důvodné.
126. Soud pro úplnost dodává, že na rozhodnutí o poskytnutí dotace není právní nárok a je de facto dobrou vůlí státu. Je proto zcela férové, pokud je na jedné straně vyváženo přísnými podmínkami, které příjemce dotace zavazují (např. rozsudek NSS ze dne 30. 6. 2014, č. j. 8 Ans 4/2013-44), poznámka pro mě bod 13 rozsudku 4 Afs 19/2024-50).

Závěr a náklady řízení

127. Soud proto žalobu jako nedůvodnou podle § 78 odst. 7 s. ř. s. zamítl.
128. Výrok o nákladech řízení je odůvodněn ustanovení § 60 odst. 1 s. ř. s. Žalobce nebyl ve věci procesně úspěšný, žalovanému správnímu orgánu, který měl úspěch, však důvodně vynaložené náklady řízení nevznikly.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Praha 22. dubna 2026

JUDr. Ivanka Havlíková v. r.

předsedkyně senátu