7 As 236/2025-48

[OBRÁZEK]

 

 

ČESKÁ REPUBLIKA

 

ROZSUDEK

JMÉNEM  REPUBLIKY

 

 

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Milana Podhrázkého, soudce Davida Hipšra a soudkyně Jiřiny Chmelové v právní věci žalobce: Denní centrum Žirafa, z.s., se sídlem Gagarinova 506/20, Karlovy Vary, zast. Mgr. Markem Vojáčkem, advokátem se sídlem Na Florenci 2116/15, Praha 1, proti žalovanému: Ministerstvo pro místní rozvoj, se sídlem Staroměstské náměstí 932/6, Praha 1, o kasační stížnosti žalobce proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 31. 10. 2025, č. j. 17 A 108/2023-100,

 

 

takto:

 

 

  1. Kasační stížnost se zamítá.

 

  1. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

 

 

Odůvodnění:

I.  Vymezení věci

[1]               Žalobce poskytuje sociální služby lidem s handicapem. Chtěl rozšířit kapacitu nabízených služeb, proto požádal žalovaného o poskytnutí dotace. Žalovaný mu rozhodnutím ze dne 26. 11. 2020, č. j. 66832/2020-55/4, přiznal dotaci ve výši necelých 5 500 000 Kč na projekt „Rozšíření kapacity služeb – Bohatice“ s tím, že se jedná o dotaci vyplácenou zpětně. Žalobce po provedení stavebních prací podal žádost o platbu. Centrum pro regionální rozvoj České republiky (jakožto zprostředkovatel, který se podílí na administraci tohoto typu dotací), provedlo administrativní ověření žádosti o platbu a dospělo k závěru, že naprostá většina nákladů žalobce nebyla způsobilá. Dne 26. 8. 2022 zpřístupnilo v informačním systému MS2014+ zprávu („depeši“) s předmětem „Schválení Žádosti o platbu ve 2. stupni“. Podle této zprávy nebyla část dotace vyplacena a podrobné důvody nevyplacení byly uvedeny v samostatném dokumentu nazvaném „Informace o nevyplacení části dotace“. Žalobci bylo vyplaceno pouze 103 000 Kč.

[2]               Pro tento rozsudek Nejvyššího správního soudu není podstatné, jaké byly důvody nevyplacení celé požadované částky dotace. Podstatné jsou především procesní kroky žalobce a Centra pro regionální rozvoj. Ve věci jde o to, zda žalobce podal včas námitky proti nevyplacení části dotace, respektive zda včas požádal o prominutí zmeškání lhůty pro podání těchto námitek.

[3]               Žalobce kontaktoval ředitele odboru řídicího orgánu pro Integrovaný regionální operační program (organizovaného v rámci žalovaného) dopisem ze dne 1. 11. 2022, který byl následně předán Centru pro regionální rozvoj, a požádal jej o osobní schůzku. Chtěl se seznámit s důvody neuznání nákladů na opravy a rozšíření svých kapacit. V dopise uvedl, že o rozhodnutí o uznatelných nákladech se dozvěděl „v průběhu září“. Žalobce se s pracovníky Centra pro regionální rozvoj sešel dne 23. 11. 2022. Podle svého tvrzení se až při tomto jednání sám seznámil s dokumentem obsahujícím důvody nevyplacení části dotace. Následně dne 2. 12. 2022 zaslal další dopis řediteli uvedeného odboru, ve kterém vysvětloval, že dotaci pro něj spravovala společnost ABRI s.r.o., která jako jediná měla přístup do informačního systému a žalobce o zpřístupněné zprávě neinformovala. Poté (9. 12. 2022) ještě žalobce Centru pro regionální rozvoj zaslal dokument nazvaný Námitky/mimořádný opravný prostředek proti výsledku administrativního ověření Žádosti o platbu obsaženému v Informacích o nevyplacení části dotace. Centrum pro regionální rozvoj dne 15. 12. 2022 žalobce vyzvalo k doplnění důvodů této žádosti. Upozornilo žalobce na to, že jeho podání vyhodnotilo jako žádost o prominutí zmeškání ve smyslu § 41 správního řádu, jelikož lhůta pro podání námitek již marně uplynula 15 dní po doručení zprávy v informačním systému. Centrum pro regionální rozvoj uvedlo, že bylo možné podat pouze mimořádný opravný prostředek, o kterém bude rozhodovat poskytovatel dotace, tedy žalovaný a současně, že je nutné podání žalobce řádně odůvodnit a případně podložit důkazy. Centrum pro regionální rozvoj žalobci vysvětlilo, že je třeba odůvodnit zmeškání lhůty, nikoliv samotné námitky proti výsledku kontroly a také, že je připraveno spolupracovat v případném řešení situace vůči společnosti ABRI. Žalobce měl do 10. 1. 2023 lhůtu na doplnění svého podání. Žalobce tak učinil a dne 10. 1. 2023 žádost o prominutí zmeškání lhůty odůvodnil.

[4]               Centrum pro regionální rozvoj dne 17. 3. 2023 postoupilo žádost žalovanému. Ten usnesením ze dne 20. 3. 2023, č. j. MMR-22078/2023-26, žádost o prominutí zmeškání lhůty zamítl. Dospěl k závěru, že překážkou provedení úkonu nebyly závažné důvody, které by nastaly bez zavinění žalobce. Žalobce se proti tomuto usnesení bránil rozkladem, který ale ministr pro místní rozvoj rozhodnutím ze dne 22. 6. 2023, č. j. MMR 44996/2023, zamítl. Žalobce podle něj nesplnil podmínky § 41 správního řádu, zejména nedoložil závažné důvody objektivní povahy pro zmeškání lhůty pro podání námitek.

[5]               Žalobce proti rozhodnutí ministra podal žalobu u Městského soudu v Praze, který ji rozsudkem ze dne 30. 4. 2024, č. j. 17 A 108/2023-51, zamítl. Proti rozsudku městského soudu podal žalobce kasační stížnost, které Nejvyšší správní soud rozsudkem ze dne 24. 6. 2025, č. j. 8 As 161/2024-51, vyhověl a rozsudek městského soudu zrušil pro nepřezkoumatelnost. Městský soud totiž nevysvětlil, proč se podle něj jedná jen o běžnou kontrolu, ani to, co se takovou kontrolou myslí. Není možné dovodit, který přesně zákonný režim kontroly měl městský soud na mysli. To, v jakém právním režimu proběhla kontrola žádosti o platbu, je přitom klíčové pro vyřešení celého sporu. Odvíjí se od něj, zda měla společnost ABRI zmocnění pro zastupování žalobce právě pro takové úkony. Pokud by daná společnost takové zmocnění neměla, bylo by nutné se zabývat tím, kdy se žalobce mohl s obsahem výsledku kontroly seznámit a kdy mu uplynula lhůta pro podání námitek podle § 14e odst. 2 zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla). Městský soud se navíc nevypořádal s částí žalobních námitek a vyšel z mylného předpokladu, že se jimi nemůže zabývat, jelikož je žalobce neuplatnil před správními orgány. V dalším řízení se měl městský soud mimo jiné zabývat tím, jakou povahu měla kontrola žádosti o platbu a zda nešlo o kontrolu veřejnosprávní. Od takového posouzení se pak měly odvíjet další případné úvahy o včasnosti či opožděnosti dalších podání žalobce a jejich povaze i procesnímu významu. Z odůvodnění nového rozsudku mělo být zřejmé, které závěry žalovaného vzal za své a co z toho případně plyne pro jeho posouzení věci.

[6]               Městský soud v dalším řízení žalobu v záhlaví označeným rozsudkem znovu zamítl. Uvedl, že některé žalobní námitky se netýkají prominutí zmeškání úkonu, a proto se jimi nezabýval. Konkrétně šlo o tvrzení, že žalovaný neposoudil dopisy žalobce z 1. 11. 2022 a 2. 12. 2022 jako námitky ve smyslu § 14e odst. 2 rozpočtových pravidel a že následné podání ze dne 9. 12. 2022 mělo být posouzeno jako doplnění těchto námitek. Dále se městský soud neztotožnil s námitkou, podle které žalovaný před vydáním usnesení nesplnil povinnost dle § 36 odst. 3 správního řádu. Žalobce byl se spisem seznámen na schůzce s Centrem pro regionální rozvoj, a navíc je spisová dokumentace uložena v informačním systému MS2014+, do kterého má pověřená osoba žalobce zřízený přístup a který byl hlavním komunikačním kanálem mezi žalobcem a správními orgány.

[7]               Městský soud se neztotožnil s tím, že by se jednalo o veřejnosprávní kontrolu. Byť délka administrativního ověření žádosti byla značná (od 23. 12. 2020 do 26. 8. 2022), nelze z ní usuzovat, že se jednalo o zastřenou veřejnosprávní kontrolu. Odkazuje se v tomto ohledu na svůj rozsudek ze dne 27. 11. 2024, č. j. 11 A 26/2024-75. Ani z Obecných pravidel pro žadatele a příjemce Integrovaného regionálního operačního programu IROP (vydání platného od 1. 3. 2021 do 29. 3. 2023), na která žalobce odkazoval, pak neplyne, že by každé administrativní ověření podléhalo plně procesu podle kontrolního řádu. Jedná se o předstupeň kontroly. Podle bodu 17.1 obecných pravidel může Centrum pro regionální rozvoj na základě vlastních kontrol nebo kontrol jiných orgánů přistoupit k postupu podle § 14e rozpočtových pravidel. Daný bod však neimplikuje, že by obecná pravidla odkazovala výhradně na kontrolu podle kontrolního řádu. Pojem „kontrola“ používají v širším smyslu. Bod 22.2.1 obecných pravidel pak odkazuje na § 3 kontrolního řádu. Ani z tohoto odkazu se nedá usuzovat, že by se jednalo o kontrolu ve smyslu kontrolního řádu. Dané ustanovení kontrolního řádu totiž upravuje postupy, které předcházejí vlastní kontrole. Provedené administrativní ověření nebylo podle městského soudu kontrolou ve smyslu kontrolního řádu. Formálně chybělo úřední oznámení o zahájení kontroly nebo protokol o kontrole. Centrum pro regionální rozvoj pak při kontrole splnění podmínek vycházelo pouze z údajů, které mu dodal samotný žalobce, a neopatřovalo si žádné podklady v rámci vlastní vyhledávací činnosti. Ani materiální podmínka kontroly tak splněna nebyla. Jelikož se nejednalo o kontrolu ve smyslu kontrolního řádu, nemohlo jednat ani o veřejnosprávní kontrolu ve smyslu zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů (zákon o finanční kontrole).

[8]               Městský soud se neztotožnil ani s tím, že by výsledek administrativního ověření a informace o nevyplacení části dotace byly žalobci zpřístupněny v rozporu s § 14e odst. 2 rozpočtových pravidel. Komunikace s kontrolními orgány byla v rámci zmocnění, které žalobce udělil společnosti ABRI. Pověřená zástupkyně byla v plné moci označena dřívějším příjmením, avšak jedná se o tutéž osobu. V souladu s § 17e odst. 2 písm. d) a § 17e odst. 4 zákona č. 248/2000 Sb., o podpoře regionálního rozvoje, pak bylo doručováno prostřednictvím informačního systému. Dále městský soud nepřisvědčil žalobci v tom, že by byly naplněny podmínky pro vyhovění žádosti o prominutí zmeškání úkonu. Aby bylo možné přistoupit k aplikaci institutu prominutí lhůty podle § 41 správního řádu, musel by existovat závažný důvod. To, že zvolený administrátor projektu (se kterým žalobce měl soukromoprávní vztah) neplnil řádně své povinnosti a že žalobce neměl sám přístup do informačního systému, není skutečností nezávislou na vůli podatele podle daného ustanovení. Žalobce se soukromoprávní odpovědnosti společnosti ABRI má domáhat vůči této společnosti a nemůže ji uplatňovat u žalovaného.

II.  Obsah kasační stížnosti a vyjádření žalovaného

[9]               Žalobce (stěžovatel) podal proti rozsudku městského soudu kasační stížnost. Její přípustnost dovozuje z toho, že Nejvyšší správní soud zrušil předešlý rozsudek městského soudu pro jeho nepřezkoumatelnost. Kasační stížnost rozděluje do tří okruhů, a to podle jednotlivých písmen § 103 odst. 1 s. ř. s. První z nich se týká nepřezkoumatelnosti napadeného rozsudku podle písmene d), druhý vad řízení před správním orgánem podle písmene b) a třetí nesprávného právního posouzení podle písmene a).

[10]            Co se týče prvního okruhu kasačních námitek, městský soud podle stěžovatele neuvedl, na základě jakých úvah dospěl k tomu, že administrativní ověření žádosti nebylo zastřenou veřejnosprávní kontrolou. Jeho argumentace nepokrývá žalobní námitky. Odkázal na rozsudek č. j. 11 A 26/2024-75, aniž by se zabýval tím, zda se jednalo o skutkově a právně obdobnou věc. Takový postup je v rozporu s rozsudkem NSS ze dne 17. 1. 2008, č. j. 5 As 29/2007-64. Předmětem tamního sporu navíc nebyla shodná právní otázka. Městský soud rovněž v bodech 43 a 44 rozsudku nijak neobjasnil, proč by administrativní ověření nemělo podléhat procesu podle kontrolního řádu, pokud kapitola 22 obecných pravidel jej výslovně označuje za jednu z forem kontrol prováděných na základě zákona o finanční kontrole. Nevysvětlil ani to, proč by administrativní ověření nemohlo být považováno za úkon veřejnosprávní kontroly ve smyslu zákona o finanční kontrole pouze proto, že se na tento postup podle obecných pravidel nevztahují plně veškerá ustanovení kontrolního řádu. Veřejnosprávní kontrola je prováděna primárně podle zákona o finanční kontrole, zatímco kontrolní řád se použije pouze podpůrně.

[11]            Dále se městský soud nevypořádal ani s námitkou, podle které stěžovatel nebyl o opatření spočívajícím v nevyplacení dotace informován vhodným způsobem. Jednoduše totiž konstatoval, že příslušná depeše byla stěžovateli doručena prostřednictvím informačního systému. Stěžovatel přitom namítal, že závěry administrativního ověření měly být doručovány přímo jemu (nikoliv jeho zástupci) a samotná zpráva neobsahovala žádnou přílohu. Uváděla sice umístění dokumentu obsahujícího výsledek kontroly, avšak nesprávně. Zpráva neuváděla ani název, pod kterým byl dokument v informačním systému uložen. Stěžovatel také poukázal na to, že nevyplacení dotace na základě § 14e rozpočtových pravidel bylo judikaturou Nejvyššího správního soudu (rozsudek ze dne 12. 1. 2017, č. j. 5 Afs 219/2016-27) i Ústavního soudu (nálezy ze dne 16. 6. 2015, sp. zn. Pl. ÚS 12/14, bod 46, a ze dne 18. 10. 2023, sp. zn. III. ÚS 1344/23, bod 23) označeno za zásah do legitimního očekávání příjemce dotace. Podle čl. 2 odst. 2 Listiny základních práv a svobod lze státní moc uplatňovat jen v případech a v mezích stanovených zákonem, a to způsobem, který zákon stanoví. Městský soud pak „bez náležitého uvážení a zdůvodnění“ aproboval postup, který prakticky není zákonem upraven.

[12]            Ve druhém okruhu kasačních námitek stěžovatel uvádí, že tvrzení o doručení výsledku administrativního ověření dne 26. 8. 2022 nemá oporu ve správním spise. Výsledek byl zpřístupněn pouze zástupci, který však nebyl oprávněný stěžovatele zastupovat, jelikož se jednalo o veřejnosprávní kontrolu a plná moc výslovně vylučovala procesní úkony při veřejnosprávních kontrolách. Samotná zpráva tento výsledek neobsahovala a dokument bylo nutné v systému dohledat na základě nepřesných instrukcí. Žalovaný pak zcela pominul podání ze dne 2. 12. 2022, kterým stěžovatel vyjádřil nesouhlas s obsahem informace o nevyplacení dotace. Tato informace mu byla prokazatelně poskytnuta až při osobním setkání dne 23. 11. 2022. Stěžovatel také nesouhlasí s městským soudem v tom, že by jeho podání ze dne 1. 11. 2022 a 2. 12. 2022 nesplňovala požadavky na uvedení důvodů tvrzené nezákonnosti či procesních vad správního aktu (bod 49 napadeného rozsudku). Z obsahu podání ze dne 2. 12. 2022 v kontextu dopisu ze dne 1. 11. 2022 je zřejmé, že stěžovatel s nevyplacením části dotace nesouhlasí, že má v úmyslu se proti nevyplacení bránit a že existovala překážka, která mu bránila uplatnit včas námitky. Stěžovatel přitom zdůrazňuje, že podání ze dne 2. 12. 2022 učinil ještě ve lhůtě 15 dnů ode dne, kdy se s důvody nevyplacení osobně seznámil. Městský soud tak pominul, že zmíněné dopisy měly být posouzeny jako včasná blanketní podání, zatímco formalizované podání ze dne 9. 12. 2022 pouze jako jejich doplnění. Pokud totiž nemělo podání některou z předepsaných náležitostí, správní orgán měl na základě § 37 odst. 3 správního řádu pomoci podateli nedostatky odstranit nebo ho vyzvat k jejich odstranění, a to obzvlášť, když je zřejmé, že stěžovatel je právní laik.

[13]            Ve třetím okruhu kasačních námitek stěžovatel namítá nesprávné posouzení otázky, zda v jeho případě byly naplněny podmínky pro postup dle § 41 správního řádu. Uvádí, že městský soud nesprávně posoudil, zda administrativní kontrola žádosti o platbu byla fakticky veřejnosprávní kontrolou podle zákona o finanční kontrole. Pokud při ní žalovaný nekomunikoval přímo se stěžovatelem, nýbrž s jeho zástupcem, a nedal mu možnost se k závěrům kontroly vyjádřit, pak jednal v rozporu se zákonem. Výsledek veřejnosprávní kontroly pak měl být doručen prostřednictvím datové schránky, nikoliv informačního systému.

[14]            Kapitola 22 obecných pravidel výslovně označuje administrativní ověření za jednu z forem kontrol prováděných na základě zákona o finanční kontrole. Šetření trvající 21 měsíců s monitorovací návštěvou materiálně naplňuje znaky kontroly ve smyslu zákona o finanční kontrole. Stěžovatel nesouhlasí ani s tím, že pokud při administrativním ověření vycházel pouze z podkladů poskytnutých stěžovatelem a neprováděl vyhledávací činnost, nemohlo se jednat o veřejnosprávní kontrolu. Monitorovací návštěva je totiž obecnými pravidly také označena za jednu z forem kontroly prováděné na základě zákona o finanční kontrole. Oznámení o provedení návštěvy i záznam z ní navíc byl (v rozporu s čl. 22.2.2 obecných pravidel) stěžovateli zaslán do datové schránky, nikoliv prostřednictvím informačního systému. Stěžovatel také namítá, že ze zákona o finanční kontrole a kontrolního řádu nevyplývá, že by v rámci veřejnosprávní kontroly nemohl kontrolní orgán vycházet pouze z podkladů poskytnutých kontrolovanou osobou, aniž by prováděl vlastní činnost. V oblasti poskytování dotací je běžnou praxí provádění veřejnosprávní kontroly od stolu“, která je upravena v čl. 22.2.4 obecných pravidel.

[15]            Dotační řízení ve věci bylo primárně upraveno rozpočtovými pravidly. Jediným kontrolním postupem je pak podle § 1 rozpočtových pravidel finanční kontrola. Rozpočtová pravidla neobsahují podrobnou úpravu kontrolních postupů poskytovatele dotace a v § 39 odkazují ohledně postupů při provádění finanční kontroly na zvláštní právní předpis, tedy zákon o finanční kontrole. Z § 14q rozpočtových pravidel pak vyplývá, že se v řízení o poskytnutí dotace podpůrně postupuje podle správního řádu. Ustanovení § 13 zákona o finanční kontrole podpůrně odkazuje na kontrolní řád, který v § 1 a § 28 opět odkazuje na správní řád. Z § 3 odst. 2 zákona o finanční kontrole vyplývá, že kontrola žádosti o platbu (administrativní ověření) je veřejnosprávní kontrolou. Je totiž součástí systému zahrnujícího finanční kontrolu skutečností rozhodných pro hospodaření s veřejnými prostředky zejména při vynakládání veřejných výdajů včetně veřejné finanční podpory u kontrolovaných osob, a to před jejich poskytnutím, v průběhu jejich použití a následně po jejich použití. Totéž pak plyne i z metodického pokynu Centrální harmonizační jednotky Ministerstva financí č. 14 k aplikaci ustanovení § 14e a § 14f rozpočtových pravidel. Za jedno z opatření k zajištění ochrany veřejných prostředků proti rizikům, nesrovnalostem a jiným nedostatkům totiž označuje i opatření podle § 14e rozpočtových pravidel.

[16]            Z čl. 22.2 obecných pravidel ve spojení s § 3 kontrolního řádu pak podle stěžovatele plyne, že administrativní ověření má sloužit pouze k základní kontrole formální a věcné správnosti žádosti o platbu dotace a k odstranění případných formálních či obsahových nedostatků. To, zda porušil povinnosti stanovené právním předpisem, účel nebo podmínky jejího poskytnutí, je účelem veřejnosprávní kontroly. Centrum pro regionální rozvoj se přitom neomezilo jen na ověření formální správnosti. Závěr městského soudu tak připouští, aby poskytovatel dotace po prakticky neomezenou dobu prováděl postup, který vede k nevyplacení prakticky celé dotace přiznané pravomocným rozhodnutím, a to mimo zákonné a ústavní limity. Příjemci dotace jsou tak odepřena práva, která by mu jinak svědčila jako kontrolované osobě v rámci veřejnosprávní kontroly (k tomu odkazuje na nález Ústavního soudu ze dne 18. 10. 2023, sp. zn. III. ÚS 1344/23). Opatření podle § 14e rozpočtových pravidel sice nemusí být přijato pouze na základě výsledků veřejnosprávní kontroly, ale pouze v případě, kdy důvody pro přijetí opatření vyplývají z řízení již provedeného jiným orgánem veřejné moci, nikoliv z vlastní kontrolní činnosti poskytovatele dotace. I pokud by administrativní ověření žádosti o platbu nebylo veřejnosprávní kontrolou, i tak mělo být stěžovateli umožněno, aby se s výsledkem ověření seznámil a vyjádřil se k němu dříve, než žalovaný přistoupil k nevyplacení dotace. Odkazuje se v této souvislosti na čl. 22.2.1 obecných pravidel. To, že mu nebude vyplaceno 98 % z požadované částky dotace, považuje za závažné zjištění, na které by se dané ustanovení mělo uplatnit.

[17]            Dále stěžovatel namítá, že byl o nevyplacení dotace a jeho důvodech informován nevhodným způsobem. Odůvodnění nebylo součástí samotné zprávy („depeše“), nýbrž se podle ní mělo nacházet v samostatném dokumentu nazvaném „Informace o nevyplacení části dotace“, uloženém v informačním systému. Daný dokument byl navíc podle stěžovatele uložen pod názvem „IOK-14797 – finální“ a bylo nutné jej v systému dohledat na základě nepřesných pokynů. Žalovaný tak odůvodnění před stěžovatelem ukryl. Samotná zpráva neobsahovala odůvodnění, což je v rozporu s kapitolami 8.1 a 8.2 metodického pokynu Centrální harmonizační jednotky Ministerstva financí č. 14. To, že žalovaný neumožnil stěžovateli se k výsledku ověření vyjádřit, a že byl stěžovatel o důvodech nevyplacení dotace informovaný nevhodným způsobem, považuje stěžovatel za závažné důvody. Žalovaný tyto důvody měl zohlednit a vyhovět jeho žádosti ve smyslu § 41 správního řádu. Žalovaný, respektive jím pověřené Centrum pro regionální rozvoj, totiž svým nezákonným a nesprávným postupem vůči stěžovateli způsobili zmatečnost řízení“ a o případné zmeškání lhůty k podání námitek se přičinili.

[18]            Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti uvádí, že stěžovatel opakuje argumenty uplatněné již v předchozích fázích řízení, a proto odkazuje na svá dřívější vyjádření a ztotožňuje se s napadeným rozsudkem. Jádrem sporu je skutečnost, že stěžovatel ve stanovené lhůtě nepodal námitky proti opatření o nevyplacení části dotace. To bylo zapříčiněno výlučně tím, že jím zvolený administrátor jej o doručení výsledku kontroly neinformoval. Obecná pravidla navíc výslovně doporučovala, aby měl žadatel v informačním systému přidělen přístup, i když administraci provádí externí firma. Stěžovatel toto doporučení ignoroval. Žalovaný nesouhlasí s tím, že by podání ze dne 2. 12. 2022 bylo možné považovat za blanketní nesouhlas, neboť z jeho obsahu vyplývá pouze konstatování, že pověřená osoba nepředala stěžovateli informace. Neplnění povinností ze strany administrátora je čistě soukromoprávním vztahem, jehož důsledky nelze přičítat k tíži žalovanému. Nepředstavuje proto závažný důvod nezávislý na vůli podatele pro prominutí zmeškání úkonu podle § 41 správního řádu. Stěžovatel navíc musel být nejpozději v červnu 2022 informován o možných problémech týkajících se způsobilosti výdajů v té době aktuálně řešené žádosti o platbu. I přes tyto informace se zřejmě nadále neinformoval o průběhu kontroly žádosti o platbu u svého administrátora.

[19]            Žalovaný nesouhlasí s tím, že by kontrola žádosti byla veřejnosprávní kontrolou ve smyslu zákona o finanční kontrole. Jednalo se o administrativní ověření prováděné podle § 3 kontrolního řádu, které představuje dílčí kontrolu před vyplacením dotace. Komunikace prostřednictvím informačního systému s pověřeným zástupcem je pak pro administrativní ověření zákonná, což vyplývá také z § 17e zákona o podpoře regionálního rozvoje i z obecných pravidel. Dále žalovaný nesouhlasí s tím, že by odůvodnění před stěžovatelem ukryl. Zpráva zaslaná dne 26. 8. 2022 obsahovala výslovnou informaci, kde je podrobné zdůvodnění uplatnění sankcí v systému uloženo. Stejně tak bylo ve zprávě uvedeno i řádné poučení o možnosti podat námitky. Žalovaný nezasáhl ani do legitimního očekávání stěžovatele. Legitimní očekávání příjemce dotace lze založit pouze za předpokladu plnění dotačních podmínek. Pokud se poskytovatel před proplacením důvodně domnívá, že došlo k jejich porušení, je jeho povinností v zájmu ochrany veřejných prostředků dotaci nevyplatit.

III.  Posouzení věci Nejvyšším správním soudem

III.1  Přípustnost kasační stížnosti

[20]            Nejvyšší správní soud se nejprve zabýval přípustností kasační stížnosti, jelikož se ve věci přezkumu téhož správního rozhodnutí jedná v pořadí již o druhou kasační stížnost.

[21]            Podle § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. je mimo jiné kasační stížnost nepřípustná proti rozhodnutí, jímž soud rozhodl znovu poté, kdy jeho původní rozhodnutí bylo zrušeno Nejvyšším správním soudem. Smyslem citovaného ustanovení je zamezit tomu, aby se Nejvyšší správní soud musel zabývat znovu věcí, u které již jedenkrát svůj právní názor vyslovil, a krajský soud se jím řídil (nález Ústavního soudu ze dne 8. 6. 2005, sp. zn. IV. ÚS 136/05). K výkladu § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. se vyslovil rozšířený senát NSS v usnesení ze dne 22. 3. 2011, č. j. 1 As 79/2009165, č. 2365/2011 Sb. NSS. Podle něj „ze zákazu opakované kasační stížnosti judikatura Ústavního soudu a Nejvyššího správního soudu dovodila nad rámec doslovného znění § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. výjimky, jejichž respektování znamená dodržení smyslu a účelu rozhodování Nejvyššího správního soudu. Dospěla k závěru, že toto ustanovení nelze vztáhnout zejména na případy, kdy Nejvyšší správní soud vytýká nižšímu správnímu soudu procesní pochybení nebo nedostatečně zjištěný skutkový stav, případně nepřezkoumatelnost jeho rozhodnutí. Odmítnutí kasační stížnosti za tohoto procesního stavu by znamenalo odmítnutí věcného přezkumu rozhodnutí z pohledu aplikace hmotného práva. […] Lze tedy shrnout, že ustanovení § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. limituje přípustnost kasační stížnosti ve vztahu k otázkám již dříve v téže věci Nejvyšším správním soudem závazně posouzeným.“

[22]            Jak již bylo výše uvedeno, Nejvyšší správní soud předchozí rozsudek městského soudu v této věci zrušil pro nepřezkoumatelnost. Nyní podaná kasační stížnost je proto přípustná, neboť by jinak nebyl umožněn věcný přezkum závěrů městského soudu (rozsudek NSS ze dne 12. 8. 2022, č. j. 8 As 288/2019103, bod 17).

III.2  Námitky nepřezkoumatelnosti

[23]            Nejvyšší správní soud se zabýval nejprve námitkami podle § 103 odst. 1 písm. d) s. ř. s., které směřují vůči nepřezkoumatelnosti rozsudku. Podle ustálené judikatury se za nepřezkoumatelné pro nedostatek důvodů považuje mimo jiné takové rozhodnutí, v němž nebyly vypořádány všechny námitky; dále rozhodnutí, z jehož odůvodnění není zřejmé, proč právní argumentaci účastníka řízení soud považoval za nedůvodnou (rozsudky NSS ze dne 28. 8. 2007, č. j. 6 Ads 87/2006-36, č. 1389/2007 Sb. NSS, ze dne 23. 6. 2005, č. j. 7 As 10/2005-298, č. 1119/2007 Sb. NSS, či ze dne 11. 8. 2004, č. j. 5 A 48/2001-47, č. 386/2004 Sb. NSS). Nepřezkoumatelným pak může být i rozsudek, který přezkoumá nepřezkoumatelné rozhodnutí správního orgánu (rozsudky NSS ze dne 13. 6. 2007, č. j. 5 Afs 115/2006-91; či ze dne 30. 11. 2023, č. j. 8 As 137/2022-67, bod 27). Nepřezkoumatelnost je ale třeba vykládat v souladu s jejím skutečným smyslem. Jde totiž o jednu z nejzávažnějších vad řízení. Lze ji proto konstatovat v případě, že pro výše uvedené důvody skutečně nelze seznat, proč soud (správní orgán) rozhodl tak, jak je uvedeno ve výroku posuzovaného rozhodnutí, resp. proč považoval vznesené námitky za nedůvodné (rozsudek NSS ze dne 4. 3. 2022, č. j. 5 As 158/2021-36, bod 18, a tam citovaná judikatura).

[24]            Stěžovatel v této souvislosti namítá, že městský soud neuvedl, proč administrativní ověření žádosti nebylo zastřenou veřejnosprávní kontrolou. Tato námitka je však nedůvodná. V bodě 44 napadeného rozsudku totiž městský soud vysvětlil, proč podle něj nebyly naplněny formální ani materiální znaky kontroly. Absenci formálních znaků dovozuje především z toho, že chybělo úřední oznámení o zahájení kontroly i protokol o kontrole. Chybějící znaky materiální pak také z toho, že správní orgán nevyvíjel vlastní vyhledávací činnost, nýbrž pouze hodnotil podklady dodané stěžovatelem. Z hlediska přezkoumatelnosti takové úvahy obstojí.

[25]            Podle stěžovatele je napadený rozsudek nepřezkoumatelný také proto, že městský soud odkázal na svůj rozsudek č. j. 11 A 26/2024-75, aniž by se zabýval tím, zda se jednalo o skutkově a právně obdobnou věc. V této souvislosti stěžovatel odkazuje na rozsudek NSS č. j. 5 As 29/2007-64. Podle daného rozsudku krajský (městský) soud založí vadu nepřezkoumatelnosti, pokud je jeho odůvodnění tvořeno z valné části pouze pasážemi převzatými z rozhodnutí v jiné věci, která je skutkově i právně odlišná, aniž by vysvětlil, proč jsou takové pasáže relevantní pro projednávanou věc. O takovou situaci se ale v nynější věci nejedná. Nejednalo se o situaci, kdy by městský soud z rozsudku č. j. 11 A 26/2024-75 překopíroval jakoukoliv pasáž, natož že by tvořila značnou část odůvodnění napadeného rozsudku. Z bodu 42 napadeného rozsudku je pak zřejmé, že odkaz na uvedený (jiný) rozsudek sloužil jako podpůrný argument pro závěr, že veřejnosprávní kontrola je pouze jednou z možností, jak zjistit skutečný stav, a že administrativní ověření může trvat i významnou dobu. I tato námitka je proto nedůvodná.

[26]            Stěžovatel dále namítá, že městský soud nevysvětlil, proč administrativní ověření nepodléhalo procesu podle kontrolního řádu, resp. proč by nemohlo být považováno za úkon veřejnosprávní kontroly podle zákona o finanční kontrole jen proto, že se na něj podle obecných pravidel plně nevztahují všechna ustanovení kontrolního řádu. V této souvislosti odkázal zejména na kapitolu 22 obecných pravidel (která podle něj řadí administrativní ověření mezi formy kontrol prováděných podle zákona o finanční kontrole), na bod 22.2.1 obecných pravidel (podle něhož se administrativní ověření řídí § 3 kontrolního řádu), a na bod 17.1 obecných pravidel (který spojuje postup podle § 14e rozpočtových pravidel s výsledky vlastních kontrol nebo kontrol jiných orgánů). Ani tato kasační argumentace však není důvodná. Podle městského soudu z odkazu na § 3 kontrolního řádu neplyne, že by každé administrativní ověření podléhalo plně procesu podle kontrolního řádu nebo samo představovalo kontrolu ve smyslu kontrolního řádu (viz bod 43 napadeného rozsudku). Jde podle něj o předstupeň kontroly a pojem „kontrola“ je v obecných pravidlech použit v širším smyslu. Výslovně se přitom vyjádřil i k bodu 17.1 obecných pravidel, z něhož podle něj neplyne, že by postup podle § 14e rozpočtových pravidel musel navazovat výhradně na kontrolu podle kontrolního řádu. Na to navázal závěrem, že pokud v nynější věci nešlo o kontrolu podle kontrolního řádu, nemohlo jít ani o veřejnosprávní kontrolu podle zákona o finanční kontrole (bod 44 napadeného rozsudku). Úvaha městského soudu je tedy z odůvodnění napadeného rozsudku seznatelná. Stěžovatel s ní sice věcně nesouhlasí, to však nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku založit nemůže.

[27]            Dále se městský soud podle stěžovatele nevypořádal s jeho tvrzením, podle něhož nebyl o opatření spočívajícím v nevyplacení části dotace informován vhodným způsobem. Poukazuje zejména na to, že samotná zpráva („depeše“) neobsahovala přílohu, pouze odkazovala na dokument uložený v informačním systému a jeho umístění i označení bylo podle stěžovatele nepřesné. I tato námitka je však nedůvodná. Pro městský soud bylo rozhodné, že komunikace s kontrolními orgány spadala do rozsahu zmocnění uděleného společnosti ABRI, že doručení proběhlo prostřednictvím informačního systému MS2014+ v souladu s § 17e odst. 2 písm. d) ve spojení s § 17e odst. 4 zákona o podpoře regionálního rozvoje a že od tohoto doručení začala běžet lhůta k podání námitek podle § 14e odst. 2 rozpočtových pravidel (viz bod 45 napadeného rozsudku). Městský soud se vypořádal také s tím, zda se se zprávou seznámila osoba oprávněná jednat za společnost ABRI (bod 46 napadeného rozsudku). Úvaha městského soudu tedy spočívá v tom, že informace byla zpřístupněna zákonem předvídaným komunikačním kanálem osobě oprávněné za stěžovatele v daném rozsahu jednat. Podle ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu nemá krajský soud povinnost se vypořádat s každým dílčím tvrzením či argumentem, pokud postaví proti tvrzení účastníka řízení ucelenou argumentaci, z níž vyplývá, že jeho námitky jako celek neobstojí (např. rozsudky NSS ze dne 27. 2. 2019, č. j. 8 Afs 267/2017-38, bod 16, ze dne 11. 5. 2023, č. j. 6 Afs 34/2022-31, bod 11, ze dne 13. 9. 2023, č. j. 7 Afs 69/2022-33, bod 12, nebo ze dne 16. 12. 2025, č. j. 8 Ads 179/2024-53, bod 15). Městský soud sice výslovně nereagoval na výhrady týkající se přílohy zprávy, umístění dokumentu v systému a jeho názvu. Z napadeného rozsudku je však zřejmé, proč se neztotožnil s podstatou námitky, podle níž stěžovatel nebyl o nevyplacení části dotace informován vhodným způsobem.

[28]            Stěžovatel dále v rámci tohoto kasačního okruhu uvádí, že městský soud „bez náležitého uvážení a zdůvodnění aproboval závěr“, že žalovaný mohl nevyplatit 98 % dotace přiznané pravomocným rozhodnutím na základě administrativního ověření, tedy postupu, který „prakticky není zákonem upraven“. Ani tato část argumentace, jež se taktéž týká přezkoumatelnosti napadeného rozsudku, však není důvodná. Stěžovatel vychází z předpokladu, že administrativní ověření nemohlo být podkladem pro postup podle § 14e rozpočtových pravidel, pokud nebylo kontrolou podle kontrolního řádu ani veřejnosprávní kontrolou podle zákona o finanční kontrole. Městský soud však tento předpoklad odmítl. V bodech 40 až 44 napadeného rozsudku vysvětlil, proč postup Centra pro regionální rozvoj nepovažoval za veřejnosprávní kontrolu, a vyšel z toho, že § 14e rozpočtových pravidel nevyžaduje při ověřování splnění dotačních podmínek vždy provedení veřejnosprávní kontroly. V bodě 45 pak uvedl, proč považoval informaci o nevyplacení části dotace za doručenou. To, zda závěry městského soudu obstojí i věcně, je otázkou zákonnosti napadeného rozsudku, nikoliv jeho přezkoumatelnosti.

III.3  Povaha administrativního ověření

[29]            Námitky stěžovatele týkající se vad řízení před správním orgánem se do značné míry překrývají s námitkami nesprávného právního posouzení. Jejich společným východiskem je tvrzení, že administrativní ověření žádosti o platbu bylo ve skutečnosti veřejnosprávní kontrolou podle zákona o finanční kontrole. Od toho stěžovatel odvozuje, že společnost ABRI nebyla oprávněna za něj jednat, že výsledek měl být doručen přímo jemu prostřednictvím datové schránky a že mu měla být přiznána práva kontrolované osoby. Postup správních orgánů tedy podle stěžovatele trpěl vadami, které mu znemožnily včas podat námitky proti nevyplacení části dotace. Nejvyšší správní soud proto nejprve posoudil, zda administrativní ověření žádosti o platbu mělo povahu veřejnosprávní kontroly. Tuto otázku je možné rozdělit do dílčích otázek. První je, zda administrativní ověření žádosti o platbu lze v obecné rovině podřadit pod veřejnosprávní kontrolu. Druhá je, zda administrativní ověření žádosti o platbu v tomto konkrétním případě nebylo zastřenou veřejnosprávní kontrolou, i kdyby jí administrativní ověření v obecné rovině nebylo.

III.3.a  Možnost podřazení administrativního ověření pod veřejnosprávní kontrolu

[30]            Obecně je možné kontrolu vymezit jako formalizovaný postup (proces) vymezený časem, místem a předmětem kontroly, který směřuje vůči konkrétnímu subjektu (kontrolované osobě) a spočívá ve zjišťování plnění povinností, které jsou stanoveny právními předpisy, vyplývají z právních předpisů nebo byly na jejich základě uloženy (VETEŠNÍK, P. § 2 [Kontrola]. In: JEMELKA, L., VETEŠNÍK, P., LIBOSVÁR, O. Zákon o kontrole. 2. vydání. Praha: C. H. Beck, 2021, s. 28.). Nejvyšší správní soud pak již dříve za pojmové znaky kontroly označil zejména možnost zahájení na základě podnětu nebo z moci úřední, zákonem upravený postup zahájení, regulaci práv a povinností kontrolujících i kontrolovaných osob a oprávnění kontrolovaného subjektu podat námitky proti kontrole (rozsudek NSS ze dne 26. 10. 2009, č. j. 8 Afs 46/2009-46, č. 1983/2010 Sb. NSS). Nejde tedy jen o jakékoliv věcné ověřování splnění povinností, ale o formalizovaný proces, se kterým právní úprava mimo jiné spojuje zvláštní procesní postavení kontrolované osoby. Kontrolní řád představuje obecný procesní předpis pro oblast kontroly, který kontrolnímu orgánu žádnou kompetenci ani předmět kontroly nestanoví; to totiž ponechává na zvláštním právním předpisu (viz shora citovaný komentář, s. 28.).

[31]            Stěžovatel v nynější věci uvádí, že kontrolní řád se uplatní pouze subsidiárně a že hlavním předpisem upravujícím veřejnosprávní kontrolu je zákon o finanční kontrole. Toto tvrzení je sice pravdivé, avšak samo o sobě závěry městského soudu nevyvrací. Stěžovatel v této souvislosti odkazuje na § 3 zákona o finanční kontrole, který je zmiňován v obecných pravidlech. Tento odkaz ale nevede k závěru, že každé administrativní ověření žádosti o platbu je veřejnosprávní kontrolou. Podle § 3 odst. 2 zákona o finanční kontrole veřejnosprávní kontrola zahrnuje finanční kontrolu skutečností rozhodných pro hospodaření s veřejnými prostředky, včetně veřejné finanční podpory u kontrolovaných osob, a to před jejich poskytnutím, v průběhu jejich použití i následně po jejich použití. Stěžovateli lze přisvědčit v tom, že ověřování žádosti o platbu se věcně týká hospodaření s veřejnými prostředky. Z toho však bez dalšího neplyne, že každý postup, kterým poskytovatel dotace ověřuje splnění dotačních podmínek, je veřejnosprávní kontrolou podle zákona o finanční kontrole. Ustanovení § 3 odst. 2 zákona o finanční kontrole vymezuje, co může být předmětem veřejnosprávní kontroly a kdy může probíhat. Samo však neurčuje, že každý postup poskytovatele dotace při ověřování splnění dotačních podmínek je veřejnosprávní kontrolou.

[32]            Stejně tak není příhodný odkaz stěžovatele na § 39 rozpočtových pravidel a § 13 zákona o finanční kontrole. Zmíněná ustanovení vymezují procesní režim pro případy, kdy je veřejnosprávní kontrola skutečně vykonávána. Neříkají, že jakékoliv ověřování skutečností významných pro poskytnutí nebo vyplacení dotace musí být veřejnosprávní kontrolou. Co se pak týče obecných pravidel, ta v bodě 22.2.1 (který upravuje administrativní ověření) odkazují právě na shora zmíněný § 3 kontrolního řádu. Podle § 3 odst. 1 kontrolního řádu může kontrolní orgán před zahájením kontroly provádět úkony, jejichž účelem je opatření podkladů pro posouzení, zda kontrolu zahájit. Podle § 3 odst. 2 kontrolního řádu se o těchto úkonech pořídí záznam a pokud na ně navazuje kontrola, mohou takto získané skutečnosti sloužit jako podklad pro kontrolní zjištění. To, že bod 22.2.1 obecných pravidel odkazuje konkrétně na § 3 kontrolního řádu, proto spíše podporuje závěr, že administrativní ověření je postupem, který kontrole předchází, a nikoliv samotnou kontrolou podle kontrolního řádu.

[33]            Tento závěr potvrzuje i systematika obecných pravidel. Kapitola 22 sice používá pojem kontroly široce a mezi formy kontrol z hlediska charakteru a zaměření řadí také administrativní ověření. Současně však odlišuje administrativní ověření podle bodu 22.2.1, monitorovací návštěvu podle bodu 22.2.2, veřejnosprávní kontrolu na místě podle bodu 22.2.3 a veřejnosprávní administrativní kontrolu podle bodu 22.2.4. Veřejnosprávní administrativní kontrola je podle bodu 22.2.4 obecných pravidel prováděna v souladu se zákonem o finanční kontrole a kontrolním řádem, a to minimálně dvoučlennou, písemně pověřenou kontrolní skupinou. Bod 22.3 obecných pravidel pak stanoví, že veřejnosprávní kontrolu provádějí písemně pověření pracovníci (a to administrativně nebo na místě realizace projektu) a jejím výstupem je protokol o veřejnosprávní kontrole. Pokud by každé administrativní ověření bylo samo o sobě veřejnosprávní kontrolou, ztratilo by rozlišení v bodech 22.2.1 až 22.2.4 obecných pravidel smysl.

[34]            Podle § 14e odst. 1 rozpočtových pravidel poskytovatel nemusí vyplatit dotaci nebo její část, domnívá-li se důvodně, že její příjemce v přímé souvislosti s ní porušil povinnosti stanovené právním předpisem nebo nedodržel účel dotace nebo podmínky, za kterých byla dotace poskytnuta. Jedná se tak o zvláštní postup, který se uplatní ve fázi před vyplacením dotace. Ustanovení § 14e odst. 2 rozpočtových pravidel pak poskytovateli ukládá povinnost vhodným způsobem informovat příjemce o důvodech nevyplacení dotace, a upravuje právo příjemce k podání námitek. Z § 14e rozpočtových pravidel přitom neplyne, že důvodná domněnka poskytovatele musí vždy vzejít z veřejnosprávní kontroly, resp. kontroly ve smyslu kontrolního řádu. Takový závěr nelze dovodit ani z judikatury, podle níž nevyplacení dotace může zasáhnout do legitimního očekávání příjemce (jako například již shora zmiňovaný rozsudek č. j. 5 Afs 219/2016-27). To, že nějaký postup může zasáhnout do legitimního očekávání, totiž neznamená, že mu musí předcházet veřejnosprávní kontrola. Z obdobného předpokladu ostatně Nejvyšší správní soud vycházel v řadě věcí, ve kterých posuzoval nevyplacení části dotace po administrativním ověření žádosti o platbu (srov. např. rozsudky NSS ze dne 13. 9. 2023, č. j. 7 Afs 192/2022-58, ze dne 29. 11. 2023, č. j. 5 Afs 188/2022-41, ze dne 19. 4. 2024, č. j. 5 Afs 56/2023-43, ze dne 14. 11. 2024, č. j. 4 Afs 142/2024-45, ze dne 28. 11. 2024, č. j. 4 Afs 143/2024-48, nebo ze dne 6. 11. 2025, č. j. 1 Afs 154/2025-30). Z toho, že správní orgán hodnotil splnění dotačních podmínek, nelze (bez opory ve zvláštním právním předpisu) dovodit plný režim kontroly podle kontrolního řádu či zákona o finanční kontrole. Administrativní ověření podle bodu 22.2.1 obecných pravidel (případně monitorovací návštěva podle bodu 22.2.2 obecných pravidel) tak v obecné rovině nelze považovat za (veřejnosprávní) kontrolu ve smyslu zmíněných předpisů.

III.3.b  Administrativní ověření jako zastřená veřejnosprávní kontrola

[35]            Dále se Nejvyšší správní soud zabýval námitkami, podle nichž administrativní ověření v nyní projednávané věci bylo ve skutečnosti zastřenou veřejnosprávní kontrolou. Stěžovatel tento závěr dovozuje především z délky administrativního ověření, z provedené monitorovací návštěvy a z toho, že Centrum pro regionální rozvoj podle něj neprovádělo jen základní ověření formální a věcné správnosti žádosti o platbu, ale posuzovalo také splnění povinností při zadávání veřejných zakázek a splnění podmínek dotace.

[36]            Samotná délka administrativního ověření nevede k závěru, že se jednalo o veřejnosprávní kontrolu. Kontrolní řád ani zákon o finanční kontrole nestanoví, že by se ověřovací postup po určité době stal kontrolou podle kontrolního řádu nebo veřejnosprávní kontrolou podle zákona o finanční kontrole. Ani obecná pravidla nespojují délku administrativního ověření se změnou jeho procesní povahy. Byť i městský soud v napadeném rozsudku připustil, že délka administrativního ověření byla „značná“, kasační argumentace délkou administrativního ověření nemůže být v tomto směru důvodná.

[37]            Stejně tak není v této souvislosti rozhodné ani to, že výsledek administrativního ověření byl pro stěžovatele závažný. Z § 14e odst. 1 rozpočtových pravidel plyne, že pokud se poskytovatel důvodně domnívá, že příjemce v přímé souvislosti s dotací porušil právní předpis, účel dotace nebo dotační podmínky, nemusí dotaci nebo její část vyplatit. Počítá tedy i s úplným nevyplacením dotace, nejen s jejím krácením. Ustanovení § 14e odst. 2 rozpočtových pravidel pak upravuje informování příjemce o důvodech nevyplacení a jeho právo podat námitky. Ani závažnost finančního dopadu pro příjemce dotace proto není znakem veřejnosprávní kontroly, ale zákonem předvídaným důsledkem postupu podle § 14e rozpočtových pravidel. Ani to, že v nynější věci nebylo vyplaceno 98 % požadované částky, proto nevede k závěru, že administrativní ověření bylo veřejnosprávní kontrolou.

[38]            Na povaze administrativního ověření nic nemění ani monitorovací návštěva. Obecná pravidla ji v bodě 22.2.2 upravují samostatně a odlišují ji jak od administrativního ověření podle bodu 22.2.1, tak od veřejnosprávní kontroly na místě podle bodu 22.2.3 a veřejnosprávní administrativní kontroly podle bodu 22.2.4. Obecná pravidla sama počítají s tím, že monitorovací návštěva a veřejnosprávní kontrola na místě jsou odlišné postupy, byť monitorovací návštěva může veřejnosprávní kontrole na místě předcházet (viz bod 22.2.2 obecných pravidel). I kdyby z uvedeného pravidla plynula povinnost zahájit po zjištění pochybení veřejnosprávní kontrolu na místě, šlo by o otázku navazujícího postupu po monitorovací návštěvě, nikoliv o důvod, pro který by se samotná monitorovací návštěva stala veřejnosprávní kontrolou nebo pro který by se změnila povaha administrativního ověření žádosti o platbu. V nynější věci navíc stěžovatel netvrdí, že by rozhodující závěr o nezpůsobilosti výdajů vycházel ze zjištění učiněných právě při monitorovací návštěvě. Monitorovací návštěvu zmiňuje jako jednu z okolností, z nichž dovozuje, že celé administrativní ověření žádosti o platbu materiálně naplňovalo znaky veřejnosprávní kontroly. Takový závěr však z provedení monitorovací návštěvy neplyne. Provedení monitorovací návštěvy v průběhu administrace projektu neznamená, že se probíhající administrativní ověření žádosti o platbu stalo veřejnosprávní kontrolou.

[39]            Uvedený závěr nemůže změnit ani tvrzení stěžovatele, že oznámení monitorovací návštěvy a záznam z ní byly zaslány do datové schránky, nikoliv prostřednictvím informačního systému. I kdyby tento postup neodpovídal bodu 22.2.2 obecných pravidel, šlo by nanejvýš o otázku procesní správnosti samotné monitorovací návštěvy. Způsob oznámení monitorovací návštěvy však neurčuje procesní režim navazujícího administrativního ověření žádosti o platbu. Nejde proto o důvod, pro který by se administrativní ověření zpětně překvalifikovalo na veřejnosprávní kontrolu, ani o důvod, pro který by informace o nevyplacení části dotace musela být později doručena přímo stěžovateli prostřednictvím datové schránky. Na závěru, že šlo o administrativní ověření, pak nic nemění ani to, že Centrum pro regionální rozvoj posuzovalo dokumentaci k veřejným zakázkám a splnění podmínek pro vyplacení dotace. Bod 22.2.1 obecných pravidel výslovně uvádí, že administrativní ověření zahrnuje také ověření dokumentace k veřejným zakázkám. K ověření splnění podmínek pro vyplacení dotace právě slouží administrativní ověření žádosti o platbu. Samotný předmět posouzení proto nepřekračoval rámec administrativního ověření.

[40]            Stěžovatel dále nesouhlasí se závěrem městského soudu, že materiální znak kontroly nebyl naplněn mimo jiné proto, že Centrum pro regionální rozvoj vycházelo z podkladů předložených stěžovatelem a neopatřovalo si podklady vlastní vyhledávací činností. V této souvislosti poukazuje na veřejnosprávní administrativní kontrolu, u níž je běžnou praxí kontrola „od stolu“. Stěžovateli lze přisvědčit v tom, že samotná chybějící vlastní vyhledávací činnost nevylučuje, že určitý postup může být veřejnosprávní kontrolou. Obecná pravidla ostatně v bodě 22.2.4 počítají s veřejnosprávní administrativní kontrolou tehdy, pokud má kontrolní orgán k dispozici veškeré podklady a není třeba provádět šetření na místě. Potud je tedy třeba dílčí úvahu městského soudu korigovat, neboť nemusí platit absolutně [jakkoliv vyžadování dokumentů či jiných podkladů patří mezi standardní součásti kontrolních postupů; srov. § 8 písm. c) kontrolního řádu]. To však na zákonnosti napadeného rozsudku nic nemění. Veřejnosprávní administrativní kontrola podle bodu 22.2.4 obecných pravidel je samostatným kontrolním postupem. Nelze ji ztotožnit s jakýmkoliv ověřováním podkladů, které správní orgán provádí bez šetření na místě. V nynější věci přitom stěžovatel nad rámec již vypořádaných okolností neoznačuje žádné další konkrétní úkony Centra pro regionální rozvoj, které by měly překračovat rámec administrativního ověření žádosti o platbu, a byly způsobilé zvrátit závěry napadeného rozsudku městského soudu.

[41]            V návaznosti na výše uvedené pak nemůže být důvodná ani námitka, podle které § 17e zákona o podpoře regionálního rozvoje neumožňuje doručovat prostřednictvím informačního systému výsledek veřejnosprávní kontroly. V nynější věci totiž o doručení výsledku veřejnosprávní kontroly nešlo.

III.4  Běh lhůty k podání námitek

III.4.a  Doručování společnosti ABRI

[42]            Od otázky povahy administrativního ověření se odvíjí také otázka běhu lhůty k podání námitek. Stěžovatel tvrdí, že závěr o doručení výsledku administrativního ověření dne 26. 8. 2022 nemá oporu ve správním spise. Tuto námitku však nestaví na tom, že by zpráva nebyla prostřednictvím informačního systému zpřístupněna. Odvíjí ji od tvrzení, že byla zpřístupněna pouze společnosti ABRI, která podle něj nebyla oprávněna jej zastupovat při úkonech veřejnosprávní kontroly.

[43]            V plné moci udělené společnosti ABRI je uvedeno, že zastupování při jednání a komunikaci s kontrolními orgány se nevztahuje na procesní úkony při veřejnosprávních kontrolách. Pokud však administrativní ověření veřejnosprávní kontrolou nebylo, tato výluka se neuplatnila. Z výše uvedených důvodů tak komunikace při administraci projektu spadala do rozsahu zmocnění uděleného společnosti ABRI. Správní orgány proto nepochybily tím, že společnosti ABRI prostřednictvím informačního systému zpřístupnily zprávu, podle níž nebyla část dotace vyplacena a dokument obsahující důvody nevyplacení byl uložen v informačním systému. Námitka, podle níž měl být výsledek doručen přímo stěžovateli prostřednictvím datové schránky jako výsledek veřejnosprávní kontroly, proto není důvodná, a i v tomto směru tedy závěry napadeného rozsudku obstojí.

[44]            Od toho se odvíjí také otázka běhu lhůty k podání námitek. Jestliže administrativní ověření nebylo veřejnosprávní kontrolou, nebyla společnost ABRI v tomto rozsahu vyloučena ze zastupování stěžovatele. Zpřístupnění zprávy této společnosti prostřednictvím informačního systému proto nebylo vadou řízení, která by sama o sobě bránila běhu lhůty k podání námitek podle § 14e odst. 2 rozpočtových pravidel. Zbývá posoudit, zda běhu lhůty bránil způsob, jakým zpráva odkazovala na samostatný dokument obsahující důvody nevyplacení části dotace. Touto otázkou se Nejvyšší správní soud zabývá níže.

III.4.b  Možnost se vyjádřit k výsledku administrativního ověření

[45]            Stěžovatel dále uvádí, že mu mělo být umožněno vyjádřit se k výsledku administrativního ověření ještě před nevyplacením části dotace. Tuto povinnost dovozuje z bodu 22.2.1 obecných pravidel, podle něhož může být s ohledem na závažnost zjištění záznam z administrativního ověření zaslán příjemci k vyjádření. Z této formulace však neplyne, že příjemce má na zaslání záznamu k vyjádření právní nárok vždy, když je výsledek administrativního ověření pro něj závažný. Obecná pravidla s nezasláním záznamu k vyjádření nespojují ani následek, že by nemohla začít běžet lhůta k podání námitek. Procesní ochrana příjemce dotace je v režimu § 14e rozpočtových pravidel založena především na tom, že jej poskytovatel vhodným způsobem informuje o důvodech nevyplacení a umožní mu podat námitky. Nezaslání záznamu z administrativního ověření k předběžnému vyjádření proto samo o sobě nebránilo běhu lhůty k podání námitek.

III.4.c  Vhodnost informování o důvodech nevyplacení části dotace

[46]            Stěžovatel dále namítá, že samotná zpráva („depeše“) neobsahovala odůvodnění nevyplacení části dotace. Ze zprávy podle něj vyplývá, že se odůvodnění mělo nacházet v samostatném dokumentu nazvaném „Informace o nevyplacení části dotace“, který měl být uložený v informačním systému skrze odkaz na „Přílohy žádosti“. Část informačního systému, v níž se nachází žádost o platbu, přitom podle stěžovatele neobsahuje žádný odkaz na „Přílohy žádosti“. Datová oblast žádosti o platbu pouze obsahuje odkaz nazvaný „Dokumenty“, kde byl založen dokument s názvem „IOK-14797 – finální“. Teprve po dohledání tohoto dokumentu a jeho otevření je podle stěžovatele seznatelné, že je tento dokument nadepsán „Informace o nevyplacení části dotace“ a obsahuje výsledek administrativního ověření žádosti o platbu. Z toho stěžovatel dovozuje, že o důvodech nevyplacení nebyl informován vhodným způsobem a že lhůta k podání námitek nemohla začít běžet již dne 26. 8. 2022.

[47]            Nejvyšší správní soud se však neztotožňuje s tím, jak stěžovatel na dostupnost odůvodnění nevyplacení části dotace nahlíží (jak danou zprávu vykládá). Příslušný odstavec zprávy zní: „Podrobné zdůvodnění uplatněných sankcí za porušení Podmínek rozhodnutí o poskytnutí dotace a jejich finanční vyjádření je uvedeno v Informaci o nevyplacení části dotace, která je uložená v přílohách Žádosti o platbu v MS2014+.“ Z tohoto odstavce nevyplývá, že by se v informačním systému musel nacházet odkaz nazvaný přímo „Přílohy žádosti“. Zpráva tímto způsobem označila část informačního systému, v níž byly uloženy přílohy vztahující se k žádosti o platbu. To, že se k danému dokumentu v systému přistupovalo přes odkaz „Dokumenty“, nečiní uvedenou informaci natolik nepřesnou, aby stěžovatel neměl reálnou možnost dokument dohledat.

[48]            Stejně tak ze zprávy neplyne, že by soubor s daným dokumentem měl být v informačním systému uložen pod názvem „Informace o nevyplacení části dotace“. Zpráva pouze uvádí, že „podrobné zdůvodnění (…) je uvedeno v Informaci o nevyplacení části dotace“, aniž by specifikovala název souboru v informačním systému. To, že se soubor jmenoval „IOK-14797 – finální“ a až po jeho otevření byl patrný název dokumentu „Informace o nevyplacení části dotace“, proto není v rozporu se zprávou. Pro srovnání lze uvést jinou část zprávy, podle níž byl vystavený pokyn k platbě uložen „na záložce Dokumenty projektu pod názvem Pokyn k platbě 117D03D000769 2022-1.PDF v MS2014+“. Z této formulace je patrné, že pokud správní orgán odkazoval přímo na název souboru, učinil tak výslovně. V případě dokumentu „Informace o nevyplacení části dotace“ však takto nepostupoval.

[49]            Ustanovení § 14e odst. 2 rozpočtových pravidel vyžaduje, aby poskytovatel příjemce vhodným způsobem informoval o důvodech nevyplacení dotace a poučil jej o možnosti podat námitky. Nestanoví však, že celé odůvodnění musí být obsaženo přímo v těle zprávy v informačním systému nebo že dokument s důvody musí být její přílohou. Rozhodné je, zda měl příjemce, respektive osoba oprávněná za něj při administraci projektu jednat, reálnou možnost seznámit se s důvody nevyplacení a využít právo podat námitky. To v projednávané věci nastalo. Zpráva obsahovala informaci o tom, kde se důvody nevyplacení nacházejí, a dokument s těmito důvody byl v informačním systému dostupný. Správní orgán samozřejmě mohl být konkrétnější a uvést také název souboru, pod kterým byl dokument v systému uložen. Pokud se tak ovšem nestalo, nelze z toho dovozovat nezákonnost napadeného rozsudku (resp. žalobou napadeného rozhodnutí). Na tomto závěru nic nemění ani odkaz stěžovatele na metodický pokyn CHJ č. 14. Z něj plyne, že opatření o nevyplacení části dotace má obsahovat takové náležitosti, aby se proti němu mohl příjemce účinně bránit námitkami. Za minimální rozsah lze považovat uvedení důvodů, ve kterých poskytovatel spatřuje porušení povinnosti, nedodržení účelu dotace nebo nedodržení podmínek dotace. Metodický pokyn však nestanoví, že tyto důvody musí být uvedeny přímo v těle zprávy („depeše“) v informačním systému, ani že dokument s důvody musí být přímo přílohou této zprávy.

[50]            Stěžovateli proto nelze přisvědčit v tom, že by byl dokument s důvody nevyplacení části dotace zpřístupněn nevhodným způsobem. Lhůta k podání námitek proto začala běžet již zpřístupněním zprávy společnosti ABRI dne 26. 8. 2022, jak dovodil městský soud v napadeném rozsudku.

III.4.d  Podání ze dne 1. 11. 2022 a 2. 12. 2022

[51]            Stěžovatel dále tvrdí, že jeho podání ze dne 1. 11. 2022 a 2. 12. 2022 měla být posouzena jako včasné blanketní námitky proti nevyplacení části dotace, zatímco podání ze dne 9. 12. 2022 mělo být pouze jejich doplněním. I tato kasační námitka je však nedůvodná. Argumentace stěžovatele vychází z předpokladu, že lhůta k podání námitek začala běžet až dne 23. 11. 2022, kdy se stěžovatel podle svého tvrzení sám seznámil s dokumentem obsahujícím důvody nevyplacení části dotace. Jak však Nejvyšší správní soud vysvětlil výše, je nutno vyjít z toho, že lhůta začala běžet již dne 26. 8. 2022 zpřístupněním zprávy společnosti ABRI. Podání ze dne 1. 11. 2022 a 2. 12. 2022 proto nebyla učiněna ve lhůtě podle § 14e odst. 2 rozpočtových pravidel. Za této situace nebylo rozhodné, zda správní orgány měly tato podání podle obsahu považovat za blanketní námitky, ani zda měl být stěžovatel vyzván k odstranění jejich vad podle § 37 odst. 3 správního řádu. I kdyby totiž šlo o námitky, byly by opožděné.

III.5  Neprominutí lhůty k podání námitek

[52]            Zbývá posoudit, zda žalovaný pochybil, pokud nevyhověl žádosti stěžovatele o prominutí zmeškání lhůty k podání námitek, resp. zda v tomto směru obstojí napadený rozsudek městského soudu, který ani zde pochybení žalovaného neshledal. Podle § 41 odst. 2 správního řádu může účastník požádat o prominutí zmeškání úkonu do 15 dnů ode dne, kdy pominula překážka, která mu bránila úkon učinit. Podle § 41 odst. 4 správního řádu správní orgán zmeškání úkonu promine, prokáže-li podatel, že překážkou byly závažné důvody, které nastaly bez jeho zavinění. Pro nynější věc je proto rozhodné, zda stěžovatel prokázal existenci překážky, která mu bez jeho zavinění bránila podat námitky ve lhůtě podle § 14e odst. 2 rozpočtových pravidel.

[53]            Stěžovatel spatřuje závažné důvody pro prominutí zmeškání lhůty zejména v tom, že mu nebylo umožněno vyjádřit se k výsledku administrativního ověření před nevyplacením části dotace, že dokument obsahující důvody nevyplacení nebyl podle něj zpřístupněn vhodným způsobem a že jej společnost ABRI o zpřístupněné zprávě neinformovala. Tyto okolnosti podle stěžovatele způsobily procesní nejasnosti, které měly být zohledněny v jeho prospěch. Nejvyšší správní soud však těmto námitkám nepřisvědčil.

[54]            Jak bylo vysvětleno výše, administrativní ověření nebylo veřejnosprávní kontrolou, a výsledek administrativního ověření tak nemusel být doručován přímo stěžovateli prostřednictvím datové schránky. Tvrzení založená na předpokladu, že šlo o veřejnosprávní kontrolu, proto nemohou založit závažný důvod pro prominutí zmeškání lhůty. Závažný důvod pro prominutí zmeškání lhůty nezakládá ani to, že stěžovateli nebyl záznam z administrativního ověření zaslán k vyjádření před nevyplacením části dotace. Jak již Nejvyšší správní soud uvedl výše, z bodu 22.2.1 obecných pravidel neplyne právní nárok příjemce na zaslání záznamu k vyjádření. Nezaslání záznamu proto samo o sobě nepředstavovalo vadu postupu správních orgánů. Tím méně mohlo jít o překážku, která by stěžovateli bez jeho zavinění bránila podat námitky poté, co byla zpráva o nevyplacení části dotace zpřístupněna osobě oprávněné za něj při administraci projektu jednat. Stejně tak nemůže obstát tvrzení, že dokument obsahující důvody nevyplacení části dotace nebyl zpřístupněn vhodným způsobem. Nejvyšší správní soud již výše vysvětlil, že zpráva obsahovala informaci o tom, kde se důvody nevyplacení nacházejí, a že dokument s těmito důvody byl v informačním systému dostupný.

[55]            Jako závažný důvod pak nelze přijmout ani to, že společnost ABRI stěžovatele o zpřístupněné zprávě neinformovala. Stěžovatel si tuto společnost zvolil jako administrátora projektu a umožnil jí komunikaci v informačním systému. Pokud tato společnost vůči stěžovateli nesplnila své smluvní nebo jiné povinnosti, jde primárně o vztah mezi stěžovatelem a jeho administrátorem. Na uvedeném nic nemění ani to, že stěžovatel sám neměl přístup do informačního systému. Takové nastavení administrace projektu bylo důsledkem jeho vlastní volby, nikoliv závažným důvodem, který nastal bez jeho zavinění. Pokud stěžovatel ponechal přístup k hlavnímu komunikačnímu kanálu pouze svému administrátorovi, nesl také riziko, že jej administrátor o doručených zprávách nebude včas informovat (a to i v rozporu s jeho smluvními povinnostmi). Tato okolnost proto nemůže sama o sobě odůvodnit prominutí zmeškání lhůty podle § 41 správního řádu.

[56]            Nejvyšší správní soud si je vědom toho, že stěžovatel je neziskovou organizací poskytující sociální služby osobám se zdravotním postižením a že nevyplacení podstatné části dotace pro něj mohlo mít citelné dopady. Lze také rozumět tomu, že jako příkoří vnímá situaci, v níž ztratil možnost včas podat námitky v důsledku tvrzeného selhání administrátora projektu, jemuž důvěřoval a kterého si pro administraci projektu zvolil. Ani to však městský soud neopomněl a v bodě 53 napadeného rozsudku stěžovatele upozornil na to, že případné nepředání informací společností ABRI je třeba řešit v rámci soukromoprávního vztahu mezi stěžovatelem a touto společností. Ani popsané okolnosti věci a možná citelnost dopadu na činnost stěžovatele nemohou mít vliv na zákonnost napadeného rozsudku, resp. jemu předcházejícího rozhodnutí žalovaného.

[57]            Ani přes uplatněné kasační námitky tedy nelze dospět k závěru, že by žalovaný pochybil, pokud dospěl k závěru, že stěžovatel neprokázal závažné důvody, které nastaly bez jeho zavinění a bránily mu podat námitky ve lhůtě podle § 14e odst. 2 rozpočtových pravidel. Obstojí proto i rozsudek městského soudu, který správně uzavřel, že podmínky pro prominutí zmeškání lhůty podle § 41 správního řádu nebyly splněny.

IV.  Závěr a náklady řízení

[58]            Nejvyšší správní soud na základě shora uvedeného neshledal kasační stížnost důvodnou, a proto ji zamítl (§ 110 odst. 1 s. ř. s.).

[59]            O náhradě nákladů řízení rozhodl v souladu s § 60 odst. 1 s. ř. s. ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatel neměl ve věci úspěch, a nemá proto právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti. Žalovanému v řízení o kasační stížnosti žádné náklady nad rámec úřední činnosti nevznikly.

 

 

Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.

 

 

V Brně 22. června 2026

 

 

Milan Podhrázký

předseda senátu