5 Afs 36/2026 - 62
[OBRÁZEK]
ČESKÁ REPUBLIKA
R O Z S U D E K
J M É N E M R E P U B L I K Y
Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy JUDr. Viktora Kučery a soudců JUDr. Lenky Matyášové a JUDr. Jakuba Camrdy v právní věci žalobce: Vulnus Curare z.s., se sídlem Edvarda Beneše 495, Cerhenice, zast. Mgr. Denisou Mokřížovou, advokátkou se sídlem Bozděchova 1840/7, Praha, proti žalovanému: Centrum pro regionální rozvoj České republiky, se sídlem Argentinská 1610/4, Praha, o kasační stížnosti žalobce proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 14. 1. 2026, č. j. 8 A 120/2025‑76,
takto:
Odůvodnění:
1. Vymezení věci
[1] Kasační stížností se žalobce (dále jen „stěžovatel“) domáhal zrušení v záhlaví označeného rozsudku, kterým Městský soud v Praze (dále jen „městský soud“) zamítl žalobu na ochranu před nezákonným zásahem žalovaného.
[2] Nezákonný zásah žalovaného měl spočívat v došetření č. j. CENT 9057/2025 (dále jen „došetření“) ve věci kontroly č. 017825‑2021/IROP podle § 8a zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů (zákon o finanční kontrole), ve znění pozdějších předpisů, zaměřené na projekt „Vybudování logopedického a ergoterapeutického tréninkového pracoviště pro ABAškolku“, na který stěžovatel přijal dotaci. Předmětem zmíněné kontroly č. 017825‑2021/IROP (dále též „první kontrola“) bylo zejména ověření průběhu realizace uvedeného projektu, výdajů a dodržování povinností příjemce dotace. Tato první kontrola byla v souladu s § 5 odst. 2 písm. b) zákona č. 255/2012 Sb., o kontrole (kontrolní řád), ve znění pozdějších předpisů, zahájena dne 2. 9. 2021 doručením oznámení o zahájení kontroly, její výsledky pak byly zachyceny v protokolu o kontrole ze dne 29. 4. 2022, č. j. CENT 11867/2021 (dále jen „protokol“), proti kterému stěžovatel brojil námitkami.
[3] K došetření dané kontroly došlo dne 28. 5. 2025 doručením oznámení o jeho zahájení, dle něhož žalovaný k došetření přistoupil právě na základě námitek kontrolované osoby (stěžovatele) proti kontrolním zjištěním zachyceným v protokolu a za účelem došetření skutkového stavu a přezkoumání nově zjištěných skutečností vyplývajících z usnesení o zahájení trestního stíhání M. S. pro podezření ze spáchání zločinu dotačního podvodu, kterého se měl dopustit z pozice statutárního orgánu (předsedy) stěžovatele. Dne 24. 6. 2025 vydal žalovaný dodatek k protokolu o kontrole, č. j. CENT 11501/2025 (dále jen „dodatek k protokolu“), a téhož dne také byly vyřízeny námitky proti kontrolním zjištěním z první kontroly. Proti dodatku k protokolu o kontrole stěžovatel podal námitky, které byly vyřízeny dne 8. 8. 2025.
[4] V souvislosti se zmíněným projektem byla rovněž zahájena další kontrola č. j. CENT 3342/2024 (dále jen „druhá kontrola“), a to dne 5. 3. 2024 (opět doručením oznámení o jejím zahájení), jejímž předmětem bylo vyčíslení nezpůsobilých výdajů. V návaznosti na kontrolní zjištění byla stěžovateli v souladu s § 14f odst. 3 zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla), ve znění pozdějších předpisů, zaslána výzva ze dne 19. 9. 2025 k vrácení nezpůsobilých výdajů, které mu byly vyplaceny v rámci dotace projektu.
2. Rozhodnutí městského soudu
[5] Stěžovatel se žalobou proti nezákonnému zásahu domáhal, aby městský soud určil, že došetření kontroly bylo nezákonné, uložil žalovanému povinnost zdržet se opakování zásahů v podobě zahajování dalších duplicitních kontrol či jejich došetření vůči stěžovateli a přikázal žalovanému obnovit stav před nezákonným zásahem, tj. zrušení dodatku k protokolu o kontrole.
[6] Městský soud žalobu považoval za nedůvodnou, a proto ji podle § 87 odst. 3 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“), napadeným rozsudkem zamítl.
[7] V odůvodnění napadeného rozsudku městský soud uvedl, že není sporu, jaké kroky žalovaný v rámci kontroly (resp. došetření) činil, otázka spočívá v tom, zda tyto kroky probíhaly zákonným způsobem. Zároveň zdůraznil, že žaloba na ochranu před nezákonným zásahem je subsidiárním prostředkem ochrany v případech, kdy nejsou k dispozici jiné právní prostředky. Městský soud dále dovodil, že kontrola zahájená podle kontrolního řádu by nezákonným zásahem být mohla. Nezákonným zásahem by kontrola mohla být pouze ve dvou případech, a to pokud byla zahájena zcela nezákonně a neměla vůbec probíhat, případně pokud by samotný průběh kontroly představoval excesivní zásah do veřejných subjektivních práv kontrolované osoby. Stěžovatel ani nenamítal, že by první kontrola zahájená v roce 2021 nebyla zahájena zákonně, za nezákonné považoval toliko došetření této kontroly podle § 21 kontrolního řádu. Otázkou zákonnosti došetření se však městský soud nemohl zabývat, jelikož její přezkum by byl předčasný. Stěžovatel by měl procesní vady spočívající v nedostatku důvodů pro došetření první kontroly namítat až v případném řízení pro porušení rozpočtové kázně podle rozpočtových pravidel, které by bylo zahájeno, pokud stěžovatel nevyhoví výzvě k vrácení části dotace. Až tímto případným rozhodnutím může být zasaženo do práv stěžovatele, proto městský soud otázku zahájení došetření nepřezkoumával, neboť by tím předjímal rozhodnutí finančního úřadu; viz k tomu rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 10. 2016, č. j. 5 As 129/2016‑40, a ze dne 31. 7. 2006, č. j. 8 Aps 2/2006‑95.
[8] V návaznosti na výše uvedené se městský soud zaměřil na posouzení, zda v rámci probíhající kontroly došlo k excesivnímu zásahu do práv stěžovatele, který by bylo možné označit za nezákonný případně jej žalovanému zakázat. V této souvislosti městský soud nejprve zdůraznil, že stěžovatel jakožto příjemce dotace musí počítat s tím, že jeho činnost související s dotací (a tedy s nakládáním s veřejnými prostředky), může být předmětem kontroly, která bude vždy do určité míry zatěžující. Důležité je též to, že došetření bylo doplňující fází první kontroly, nešlo tak o bezdůvodně opakovanou kontrolu. Samotné průtahy při pořizování podkladů v rámci kontroly nečiní kontrolní postup nezákonným. Stěžovatel sám žádné konkrétní zásahy do svých práv související s délkou probíhající kontroly neuvedl. Za nedůvodnou považoval městský soud také námitku litispendence, jelikož ta představuje překážku věci zahájené a týká se řízení o právech a povinnostech (ve smyslu správního řízení). Na základě zákazu litispendence není možné v téže věci vést dvojí řízení. Kontrolní činnost není řízením, ale pouze zjišťovacím procesem, který má vést ke shromáždění podkladů pro následné akty. Překážka litispendence je dle městského soudu u kontrolní činnosti pojmově vyloučena. Nadto měla druhá kontrola odlišný předmět. Na závěr se městský soud zabýval tím, zda došetření excesivně zasáhlo do práv stěžovatele, a dospěl k závěru, že samotné došetření stěžovatele na jeho právech nijak přímo nezkracuje. Stěžovatel své tvrzení o nezákonném zásahu omezil na samotnou existenci trvající kontroly, avšak neuváděl, že by musel konat něco, co po něm nelze požadovat. Městský soud považoval za podstatné, že posuzovaná kontrola byla ke dni podání žaloby ukončena, takže zásah v podobě jejího zahájení a provádění již netrval. Samotná délka kontroly také nezákonný zásah nemohla představovat a stěžovatel neuvedl nic konkrétního, v čem by jej kontrola omezovala. Stěžovatel rovněž v době kontroly disponoval finančními prostředky, nebyl tedy omezen ani v možnosti projekt dokončit.
[9] Stěžovatel spatřoval nezákonný zásah i v kontrolních zjištěních vyplývajících z dodatku k protokolu o kontrole, ty však nezákonným zásahem být nemohou. Nelze předjímat, jak budou kontrolní zjištění v navazujícím rozhodnutí hodnoceny a stěžovatel se proti těmto závěrům může bránit prostředky právní ochrany proti případnému rozhodnutí. Městský soud proto uzavřel, že kontrola dotačního projektu by za určitých okolností nezákonným zásahem být mohla, tyto okolnosti v nyní posuzované věci neshledal, a proto žalobu zamítl.
3. Kasační stížnost, vyjádření žalovaného a replika
[10] Rozsudek městského soudu napadl stěžovatel kasační stížností, ve které namítal nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku spočívající v nesrozumitelnosti a nedostatku důvodů. Městský soud vycházel z rozsudku Nejvyššího správního soudu č. j. 5 As 129/2016‑40, který se týkal nezákonného zásahu ve formě změny kontrolního protokolu bez došetření ve smyslu § 21 kontrolního řádu, čímž se odlišuje od nyní posuzované věci. Došetření stěžovatel považuje za excesivní postup, jelikož nebyly dány důvody k jeho zahájení a vedení a bylo ukončeno až poté, co byla ukončena první kontrola. Stěžovateli (v době podání kasační stížnosti) nebylo doručeno rozhodnutí o vrácení dotace a nemůže ani předpokládat, zda a v jakém rozsahu k vydání tohoto rozhodnutí dojde. Proto je lichý právní výklad vycházející z možnosti obrany proti rozhodnutí o vrácení dotace, jelikož pokud by k vydání tohoto rozhodnutí vůbec nedošlo, byl by stěžovatel zcela bez soudní ochrany.
[11] Došetření po ukončení první kontroly bylo samostatným procesním postupem, který mohl zasáhnout do stěžovatelových veřejných subjektivních práv. Konkrétní nezákonný zásah stěžovatel spatřuje ve zvýšené administrativní zátěži. Došetření rovněž zasahuje do práv nabytých v dobré víře, do právní jistoty a důvěry ve správnost právních aktů a do práva na spravedlivý proces. Došetření vybočilo za svého zákonného rámce, což představuje závažnou procesní vadu. Stěžovatel za excesivní zásah do svých veřejných subjektivních práv považuje postup pracovníků v rámci došetření, pro jehož zahájení nebyly splněny zákonné podmínky. Touto otázkou se však městský soud nezabýval. Městský soud nesprávně posoudil i otázku průtahů kontroly. Nelze se ztotožnit s tím, že v důsledku průtahů nedošlo k zásahu do veřejných subjektivních práv stěžovatele; ten spočívá minimálně v zásahu do práva na ochranu svobodné sféry osoby. Usnesení o zahájení trestního stíhání nemůže představovat zjištěné nesprávnosti v protokolu o kontrole, které by odůvodňovaly došetření věci. Kontrolní činnost je nezávislá na trestním řízení. Stěžovatel také upozorňuje na zákaz opakovaných kontrol podle § 9 písm. b) kontrolního řádu (tj. povinnost šetřit práva a oprávněné zájmy kontrolované osoby). Předmětem první i druhé kontroly bylo ověření věcné nezpůsobilosti výdajů, městský soud nesprávně posoudil předmět obou kontrol jako odlišný. Zároveň pro přípustnost zásahové žaloby již neplatí podmínka trvání zásahu. Došetřením byl rozšířen rozsah kontrolních zjištění, čímž bylo zasaženo do právní jistoty stěžovatele.
[12] Stěžovatel proto navrhl, aby Nejvyšší správní soud napadený rozsudek zrušil a věc vrátil městskému soudu k dalšímu řízení.
[13] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti uvedl, že městský soud měl žalobu odmítnout jako nepřípustnou, jelikož se stěžovatel mohl domáhat ochrany jinými právními prostředky a nevyčerpal dostupné prostředky ochrany. Proto žalovaný nejprve navrhl zrušení napadeného rozsudku a odmítnutí žaloby Nejvyšším správním soudem. Žalovaný zdůraznil, že zaslal na příslušný finanční úřad oznámení o podezření na porušení rozpočtové kázně. Tento finanční úřad teprve rozhodne, zda k porušení rozpočtové kázně došlo. Pokud by postup žalovaného byl skutečně excesivní, bylo by možné případné důsledky zhojit v navazujícím řízení. Postup žalovaného na stěžovatele nemá reálný dopad. K samotným důvodům pro zahájení došetření uvedl žalovaný, že bylo nezbytné ověřit skutečnosti uvedené v usnesení o zahájení trestního stíhání a v námitkách stěžovatele proti protokolu o první kontrole. Podstatným je také to, že poskytnutí podpory z veřejných prostředků je přípustné za splnění přísných podmínek, jejichž cílem je zajistit účelné a hospodárné využití těchto prostředků v souladu s jejich určením. S tím souvisí i povinnost strpět kontrolu týkající se těchto prostředků. Stěžovatel nadto neuvedl konkrétní veřejná subjektivní práva, do kterých mělo být zasaženo. K průtahům žalovaný uvedl, že ani ty nezákonný zásah nepředstavují. Překážka litispendence také nebyla dána, neboť došetření nebylo zahájením nové kontroly. Druhá kontrola ve věci projektu pak měla odlišný předmět. Žalovaný na závěr navrhl, aby Nejvyšší správní soud (pokud sám nepřistoupí ke zrušení napadeného rozhodnutí a odmítnutí žaloby) kasační stížnost zamítl.
[14] Na vyjádření žalovaného stěžovatel reagoval replikou, ve které upozorňoval převážně na skutečnost, že první kontrola, její došetření i druhá kontrola měly stejný předmět, jejich věcné zaměření tak nebylo odlišné. Dále namítal nepřípustnou délku kontroly a opět zdůraznil zásah do práva na ochranu svobodné sféry. Stěžovatel rozporoval i to, že důvodem pro došetření první kontroly nebyly jeho námitky proti protokolu o kontrole, ale jen usnesení o zahájení trestního stíhání, které však důvodem pro došetření kontroly být nemůže. Stěžovatel nepopírá, že jako příjemce veřejných prostředků musí strpět kontrolní činnost, nicméně tato činnost nesmí být svévolná, duplicitní, excesivní ani šikanózní.
4. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem
[15] Nejvyšší správní soud nejprve posoudil formální náležitosti kasační stížnosti a shledal, že kasační stížnost byla podána včas, osobou k tomu oprávněnou, neboť stěžovatel byl účastníkem řízení, z něhož napadené rozhodnutí městského soudu vzešlo, je řádně zastoupen a jde o rozhodnutí, proti němuž je kasační stížnost přípustná. Nejvyšší správní soud proto přezkoumal napadený rozsudek městského soudu v rozsahu kasační stížnosti a z důvodů v ní uplatněných, ověřil při tom, zda tento rozsudek netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti, a dospěl k následujícímu závěru.
[16] Kasační stížnost není důvodná.
[17] Městský soud se nejprve zabýval tím, zda by zahájení a průběh kontroly vedené podle kontrolního řádu (který v souladu s § 1 kontrolního řádu dopadá také na kontrolu podle zákona o finanční kontrole) pojmově mohlo být nezákonným zásahem. K odmítnutí žaloby z důvodu, že jednání popsané v žalobě nemůže být vzhledem ke své povaze nezákonným zásahem, lze jen tehdy, je‑li tato skutečnost zjevná a nepochybná (viz rozsudek rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 11. 2017, č. j. 7 As 155/2015‑160, č. 3687/2018 Sb. NSS, EUROVIA CS, který byl sice následně zrušen nálezem Ústavního soudu ze dne 15. 5. 2018, sp. zn. II. ÚS 635/18, ovšem z jiných než pro tuto věc relevantních důvodů). V nyní posuzované věci se naopak jevilo, že by jednání popsané v žalobě pojmově nezákonným být mohlo, proto Nejvyšší správní soud nesouhlasí s tvrzením žalovaného, že měl městský soud předmětnou žalobu odmítnout. Naopak se ztotožňuje se postupem městského soudu, který přistoupil k meritornímu projednání žaloby a ověřil, zda kontrola podle kontrolního řádu tímto nezákonným zásahem byla.
[18] Městský soud dospěl k závěru, že není zjevné a nepochybné, že by kontrola zahájená podle kontrolního řádu v obecné rovině nezákonným zásahem být nemohla, a to s odkazem na judikaturu Nejvyššího správního soudu, která dovodila, že zahájení i provádění daňové kontroly může být podle okolností nezákonným zásahem (viz např. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 8. 2005, č. j. 2 Afs 144/2004‑110, č. 735/2006 Sb. NSS, Lesy Vyšší Brod). Zároveň zdejší soud upozornil, že zásahová žaloba představuje prostředek ochrany tam, kam nedosáhne ochrana podle § 65 a násl. s. ř. s. (viz usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 11. 2010, č. j. 7 Aps 3/2008‑98, č. 2206/2011 Sb. NSS, Olomoucký kraj). Městský soud dovodil, že kontrola podle kontrolního řádu by nezákonným zásahem mohla být, pokud byla zahájena nezákonně a neměla by vůbec probíhat, případně pokud by určitý postup pracovníků provádějících kontrolu představoval excesivní zásah do práv stěžovatele. S tímto východiskem se Nejvyšší správní soud ztotožňuje a upozorňuje, že ve své judikatuře dovodil, že nezákonným zásahem může být nejen daňová kontrola, ale také např. kontrola podle zákona č. 166/1993 Sb., o Nejvyšším kontrolním úřadu (viz blíže rozsudek ze dne 19. 9. 2007, č. j. 9 Aps 1/2007‑68, č. 1382/2007 Sb. NSS) nebo předběžné i místní šetření Úřadu pro ochranu hospodářské soutěže (viz rozsudky ze dne 22. 9. 2011, č. j. 5 Aps 4/2011‑326, č. 2458/2012 Sb. NSS a ze dne 25. 2. 2016, č. j. 5 Afs 7/2011‑799). Není tedy důvod, proč by za splnění určitých okolností nemohla být nezákonným zásahem také kontrola podle kontrolního řádu (resp. podle zákona o finanční kontrole).
[19] Nejvyšší správní soud stejně jako městský soud zdůrazňuje, že zápůrčí zásahová žaloba představuje subsidiární prostředek ochrany, který má své uplatnění až v případě, že ochranu práv nelze zajistit jinými prostředky ochrany. K založení aktivní legitimace ve věci podání zásahové žaloby je pak povinností stěžovatele tvrdit myslitelný zásah do veřejných subjektivních práv. Primární břemeno tvrzení i důkazní břemeno ohledně důvodnosti zásahové žaloby tíží stěžovatele [viz § 84 odst. 3 písm. b) a c) s. ř. s.]. Je to tedy nepochybně stěžovatel, kdo svými tvrzeními uvedenými v žalobě na ochranu před nezákonným zásahem vymezí rozsah soudního přezkumu. Posouzení zákonnosti určitého postupu se odvíjí právě od tvrzení žalobce, v čem žalovaný nezákonný zásah spatřuje. Přeneseno na tuto věc, stěžovatel měl povinnost konkrétně vymezit, jak došetření první kontroly zasáhlo do jeho veřejných subjektivních práv.
[20] Nejvyšší správní soud považuje za klíčové, že došetření kontroly v nyní posuzované věci samo o sobě žádnou další kontrolu nezahájilo. Podle § 21 odst. 2 kontrolního řádu platí, že „[j]e‑li to na základě podaných námitek nebo k opravě zjištěných nesprávností v protokolu o kontrole zapotřebí, provede kontrolující došetření věci“. V souladu s § 18 písm. b) kontrolního řádu je kontrola ukončena dnem doručení vyřízení námitek kontrolované osobě. Stěžovatel pak nijak nezpochybňuje to, že k vyřízení námitek proti protokolu o první kontrole (ke kterým se vztahovalo nyní posuzované došetření) došlo až dne 24. 6. 2025, naopak v kasační stížnosti na toto datum jako den ukončení první kontroly sám opakovaně odkazuje. Nejdříve tímto dnem by tak bylo možné první kontrolu považovat za ukončenou. Naproti tomu oznámení o zahájení došetření této první kontroly bylo stěžovateli doručeno dne 28. 5. 2026, dodatek k protokolu o kontrole vztahující se k tomuto došetření je datován ke dni 24. 6. 2025. Nejvyšší správní soud tak nepochybuje, že došetření bylo pouhým kontrolním postupem probíhajícím „uvnitř“ první kontroly. Městský soud se právě z tohoto důvodu izolovaně nezabýval zákonností došetření první kontroly, ale zaměřil se na otázku, zda bylo možné samotný průběh kontroly považovat za nezákonný zásah. Nezákonnost zahájení první kontroly stěžovatel v žalobě vůbec nenamítal. I z těchto důvodů tak bylo na místě přezkoumat toliko průběh první kontroly, jejíž součástí bylo právě stěžovatelem napadené došetření.
[21] Z žaloby i z kasační stížnosti je patrné, že stěžovatel nezákonný zásah spatřuje primárně v samotné skutečnosti, že došetření první kontroly vůbec proběhlo. Nicméně podle žalobního petitu žaloba směřovala i proti samotnému výsledku daného došetření, neboť stěžovatel se domáhal obnovení stavu před nezákonným zásahem, tedy zrušení výsledného dodatku k protokolu o kontrole.
[22] Nejvyšší správní soud spatřuje v návaznosti na žalobní (a následné kasační) tvrzení v zásadě dvě možné varianty, jak mohlo došetření negativně zasáhnout do práv stěžovatele. První z variant myslitelného zásahu představuje to, že v rámci došetření kontrolní pracovníci prováděli faktické kontrolní úkony vůči stěžovateli. Zjednodušeně řečeno, nezákonný zásah může stěžovatel spatřovat v samotném průběhu došetření první kontroly. Druhý myslitelný zásah Nejvyšší správní soud spatřuje v tom, že došetření první kontroly vedlo ke kontrolním závěrům, které z prvního protokolu o kontrole nevyplývaly. Je tedy potřeba vymezit, zda stěžovatel považuje za problematický samotný průběh došetření kontroly, nebo až jeho výsledek.
[23] Z obsahu stěžovatelových podání se Nejvyššímu správnímu soudu jeví, že nezákonný zásah stěžovatel spatřuje zejména právě ve výsledku došetření zachyceném v dodatku k protokolu o kontrole. Ostatně sám stěžovatel v kasační stížnosti uvedl následující: „Již aktivací těchto práv a povinností Žalobce došlo k zásahu do jeho práva na všeobecnou ochranu svobodné sféry osoby, zvýšené administrativní zátěži a zejména však rozšířením kontrolních zjištění z tohoto Došetření došlo k zásahu do práv Žalobce nabytých v jeho dobré víře související se zásadou právní jistoty a důvěry jednotlivce ve správnost právních aktů orgánů veřejné moci potažmo práva na spravedlivý proces.“ (důraz přidán). Nejvyšší správní soud se ztotožňuje s městským soudem, který dovodil, že proti samotnému výsledku kontrolních zjištění je možné brojit až následnou žalobou proti případnému rozhodnutí, které bude mít za podklad právě výsledky provedené kontroly.
[24] Městský soud v této souvislosti správně poukázal na rozsudek č. j. 5 As 129/2016‑40, v němž se Nejvyšší správní soud zabýval otázkou, zda může nezákonný zásah představovat vyhotovení dodatku k protokolu o kontrole podle § 21 odst. 1 kontrolního řádu a postup, jakým správní orgán změnu kontrolních závěrů provedl. Zdejší soud zdůraznil, že protokol o kontrole je pouhým podkladem pro případný další postup správního orgánu, jeho sepsáním ani změnou proto nedochází k založení, změně, zrušení nebo závaznému určení práv nebo povinností. Závěry vyplývající z protokolu o kontrole, ani postup, kterým byla provedena jejich změna, nemohou zasáhnout právní sféru kontrolované osoby, a tedy ani být nezákonným zásahem. Smyslem žaloby na ochranu před nezákonným zásahem není přezkum procesního postupu správního orgánu, naopak přezkum zákonnosti tohoto postupu v řízení o zásahové žalobě by byl předčasným a odporujícím systematice s. ř. s. Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že proti procesnímu postupu správního orgánu se může kontrolovaná osoba bránit opravnými prostředky proti navazujícímu rozhodnutí; tím navázal na závěry rozsudku č. j. 8 Aps 2/2006‑95, který Nejvyšší správní soud opatřil právní větou, podle níž „[p]rostřednictvím žaloby na ochranu před nezákonným zásahem (§ 82 a násl. s. ř. s.) nelze podrobovat testu zákonnosti jednotlivé procesní úkony správního orgánu, které zpravidla směřují k vydání rozhodnutí a samy o sobě nepředstavují zásah do práv účastníka řízení“.
[25] Stěžovatel má sice pravdu v tom, že v případě, kterým se Nejvyšší správní soud zabýval ve svém rozsudku č. j. 5 As 129/2016‑40, žaloba a následná kasační stížnost směřovala proti změně kontrolních závěrů (nikoliv proti došetření), nicméně za problematický považovala stěžovatelka také postup, který k této změně vedl. V odkazované věci stěžovatelka namítala, že postup, který vedl ke změně kontrolních zjištění, byl svévolný. Nejvyšší správní soud má za to, že se nyní posuzovaný případ od situace posuzované v rozsudku č. j. 5 As 129/2016‑40 zásadně neliší, neboť i nyní stěžovatel brojí převážně proti rozšíření (změně) kontrolních zjištění, ale také částečně proti postupu kontrolního orgánu, jakým bylo toto rozšíření kontrolních zjištění provedeno. Nejvyšší správní soud proto souhlasí s tím, že proti samotným výsledkům kontroly je možné brojit až následnou žalobou proti rozhodnutí navazujícímu na tuto kontrolu. V rámci obrany proti tomuto navazujícímu rozhodnutí může stěžovatel též příp. uplatnit argumentaci směřující proti samotné zákonnosti došetření.
[26] Pokud stěžovatel v kasační stížnosti namítá, že není zřejmé, zda nějaké navazující rozhodnutí ve věci bude vydáno, a pokud by nebylo, byl by zbaven přístupu k soudní ochraně, Nejvyšší správní soud mu nemůže ani v této části přisvědčit. Jestliže výsledek kontroly nepovede k žádnému rozhodnutí, které by zasahovalo do práv a povinností stěžovatele, nespatřuje Nejvyšší správní soud v samotném rozšíření kontrolních zjištění žádný zásah do stěžovatelových práv. Ten by mohl dán právě tím, že by po stěžovateli bylo následně vymáháno vrácení finančních prostředků, na jejichž neoprávněné uplatnění přišel žalovaný právě díky nyní posuzovaném došetření. Pokud závěry došetření k takovému postupu nepovedou, nepovažuje Nejvyšší správní soud tyto závěry samy o sobě za nezákonný zásah do stěžovatelových práv.
[27] Nelze pominout, že stěžovatel alespoň v obecné rovině brojí proti samotnému průběhu došetření, když argumentuje zásahem do práva na všeobecnou ochranu svobodné sféry osoby a zvýšenou administrativní zátěží. Pokud by tato tvrzení uplatněná v žalobě nebyla přezkoumána, mohl by stěžovatel skutečně být zbaven soudní ochrany, a to zejména v případě, že by nedošlo k vydání žádného navazujícího rozhodnutí. Samotný průběh první kontroly (a s ním související otázku případného excesivního zásahu do práv stěžovatele) tak je potřeba podrobit soudnímu přezkumu. To však učinil již městský soud, který se věcně zaměřil právě na to, zda v průběhu kontroly došlo k excesivnímu zásahu do práv stěžovatele.
[28] Nejvyšší správní soud stejně jako městský soud považuje za podstatné to, že došetření kontroly (i samotná první kontrola, v rámci které k došetření došlo) bylo ukončeno před samotným podáním žaloby. Je pravdou, že po novele § 85 s. ř. s. účinné od 1. 1. 2012, která byla provedena zákonem č. 303/2011 Sb., už neplatí, že by tvrzený zásah musel trvat anebo hrozit jeho opakování, aby proti němu bylo možné brojit žalobou. Nicméně v nyní posuzované věci jde o podstatnou okolnost, neboť trvající zásah do práv spočívající v probíhající kontrole nebyl dán. Nezákonný zásah do práv stěžovatele, který by v době podání žaloby trval, by tak mohl spočívat toliko právě v závěrech vyplývajících z došetření, proti nimž se stěžovatel může bránit v žalobě proti případnému navazujícímu správnímu rozhodnutí. Ani v otázce určení, zda byl zásah spočívající ve vedení kontroly nezákonný, nicméně stěžovatel nezůstal bez soudní ochrany, neboť městský soud otázku zákonnosti průběhu této kontroly přezkoumal.
[29] Městský soud ve svém rozhodnutí dospěl k závěru, že průběh kontroly nezákonný zásah nepředstavoval. Stěžovatel v kasační stížnosti namítá, že samotné vedení došetření do jeho práv zasáhlo, nicméně svá tvrzení uplatňuje ve zcela obecné rovině, když zmiňuje pouze zvýšenou administrativní zátěž a zásah do práva na všeobecnou ochranu svobodné sféry. Stěžovatel ani v kasační stížnosti blíže nespecifikuje, jaké úkony, které by překračovaly zákonný rámec, vůči němu žalovaný činil.
[30] Jak již Nejvyšší správní soud dovodil výše, samotnou zákonnost došetření a jeho vliv na kontrolní zjištění bude možné přezkoumat v případném řízení proti rozhodnutí, jehož podkladem by byla daná kontrolní zjištění. Z judikatury zdejšího soudu vyplývá, že nezákonnost kontroly, která předcházela správnímu rozhodnutí, lze namítat i v případě, že by stěžovatel tuto kontrolu nenapadl zásahovou žalobou (viz usnesení rozšířeného senátu ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1 Afs 183/2014‑55, č. 3566/2017 Sb. NSS, ALGON PLUS). Uvedené závěry se sice týkaly kontroly daňové, lze je však přeneseně vztáhnout i na kontrolu podle zákona o finanční kontrole (příp. kontrolního řádu).
[31] Nejvyšší správní soud se tedy ve shodě s městským soudem zaměřil na to, zda byl samotný průběh došetření vůči stěžovateli určitým způsobem excesivní. Jak již bylo opakovaně uvedeno, stěžovatel excesivní průběh kontroly namítá pouze ve zcela obecně rovině. Zároveň již městský soud správně upozornil na to, že stěžovatel je příjemce dotace, která představuje prostředky z veřejných zdrojů. Nakládání s těmito veřejnými prostředky podléhá kontrolní činnosti, což může být pro stěžovatele zatěžující, nicméně jde o nezbytný postup, kterým stát usiluje o zajištění toho, že použití těchto veřejných prostředků odpovídá právním předpisům. Žalovaný podle § 14a odst. 3 zákona č. 248/2000 Sb., o podpoře regionálního rozvoje, ve znění pozdějších předpisů, mimo jiné plní funkci kontrolora podle přímo použitelného předpisu Evropské unie (kterým je nařízení Evropského parlamentu a Rady č. 1299/2013 ze dne 17. prosince 2013 o zvláštních ustanoveních týkajících se podpory z Evropského fondu pro regionální rozvoj pro cíl Evropská územní spolupráce). Stěžovatel jakožto příjemce dotace tak musí s možností kontroly využití veřejných prostředků počítat. Právě uvedené nepochybně neznamená, že by v rámci případné kontroly byl přípustný nezákonný zásah do práv stěžovatele, nicméně i tato okolnost představuje podstatnou skutečnost pro rámec soudního přezkumu intenzity zásahu do práv stěžovatele.
[32] Co se týče samotné délky kontroly, resp. nezákonných průtahů, upozorňuje Nejvyšší správní soud, že sám stěžovatel považuje za problematické až došetření první kontroly. Toto došetření bylo zahájeno dne 28. 5. 2025, samotný dodatek k protokolu o kontrole je datován k 24. 6. 2025, vyřízení námitek proti tomuto dodatku k protokolu o kontrole pak stěžovatel obdržel dne 8. 8. 2025. Celková délka tohoto došetření tak nepřesáhla ani 3 měsíce, časový úsek, v němž žalovaný po stěžovateli mohl fakticky něco požadovat (tj. od zahájení došetření do data vydání dodatku k protokolu o kontrole), nepřesáhl ani jeden měsíc. To Nejvyšší správní soud za nijak excesivní nepovažuje. Městský soud stěžovatele správně upozornil na to, že průtahy se zahájením došetření samy o sobě nezákonný zásah nepředstavují. Stěžovatel však ani v kasační stížnosti konkrétně neuvedl, jak případné zahájení došetření po delší době od zahájení samotné první kontroly zasáhlo do jeho práv.
[33] Pro úplnost Nejvyšší správní soud uvádí, že nepovažuje za problematické ani to, že k vypořádání námitek proti dodatku k protokolu o kontrole došlo až dne 8. 8. 2025, tj. po vypořádání námitek proti protokolu o první kontrole (dne 24. 6. 2025). Stěžovatel ani v této věci konkrétně nespecifikuje, jak tento postup zasáhl do jeho veřejných subjektivních práv. Pokud by zásah měl spočívat v provádění kontroly po vypořádání námitek proti protokolu o první kontrole, upozorňuje Nejvyšší správní soud na časovou souvislost první kontroly, jejího došetření a vypořádání námitek proti protokolu a dodatku k protokolu o kontrole, která je patrná z narativní části tohoto rozsudku. Vzhledem k tomu, že vyřízení námitek proti protokolu o první kontrole bylo vydáno ve stejný den jako samotný dodatek k tomuto protokolu, a to dne 24. 6. 2025, má Nejvyšší správní soud za to, že po vyřízení námitek proti protokolu o kontrole již došetřování vůči stěžovateli fakticky neprobíhalo. K žádné zvýšené administrativní zátěži ani k zásahu do svobodné sféry stěžovatele tak již podle Nejvyššího správního soudu nedocházelo (nebo to alespoň stěžovatel vůbec netvrdí).
[34] Toto došetření Nejvyšší správní soud v obecné rovině nepovažuje ani za duplicitní kontrolu. Vůči první kontrole je totiž na toto došetření potřeba pohlížet jako na její součást, nemůže se tak jednat o její opakování. Ve vztahu k druhé kontrole pak městský soud správně posoudil, že obě kontroly (tj. první kontrola, jejíž součástí bylo posuzované došetření, a samostatná druhá kontrola) měly vymezeny jiný předmět, na který se zaměřovaly. Překážka litispendence také dána být nemohla, jelikož se (jak správně uvedl městský soud) může týkat toliko „řízení“ ve smyslu řízení správního či soudního. Kontrolu za správní řízení považovat nelze. Blíže se však Nejvyšší správní soud otázkou zákonnosti došetření první kontroly s ohledem na výše uvedené nebude nyní zabývat.
[35] Ve vztahu k samotné „zvýšené administrativní zátěži“ a zásahu do „práva na ochranu svobodné sféry osoby“ Nejvyšší správní soud opakovaně upozorňuje, že stěžovatel žádný z těchto zásahů blíže nespecifikoval. Ze správního spisu pak zdejší soud nezjistil, že by žalovaný po stěžovateli požadoval plnění zákonných povinností v excesivním rozsahu (např. s ohledem na požadavek předložení excesivního množství dokumentů, délku doby přítomnosti kontrolních pracovníků ani jiné). Ve shodě s městským soudem tak ani Nejvyšší správní soud nezákonný zásah do věřených subjektivních práv stěžovatele neshledal.
5. Závěr a náklady řízení
[36] S ohledem na výše uvedené Nejvyšší správní soud uzavírá, že neshledal kasační stížnost důvodnou, a proto ji podle § 110 odst. 1 poslední věty s. ř. s. zamítl (výrok I.).
[37] O náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti Nejvyšší správní soud rozhodl podle § 60 odst. 1 věty první s. ř. s. za použití § 120 s. ř. s. Úspěšnému žalovanému, jemuž by jako jinak právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti příslušelo, Nejvyšší správní soud náhradu nákladů řízení nepřiznal, protože mu podle obsahu spisu v řízení o kasační stížnosti žádné náklady nad rámec běžné úřední činnosti nevznikly (výrok II.).
Poučení:
Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné (§ 53 odst. 3, § 120 s. ř. s.).
V Brně dne 19. června 2026
JUDr. Viktor Kučera
předseda senátu