10 Afs 244/2023 - 68
ČESKÁ REPUBLIKA
ROZSUDEK
JMÉNEM REPUBLIKY
Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Michaely Bejčkové a soudců Ondřeje Mrákoty a Vojtěcha Šimíčka v právní věci žalobce: statutární město Děčín, Mírové náměstí 5, zastoupeného advokátem Mgr. Narcisem Tomáškem, U Starého mostu 4, Děčín, proti žalovanému: Ministerstvo financí, Letenská 15, Praha 1, proti rozhodnutí ze dne 2. 9. 2021, čj. MF‑12719/2018/1203‑8, v řízení o kasační stížnosti žalovaného proti rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 23. 8. 2023, čj. 15 Af 15/2021‑86,
takto:
Odůvodnění:
[1] V této věci se řeší, jaký je vztah úpravy prekluzivních lhůt podle článku 3 unijního nařízení o ochraně finančních zájmů Evropských společenství [nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95] a vnitrostátní úpravy této lhůty podle § 22 odst. 13 (dříve odst. 11) územních rozpočtových pravidel (zákon č. 250/2000 Sb.). Konkrétně je pak spor o to, zda uplynula prekluzivní lhůta k vydání rozhodnutí o odvodu kvůli nesrovnalosti, která nastala proto, že statutární město Děčín jako příjemce dotace nezákonně vyloučilo některé uchazeče o veřejnou zakázku ze zadávacího řízení.
[2] NSS dospěl k tomu, že na tuto otázku zatím nelze odpovědět, protože krajský soud špatně posoudil povahu nesrovnalosti, a v důsledku toho i nesprávně určil počátek prekluzivní lhůty. Je tak třeba především zjistit, kdy bylo dovršeno plnění smlouvy o díle, a kdy tedy skončila pokračující nesrovnalost. To bude úkolem krajského soudu v dalším řízení.
1. Popis věci
[3] Výbor Regionální rady regionu soudržnosti Severozápad rozhodl dne 26. 6. 2009 o poskytnutí dotace statutárnímu městu Děčín. Regionální rada regionu soudržnosti Severozápad (správce daně) pak smlouvou o poskytnutí dotace ze dne 29. 10. 2009 přislíbila městu dotaci ve výši přes 146 milionů Kč. Dotace byla městu poskytnuta z Regionálního operačního programu NUTS II Severozápad pro období 2007–2013 a byla vyplacena ve čtyřech etapách během roku 2011 (poslední část dotace získalo město ke dni 30. 10. 2011). Město získalo tuto dotaci na financování projektu s názvem „Zámek Děčín – kulturně společenské centrum“.
[4] Dne 4. 10. 2016 proběhla veřejnosprávní kontrola podle § 13 zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě. Z kontroly vyplynulo, že město při posuzování kvalifikace zájemců o nadlimitní veřejnou zakázku na stavební práce nedodrželo zásadu rovného zacházení a zákaz diskriminace podle § 6 zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách (některé uchazeče vyzvalo k doplnění nebo vysvětlení dokladů prokazujících jejich kvalifikaci, a jiné – za stejných okolností – vyřadilo). Porušilo tím zároveň článek XI odst. 1 smlouvy o poskytnutí dotace, podle kterého bylo povinno řídit se zákonem o veřejných zakázkách. Správce daně posoudil toto pochybení jako porušení rozpočtové kázně podle § 22 odst. 2 územních rozpočtových pravidel.
[5] Proto správce daně vyzval dne 12. 1. 2017 město k vrácení částky dotčené nesrovnalostí a představující 25 % z hodnoty zakázky (tj. asi 36 milionů Kč). Město nejdříve požádalo o prodloužení lhůty k vrácení dotace. Poté (27. 2. 2017) správci daně sdělilo, že v souladu s rozhodnutím rady města dotaci vracet nebude. Správce daně 24. 4. 2017 zahájil daňové řízení a dne 10. 8. 2017 vydal ohledně sporné částky platební výměr na odvod za porušení pravidel rozpočtové kázně. Město podalo proti platebnímu výměru odvolání, které ministerstvo dne 2. 9. 2021 zamítlo a platební výměr potvrdilo.
[6] Proti rozhodnutí ministerstva poté podalo město žalobu. Protože dotace byla městu poskytnuta převážně ze zdrojů Evropské unie, posoudil krajský soud věc podle unijního nařízení 2988/95 (ustanovení územních rozpočtových pravidel tedy nepoužil). Nařízení upravuje pravidla pro postih nesrovnalostí, kvůli kterým může být poškozen rozpočet Společenství nebo rozpočty, které Společenství spravuje (čl. 1 odst. 2). Nesrovnalostí se rozumí i nesplnění podmínek dotace poskytnuté (i jen částečně) z unijních zdrojů.
[7] Nařízení obsahuje vlastní úpravu prekluzivních lhůt (čl. 3). Podle něj činí „promlčecí“ (což ve skutečnosti znamená prekluzivní) lhůta pro zahájení řízení čtyři roky od okamžiku, kdy nastala nesrovnalost. Za rozhodný okamžik pro začátek běhu prekluzivní lhůty v této věci označil soud den uzavření smlouvy o poskytnutí dotace, tj. 29. 10. 2009. Nesrovnalost totiž spočívala ve vyloučení některých účastníků rozhodnutím ze dne 23. 10. 2009, tzn. nesrovnalost předcházela poskytnutí dotace. Dne 29. 10. 2013 proto podle soudu marně uplynula prekluzivní lhůta k zahájení řízení o vrácení poskytnuté dotace. Správce daně oznámil zahájení řízení až dne 24. 4. 2017, tedy po uplynutí prekluzivní lhůty. Krajský soud proto žalobě vyhověl a rozhodnutí ministerstva zrušil.
2. Shrnutí argumentů v kasačním řízení
[8] Proti rozsudku krajského soudu podává ministerstvo kasační stížnost. Domnívá se (a trvá na tom i v dalších podáních), že v této věci nelze použít prekluzivní lhůty upravené nařízením. Podle čl. 3 odst. 3 nařízení mohou členské státy uplatňovat delší lhůtu, než kterou obsahuje nařízení. Právní řád České republiky upravuje lhůty v § 22 odst. 13 územních rozpočtových pravidel (do 19. 12. 2015 v odst. 11). Podle tohoto ustanovení lze odvod a penále za porušení rozpočtové kázně uložit do 10 let počítaných od 1. 1. roku následujícího po roce, v němž byla porušena rozpočtová kázeň. Lhůta platí pro celé řízení od jeho zahájení až po vydání rozhodnutí. V této věci tedy uplynula prekluzivní lhůta až 1. 1. 2022.
[9] Podle ministerstva je česká vnitrostátní úprava v souladu s judikaturou Soudního dvora Evropské unie, která zdůrazňuje právní jistotu a přiměřenost (z rozsudku ve věci C‑584/15, Glencore Céréales France, plyne, že v tomto testu obstála pětiletá lhůta pro zahájení řízení a absolutní desetiletá pro vydání rozhodnutí). Česká právní úprava chrání veřejné rozpočty včetně rozpočtu EU, je komplexní a funkční.
[10] Krajský soud dále nevzal v potaz to, že dotace obsahovala i české prostředky. Není tedy jasné, proč se na část týkající se českých prostředků nepoužije vnitrostátní právní úprava. Navíc se dotace poskytují příjemcům prostřednictvím územního rozpočtu, nikoli přímo z rozpočtu EU. Ministerstvo proto míní, že na dotace poskytované regionální radě z kapitoly Ministerstva pro místní rozvoj se vztahují rozpočtová pravidla a na dotace poskytované regionální radou konečným příjemcům se použijí územní rozpočtová pravidla.
[11] Ministerstvo upozorňuje na to, že krajský soud nezvážil ani podmínku udržitelnosti projektu, podle které musí příjemce dotace splňovat podmínky pro její vyplacení po určitou dobu od ukončení projektu. V této věci byla doba udržitelnosti sjednána na pět let ode dne finančního ukončení projektu, tj. od 30. 10. 2011 (dne, kdy byla připsána poslední část dotace na žalobcův účet). Během této doby mohl správce daně odhalit další případné nesrovnalosti a učinit úkony, které by přerušily běh prekluzivní lhůty podle čl. 3 odst. 1 nařízení. (V doplnění repliky pak ministerstvo připomíná, že Regionální operační program NUTS II Severozápad je víceletým programem, u nějž podle nařízení neskončí prekluzivní lhůta před jeho ukončením.)
[12] Soud podle ministerstva špatně posoudil i okamžik vzniku nesrovnalosti, kterým nemohl být už den podpisu smlouvy o poskytnutí dotace (29. 10. 2009). Nesrovnalost podle nařízení 2988/95 je širší pojem než porušení rozpočtové kázně a nastává při současném splnění dvou podmínek: 1) jednání nebo opomenutí příjemce dotace, kterým je porušen unijní předpis, a 2) poškození rozpočtu Evropské unie nebo rozpočtů, které Evropská unie spravuje. Soud měl jednak správně pracovat s vnitrostátním pojmem „porušení rozpočtové kázně“ a jednak měl zjistit, že i když město pochybilo při zadávacím řízení už před podpisem smlouvy, nebyla mu v okamžiku podpisu smlouvy ještě poskytnuta dotace. Podmínky pro porušení rozpočtové kázně byly naplněny až v okamžiku, kdy byla městu připsána na účet poslední částka z dotace. To se stalo dne 30. 10. 2011; proto začala prekluzivní lhůta podle § 22 odst. 11 územních rozpočtových pravidel běžet až 1. 1. 2012 a uplynula 1. 1. 2022. Podle ministerstva je navíc rozsudek nepřezkoumatelný, protože se krajský soud odchýlil od vlastní rozhodovací praxe a svůj postup ničím neodůvodnil.
[13] Město ve svém vyjádření upozorňuje na to, že ministerstvo nerozlišuje mezi lhůtou k zahájení řízení a k vydání rozhodnutí, a nesouhlasí s tím, že je desetiletá absolutní lhůta v souladu se zásadou právní jistoty a přiměřenosti. Naopak považuje za správný závěr soudu, že prekluzivní lhůta k zahájení řízení o vrácení poskytnuté dotace uplynula 29. 10. 2013. Také souhlasí s tím, že okamžikem vzniku nesrovnalosti podle nařízení je v tomto případě podpis smlouvy.
3. Předběžné otázky posuzované Soudním dvorem Evropské unie
[14] Desátý senát NSS položil (usnesením ze dne 31. 7. 2024, čj. 10 Afs 82/2024‑52) Soudnímu dvoru Evropské unie tři předběžné otázky, které se týkaly výkladu čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 a souladu české vnitrostátní úpravy s tou unijní. Odpověď na tyto otázky mohla být důležitá i pro nynější kasační stížnost, a proto soud přerušil řízení o ní. Ve věci 10 Afs 82/2024 šlo o vztah nařízení 2988/1995 a (tzv. „velkých“) rozpočtových pravidel (tj. zákona č. 218/2000 Sb.). Úprava prekluzivních lhůt podle tohoto zákona je však v podstatě totožná s úpravou prekluzivních lhůt podle nyní posuzovaných územních rozpočtových pravidel. Rozsudek Soudního dvora mohl tedy znamenat, že také prekluzivní lhůty podle územních rozpočtových pravidel jsou v rozporu s nařízením 2988/95.
1) Článek 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec a odst. 3 nařízení 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že členský stát, který nevyužil oprávnění stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, než je čtyřletá lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci, nemůže pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce, stanovit absolutní promlčecí lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek této čtyřleté lhůty.
2) Článek 3 odst. 3 nařízení 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že brání tomu, aby členský stát stanovil počátek běhu absolutní promlčecí lhůty pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce za vzniklou nesrovnalost, na první den kalendářního roku následujícího po kalendářním roce, v němž k této nesrovnalosti došlo. Tato lhůta začíná podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce tohoto nařízení v každém případě běžet ode dne, kdy k nesrovnalosti došlo, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti ode dne, kdy tato nesrovnalost skončila.
3) Článek 3 nařízení 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že promlčecí lhůty, které jsou v něm stanoveny, se vztahují na nesrovnalost, kterou je dotčeno financování projektu souvisejícího s některou politikou Evropské unie, i tehdy, když tato nesrovnalost poškozuje nebo může poškodit finanční zájmy Unie a zároveň finanční zájmy členského státu.
[16] Ministerstvo k těmto závěrům dodává, že krajský soud posoudil okamžik začátku běhu prekluzivní lhůty v rozporu s judikaturou Soudního dvora. V této věci totiž jde o „pokračující nesrovnalost“ (čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení 2988/95; rozsudek Soudního dvora ze dne 21. 12. 2011 ve věci C‑465/10, Ministre de I´Intérieur, de l´Outremer, des Collectivités territoriales et de I´Immigration). U pokračující nesrovnalosti může začít běžet prekluzivní lhůta, až když nesrovnalost skončí. V tomto případě žalobce při zadávání veřejné zakázky porušil zásadu rovného zacházení tím, že při zjišťování kvalifikace podle § 59 odst. 4 zákona o veřejných zakázkách nepřistupoval ke všem uchazečům stejně. Porušil tím čl. I smlouvy o dotaci a zároveň § 22 odst. 2 územních rozpočtových pravidel. Nesrovnalost trvala po celou dobu plnění smlouvy o díle, která byla následně s vybraným uchazečem uzavřena, a skončila až dovršením plnění. To mohlo pravděpodobně nastat zaplacením ceny díla. Proto ministerstvo navrhuje, aby NSS žalobce vyzval k předložení dokumentů prokazujících jednak předání díla (typicky předávací protokol apod.), jednak úhradu kupní ceny. Bez nich totiž nelze určit, kdy skončila nesrovnalost ani kdy počala běžet prekluzivní lhůta. Dále ministerstvo připomíná, že se prekluzivní lhůta pro stíhání přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Prekluzivní lhůta přitom začíná znovu běžet od provedení každého takového úkonu. Podle rozsudku ve věci C‑734/22, Republik Österreich proti GM, bod 43, jsou takovými úkony například i zpráva o auditu a platební výměr. V nynější věci byly v těchto dokumentech jasně popsány okolnosti nesrovnalosti, proto se jimi přerušila prekluzivní lhůta k uložení odvodu.
4. Posouzení věci
[17] Kasační stížnost je důvodná.
[18] NSS v nedávné době rozhodoval v návaznosti na rozsudek Soudního dvora Mikroregion Porta Bohemica vícekrát o stejných právních otázkách, které řeší i v tomto případě (jde například o rozsudky ze dne 26. 5. 2026, čj. 2 Afs 13/2023‑118 a čj. 8 Afs 62/2023‑104). Z těchto svých rozsudků vychází NSS i teď.
[19] Použitelná právní úprava. První otázka, kterou NSS v této věci zodpoví, zní, zda krajský soud správně posuzoval běh prekluzivní lhůty podle nařízení 2988/95. Ze závěrů Soudního dvora vyplývá, že ani v nynější věci nelze posuzovat otázku prekluze podle § 22 odst. 11 územních rozpočtových pravidel (ve znění do 19. 2. 2015; nyní jde o odst. 13). Podle tohoto ustanovení lze odvod a penále uložit do 10 let počítaných od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž byla porušena rozpočtová kázeň. Důvod, proč nelze použít tuto vnitrostátní úpravu, je ten, že kromě lhůty k uložení odvodu neobsahuje také lhůtu k zahájení řízení o uložení odvodu. Jen tak by zákon odpovídal článku 3 odstavci 3 nařízení 2988/95 a také požadavku právní jistoty, jak jej vyslovil rozsudek Glencore Céréales France (body 72 až 74). V této podobě však česká úprava nesplňuje požadavek judikatury Soudního dvora, aby byla lhůta pro vydání rozhodnutí nanejvýš dvojnásobná oproti čtyřleté lhůtě pro zahájení řízení, kterou upravuje nařízení (takto už rozsudek NSS ze dne 19. 6. 2024, čj. 3 Afs 248/2023‑135, bod 31).
[20] To potvrdil i Soudní dvůr v odpovědi na první otázku v rozsudku Mikroregion Porta Bohemica: pokud si členský stát samostatně neupraví lhůtu k zahájení řízení o sankci, nemůže pro vydání rozhodnutí o ní určit takovou absolutní prekluzivní lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek čtyřleté lhůty, v níž je podle nařízení nutné řízení zahájit. Proto nelze použít úpravu lhůt v územních rozpočtových pravidlech (resp. ani ve „velkých“ rozpočtových pravidlech). Otázku prekluze je potřeba posoudit podle lhůt upravených v čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 tak, jak to udělal i krajský soud.
[21] Odpověď na otázku, proč se aspoň na tu část dotace, která nebyla poskytnuta z EU, nepoužije česká vnitrostátní úprava, je také obsažena v rozsudku Mikroregion Porta Bohemica. Podle něj se totiž lhůty upravené nařízením 2988/95 vztahují i na situace, v nichž mohly být dotčeny nesrovnalostí finanční zájmy jak EU, tak i členského státu (nikoli tedy výlučně zájmy EU). Není sporné, že na projekt „Zámek Děčín – kulturně společenské centrum“ byly poskytnuty prostředky z rozpočtu EU. Už tento fakt znamená, že se zde běh prekluzivní lhůty posuzuje podle nařízení 2988/95. Na věci nic nemění, zda byla část prostředků poskytnuta také z rozpočtu kraje či ze státního rozpočtu, ani zda byly prostředky vypláceny z rozpočtu regionální rady, nebo přímo z rozpočtu EU, jak namítá ministerstvo (obdobně např. 2 Afs 13/2023, bod 26). Územní rozpočtová pravidla se proto nepoužijí ani částečně. Naopak se zcela použije nařízení 2988/95, zejména jeho čl. 3 odst. 1.
[22] Počátek a běh prekluzivní lhůty. Pro posouzení otázky, zda uplynula lhůta k vydání rozhodnutí o uložení odvodu, je důležité určit okamžik, od kterého lhůta počala běžet. Z čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 plyne:
Promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst. 1. (…)
V případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu.
Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení.
Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta, která se rovná dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci (…).
[23] Stejně jako v ostatních věcech, ve kterých se řešilo použití nařízení 2988/95 místo rozpočtových (resp. územních rozpočtových) pravidel, je třeba objasnit některé terminologické nejednoznačnosti a úskalí, která rozhodování v této věci provázejí. Nařízení 2988/95 obsahuje pojem promlčení, jde však o prekluzi (stanovisko generálního advokáta k věci Glencore Céréales France, body 24 až 26). Stíháním, o kterém se zmiňuje čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95, se rozumí i řízení, které vede k uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně (rozsudek NSS ze dne 31. 3. 2026, čj. 10 Afs 82/2024‑133, bod 28). Proto soud nevykračuje mimo nařízení, když zmiňuje uložení odvodu. Naopak místo porušení rozpočtové kázně, které je pojmem vnitrostátního práva, NSS užívá nesrovnalost (ta je pojmem nařízení 2988/95), protože tyto pojmy nelze ztotožňovat (rozsudek NSS ze dne 31. 3. 2026, čj. 2 Afs 7/2025‑45, bod 30).
[24] Nesrovnalost vzniká okamžikem, kdy jsou současně splněny dvě podmínky: 1) byly porušeny unijní či vnitrostátní předpisy přispívající k zajištění řádného řízení projektů financovaných z unijních prostředků, a 2) byl či může být ohrožen nebo poškozen rozpočet EU (opět 2 Afs 7/2025, bod 30 a judikatura Soudního dvora tam citovaná). Ke vzniku nesrovnalosti není třeba, aby příjemci dotace byly dotační prostředky vyplaceny: stačí, aby mu byly přiznány (rozsudek NSS ze dne 12. 9. 2025, čj. 1 Afs 59/2025‑98, č. 4707/2025 Sb. NSS, bod 50). V tom se právě liší nesrovnalost od porušení rozpočtové kázně, u níž se vyžaduje, aby byla dotace nejen přiznána, ale i vyplacena (usnesení rozšířeného senátu ze dne 18. 4. 2017, čj. 6 Afs 270/2015‑48, č. 3579/2017 Sb. NSS, bod 67). Proto není přiléhavá argumentace rozsudkem NSS ze dne 7. 3. 2019, čj. 5 Afs 123/2018‑45, z něhož ministerstvo vyvozuje, že obě podmínky byly splněny zároveň až připsáním všech částek dotace na účet města. Tento závěr z rozsudku pátého senátu vyvodit nelze, protože v něm šlo jen o porušení rozpočtové kázně, nikoli o nesrovnalost.
[25] Dále je podle čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 potřeba určit, jakou povahu měla nesrovnalost v tomto případě: zda byla jednorázová, nebo pokračující. U jednorázových nesrovnalostí totiž počíná prekluzivní lhůta běžet už od okamžiku, kdy nesrovnalost nastala. Naopak u pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží prekluzivní lhůta teprve ode dne, kdy nesrovnalost skončila.
[26] Krajský soud se patrně domníval, že šlo o jednorázovou nesrovnalost, která nastala ještě před uzavřením smlouvy o poskytnutí dotace dne 29. 10. 2009, a proto považoval za počátek prekluzivní lhůty okamžik uzavření smlouvy o poskytnutí dotace. V tom se ale mýlil. To, že město vyloučilo některé z uchazečů o veřejnou zakázku (jejímž prostřednictvím mohlo plnit projekt, na který získalo dotace) v rozporu s § 6 zákona o veřejných zakázkách, poznamenalo protiprávností i následné plnění uzavřené smlouvy mezi městem a vybraným uchazečem.
[27] Z rozsudku Soudního dvora ve věci Ministre de l’Intérieur plyne, že narušení volného pohybu služeb, které bylo způsobeno porušením pravidel při zadávání veřejných zakázek, přetrvává během celé doby provádění smluv uzavřených v rozporu s těmito pravidly. Soudní dvůr nevyloučil, aby členské státy umožnily zachovat účinky takto uzavřených smluv. Nemůže to ale znamenat, že se na chování zadavatele (města) vůči unijnímu rozpočtu bude hledět jako na souladné s unijním právem. Pokud tedy příjemce dotace z evropského rozpočtu poruší pravidla při zadávání veřejné zakázky a uzavře pak smlouvu (v tomto případě smlouvu o díle), díky které dotovaný projekt uskutečňuje, vynakládá tím na projekt neoprávněný výdaj, a poškozuje tak unijní rozpočet. Tento stav trvá po celou dobu plnění smlouvy, která byla protiprávně uzavřena mezi zhotovitelem díla a příjemcem dotace. Proto musí být tato nesrovnalost považována za pokračující nesrovnalost podle čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení 2988/95 (k tomu blíže zejména body 56 až 59 rozsudku Ministre de l’Intérieur). Počátek běhu prekluzivní lhůty se pak odvíjí ode dne, kdy tato nesrovnalost skončila, tedy ode dne, kdy bylo dovršeno plnění smlouvy o díle (obdobně též např. 2 Afs 7/2025, bod 32).
[28] O tom, kdy bylo dovršeno plnění smlouvy o díle, zpravidla svědčí účetní doklady, zejména faktury, ze kterých lze vyčíst, kdy bylo dílo zaplaceno (jako tomu bylo například ve vícekrát už citované věci 2 Afs 13/2023). Tyto listiny však správní spis neobsahuje, stejně jako žádný jiný doklad, ze kterého by šlo vyvodit, kdy bylo dovršeno plnění smlouvy. Bez nich není možné říct, kdy začala běžet prekluzivní lhůta k vydání rozhodnutí o uložení odvodu.
[29] Krajský soud nesprávně považoval za začátek lhůty den uzavření smlouvy o poskytnutí dotace. K určení správného okamžiku začátku běhu prekluzivní lhůty chyběla soudu jednak správná úvaha o povaze nesrovnalosti, jednak informace o dovršení plnění smlouvy (tj. zaplacení ceny díla, resp. jeho předání). Bez těchto předpokladů nebyl soud schopen s jistotou říct, zda uložení odvodu v této věci bránila prekluze, či nikoli. Krajský soud si proto bude muset vyžádat potřebné účetní listiny, aby mohl určit, kdy bylo dovršeno plnění díla, tzn. kdy začala běžet prekluzivní lhůta – a kdy pak skončila. Zda právo uložit odvod zaniklo, nebo ne, bude muset krajský soud zhodnotit i s přihlédnutím k rozsudku ve věci C‑734/22, Republik Österreich proti GM (zejména k bodům 39 až 43). Bude tedy potřeba zjistit, zda některý z úkonů, který správce daně učinil vůči městu, nepřerušil běh prekluzivní lhůty podle čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení 2988/95.
[30] Udržitelnost projektu. Ministerstvo namítá také to, že krajský soud nevzal v potaz podmínku udržitelnosti projektu, podle které nestačilo jen splnit podmínky pro vyplacení dotace, ale také tyto podmínky udržet po dobu pěti let od ukončení projektu. V tom má ministerstvo pravdu – krajský soud se tím nezabýval, protože počátek prekluzivní lhůty určil odlišně (nesprávně). I tuto otázku tedy krajský soud v dalším řízení zodpoví. NSS už teď může upozornit na to, že k udržitelnosti projektu a jeho vlivu na běh prekluzivní lhůty se v mezidobí sám vyjádřil, a to v rozsudku ze dne 5. 3. 2026, čj. 10 Afs 160/2025‑43 (body 10 až 12). Ten se týkal novějšího nařízení (o evropských fondech) č. 1303/2013 a zvláště pak jeho definice pojmu dokončená operace. V nynější věci bude třeba jen posoudit, nakolik se závěr rozsudku (tedy že projekt nemá být považován za definitivně ukončený až uplynutím doby udržitelnosti) uplatní i vůči projektům probíhajícím za účinnosti předešlého nařízení (o evropských fondech) č. 1083/2006. (K otázce víceletého projektu, o němž se ministerstvo poprvé zmiňuje až v doplnění repliky, pak lze odkázat na rozsudek Soudního dvora ve věci C‑436/15, UAB Alytaus regiono atliekų tvarkymo centras, body 51 a 61, a také na rozsudek NSS ze dne 19. 6. 2024, čj. 3 Afs 248/2023‑135, bod 28.)
[31] Nepřezkoumatelnost. Podle ministerstva krajský soud neobjasnil, proč dříve rozhodoval o porušení rozpočtové kázně odlišně než v této věci, a proto je prý jeho rozsudek nepřezkoumatelný. NSS s ministerstvem nesouhlasí: takové mlčení krajského soudu nezakládá vadu nepřezkoumatelnosti. Bylo by vhodnější, aby se krajský soud – před vlastním zaujetím názoru na věc – výslovně vymezil i vůči svým vlastním starším rozsudkům, byly‑li mu známy. Pokud to ale neudělal, NSS by jeho rozsudek jen proto nerušil, souhlasil‑li by s ním ve výsledku. Krom toho je fakt, že judikatura v této oblasti nebyla úplně jednotná; některé otázky objasnil a justiční pohled na věc sjednotil až Soudní dvůr ve věci Mikroregion Porta Bohemica.
5. Závěr a náklady řízení
[32] NSS proto napadený rozsudek zrušil a vrátil věc krajskému soudu k dalšímu řízení. V něm bude krajský soud vázán právním názorem vysloveným v tomto rozsudku.
[33] V dalším řízení krajský soud nejdříve zodpoví právní otázku, zda má na počátek běhu prekluzivní lhůty vliv doba udržitelnosti projektu. Dále si obstará skutkové informace nezbytné pro zjištění, kdy bylo dovršeno plnění smlouvy o díle, zejména tedy účetní doklady o zaplacení ceny díla. Poté, co z nich vyvodí okamžik, kdy začala běžet prekluzivní lhůta, posoudí otázku prekluze práva uložit odvod v souladu s právními názory vyslovenými v tomto rozsudku (včetně úvahy o možném přerušení prekluzivní lhůty). Dospěje‑li krajský soud k závěru, že právo uložit odvod nezaniklo, vypořádá žalobní námitky.
[34] O náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti rozhodne krajský soud.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 18. června 2026
Michaela Bejčková
předsedkyně senátu