[OBRÁZEK]ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Městský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedy Milana Taubera, soudkyně Pavly Klusáčkové a soudce Vadima Hlavatého ve věci

o žalobě proti rozhodnutí ministra průmyslu a obchodu ze dne 13. 10. 2025, č. j. MPO 98548/2025,

takto:

1. Rozhodnutí ministra průmyslu a obchodu ze dne 13. 10. 2025, č. j. MPO 98548/2025, a rozhodnutí Ministerstva průmyslu a obchodu ze dne 27. 1. 2025, č. j. MPO 9418/25/21600, se zrušují a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.
2. Žalovaný je povinen zaplatit žalobci do jednoho měsíce od právní moci tohoto rozsudku na náhradě nákladů řízení 15 270 Kč, a to do rukou jeho zástupkyně advokátky Mgr. Markéty Vítové.

Odůvodnění:

1. Základ sporu

1. Žalobce se podanou žalobou domáhal přezkoumání a zrušení v záhlaví uvedeného rozhodnutí, kterým ministr průmyslu a obchodu (dále jen „ministr“) zamítl rozklad žalobce a potvrdil rozhodnutí žalovaného ze dne 27. 1. 2025, č. j. MPO 9418/25/21600. Uvedeným rozhodnutím byla žalobci dle § 15 odst. 1 písm. b) zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (dále jen „rozpočtová pravidla“), odňata dotace poskytnutá rozhodnutím žalovaného ze dne 29. 5. 2019, č. j. MPO 41980/19/61200/603, ve výši 4 532 971,90 Kč, neboť po vydání rozhodnutí o poskytnutí dotace došlo ke zjištění, že údaje, na jejichž základě byla dotace poskytnuta, byly neúplné.

2. Obsah žaloby

2. Žalobce v podané žalobě předně namítal, že došlo k prekluzi práva na vrácení poskytnuté dotace. Dle čl. 3 odst. 1 nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství (dále jen „nařízení č. 2988/95“), činí prekluzivní lhůta 4 roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti. Podle rozsudků Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66, Sb. NSS 4333/2022, a ze dne 9. 8. 2018, č. j. 9 Afs 280/2017-57, se za datum, k němuž došlo k nesrovnalostem, považuje datum podání žádosti, pokud již tato žádost nesrovnalost obsahuje, nejpozději však okamžik právní moci rozhodnutí o poskytnutí dotace. Žalobce požádal o poskytnutí dotace dne 7. 10. 2018, přičemž žalovaným tvrzenou nesrovnalost obsahovala již žádost. Dotace byla žalobci poskytnuta dne 29. 5. 2019. Řízení o jejím odnětí však bylo zahájeno až 19. 4. 2024.
3. Depeši adresovanou žalobci dne 2. 6. 2022, na kterou poukazuje napadené rozhodnutí, nelze považovat za úkon přerušující prekluzivní lhůtu. Dle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 dochází k přerušení lhůty úkonem příslušného orgánu, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti, a je oznámen dané osobě. Příslušným orgánem byl žalovaný, musí jít tedy o jeho úkon. Depeše však byla zaslána Agenturou pro podnikání a inovace (dále jen „API“), což je jiný subjekt. Je nerozhodné, že jde o subjekt podřízený žalovanému. Žalovaný všechna svá rozhodnutí zasílal datovou schránkou, nikoliv prostřednictvím systému MS2014+, v němž byl projekt spravován. V tomto systému jde přitom u každé z písemností vidět, kým byla do systému vložena. Předmětná depeše byla do systému vložena API, nikoliv žalovaným.
4. Působnost a pravomoc API jsou upraveny zákonem č. 47/2002 Sb., o podpoře malého a středního podnikání (dále jen „zákon o podpoře podnikání“). V § 4a odst. 3 tohoto zákona jsou uvedeny úkoly, které API plní v oblasti podpory podnikání. Ze zákona o podpoře podnikání nevyplývá, že by API byla oprávněna činit úkony související s odnětím poskytnuté dotace. Naopak § 8 zákona o podpoře podnikání stanovuje, že pro kontrolu dodržování podmínek čerpání prostředků státního rozpočtu a pro uplatňování sankcí při porušení rozpočtové kázně platí zvláštní právní předpisy. Ty již API žádné pravomoci nedávají. Rovněž dle § 15 odst. 1 rozpočtových pravidel může řízení o odnětí dotace zahájit pouze poskytovatel dotace, kterým byl žalovaný, nikoliv API. Běh prekluzivní lhůty tak nemohl být přerušen depeší zaslanou API.
5. Nadto žalobci nebylo zřejmé, čeho se uvedená depeše týká. Ve vztahu k dotaci žalobce vyřídil celkem 112 depeší. Měsíčně vyplňuje řadu formulářů a odpovídá na žádosti o podání různých zpráv z různých institucí. Činí tak automaticky bez zkoumání jejich smyslu. I pokud by se však nad účelem depeše zamyslel, netušil by, že jde o záměr související s vyšetřováním nesrovnalostí, natož že jde o záměr žalovaného.
6. Dále žalobce tvrdil, že jeho zařazení mezi malé podniky bylo správné. Naopak nesprávný a nezákonný je právní názor žalovaného, který zpochybňuje charakter společnosti DT projekt Beteiligungsgesellschaft mbH coby typického business angel investora ve vztahu k žalobci, a popírá výjimku podle přílohy 1 čl. 3 odst. 2 písm. a) nařízení komise (EU) č. 651/2014.
7. Žalobce trval na tom, že jím poskytnuté údaje, na jejichž základě bylo vydáno rozhodnutí o poskytnutí dotace, byly úplné. K odnětí dotace došlo v důsledku změny právního názoru žalovaného. Tu však žalobce nezavinil. Sám žalovaný připustil, že při „rekontrole“ pouze důkladněji prověřil skutečnosti týkající se nezařazení společnosti DT projekt jako partnerského podniku při podání žádosti o podporu. Původně tak žalovaný vycházel z pravdivých údajů. Nyní je pouze hlouběji prověřil, což však měl a mohl udělat již při posuzování žádosti.
8. Žalobce rovněž namítal, že řízení o odnětí dotace bylo zatíženo zásadní vadou. Žalobci byla uložena nesplnitelná povinnost doložit kompletní účetní závěrky společností Mesa Parts GmbH a Mesa Parts s.r.o. za roky 2016–2018. Na to žalobce žalovanému sdělil, že o účetní závěrky požádal, ale že mu nebyly poskytnuty. Navrhl proto, aby si je správní orgán vyžádal sám. Žalovaný však namísto toho v rozhodnutí o odnětí dotace uvedl, že žalobce účetní závěrky odmítl poskytnout, a neprokázal, že je malým podnikem. Žalovaný si tak odmítl vyžádat důkazy, které předtím sám označil za potřebné k posouzení statusu žalobce, a toto důkazní břemeno nesprávně přenesl na žalobce. Tím zasáhl do práva žalobce na spravedlivý proces a zatížil řízení vadou způsobující nezákonnost rozhodnutí. Tato vada nebyla napravena ani v řízení o rozkladu.

3. Vyjádření žalovaného k podané žalobě

9. Žalovaný ve vyjádření k podané žalobě navrhl, aby soud podanou žalobu zamítl.
10. Dle žalovaného k prekluzi nedošlo. Nařízení č. 2988/95 stanovuje prekluzivní lhůtu pro zahájení stíhání nesrovnalosti v délce 4 let od doby, kdy došlo k nesrovnalosti. Lhůta pro uložení sankce pak činí 8 let. Vznik nesrovnalosti se v případě žalobce váže k datu vydání rozhodnutí o poskytnutí dotace, tedy ke dni 29. 5. 2019. Ministr v napadeném rozhodnutí vyhodnotil, že depeše ze dne 2. 6. 2022 splňuje požadavky kladené nařízením č. 2988/95 na úkon, kterým se běh prekluzivní lhůty přerušuje. Řízení o odnětí dotace bylo zahájeno dne 19. 4. 2024, tedy včas v nové čtyřleté prekluzivní lhůtě.
11. Depeše zaslaná žalobci od API byla způsobilá přerušit běh původní prekluzivní lhůty. API je zprostředkující subjekt, tedy subjekt, který byl řídicím orgánem (žalovaným) pověřen výkonem některých funkcí řídicího orgánu. Za výstupy zprostředkujícího subjektu vzešlé z činností delegovaných řídicím subjektem je pak odpovědný řídicí orgán. Tento postup je předvídán nařízením Evropského parlamentu a Rady (EU) č. 1303/2013 o společných ustanoveních o Evropském fondu pro regionální rozvoj, Evropském sociálním fondu, Fondu soudržnosti, Evropském zemědělském fondu pro rozvoj venkova a Evropském námořním a rybářském fondu, o obecných ustanoveních o Evropském fondu pro regionální rozvoj, Evropském sociálním fondu, Fondu soudržnosti a Evropském námořním a rybářském fondu a o zrušení nařízení Rady (ES) č. 1083/2006 (dále jen „nařízení č. 1303/2013“).
12. Na nařízení č. 1303/2013 navazuje § 4b zákona o podpoře podnikání, dle nějž API vykonává činnost zprostředkujícího subjektu pro poskytování podpory podnikatelům z finančních prostředků EU podle přímo použitelných předpisů EU. Statut API pak mj. stanovuje, že API má zajišťovat kontakt s žadateli o dotační podporu v rámci programů podpory. Rovněž podle § 14g rozpočtových pravidel může poskytovatel dotace (žalovaný) na základě veřejnoprávní smlouvy přenést některé činnosti na právnickou osobu nebo jinou organizační složku státu. Tato veřejnoprávní smlouva byla mezi žalovaným a API uzavřena. Je proto nerozhodné, že depeše ze dne 2. 6. 2022 nebyla žalobci zaslána žalovaným, neboť API a její zaměstnanci byli oprávněni komunikovat s příjemcem dotace. Odkaz žalobce na § 15 rozpočtových pravidel je nepřiléhavý. Řízení o odnětí dotace bylo zahájeno žalovaným na základě oznámení o zahájení řízení, nikoliv API na základě depeše.
13. Depeše byla řádně oznámena prostřednictvím monitorovacího systému MS2014+, ve kterém probíhá komunikace mezi příjemcem a poskytovatelem dotace, potažmo API. Depeše obsahovala dostatečné vymezení šetřené nesrovnalosti, kterou byla velikost podniku, k níž se žalobce přihlásil. Obsahem obdobné depeše se navíc již zabýval rozsudek zdejšího soudu ze dne 22. 7. 2025, č. j. 17 A 25/2024-65.
14. K tvrzenému neoprávněnému zásahu do vlastnického práva žalobce dle žalovaného nedošlo, protože napadené rozhodnutí bylo vydáno v souladu s rozpočtovými pravidly. Nelze ani chránit dobrou víru žalobce, protože on sám se přihlásil k nesprávné velikosti podniku, čímž způsobil vznik nesrovnalosti. Naproti zásadě presumpce správnosti správních aktů pak stojí též povinnost žalovaného chránit finanční zájmy státního i evropského rozpočtu.
15. Žalovaný i ministr podrobně vysvětlili, jaké žalobcem uvedené údaje považovali za neúplné a proč je nutné do velikosti podniku započíst též další (žalobcem neuvedené) společnosti. Žalobce v rámci žádosti o dotaci čestně prohlásil, že je malým nebo středním podnikem, bylo tedy jeho odpovědností, aby správně posoudil a vybral velikost podniku. Velikost podniků nebyla zpočátku kontrolována a vycházelo se z prohlášení žadatelů. Žalovaný však následně zjistil, že příjemci dotací neuváděli v žádostech správné údaje, a proto prováděl zpětnou kontrolu. Žalobce tak ani nemohl být v dobré víře, že již rozhodnutím o poskytnutí dotace byla velikost jeho podniku posouzena či „ověřena“ žalovaným. O žádném podobném vyhodnocení ani žalobce nikdy nebyl informován.
16. Žalovaný upozornil, že na poskytnutí dotace není právní nárok. V řízení o dotaci sice platí obecné zásady dokazování, nicméně klíčové „důkazní břemeno“ k prokázání nároku nebo splnění podmínek (např. ohledně velikosti podniku) nese žadatel (příjemce). Pokud poskytovatel identifikuje konkrétní pochybnosti, musí je žadatel (příjemce) aktivně vyvracet, což vyplývá též z rozsudků zdejšího soudu ze dne 19. 3. 2025, č. j. 8 A 43/2024-70, a ze dne 27. 3. 2024, č. j. 14 A 163/2023-100. To však žalobce neučinil.
17. V podrobnostech žalovaný odkázal na napadené a prvostupňové rozhodnutí.

4. Posouzení žaloby Městským soudem v Praze

18. Městský soud v Praze přezkoumal žalobou napadené rozhodnutí v rozsahu uplatněných žalobních bodů, jimiž je vázán [§ 75 odst. 2 věta první zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“)]. Vycházel přitom ze skutkového i právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu (§ 75 odst. 1 s. ř. s.).
19. Soud v dané věci rozhodl bez jednání, jelikož ve věci lze rozhodnout jen na základě listinných důkazů, k nimž měli účastníci možnost se vyjádřit nebo které jsou jim známy, a oba účastníci s tímto postupem souhlasili (§ 51 odst. 1 s. ř. s.).
20. Při posouzení věci vyšel soud z následující právní úpravy:

-          Podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst. 1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky.

V případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu.

Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení.

Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.

-          Podle § 14g rozpočtových pravidel řízení vede poskytovatel. Poskytovatel může některé činnosti přenést na právnickou osobu nebo jinou organizační složku státu veřejnoprávní smlouvou; pro postup se použije § 160 správního řádu obdobně. Nelze však převést vyhlášení výzvy podle § 14j a vydání rozhodnutí.

21. Po posouzení věci dospěl soud k závěru, že žaloba je důvodná.
22. Podstata sporu mezi účastníky řízení spočívá v posouzení otázky, zda v projednávaném případě došlo k prekluzi práva na odnětí dotace, jak tvrdí žalobce, či nikoliv, jak tvrdí žalovaný. Odpověď na tuto otázku závisí na tom, zda depeše API ze dne 2. 6. 2022 byla způsobilá přerušit běh prekluzivní doby. Pro úplnost soud doplňuje, že k otázce prekluze je soud povinen přihlížet i bez námitky (nálezy Ústavního soudu ze dne 5. 2. 2009, sp. zn. II. ÚS 1416/07, a ze dne 26. 2. 2009, sp. zn. I. ÚS 1169/07).
23. Úprava prekluzivní doby je v projednávaném případě obsažená v nařízení č. 2988/95, konkrétně v čl. 3 odst. 1 první pododstavec. Podle tohoto ustanovení činí promlčecí doba pro zahájení řízení čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti.
24. V projednávaném případě žalovaným vytčená nesrovnalost spočívala v neúplném uvedení údajů o velikosti podniku v žádosti žalobce o poskytnutí dotace (viz prvostupňové rozhodnutí). Jelikož byla vytčená nesrovnalost obsažena již v žádosti žalobce, je za okamžik jejího vzniku nutno považovat okamžik právní moci rozhodnutí o poskytnutí dotace (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66, Sb. NSS 4333/2022, bod 33). Z obsahu správního spisu předloženého žalovaným vyplývá, že rozhodnutí o poskytnutí dotace nabylo právní moci dne 29. 5. 2019. Od uvedeného data tak započala běžet čtyřletá prekluzivní doba pro zahájení řízení o odnětí dotace.
25. Ve smyslu čl. 3 odst. 1 třetí pododstavec nařízení č. 2988/95 se promlčecí doba přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti.
26. Je nepochybné, že příslušným orgánem je v projednávané věci žalovaný, nikoliv API. Žalovaný je řídicím orgánem OPPIK (viz čl. 125 nařízení 1303/2013) a současně poskytovatelem předmětné dotace dle § 14 odst. 2 rozpočtových pravidel (viz „Výzva V programu podpory INOVACE – Inovační projekt“ ze dne 15. 6. 2018 a rozhodnutí o poskytnutí dotace). Současně jako poskytovatel dotace je žalovaný podle § 15 rozpočtových pravidel oprávněn k vedení řízení o odnětí dotace. Konkrétně pak je žalovaný dle § 15 odst. 1 písm. b) rozpočtových pravidel orgánem příslušným ke kontrole, zda údaje, na jejichž základě byla dotace poskytnuta, byly úplné nebo pravdivé. Naopak API je pouze zprostředkujícím subjektem (viz § 4b odst. 2 zákona o podpoře podnikání). Nařízení č. 2988/95 ani nařízení č. 1303/2013 zprostředkujícímu subjektu nesvěřují pravomoc k vyšetřování či vedení řízení o nesrovnalosti. Tuto pravomoc zprostředkujícímu subjektu, respektive API nesvěřuje ani zákon o podpoře podnikání či rozpočtová pravidla.
27. Současně rozpočtová pravidla v § 14g připouští, aby poskytovatel dotace přenesl své pravomoci, a to s výjimkou vyhlášení výzvy a vydání rozhodnutí, na právnickou osobu, případně jinou organizační složku státu. Dle uvedeného ustanovení tak však může učinit výlučně veřejnoprávní smlouvou.
28. Dle soudu kontrola úplnosti a pravdivosti údajů uvedených v žádosti jednoznačně spadá do okruhu pravomocí, které je poskytovatel dotace dle rozpočtových pravidel oprávněn přenést na právnickou osobu, případně jinou organizační složku státu. Musí tak však učinit prostřednictvím veřejnoprávní smlouvy.
29. V projednávaném případě je předmětem sporu depeše ze dne 2. 6. 2022, jejímž obsahem je výzva k doložení specifikovaných dokumentů. Tato depeše byla vydána v rámci prováděné opakované kontroly velikosti podniku po vydání rozhodnutí o poskytnutí dotace. Z „Výzvy V programu podpory INOVACE – Inovační projekt“ ze dne 15. 6. 2018 vyplývá, že ta byla „určena pro podniky splňující definici malých a středních podniků dle přílohy č. 1 Nařízení Komise (EU) č. 651/2014“. Z výše uvedeného vyplývá, že podmínka velikosti podniku, tj. že žalobce je malým a středním podnikem, byla základní podmínkou poskytnutí dotace. Tuto podmínku žadatel dokládal Prohlášením k žádosti o podporu včetně de minimis.
30. S ohledem na shora uvedené soud výzvou ze dne 29. 1. 2026, č. j. 17 A 149/2025-46, vyzval žalovaného k předložení veřejnoprávní smlouvy uzavřené podle § 14g rozpočtových pravidel. K uvedené výzvě žalovaný soudu předložil „Veřejnoprávní smlouvu o výkonu některých úkolů řídicího orgánu zprostředkujícím subjektem v rámci implementace Operačního programu Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost 2014-2020“ uzavřenou mezi ním a API dne 22. 12. 2017, včetně příloh.
31. Dle soudu v žalovaným předložené veřejnoprávní smlouvě nelze nalézt jednoznačný podklad pro závěr, že by API byla oprávněna k provádění opakovaných kontrolních úkonů, a to navíc po vydání rozhodnutí o poskytnutí dotace.
32. Předně veřejnoprávní smlouva je konstruována značně obecně, přičemž pokud jde o pravomoc API, je nutno vyjít z čl. 4.2. Podle tohoto ustanovení se zprostředkující subjekt, tj. API, zavázal řádně plnit úkoly v rozsahu a způsobem uvedeným v přílohách ke smlouvě. Předmětná veřejnoprávní smlouva má pouze jedinou přílohu, a to „Opatření č. 18/2016 ministra průmyslu a obchodu o implementaci Operačního programu Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost v resortu Ministerstva průmyslu a obchodu ze dne 28. 7. 2016“ (dále jen „opatření“). Podle této přílohy bylo ministrem schváleno aktualizované rozdělení činností při implementaci OPPIK dle přílohy č. 1 opatření. Konečně v příloze č. 1 opatření, která je přílohou veřejnoprávní smlouvy, lze nalézt vymezení činností delegovaných žalovaným na API.
33. Činnosti delegované na API přílohou č. 1 opatření jsou zejména úkony administrativního, věcného a ekonomického charakteru při zpracování podaných žádostí a při průběžném monitoringu projektů. Žádná z delegovaných činností výslovně neodkazuje na možnost provádět opakovanou kontrolu podaných žádostí, a to po vydání rozhodnutí o poskytnutí dotace.
34. Z delegovaných činností na API je svým charakterem nejblíže věcné kontrole podaných žádostí činnost uvedená v čl. 5 odst. 6 přílohy č. 1 opatření, podle něhož API „zabezpečuje formální kontrolu, kontrolu přijatelnosti žádostí pro dotační programy podpory ve své působnosti dle Operačního manuálu OPPIK“. Soud však na delegaci předmětné činnosti v rozsahu, v jakém byla v projednávané věci vykonána, nevešel. Kontrola podmínky, zda žalobce je malým nebo středním podnikem, nemůže spadat pod formální kontrolu žádosti, neboť se jedná o kontrolu obsahovou, tedy věcnou, nikoli formální. Současně však ze samotného textu veřejnoprávní smlouvy ani z její přílohy není soudu zřejmé, zda pojem „kontrola přijatelnosti žádostí“ zahrnuje rovněž věcnou kontrolu splnění hmotněprávních podmínek nároku na dotaci, a pokud ano, jaký je její rozsah a jaké konkrétní úkony je v jejím rámci API oprávněna činit. Uvedené ustanovení totiž obsah pojmu „kontrola přijatelnosti žádostí“ nijak blíže nevymezuje. Odpověď na tuto otázku a konkretizaci tohoto pojmu je podle uvedeného ustanovení nutno hledat v Operačním manuálu OPPIK. Tento manuál však stojí mimo dotčenou veřejnoprávní smlouvu i její přílohu. Jestliže tak veřejnoprávní smlouva sama nikterak nevymezuje obsah pojmu „kontrola přijatelnosti žádostí“ a pro jeho vymezení odkazuje na dokument, který není její součástí, nelze dospět k závěru o řádném a dostatečně určitém přenesení pravomoci z žalovaného na API. Operační manuál nemůže být rozhodným dokumentem pro přenesení pravomoci k výkonu veřejné moci; tímto dokumentem může být pouze veřejnoprávní smlouva.
35. Nadto z přílohy č. 1 opatření, jeho systematiky a rovněž z formulace jeho jednotlivých článků není zřejmé, zda vůbec bylo úmyslem žalovaného, respektive ministra delegovat na API činnosti vztahující se k řízení o odnětí dotace. Tedy zda se čl. 5 odst. 6 přílohy č. 1 opatření vztahuje jak na řízení o poskytnutí dotace, tak na řízení o jejím odnětí. Žádný z čl. přílohy č. 1 opatření a rovněž ani smlouvy na řízení o odnětí dotace nikterak nepoukazuje.
36. Na základě shora uvedeného má soud za to, že z obsahu veřejnoprávní smlouvy ani z její jediné přílohy není možné dovodit jednoznačné a dostatečně určité zmocnění API k provádění kontrolních úkonů směřujících k věcnému přezkoumání splnění podmínek žádosti o dotaci po nabytí právní moci rozhodnutí o poskytnutí dotace. Přenesení výkonu veřejné správy však musí být založeno na jednoznačném, srozumitelném a předvídatelném právním základu. Takový základ nelze nahrazovat extenzivním výkladem obecně formulovaných ustanovení veřejnoprávní smlouvy ani podzákonnými či interními akty řízení, které nejsou její součástí. Takový postup by ad absurdum mohl vést až k popření, respektive vyprázdnění samotného zákonného zmocnění dle § 14g zákona o rozpočtových pravidlech, neboť by fakticky umožňoval přenesení pravomoci jiným než zákonem předvídaným způsobem, a to bez uzavření veřejnoprávní smlouvy.
37. Požadavek na jasné stanovení povinností a funkcí zprostředkujícího subjektu ostatně vyplývá rovněž z nařízení č. 1303/2013 (viz bod 106 preambule ve spojení s čl. 123 odst. 6).
38. K argumentaci žalovaného ve vyjádření k podané žalobě soud uvádí, že obsah statutu API nepovažoval pro věc za relevantní, neboť dle § 14g rozpočtových pravidel je žalovaný oprávněn přenést pravomoc na API výlučně prostřednictvím veřejnoprávní smlouvy. Soud nepřehlédl, že některá ustanovení statutu citovaná ve vyjádření k podané žalobě odpovídají znění veřejnoprávní smlouvy, konkrétně čl. 5 přílohy č. 1 opatření. Tato skutečnost však na věci nic nemění. Z oprávnění zajišťovat styk s žadateli o dotační podporu v rámci programů podpory OPPIK, jež ve svém vyjádření zdůraznil žalovaný, nelze dovozovat oprávnění API provádět následnou kontrolu žádosti o poskytnutí dotace. Úkol zajišťovat styk s žadatelem představuje pouze informační, metodickou a komunikační činnost, jejímž účelem je poskytovat žadatelům základní orientaci v podmínkách programu a administrativní podporu při podání žádosti. Taková činnost postrádá znaky kontrolní pravomoci a neobsahuje žádný prvek vrchnostenského ověřování splnění podmínek, jež by mohlo zasahovat do právního postavení žadatele o dotaci.
39. Na základě shora uvedeného soud dospěl k závěru, že s ohledem na skutečnost, že API nebyla po vydání rozhodnutí o poskytnutí dotace oprávněna k provádění kontrolních úkonů ve vztahu ke splnění podmínek žádosti o dotaci, nemohla depeše ze dne 2. 6. 2022 přerušit běh promlčecí doby. Promlčecí doba tak běžela i po tomto datu a uplynula dne 29. 5. 2023. Pro úplnost soud doplňuje, že obsahem žalovaným předloženého správního spisu není žádný úkon, který by byl způsobilý přerušit běh promlčecí doby. K zahájení řízení o odnětí dotace došlo dne 19. 4. 2024, tj. zjevně po uplynutí promlčecí doby.
40. S ohledem na skutečnost, že soud dospěl k závěru, že v projednávaném případě došlo k prekluzi práva na zahájení řízení o odnětí dotace, nezabýval se již zbylými námitkami, neboť by to bylo nadbytečné.

5. Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení

41. Soud tedy dospěl k závěru, že došlo k podstatnému porušení ustanovení o řízení před správním orgánem, které mělo za následek nezákonné rozhodnutí o věci samé. Napadené rozhodnutí proto dle § 76 odst. 1 písm. c) s. ř. s. zrušil. Zároveň soud dle § 78 odst. 3 s. ř. s. zrušil také prvostupňové rozhodnutí, neboť u prekludovaného práva již nelze jinak než zastavit řízení. Dále soud vrátil věc dle § 78 odst. 4 s. ř. s. žalovanému k dalšímu řízení, v němž bude žalovaný vázán právním názorem vysloveným v tomto rozsudku (§ 78 odst. 5 s. ř. s.), tj. zohlední, že došlo k prekluzi práva na zahájení řízení o odnětí dotace, pročež řízení zastaví.
42. Náhradu nákladů řízení přiznal soud žalobci, který byl ve věci plně úspěšný (§ 60 odst. 1 s. ř. s.). Náklady žalobce představuje zaplacený soudní poplatek ve výši 3 000 Kč a náklady související se zastoupením advokátem. Ty jsou tvořeny jednak odměnou za dva úkony právní služby (převzetí zastoupení a sepsání žaloby), přičemž sazba odměny za jeden úkon právní služby činí dle advokátního tarifu – vyhlášky č. 177/1996 Sb., ve znění od 1. 1. 2025, částku 4 620 Kč [§ 6 odst. 1, § 7 a § 9 odst. 4 písm. d) cit. vyhlášky]. Náklady právního zastoupení jsou dále tvořeny dvěma paušálními částkami ve výši 450 Kč (§ 13 odst. 4 cit. vyhlášky) a částkou 2 130 Kč odpovídající dani z přidané hodnoty (§ 57 odst. 2 s. ř. s.). Celková výše nákladů, které žalobci v tomto řízení vznikly, činí 15 270 Kč. Pro úplnost soud uvádí, že nepřiznal žalobci náhradu nákladů za repliku ze dne 29. 12. 2025 a podání ze dne 9. 3. 2026, neboť tato podání nepřinesla pro věc žádné nové skutečnosti. Nejedná se tak o důvodně vynaložené náklady.

Poučení:

Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u Nejvyššího správního soudu, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje Nejvyšší správní soud.

Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.

Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.

V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.

Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá Nejvyšší správní soud. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet Nejvyššího správního soudu lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.

Praha dne 29. dubna 2026

Milan Tauber v.r.

předseda senátu