č. j. 31 Af 5/2025-128
[OBRÁZEK]ČESKÁ REPUBLIKA
ROZSUDEK
JMÉNEM REPUBLIKY
Krajský soud v Brně rozhodl v senátě složeném z předsedy Mgr. Petra Šebka a soudců Mgr. Jana Jiráska, Ph.D., a JUDr. Terezy Matuškové, v právní věci
žalobkyně: obec Kamenná Lhota
sídlem Kamenná Lhota 52, 582 92 Kamenná Lhota
proti
žalovanému: Odvolací finanční ředitelství
sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno
o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 5. 12. 2024, č. j. 36902/24/5100-10612-712396,
takto:
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
1. V nyní posuzovaném případě se soud zabýval porušením rozpočtové kázně, kterého se měla žalobkyně dopustit několika pochybeními v souvislosti s čerpáním dotací. Soud hodnotil zejména otázku prekluze práva vyměřit odvod podle přímo použitelné unijní úpravy.
2. Ministerstvo životního prostředí ČR („MŽP“) přiznalo žalobkyni dotaci z Fondu soudržnosti ve výši 16 331 132, 99 Kč, která měla odpovídat 85 % způsobilých výdajů. Učinilo tak rozhodnutím o poskytnutí dotace ze dne 8. 10. 2014, ve znění změn dle rozhodnutí o poskytnutí dotace (změna) ze dne 23. 5. 2016 a ze dne 29. 11. 2016 (všechny společně jako „rozhodnutí“). Dle rozhodnutí o poskytnutí podpory ze dne 28. 5. 2013 a na základě následně uzavřené smlouvy ze dne 15. 10. 2014 ve znění dodatku č. 1 ze dne 30. 5. 2016 (dohromady jako „smlouva“) byla žalobkyni přiznána dotace ze Státního fondu životního prostředí České republiky („SFŽP“) ve výši 5 % způsobilých výdajů, tj. 960 654, 88 Kč. Celkem tedy byla žalobkyni poskytnuta dotace ve výši 17 291 787, 87 Kč. Tyto peněžní prostředky jí byly správními orgány poskytnuty na realizaci projektu „CZ.1.02/1.1.00/12.15349 Výstavba kanalizace a ČOV v obci Kamenná Lhota“ („projekt“). Předmětem tohoto projektu byla výstavba splaškové kanalizační sítě a centrální čistírny odpadních vod („ČOV“) pro celou stávající zástavbu v obci Kamenná Lhota, včetně kapacitní rezervy budované ČOV pro případné rozšíření.
3. Dne 21. 9. 2022 zahájil Finanční úřad pro Kraj Vysočina („správce daně“) daňovou kontrolu, jejímž předmětem byly skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a případné stanovení odvodu za porušení rozpočtové kázně v souvislosti s finančními prostředky poskytnutými na projekt. Na základě provedené kontroly shledal správce daně v souvislosti s čerpáním dotací porušení podmínek rozhodnutí a smlouvy. Platebními výměry ze dne 11. 6. 2024 proto žalobkyni vyměřil odvod za porušení rozpočtové kázně. Výměrem č. j. 986690/24/2900-31472-7090489 stanovil odvod do Národního fondu ve výši 3 245 650 Kč a výměrem č. j. 986695/24/2900-31472 stanovil odvod do SFŽP ve výši 191 077 Kč (společně jako „platební výměry“).
4. Důvodem pro vyměření odvodů bylo celkem pět pochybení žalobkyně. Dle kontrolního zjištění č. 1 žalobkyně nedodržela termín pro předložení průběžné provozní monitorovací zprávy č. 2, č. 3 a č. 4. Dle zjištění č. 2 žalobkyně porušila zásadu transparentnosti, jelikož neprokázala provedení výběrového řízení v režimu zakázky malého rozsahu. Kontrolním zjištěním č. 3 správce daně dospěl k závěru o porušení povinnosti spočívající v pozdním uveřejnění dodatku č. 1 ke smlouvě o dílo, neuveřejnění skutečně uhrazené ceny a seznamu subdodavatelů. Dále žalobkyně podle zjištění č. 4 užila prostředky dotace na úhradu nezpůsobilých výdajů, a to na úhradu DPH. Závěrem pak podle zjištění č. 5 neoznámila SFŽP, že se ke dni 1. 3. 2013 stala plátcem DPH.
5. Žalobkyně proti platebním výměrům podala odvolání, které žalovaný rozhodnutím ze dne 5. 12. 2024, č. j. 36902/24/5100-10612-712396 („napadené rozhodnutí“), zamítl a platební výměry potvrdil.
6. Žalobkyně brojila proti rozhodnutí žalovaného žalobou, s níž spojila návrh na přerušení řízení. Žalovaný se k návrhu připojil. Zdejší soud usnesením ze dne 13. 5. 2025, č. j. 31 Af 5/2025-87, přerušil řízení do rozhodnutí Soudního dvora Evropské unie („SDEU“) o předběžných otázkách položených ve věci vedené pod sp. zn. C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica.
7. SDEU v citované věci rozhodl rozsudkem ze dne 27. 11. 2025 („rozsudek Mikroregion Porta Bohemica“). Zdejší soud proto usnesením ze dne 9. 1. 2026, č. j. 31 Af 5/2025-7489 vyslovil, že se v řízení pokračuje, a vyzval žalovaného, aby sdělil, zda hodlá postupovat podle § 62 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní („s. ř. s.“). Žalovaný soudu sdělil, že žalobkyni uspokojit podle § 62 s. ř. s. nehodlá.
II. Shrnutí argumentů obsažených v žalobě
8. Žalobkyně považovala napadené rozhodnutí za nesrozumitelné. Z napadeného rozhodnutí totiž vůbec není zřejmé, jakou právní úpravu žalovaný aplikoval. Žalovaný pouze uvedl, že vychází z rozhodného znění. Správce daně na všechna porušení aplikoval právní úpravu roku 2015. Při porušení rozpočtové kázně je však třeba vycházet z právní úpravy platné a účinné ke dni porušení.
9. Napadené rozhodnutí je nepřezkoumatelné také pro nedostatek důvodů. Žalobkyně uplatnila řadu námitek, které žalovaný dostatečně nevypořádal. Jedná se např. o námitku nesprávně vyměřeného odvodu v části týkající se DPH a skutečnosti, že žalobkyně v případě stavebních prací teoreticky ani neměla zákonný nárok na odpočet DPH, protože DPH bylo dodavatelem uplatněno nesprávně. Žalovaný se dostatečně nevypořádal ani s odkazovanou judikaturou týkající se proporcionality odvodu.
10. Žalobkyně namítala také nezákonnost napadeného rozhodnutí. Minimálně v části zjištěných porušení již uplynula lhůta pro stanovení odvodu. Žalobkyně je přesvědčena, že již došlo k prekluzi odvodu, a že řízení bylo zahájeno po uplynutí maximální možné lhůty. Odkázala k tomu na řízení ve věci Mikroregion Porta Bohemica, jelikož se položené předběžné otázky týkaly výkladu rozhodného pro nyní řešenou věc.
11. Žalovaný podle žalobkyně též nedostatečně zohlednil míru přiměřenosti, závažnosti a míru dopadu porušení rozpočtové kázně, a to zejména ve vztahu ke kontrolnímu zjištění č. 4. Žalovaný vůbec nezohlednil, že ze strany žalobkyně nedošlo ke zneužití dotace a že jejím vyplacením nebyl popřen smysl a účel dotačního programu. Dále má být zvažována intenzita nesplnění právní povinnosti ve vztahu k negativním dopadům z tohoto porušení vyplývajícím. Žalovaný zcela bagatelizoval skutečnost, že žalobkyně vycházela vždy ze správnosti závěrů Krajského úřadu Kraje Vysočina ohledně hospodaření obce. Žalobkyně nevěděla, že je možné DPH uplatňovat též ve vztahu k ČOV. Jednala v dobré víře a ani auditoři ji na plátcovství nikdy neupozornili. V opačném případě by žalobkyně dotaci ve výši odpovídající DPH nikdy nečerpala. Nikdy si ani DPH na vstupu nenárokovala. Nyní již tak s ohledem na uplynutí lhůty učinit nemůže. Ze zpráv o přezkoumání hospodaření je přitom zřejmé, že se jednalo o detailní kontrolu celkového hospodaření a souvisejících dokladů. Primárním účelem dotace bylo zajistit vysokou kvalitu vody ve vodárenské nádrži Švihov, což se žalobkyni podařilo. Nyní stanovený odvod se rovná přibližně ročnímu rozpočtu žalobkyně. Takové dopady jsou naprosto zásadní a sledovanému cíli zcela neproporcionální.
12. Na základě výše uvedeného proto žalobkyně navrhla, aby soud obě rozhodnutí správních orgánů zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení.
III. Vyjádření žalovaného a replika žalobkyně
13. Žalovaný je přesvědčen, že napadené rozhodnutí vada nepřezkoumatelnosti nestíhá. V části rozhodnutí označené „právní základ“ žalovaný cituje právní úpravu účinnou do 19. 2. 2015. I z dalších pasáží je zřejmé, že se žalovaný od posouzení provedeného správcem daně neodchýlil. Podle žalovaného bylo na místě vycházet z právní úpravy platné a účinné ke dni poskytnutí dotace, tedy z právní úpravy ve znění do 19. 2. 2015, a to s ohledem na přechodná ustanovení zákona č. 25/2015 Sb., kterým se mění zákon č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla), ve znění pozdějších předpisů. Rozhodnutí o poskytnutí dotace bylo vydáno 8. 10. 2014, žalovaný proto aplikoval právní úpravu v rozhodném znění. Dále žalovaný připomněl, že použití nesprávné právní úpravy není důvodem pro zrušení správního rozhodnutí, pokud lze bez rozsáhlého doplňování dospět k závěru, že výsledek řízení při užití odpovídajícího práva by byl stejný.
14. Žalovaný je přesvědčen, že nenechal námitky žalobkyně bez reakce. Vypořádal všechny podstatné námitky a jeho rozhodnutí je tvořeno koherentní argumentací, z níž jasně vyplývá, z jakých důvodů dospěl k závěrům o porušení rozpočtové kázně.
15. Žalovaný se všemi tvrzenými skutečnostmi v úvahách o proporcionalitě stanoveného odvodu zabýval. Žalovaný při úvaze o výši odvodu vycházel z podmínek stanovených poskytovatelem dotace. Ten explicitně uvedl povinnost žalobkyně vrátit částku odpovídající odpočtu DPH. Vyměření odpočtu v souladu s těmito podmínkami ve výši 100 % zajišťuje rovný přístup ke všem příjemcům dotace.
16. Ve vztahu k závěrům Krajského úřadu kraje Vysočina se žalobkyně fakticky domáhá ochrany legitimního očekávání, což žalovaný odmítá. Přezkum krajského úřadu byl proveden výběrovým způsobem – kontrolní orgán neposuzoval ani rozhodnutí o poskytnutí dotace ani smlouvu, ani další dotační podmínky. Nebyla kontrolována jednotlivá daňová přiznání, ani kontrolní orgán žalobkyni nijak neujišťoval o správnosti jí zvoleného postupu. Vzhledem k povaze odvodů pak důvodem pro jejich snížení nemůže být ani jejich majetkový dopad.
17. S ohledem na výše uvedené žalovaný navrhl, aby soud žalobu jako nedůvodnou zamítl.
18. Žalobkyně podala k vyjádření žalovaného repliku. V ní rozebrala závěry SDEU ve věci Mikroregion Porta Bohemica a následně je aplikovala na projednávaný případ. Dospěla k závěru, že v případě kontrolních zjištění č. 2 až 5 došlo k uplynutí čtyřleté lhůty pro zahájení řízení a stejně tak u nich došlo k uplynutí maximální osmileté prekluzivní lhůty pro stanovení odvodu. Tyto závěry se přitom vztahují i na část dotace poskytnuté ze SFŽP. Servala proto na svém návrhu, aby soud zrušil rozhodnutí žalovaného i platební výměry správce daně a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení.
IV. Posouzení věci
20. Soud se nejdříve zabýval žalobkyní namítanou nepřezkoumatelností jak pro nesrozumitelnost, tak pro nedostatek důvodů. Nepřezkoumatelnost je jednou z nejzávažnějších vad, kterou může být rozhodnutí zatíženo, jelikož se jedná o objektivní překážku, která znemožňuje věcný přezkum napadeného rozhodnutí. Je to vada, která brání „přezkoumat“ závěry, k nimž správní orgán v rozhodnutí dospěl, tj. zjistit obsah nebo důvody, pro které bylo rozhodnutí vydáno (srov. např. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 2. 2008, č. j. 7 Afs 212/2006-74, nebo rozsudky ze dne 1. 6. 2005, č. j. 2 Azs 391/2004-62, ze dne 21. 5. 2015, č. j. 7 Afs 69/2015-45, nebo ze dne 27. 9. 2017, č. j. 4 As 146/2017-35).
21. Soud ovšem takovou vadu neshledal. Správce daně vycházel z rozpočtových pravidel ve znění účinném do 19. 2. 2015. Žalovaný pak v části III. právní základ na str. 6 napadeného rozhodnutí jednoznačně cituje rozhodná ustanovení rozpočtových pravidel, z nichž vycházel. Byť by tedy bylo vhodnější, kdyby žalovaný výslovně uvedl také to, do kdy účinné znění zákona aplikoval, z citované právní úpravy lze tuto skutečnost jasně dovodit. I ze zbytku napadeného rozhodnutí je zřejmé, že se žalovaný ztotožňoval s právním náhledem správce daně. Ostatně ke stejnému závěru dospívá v žalobě sama žalobkyně. Zvolená právní úprava tedy nesrozumitelnost napadeného rozhodnutí nezpůsobuje.
22. Důvodnou soud neshledal ani námitku nepřezkoumatelnosti pro nedostatek důvodů. Povinnost řádně odůvodnit rozhodnutí neznamená, že by bylo třeba vyslovit podrobnou odpověď na každý dílčí argument účastníka řízení. V případě, že se jedná o opakující se námitku, a žalovaný se ztotožnil s jejím vypořádáním ze strany správce daně, mohl pouze odkázat na příslušnou pasáž zprávy o daňové kontrole. Soud následně obě správní rozhodnutí posuzoval jako jeden celek, přičemž dospěl k závěru, že se správní orgány s námitkami žalobkyně vypořádaly přezkoumatelným způsobem. Pouze nenaplněné představy žalobkyně o tom, jak by měla být námitka vypořádána či rozhodnutí odůvodněno, nepřezkoumatelnost napadeného rozhodnutí nezpůsobují.
23. Dále se soud zabýval zákonností napadeného rozhodnutí. Nejprve posuzoval, zda v daném případě nedošlo k uplynutí prekluzivních lhůt pro stanovení odvodu.
24. Dotace poskytnutá žalobkyni rozhodnutím MŽP z Fondu soudržnosti i dotace na základě smlouvy se SFŽP byly poskytnuty v rámci Operačního programu životní prostředí, v němž jsou alokovány finanční prostředky z fondů Evropské unie. Při nakládání s finančními prostředky poskytnutými na projekt se proto aplikuje unijní úprava. Nařízení Evropské unie je podle čl. 288 druhého pododstavce Smlouvy o fungování Evropské unie přímo aplikovatelným právním předpisem, který má obecnou působnost, je závazné a přímo použitelné ve všech členských státech, a musí mu tedy ustoupit taková ustanovení vnitrostátního právního předpisu, která jsou s ním v rozporu. Jak uvedl SDEU“ v rozsudku ze dne 9. 3. 1978, ve věci C-106/77, Simmenthal, bodu 14 „…přímá použitelnost znamená, že pravidla práva Společenství musí působit plně a jednotným způsobem účinky ve všech členských státech od svého vstupu v platnost a po celou dobu své platnosti“. Nařízení je tak bezprostředním zdrojem práv a povinností pro všechny, kterých se týká, ať se jedná o členské státy nebo o jednotlivce.
25. Při posuzování otázky prekluze práva uložit odvod tak soud nevycházel pouze z úpravy obsažené v rozpočtových pravidlech, ale předně z přímo použitelných evropských předpisů, konkrétně z nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. prosince 1995 o ochraně finančních zájmů Evropských společenství („nařízení č. 2988/95“).
26. Nařízení č. 2988/95 pracuje s pojmem nesrovnalost. Nesrovnalostí se podle č. 1 odst. 2 rozumí jakékoli porušení právního předpisu Společenství vyplývající z jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, v důsledku kterého je nebo by mohl být poškozen souhrnný rozpočet Společenství nebo rozpočty Společenstvím spravované, a to buď snížením nebo ztrátou příjmů z vlastních zdrojů vybíraných přímo ve prospěch Společenství, nebo formou neoprávněného výdaje.
27. Nesrovnalost je třeba vztáhnout nejen na případy porušení unijních předpisů, ale také na porušení vnitrostátních právních předpisů, jakož i dalších povinností vyplývajících z rozhodnutí či smlouvy o poskytnutí dotace, které mají zajistit řádné čerpání prostředků z unijních fondů (viz bod 37 rozsudku SDEU ze dne 26. 5. 2016 ve spojených věcech C‑260/14 a C‑261/14, Judetul Neamt).
28. Podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 činí promlčecí doba pro zahájení stíhání čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst. 1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky.
V případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu.
Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení.
Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.
29. Podle odst. 3 téhož ustanovení si členské státy ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 nebo odstavci 2.
30. Jen pro úplnost soud doplňuje, že unijní předpisy sice označují shora uvedené lhůty jako promlčecí, svou povahou se ovšem jedná o lhůty prekluzivní (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66, nebo ze dne 9. 8. 2018, č. j. 9 Afs 280/2017-57, rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 14. 2. 2024, č. j. 18 A 26/2022-87).
31. Podle § 44a odst. 9 věty poslední rozpočtových pravidel, ve znění účinném do 19. 2. 2015, lze odvod a penále vyměřit do 10 let od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně.
32. Které konkrétní znění právní úpravy rozpočtových pravidel by mělo být aplikováno vyplývá z přechodných ustanovení zákona č. 25/2015 Sb., kterým byl novelizován § 44a rozpočtových pravidel. Podle článku II tohoto zákona se právní vztahy vzniklé z rozhodnutí o poskytnutí dotace vydaných přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona posuzují podle zákona č. 218/2000 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona. A jelikož i rozhodnutí i smlouva jsou datovány přede dnem nabytí účinnosti novely, měly v projednávané věci správní orgány vycházet z rozpočtových pravidel ve znění účinném od 1. 1. 2013 do 19. 2. 2015, což také učinily. Námitka nesprávně zvoleného znění právní úpravy proto není důvodná ani ve vztahu k zákonnosti napadeného rozhodnutí. Jelikož prekluze je otázkou hmotněprávní, nebylo třeba vyčkat na výsledek rozhodování rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ve věci vedené pod sp. zn. 1 Afs 226/2023 týkající se aplikace citovaného čl. II zákona č. 25/2015 na vztahy procesněprávní.
33. Ze zprávy o daňové kontrole i z napadeného rozhodnutí je zřejmé, že správní orgány vycházely pouze z právní úpravy rozpočtových pravidel. Prekluzivní lhůty vymezené v nařízení č. 2988/95 v úvahu nevzaly, a to i přes jejich aplikační přednost před lhůtou obsaženou v rozpočtových pravidlech (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023-85). Podle rozsudku Mikroregion Porta Bohemica se přitom v případě existence nesrovnalosti u projektu spolufinancovaného z unijních zdrojů pravidla promlčení dle nařízení č. 2988/95 uplatní i při nakládání s vnitrostátními finančními prostředky.
34. Pojem „nesrovnalost“ je pojmem širším než „porušení rozpočtové kázně“ dle rozpočtových pravidel. K porušení rozpočtové kázně dojde za kumulativního splnění tří podmínek. Příjemce dotace a) se zavázal dodržet v souvislosti s přiznáním dotace a jejím čerpáním určité povinnosti, b) nějakou z těchto povinností porušil a c) obdržel prostředky na úhradu nákladů, které jsou dotčeny tímto porušením. K porušení rozpočtové kázně dojde okamžikem, kdy nastane poslední z těchto skutečností (srov. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 4. 2017, č. j. 6 Afs 270/2015-48, č. 3579/2017 Sb. NSS, či rozsudky ze dne 7. 7. 2017, č. j. 6 Afs 270/2015-78, či z 14. 12. 2023, č. j. 2 Afs 166/2022-46). Naproti tomu pro vznik nesrovnalosti musí nastat dvě skutečnosti: a) porušení unijního předpisu a b) ohrožení či poškození rozpočtu Unie (srov. bod 24 rozsudku SDEU z 6. 10. 2015, ve věci C-59/14, Ernst Kollmer). S ohledem na to, že k nesrovnalosti postačí již pouhá potencialita poškození unijních prostředků, není nutné, aby příjemce v okamžiku vzniku nesrovnalosti již s dotačními prostředky disponoval, jako je tomu v případě porušení rozpočtové kázně. Postačí tak pouze jejich přiznání.
35. Den vzniku nesrovnalosti a den porušení rozpočtové kázně se proto mohou, a zpravidla také budou lišit. Je tomu tak právě proto, že k nesrovnalosti dojde již v důsledku pouze potenciálního poškození unijních prostředků, zatímco k porušení rozpočtové kázně může dojít až tehdy, když příjemce v rozporu se stanovenými povinnostmi již s veřejnými prostředky nakládal, a tedy veřejný rozpočet fakticky poškodil.
36. Jelikož však v návaznosti na závěry rozsudku Mikroregion Porta Bohemica nelze úpravu lhůt obsaženou v § 44a odst. 9 rozpočtových pravidel aplikovat, neboť je v rozporu s nařízením č. 2988/95, bylo třeba v dané věci vycházet nejen z prekluzivních lhůt vymezených v nařízení, ale také z pojmu nesrovnalost, nikoliv z pojmu porušení rozpočtové kázně.
37. Běh lhůty pro zahájení řízení se liší v návaznosti na typu nesrovnalosti. U nesrovnalostí jednorázového charakteru činí lhůta pro zahájení řízení dle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95 čtyři roky od okamžiku, kdy k nesrovnalosti došlo. Odvětvové předpisy mohou stanovit i lhůtu kratší, ta však v nyní projednávané věci stanovena není. Stejně tak není stanovena ani lhůta delší podle odst. 3 téhož ustanovení. Správce daně byl proto povinen zahájit řízení o odvodu do čtyř let od vzniku nesrovnalosti.
38. Dalším typem nesrovnalostí jsou nesrovnalosti trvající či opakované. Nesrovnalost je pokračující nebo opakovaná, pokud se jí dopustí subjekt, jenž těží hospodářské výhody ze souboru podobných operací, kterými se porušuje stejné ustanovení unijního práva (viz bod 41 rozsudku SDEU ze dne 11. 1. 2007 ve věci C‑279/05, Vonk Dairy Products). U těchto nesrovnalostí pak běží prekluzivní lhůta podle čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95 ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila.
39. Nelze pominout ani maximální lhůtu pro uložení sankce (v širším slova smyslu). Z čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95 vyplývá, že tato lhůta činí maximálně dvojnásobek lhůty pro zahájení stíhání, tedy dle unijní úpravy maximálně 8 let. Pro posouzení uplynutí prekluzivní lhůty v daném případě rovněž platí, že maximální lhůta dle nařízení č. 2988/95 se nestaví podle § 41 s. ř. s. (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66).
40. Podle závěrů rozsudku Mikroregion Porta Bohemica pak stát, který nevyužil oprávnění stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, než je lhůta čtyřletá, nemůže pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce, stanovit absolutní promlčecí lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek této čtyřleté lhůty. Počátkem běhu čtyřleté lhůty pro zahájení řízení, stejně jako absolutní osmileté promlčecí lhůty, je pak den, kdy k nesrovnalosti došlo, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti den, kdy tato nesrovnalost skončila.
41. Pochybení č. 1 spočívalo v nedodržení termínu pro předložení průběžné provozní monitorovací zprávy č. 2, č. 3 a č. 4. Termín pro předložení příslušných zpráv byl poskytovatelem stanoven na 31. 5. 2019 u průběžné provozní monitorovací zprávy č. 2, na 31. 5. 2020 u průběžné provozní monitorovací zprávy č. 3 a na 30. 5. 2021 u průběžné provozní monitorovací zprávy č. 4. Dotační podmínky ve vztahu k oběma dotacím navíc stanovily třicetidenní liberační lhůtu. K nesrovnalosti, (resp. v tomto případě i k porušení rozpočtové kázně), tak došlo ke dni 1. 7. 2019, 1. 7. 2020 a 30. 6. 2021 (podrobněji str. 24 a 25 zprávy o daňové kontrole nebo odst. 33 napadeného rozhodnutí). Od těchto okamžiků pak počala běžet čtyřletá lhůta pro zahájení stíhání za uvedená pochybení. Prekluzivní lhůta tak měla uplynout dnem 1. 7. 2023, 1. 7. 2024 a 30. 6. 2025. Jelikož daňová kontrola byla zahájena oznámením o zahájení daňové kontroly, které bylo žalobkyni doručeno dne 21. 9. 2022, stalo se tak v rámci prekluzivní lhůty pro zahájení řízení. Maximální osmiletá lhůta pro uložení odvodu dle nařízení č. 2988/95 pak pro jednotlivé nesrovnalosti uplyne dne 1. 7. 2027, 1. 7. 2028 a 30. 6. 2029. Napadené rozhodnutí bylo žalobkyni doručeno 5. 12. 2024 k vyměření odvodu tedy došlo v rámci maximální promlčecí lhůty ve smyslu nařízení č. 2988/95. V této části proto rozhodnutí žalovaného nezákonné není.
42. Jinak je tomu co se týče zjištění č. 2, podle něhož žalobkyně porušila zásadu transparentnosti, jelikož neprokázala provedení výběrového řízení v režimu zakázky malého rozsahu. Žalobkyně čerpala dotaci také na služby poskytované společností V.I.A. PRAHA a.s., se kterou uzavřela dne 27. 6. 2012 smlouvu na zakázku „Poskytnutí služeb ekonomického, obchodního a organizačního poradenství při vytváření podmínek pro získání dotace z OPŽP“ na projekt. Pochybení žalobkyně spočívalo ve skutečnosti, že neprokázala, že zadávací řízení proběhlo požadovaným způsobem, a tedy že dodržela pravidla pro zadávání veřejných zakázek. Takové zadávací řízení je však netransparentní. Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 19. 6. 2024, č. j. 3 Afs 248/2023-135, dospěl na základě úvah SDEU v rozsudku ze dne 21. 12. 2011 ve věci C‑465/10, Ministre de l’Intérieur, k závěru, že v případě porušení povinnosti při zadávání veřejné zakázky se jedná o pokračující nesrovnalost ve smyslu čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95. „Lhůta pro rozhodnutí o uložení odvodu tedy dle uvedeného ustanovení nařízení č. 2988/95 začala běžet až dnem, kdy nesrovnalost skončila. Tímto dnem je podle rozsudku SDEU ve věci Ministre de l’Intérieur ten den, kdy bylo „dovršeno plnění“ kupní smlouvy.“ Plnění smlouvy bylo v tomto případě dovršeno úhradou poslední faktury, na kterou byla čerpána dotace. Touto fakturou je faktura č. 14/2014. Lhůta pro stanovení odvodu tedy začala běžet dne 18. 11. 2014. Právo státu vyměřit žalobkyni odvod prekludovalo uplynutím maximální osmileté lhůty dne 18. 11. 2022. V tomto případě byl tedy odvod vyměřen nezákonně.
43. Dále se soud zaměřil na pochybení č. 3, které se týkalo porušení povinností v oblasti uveřejňování dle zákona o veřejných zakázkách. Konkrétně spočívalo v pozdním uveřejnění dodatku č. 1 ke smlouvě o dílo, nezveřejnění skutečně uhrazené ceny a seznamu subdodavatelů.
44. Co se týče nezveřejnění dodatku č. 1 ze dne 5. 10. 2015, žalobkyně byla podle § 147a odst. 1 písm. a) a odst. 2 zákona o veřejných zakázkách povinna jej uveřejnit do 15 dnů od uzavření, tedy nejpozději do 20. 10. 2015. V této lhůtě žalobkyně dodatek č. 1 nezveřejnila, dnem vzniku nesrovnalosti je proto první den po uplynutí lhůty pro jeho zveřejnění. Den 23. 8. 2023, kdy žalobkyně dodatek č. 1 nakonec uveřejnila, není pro posouzení otázky vzniku nesrovnalosti relevantní. Lhůta pro stanovení odvodu tedy začala běžet dne 21. 10. 2015. Právo státu vyměřit žalobkyni odvod prekludovalo dne 21. 10. 2023 uplynutím maximální osmileté lhůty. Napadené rozhodnutí, které bylo vydáno až po tomto datu, je proto v této části nezákonné.
45. Další nesplněnou povinností žalobkyně spadající pod pochybení č. 3 bylo podle § 147a odst. 1 písm. b) a odst. 3 zákona o veřejných zakázkách uveřejnit výši skutečně uhrazené ceny za plnění veřejné zakázky. U smlouvy s dobou plnění přesahující 1 rok měla žalobkyně nejpozději do 31. března následujícího kalendářního roku uveřejnit cenu uhrazenou za plnění veřejné zakázky v předchozím kalendářním roce. Smlouva o dílo na výstavbu projektu byla uzavřena 24. 7. 2014 a dle zápisu o odevzdání a převzetí stavby byly stavební práce skončeny a dílo převzato dne 18. 12. 2015. Jelikož doba smlouvy přesahovala 1 rok (maximální lhůta výstavby byla dle smlouvy o dílo stanovena na 15 měsíců a dodatkem byla prodloužena do 18. 12. 2015), byla žalobkyně povinna zveřejňovat výši skutečně uhrazené ceny za každý kalendářní rok trvání projektu. Výši skutečně uhrazené ceny za trvání projektu v roce 2014 proto měla uveřejnit do 31. 3. 2015, a výši skutečně uhrazené ceny za projekt probíhající v roce 2015 měla zveřejnit do 31. 3. 2016. V roce 2016 již výstavba ani fakturace neprobíhaly. Jelikož žalobkyně doposud výši skutečně uhrazené ceny nezveřejnila, stanovené termíny nesplnila. K nesrovnalosti tak došlo ke dni 1. 4. 2015 a 1. 4. 2016 a od těchto dní začala běžet prekluzivní lhůta. Absolutní prekluzivní lhůta pro uložení sankce za tuto nesrovnalost uplynula dne 1. 4. 2023 a 1. 4. 2024. Napadené rozhodnutí bylo vydáno až po tomto datu, a je proto v tomto rozsahu nezákonné.
46. Posledním pochybením spadajícím pod kontrolní zjištění č. 3 bylo nezveřejnění seznamu subdodavatelů podle § 147a odst. 1 písm. c), odst. 4 písm. b) a odst. 6 zákona o veřejných zakázkách. Žalobkyně měla zveřejnit seznam subdodavatelů, jimž za plnění subdodávky uhradila více než 10 % z části ceny veřejné zakázky uhrazené v jednom kalendářním roce. Tento seznam měla žalobkyně zveřejnit nejpozději do 31. března následujícího kalendářního roku, jelikož plnění smlouvy přesahuje 1 rok. Smlouva o dílo na výstavbu projektu byla uzavřena dne 24. 7. 2014. V roce 2014 ale zhotovitel žádného subdodavatele neměl, seznam proto zveřejňovat nemusel. V roce 2015 měl zhotovitel 1 subdodavatele, který realizoval subdodávky ve výši 12, 7 % (viz str. 37 zprávy o daňové kontrole). Do 31. 3. 2016 byl proto povinen zveřejnit seznam subdodavatelů obsahující společnost VODA CZ s. r. o., IČ: 25969692. Žalobkyně tento seznam ve stanovené lhůtě nezveřejnila, ke vzniku nesrovnalosti tak došlo prvním dnem po stanoveném termínu pro zveřejnění, tedy dnem 1. 4. 2016. Jelikož osmiletá prekluzivní lhůta pro uložení sankce za tuto nesrovnalost uplynula dne 1. 4. 2024, je napadené rozhodnutí i v případě této nesrovnalosti nezákonné.
47. Zbývající dvě kontrolní zjištění se týkala plátcovství DPH ze strany žalobkyně. Kontrolním zjištěním č. 4 shledal správce daně pochybení spočívající v tom, že žalobkyně pobírala dotaci na úhradu nezpůsobilých výdajů. Podporu totiž nebylo možné čerpat na DPH nebo její část, pokud existoval zákonný nárok na odpočet, a to bez ohledu na to, zda bude odpočet DPH u finančního úřadu uplatněn či nikoliv. Žalobkyně však dotaci na DPH čerpala, a to opakovaně. Podala celkem 8 žádostí o platbu na úhradu projektu, ve kterých požadovala poskytnutí finančních prostředků také ve výši odpovídající jejímu nároku na odpočet DPH. Podle soudu je pak tuto nesrovnalost třeba definovat jako opakovanou, jelikož žalobkyně uskutečnila několik shodných operací porušujících tytéž předpisy s cílem vytěžit z toho hospodářskou výhodu.
48. V souladu s čl. 3 odst. 1 druhým pododstavcem nařízení č. 2988/95 běží v případě opakovaných nesrovnalostí promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. Je třeba mít za to, že tyto operace tvoří jednu a tutéž pokračující nebo opakovanou nesrovnalost. Pojem „nesrovnalost, která skončila“, musí být chápán tak, že odkazuje na den, kdy skončila poslední operace tvořící tutéž opakovanou nesrovnalost (bod 66 rozsudku SDEU ze dne 11. 6. 2015 ve věci C‑52/14, Pfeifer & Langen GmbH & Co).
49. Za skončení nesrovnalosti je proto třeba považovat poslední z žádostí o platbu, kterými žalobkyně čerpala dotaci na úhradu DPH. Poslední žádost o platbu byla zaevidována dne 26. 5. 2016, od tohoto dne proto počala běžet prekluzivní lhůta pro zahájení stíhání a stanovení odvodu. Maximální osmiletá lhůta uplynula dne 26. 5. 2024. Napadené rozhodnutí bylo vydáno po uplynutí této lhůty a je proto v této části nezákonné.
50. Závěrem se soud zabýval pochybením č. 5, které spočívalo v tom, že žalobkyně neoznámila změnu plátcovství DPH. Ke dni podání žádosti o dotaci, tj. 1. 8. 2012, žalobkyně plátkyní DPH nebyla. Tou se stala až na základě žádosti o registraci ze dne 28. 1. 2013. Bylo přitom povinností žalobkyně SFŽP neprodleně oznámit, že u ní došlo ke změně plátcovství DPH ve smyslu nároku na odpočet DPH. Žalobkyně se stala plátkyní DPH od 1. 3. 2013, ještě tentýž den proto měla oznámit, že jí vznikne z titulu plátcovství nárok na odpočet DPH. Žalobkyně tak ale neučinila. K nesrovnalosti však nedošlo následující den, neboť žalobkyni dosud nebyla dotace přiznána. Za den vzniku nesrovnalosti je proto třeba považovat až den vydání rozhodnutí či uzavření smlouvy o poskytnutí dotace. V případě prostředků poskytnutých z Fondu soudržnosti vznikla nesrovnalost ke dni 8. 10. 2014, kdy bylo vydáno rozhodnutí o poskytnutí dotace. V případě prostředků poskytnutých ze SFŽP vznikla nesrovnalost ke dni 28. 5. 2013, kdy bylo vydáno rozhodnutí o poskytnutí podpory. Od těchto okamžiků se pak začala odvíjet lhůta pro uložení odvodu, která uplynula dne 8. 10. 2022 a dne 28. 5. 2021. I v případě kontrolního zjištění č. 5 tak bylo napadené rozhodnutí žalobkyni doručeno po uplynutí absolutní prekluzivní lhůty.
51. Soud tedy na základě výše uvedeného uzavřel, že ve vztahu ke kontrolním zjištěním č. 2-5 vyměřily správní orgány žalobkyni odvod po uplynutí prekluzivní lhůty. Jediným pochybením, u kterého správní orgány přistoupily ke stanovení odvodu v zákonné lhůtě, bylo kontrolní zjištění č. 1. Vůči zákonnosti odvodu stanoveného za porušení rozpočtové kázně na základě pochybení č. 1 pak žalobkyně nic konkrétního nenamítala, soud se jím proto důkladněji nezabýval.
52. Konečně žalobkyně v žalobě vznesla námitku, že správní orgány ve vztahu ke kontrolnímu zjištění č. 4 nezohlednily přiměřenost a závažnost porušení rozpočtové kázně. Jelikož však zdejší soud dospěl k závěru, že bylo právo státu stanovit sankci prekludováno a odvod byl tudíž vyměřen nezákonně, touto námitkou se pro její nadbytečnost nezabýval.
53. Žalobkyni byl v nynějším případě odvod do Národního fondu a do SFŽP vyměřen platebními výměry vždy souhrnnou částkou za všechna pochybení dohromady. Soud tudíž nemohl zrušit napadené rozhodnutí jen v části, ve které ke dni vydání napadeného rozhodnutí marně uplynula prekluzivní lhůta. Soud proto zrušil napadené rozhodnutí jako celek.
54. Žalobkyně navrhovala k důkazu zprávy o výsledku přezkoumání hospodaření obce Kamenná Lhota za roky 2014 až 2016 a rozpočet obce za rok 2023 a 2024. Tyto listiny navrhovala k důkazu již ve správním řízení, obsahem správního spisu však soud dokazování zpravidla neprovádí. Jejich provedení by navíc bylo nadbytečné, jelikož se soud otázkou přiměřenosti stanoveného odvodu vůbec nezabýval.
V. Závěr a náklady řízení
55. Soud z výše uvedených důvodů zrušil žalobou napadené rozhodnutí a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení, v němž je vázán právním názorem soudu (§ 78 odst. 1, 4 a 5 s. ř. s.).
56. Podle § 78 odst. 3 s. ř. s. může soud v případě, že ruší rozhodnutí správního orgánu, zrušit i rozhodnutí správního orgánu nižšího stupně, které takovému rozhodnutí předcházelo. Zrušení rozhodnutí správního orgánu prvního stupně je v zásadě ponecháno na úvaze soudu. V rámci daňového řízení pak může soud prvostupňové rozhodnutí zrušit v situaci, kdy platební výměr vydaný správcem daně vůbec neměl být vydán, nebo kdy předchozí daňové řízení trpělo takovými vadami, že v něm nelze dále pokračovat (usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 11. 2009, č. j. 1 Aps 2/2008-76). Jelikož v tomto případě neuplynula lhůta pro stanovení odvodu u všech kontrolních zjištění, není na místě zrušit také prvostupňové rozhodnutí správce daně. Nápravu může sjednat žalovaný.
57. O náhradě nákladů řízení bylo rozhodnuto podle § 60 odst. 1 věta první s. ř. s., podle níž nestanoví-li tento zákon jinak, má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl. Žalobkyně byla plně úspěšná, a má proto právo na náhradu nákladů řízení. Náklady žalobkyně jsou tvořeny zaplaceným soudním poplatkem ve výši 3 000 Kč. Soud žalovanému uložil zaplatit náhradu nákladů řízení v přiměřené lhůtě. Žalovaný ve věci úspěšný nebyl, a proto právo na náhradu nákladů řízení nemá.
Poučení:
Proti tomuto rozsudku lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu. V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.
Brno 1. dubna 2026
Mgr. Petr Šebek v. r.
předseda senátu