čj. 14 Af 34/2023 - 154
[OBRÁZEK]ČESKÁ REPUBLIKA
ROZSUDEK
JMÉNEM REPUBLIKY
Městský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedy Martina Lachmanna a soudců Martina Bobáka a Jana Ferfeckého v právní věci
žalobkyně: EDGE CZ s.r.o., IČO: 27096980
sídlem Hyacintová 3222/10, 106 00 Praha 10
zastoupená advokátem JUDr. Jakubem Hlínou
sídlem Havlíčkova 1680/13, 110 00 Praha 1
proti
žalovanému: Odvolací finanční ředitelství
sídlem Masarykova 427/31, 602 00 Brno
o žalobě proti rozhodnutí žalovaného z 19. 10. 2023, čj. 32564/23/5300-21444-711869,
takto:
Odůvodnění:
I. Předmět sporu
1. Soud řešil otázku, zda žalovaný mohl doměřit žalobkyni daň z přidané hodnoty (DPH) na základě závěrů rozsudku, jímž trestní soud shledal jednatele žalobkyně vinnými z daňového podvodu.
2. Finanční úřad pro hlavní město Prahu (správce daně) dne 25. 7. 2012 zahájil u žalobkyně daňovou kontrolu DPH za zdaňovací období března, listopadu a prosince roku 2011. V rámci této kontroly prověřoval mj. přijatá zdanitelná plnění od společnosti AMG group s.r.o. (AMG).
3. Správce daně zjistil, že žalobkyně neoprávněně uplatnila nárok na odpočet DPH z plnění od AMG. Dle něj se zapojila do obchodních transakcí zasažených podvodem na DPH, o kterém věděla nebo mohla vědět. Daňovou kontrolu ukončil 29. 4. 2015 podpisem zprávy o daňové kontrole. Následně vydal tři dodatečné platební výměry (DPLV 1, DPLV 2 a DPLV 3), proti nimž podala žalobkyně odvolání. Rozhodnutím z 4. 7. 2016 žalovaný tato odvolání zamítl. I dle něj žalobkyně uplatnila nárok na odpočet DPH v rámci podvodného řetězce.
4. Žalobkyně podala proti rozhodnutí z 4. 7. 2016 (první rozhodnutí) žalobu k Městskému soudu v Praze. Soud žalobu zamítl rozsudkem z 23. 5. 2017, čj. 11 Af 50/2016-70. Ke kasační stížnosti žalobkyně pak Nejvyšší správní soud (NSS) právě uvedený rozsudek zrušil pro nepřezkoumatelnost a věc soudu vrátil k dalšímu řízení (rozsudek z 8. 11. 2017, čj. 4 Afs 130/2017-42).
5. Zdejší soud následně zrušil rozhodnutí žalovaného a věc mu vrátil k dalšímu řízení (rozsudek z 6. 3. 2018, čj. 11 Af 50/2016-160). Daňové orgány dle něj neprokázaly skutkové znaky podvodného jednání (soud nepopíral, že se žalobkyně mohla účastnit podvodu) a neprokázaly, že žalobkyně o zapojení do podvodného řetězce vědět měla a mohla. NSS tento závěr potvrdil zamítavým rozsudkem z 16. 4. 2019, čj. 4 Afs 104/2018-79. Přitom zdůraznil, že řetězec, v němž figurovala AMG, byl zasažen podvodem na DPH. Daňové orgány ovšem neprokázaly, že by žalobkyně věděla o samotném zapojení do podvodu. NSS také shledal, že není vyloučeno, že žalovaný v dalším řízení prokáže požadované skutkové souvislosti.
6. V reakci na právě uvedené žalovaný 19. 11. 2019 vydal dvě rozhodnutí (čj. 45480/19/5300‑21444-711869 a čj. 45473/19/5300-21444-711869). Zrušil DPLV 1 a změnil DPLV 2 a DPLV 3. Vyhověl žalobkyni v části nároku na odpočet DPH z plnění od AMG. Shledal, že objektivní okolnosti nedosahují takové závažnosti, aby prokázaly, že žalobkyně měla či mohla vědět o podvodném jednání.
7. Tento závěr však posléze pod vlivem závěrů souvisejícího trestního řízení přehodnotil. Na základě skutečností popsaných v rozsudku Městského soudu v Praze z 29. 1. 2020, sp. zn. 40 T 4/2018 (trestní rozsudek), a v navazujícím usnesení Vrchního soudu v Praze z 26. 4. 2021, sp. zn. 3 To 57/2020 (usnesení Vrchního soudu), které se týkaly trestního řízení vedeného proti jednatelům žalobkyně, správce daně vyzval žalobkyni podle § 145 odst. 2 zákona č. 280/2009, daňového řádu (daňový řád), k podání dodatečných daňových přiznání k DPH. Následně doplnil dokazování. Poté třemi dodatečnými platebními výměry z 13. 6. 2022, 11. 11. 2022 a 15. 11. 2022 (souhrnně prvoinstanční rozhodnutí) doměřil žalobkyni DPH. Dle něj se žalobkyně účastnila transakcí zasažených podvodem, o kterém měla a mohla vědět. Proti těmto rozhodnutím podala žalobkyně odvolání. V rámci odvolacího řízení správce daně doplnil spisový materiál o nové skutečnosti, včetně informací o obchodním řetězci a okolnostech svědčících o podvodném jednání. Žalovaný připojil také usnesení Nejvyššího soudu z 24. 1. 2023, čj. 4 Tdo 1106/2022-45164 (usnesení Nejvyššího soudu; trestní rozsudek, usnesení Vrchního soudu a usnesení Nejvyššího soudu společně také jako trestní rozhodnutí). Žalovaný v záhlaví specifikovaným rozhodnutím (napadené rozhodnutí) změnil prvoinstanční rozhodnutí. Žalobkyni neuložil povinnost z doměřených částek daně uhradit penále dle § 251 daňového řádu. Nepřiznal jí však nárok na odpočet DPH v jí požadované výši za dotčená zdaňovací období. Žalovaný považoval za závazné částky neoprávněně uplatněného odpočtu DPH, jak s nimi pracoval trestní rozsudek.
Žaloba
8. Proti napadenému rozhodnutí podala žalobkyně žalobu. Dle žalobkyně daňové orgány vydaly prvoinstanční a napadené rozhodnutí po uplynutí desetileté objektivní prekluzivní lhůty pro stanovení daně dle § 148 odst. 5 daňového řádu. Žalovaný nemohl tuto lhůtu prolomit prostřednictvím § 148 odst. 6 daňového řádu, který použil v důsledku závěrů trestních soudů ve věci bývalých jednatelů žalobkyně. Žalovaný prý nemohl zaměnit žalobkyni s pravomocně odsouzenými osobami. Jejich jednání jí nemohl přičítat. Scházela zde i souvislost mezi skutky posuzovanými v trestním a daňovém řízení.
9. Žalobkyně namítla, že daňové orgány změnily výši poslední známé pravomocně stanovené daně mimo rámec procesních postupů, které předpokládá daňový řád. Navzdory tomu, že v rozhodnutích z 19. 11. 2019 žalovaný doplnil spis o podklady z trestního řízení, žalobkyni uznal nárok na odpočet DPH. V napadeném rozhodnutí pak žalovaný vycházel pouze z trestních rozhodnutí a tento nárok v plné výši odepřel. Žalovaný se neřídil žádným z procesních režimů, které mu umožňuje daňový řád. Neobnovil řízení, nepostupoval na základě dodatečného daňového přiznání, nejednal z moci úřední na základě výsledku daňové kontroly ani na základě nevyhovění výzvě k podání dodatečného daňového tvrzení. K uplatnění některého z těchto postupů neexistovaly zákonné podmínky. Žalovaný ani netvrdil, že by některý z nich použil. V napadeném rozhodnutí pouze uvedl, že změnil pravomocně stanovenou daň s ohledem na trestní rozhodnutí ve věci jednatelů žalobkyně.
10. Tím, že žalovaný nerespektoval meze procesních postupů, které daňový řád upravuje, zkrátil žalobkyni na jejích veřejných subjektivních právech. Nadto žalovaný nijak nereagoval na to, že ve věci již vydal dvě rozhodnutí z 19. 11. 2019. V současnosti vedle sebe existují tři pravomocná rozhodnutí ve stejné věci – dvě rozhodnutí z 19. 11. 2019 uznávají nárok na odpočet, nyní napadené rozhodnutí jej v plné výši odpírá.
11. Daňové orgány se nutně nemusely řídit trestními rozhodnutími. Nemohly s přihlédnutím k těmto rozhodnutím jako jedinému důkazu odepřít žalobkyni nárok na odpočet, zvláště pak za situace, pokud jej dříve pravomocně uznaly. Trestní rozhodnutí se nevztahovala k trestné činnosti žalobkyně, nýbrž jejích jednatelů. Nadto se neshodovala jednání, plnění ani transakce řešené v trestním řízení a v řízení daňovém.
12. Dle žalobkyně mohl žalovaný trestní rozhodnutí použít pouze jako jeden z podkladů pro stanovení daně. Měl posoudit jejich relevanci a zasadit je do kontextu ostatních důkazních prostředků. Podle zásady volného hodnocení důkazů pak měl sám adekvátně posoudit otázku vědomého zapojení žalobkyně do daňového podvodu. Tak nepostupoval. Nekoncipoval vlastní závěry. Neunesl důkazní břemeno ohledně vědomého zapojení žalobkyně do daňového podvodu.
Vyjádření žalovaného z 27. 2. 2024
13. Žalovaný navrhl, aby soud žalobu zamítl. Souhlasil s tím, že objektivní desetiletá lhůta pro stanovení daně podle § 148 odst. 5 daňového řádu sice uplynula, tuto lhůtu ale mohl prolomit na základě § 148 odst. 6 daňového řádu. Trestní rozsudek odsuzující jednatele žalobkyně za daňový trestný čin umožnil stanovit daň až do 31. 12. 2023. Napadené rozhodnutí žalovaný doručil žalobkyni 23. 10. 2023, tzn. v rámci lhůty dle § 148 odst. 6 daňového řádu.
14. Speciální úprava koncipovaná v § 148 odst. 6 daňového řádu se uplatní nezávisle na obecné lhůtě pro stanovení daně ve smyslu § 148 odst. 1 a 5 téhož zákona. Speciální lhůta se odvíjí od právní moci trestního rozsudku, nikoli od běhu původní lhůty. Její počátek i délka se řídí vlastními pravidly. Žalovaný nesouhlasil s námitkou, že nemohl postupovat dle § 148 odst. 6 daňového řádu. Odkázal na rozsudek Městského soudu v Praze z 11. 1. 2024, čj. 10 Af 38/2020, v „tandemové“ věci téže žalobkyně, který se týkal jiných zdaňovacích období. Z právě cit. rozsudku vyplývá, že žalobkyně i v jiném řízení nedůvodně namítala, že trestní rozhodnutí se netýkala jí, ale jiných osob (jejích jednatelů).
15. Správce daně postupoval v souladu s § 145 odst. 2 daňového řádu, jelikož po právní moci trestního rozsudku vydal výzvy k podání dodatečných daňových přiznání. Trestní rozsudek podle něj představoval dostatečný důkaz pro stanovení daně dokazováním, bez nutnosti zahájit daňovou kontrolu. Tvrdil, že žalobkyně uplatnila nárok na odpočet DPH neoprávněně, protože trestní soud shledal její jednatele vinnými z daňového trestného činu týkajícího se stejných plnění.
16. Podle žalovaného daňový řád umožňuje měnit výši daně po dobu běhu lhůty pro její stanovení, a to i pokud daňové orgány postupují dle § 148 odst. 6 daňového řádu. V daňovém řízení se neuplatní překážka věci pravomocně rozhodnuté. Žalovaný doměřil DPH ve lhůtě k tomu určené, v rámci řádně zahájeného řízení. Žalobkyni neodepřel její procesní práva.
17. Pravomocné rozhodnutí trestního soudu představuje závazný podklad pro daňové řízení ve smyslu § 99 odst. 1 daňového řádu. Pokud soud pravomocně rozhodne, že konkrétní osoba spáchala daňový trestný čin, jehož skutková podstata se překrývá s okolnostmi relevantními pro stanovení daně, správce daně musí z těchto závěrů vycházet. V takovém případě se nejedná o otázku, kterou by si mohl správce daně samostatně posoudit. Žalovaný nemohl provádět vlastní dokazování ohledně vědomého zapojení žalobkyně do daňového podvodu, protože tuto otázku již vyřešil trestní soud.
První přerušení řízení
18. Přípisem z 26. 11. 2024 žalobkyně navrhla, aby soud řízení přerušil. Rozsudek 10 Af 38/2020 napadla kasační stížností. Jak v řízení, které předcházelo rozsudku 10 Af 38/2020, tak v nynější věci soudy postavila před obdobné právní otázky, mj. nesprávné nakládání s rozhodnutími vydanými v trestní věci, vázanost trestními rozhodnutími, vymezení se proti závěrům trestních rozhodnutí, způsob nakládání s důkazními prostředky a závěry převzatými z trestního řízení. Žalobkyně navrhla, aby soud vyčkal, než NSS rozhodne o kasační stížnosti proti rozsudku 10 Af 38/2020.
19. Usnesením z 28. 11. 2024 soud přerušil řízení do pravomocného skončení řízení vedeného u NSS. Závěry NSS dle něj mohly ovlivnit řešení některých námitek nynější kauzy. Rozsudkem z 24. 6. 2025, čj. 2 Afs 22/2024-120, NSS zamítl kasační stížnost žalobkyně proti rozsudku 10 Af 38/2020. NSS zejména neshledal, že by daňové orgány v tandemové kauze nemohly vycházet ze závěrů trestních rozsudků ve věci jednatelů žalobkyně. Usnesením z 2. 7. 2025 pak soud rozhodl o pokračování v řízení. Strany sporu vyzval, aby soudu sdělily, jak závěry rozsudku 2 Afs 22/2024 dopadají na nynější kauzu, resp. její právní posouzení.
Vyjádření žalovaného z 8. 7. 2025
20. Žalovaný se ztotožnil se závěry rozsudku 2 Afs 22/2024. NSS dle něj potvrdil, že daňové orgány mohly zohlednit trestní rozsudek, jímž trestní soud pravomocně odsoudil jednatele žalobkyně za daňový trestný čin. Na tom nic neměnilo, že daňový subjekt (žalobkyně) se neshodoval s osobami, které trestní soud shledal vinnými z trestného činu (jednatelé žalobkyně). NSS konstatoval, že závěry trestního řízení mohou být relevantní i pro řízení daňové, pokud se týkají téhož jednání. Trestní soud vydal trestní rozsudek předtím, než žalovaný vydal napadené rozhodnutí, jeho závěry proto vázaly žalovaného (§ 99 odst. 1 daňového řádu).
21. Daňové orgány musely vycházet z trestního rozsudku, přestože orgány činné v trestním řízení nestíhaly žalobkyni ani za skutky, které odpovídaly plněním za období od 1. 1. 2012. Judikatura NSS připouští, aby daňové orgány použily závěry trestního řízení také tehdy, pokud se týkají jednatelů právnické osoby, nikoliv přímo daňového subjektu, a to i v případech, k nimž došlo již za účinnosti zákona o trestní odpovědnosti právnických osob (rozsudek NSS z 27. 11. 2024, čj. 2 Afs 257/2023-53, Trávníček-Svitavy, bod 40).
22. Z pohledu § 148 odst. 6 daňového řádu je podstatná souvislost mezi trestným činem a daňovou povinností, nikoliv totožnost pachatele.
Vyjádření žalobkyně z 16. 7. 2025
23. Žalobkyně nesouhlasila s rozsudkem 2 Afs 22/2024. Podotkla, že proti němu podala ústavní stížnost a navrhla, aby soud přerušil řízení do rozhodnutí Ústavního soudu. Trestní rozhodnutí ve věci jejích bývalých jednatelů nemůže závazně předurčovat daňovou povinnost samotné žalobkyně. Považovala za porušení jejího práva na obhajobu a vůbec práva na spravedlivý proces, pokud daňové orgány vtáhly výsledky trestního řízení jejích jednatelů do jejího daňového řízení. V trestním řízení nevystupovala jako účastník a nemohla se v něm ani bránit. Daňové orgány ji nemohly ztotožnit s jejími jednateli, protože její zájmy se mohly lišit od zájmů jejích jednatelů. Argumentace bývalých jednatelů nemohla nahradit její obhajobu. Daňové orgány tedy rozhodly na základě výsledku trestního řízení, do něhož nemohla žalobkyně zasáhnout. Žalobkyně nesouhlasí s žalovaným, že v trestním řízení měla možnost se vyjadřovat a navrhovat důkazy. V řízení neměla žádné procesní postavení.
24. Dále žalobkyně upozornila, že její námitky v nyní posuzované věci neodpovídaly (zcela) námitkám, které řešil NSS v rozsudku 2 Afs 22/2024. Jednalo se o např. výtku, že správce daně rozhodl až po uplynutí prekluzivní lhůty, a to za situace, v níž trestní rozhodnutí nezakládají důvod pro její prolomení. Tato věc se liší také námitkou, že správce daně rozhodl mimo rámec procesních postupů, které předpokládá daňový řád. Žalobkyně dále poukázala na dílčí rozdíly ve skutkovém i procesním kontextu obou věcí.
25. V této věci daňové orgány již jednou pravomocně stanovily daň, a to po rozsáhlém dokazování, které zohlednilo i tehdejší trestní spis. Po uplynutí prekluzivní lhůty pak správce daně stanovil daň znovu, tentokrát v neprospěch žalobkyně, a to pouze s odkazem na trestní rozhodnutí. Tato rozhodnutí ovlivnila nejen věcné posouzení nároku na odpočet, ale i procesní postupy, zejména prolomila již prekludované právo stanovit daň. Žalobkyně považuje nyní projednávanou věc za natolik odlišnou, že si žádá samostatné posouzení. Závěry NSS z rozsudku 2 Afs 22/2024 podle ní nejsou určující.
26. Žalobkyně dále reagovala na vyjádření žalovaného z 8. 7. 2025, především pak na jeho části týkající se uplynutí prekluzivní lhůty a postupu žalovaného. Žalobkyně nesouhlasila s tím, že by otázku prolomení prekludovaného práva stanovit daň dle § 148 odst. 6 daňového řádu vyřešily správní soudy v rozsudcích 10 Af 38/2020, resp. 2 Afs 22/2024. Tuto otázku vůbec neřešily. Nelze směšovat otázku prekluze s otázkou vázanosti daňových orgánů výrokem trestního soudu.
27. Dále se žalobkyně vymezila vůči tvrzení žalovaného, podle něhož ji orgány činné v trestním řízení nemohly samostatně trestně stíhat s ohledem na to, že v celém průběhu sporných obchodních transakcí nebyl účinný zákon č. 418/2011 Sb., o trestní odpovědnosti právnických osob (zákon o trestní odpovědnosti právnických osob). Žalovaný nesprávně vykládal závěry komentářové literatury. Podle žalobkyně z odborné literatury neplyne, že právnickou osobu nelze vůbec stíhat, pokud její závadné jednání mělo počátek před účinností zákona. Naopak žalobkyně argumentovala, že právnickou osobu lze stíhat za tu část jednání, která probíhala po nabytí účinnosti, a to i tehdy, pokud šlo o pokračující trestnou činnost s počátkem před účinností zákona o trestní odpovědnosti právnických osob. Tvrzení žalovaného by vedlo k absurdnímu závěru, že právnická osoba není trestně odpovědna ani za období, kdy zákon již platil, a to jen proto, že první dílčí útok nastal před jeho účinností. Ústavní soud v nálezu z 8. 4. 2021, sp. zn. IV. ÚS 3418/18, konstatoval, že se nepříčí zákazu retroaktivity, pokud orgány činné v trestním řízení dovodí trestní odpovědnost právnické osoby za pokračující trestný čin, který započal před nabytím účinnosti zákona o trestní odpovědnosti právnických osob, ale pokračoval i po nabytí jeho účinnosti. Orgány činné v trestním řízení měly nejen možnost, ale i povinnost stíhat žalobkyni za jednání po 1. 1. 2012, pokud by shledaly přičitatelnost jednání jejích bývalých jednatelů žalobkyni.
28. Nebylo na žalobkyni, aby dokládala oprávněnost svého nároku na odpočet DPH. Naopak žalovaný měl řádně doložit splnění zákonných i ústavněprávních podmínek pro nové odepření již dříve pravomocně uznaného (obhájeného) nároku na odpočet. Žalovaný opomněl, že důkazní břemeno ohledně splnění podmínek pro nové odepření nároku a pro prolomení prekluze nesl on. V době rozhodování žalovaného neměl jeho postup oporu v zákoně. Žádný z rozsudků, na které se žalovaný odvolává, se těmto otázkám nevěnuje.
29. Žalobkyně nesouhlasila ani s výkladem úmyslu zákonodárce stran § 148 odst. 6 daňového řádu, jak jej popsal žalovaný. Pokud by zákonodárce zamýšlel rozšířit možnosti, za nichž lze vyměřit daň i po uplynutí prekluzivní lhůty, i na situace, ve kterých trestní soud shledal vinnou osobu odlišnou od daňového subjektu, jistě by to výslovně uvedl v zákoně. Takovou úpravu do zákona vnesl až v červenci 2025. Do té doby neměl postup žalovaného oporu v zákoně. Správná není ani argumentace žalovaného důvodovou zprávou k novele č. 267/2014 Sb.[1] Důvodová zpráva zmínila možnost stavění prekluzivní lhůty při trestním stíhání jednatele ve vztahu k § 148 odst. 4 písm. c) daňového řádu, nikoliv ve vztahu k § 148 odst. 6, který je vůči předchozím odstavcům lex specialis. Tento rozdíl vyjadřuje úmysl zákonodárce stanovit pro jednotlivá ustanovení odlišná pravidla.
30. Žalovaný prý bez věcné reakce přešel odkazy žalobkyně na odbornou literaturu, popřípadě je nesprávně vyložil. Například tvrdil, že komentář z dílny autorského kolektivu kolem Josefa Baxy[2] nevylučuje, aby správce daně prolomil prekluzi v případě odsouzení jednatele. To dle žalovaného vyloučil pouze u odsouzení pracovníka správce daně či obchodního partnera. Podle žalobkyně je z pohledu právní jistoty irelevantní, koho trestní soud shledal vinným ze spáchání daňového trestného činu. Rozhodující je, zda se žalobkyně účastnila trestního řízení, které má nyní sloužit jako základ pro zásah do její právní jistoty. Pokud se žalobkyně neúčastnila trestního řízení, daňové orgány nemohly jeho výsledek použít ani k prolomení prekluze, ani k vlastnímu doměření DPH. Odsouzení jiné osoby, byť jednatele, nemůže být důvodem pro zásah do právní pozice žalobkyně, která se v trestním řízení sama nemohla bránit.
31. Žalovaný údajně citoval pouze část rozsudku 2 Afs 257/2023, Trávníček-Svitavy. Dle žalobkyně z něj vyplývá jiný závěr. Pokud trestní soud shledal vinnou jinou fyzickou osobu (jednatele daňového subjektu), daňové orgány nemohou shledat obecné rovnítko mezi skutkovou větou odsuzujícího rozsudku a podvodem v daňovém řízení. Daňové orgány a soudy váže pouze výrok trestního rozsudku, nikoli jeho právní hodnocení. Musí zkoumat, zda se skutková zjištění v daňovém řízení skutečně překrývají s těmi, s nimiž pracoval trestní soud.
32. Žalobkyně dále odkázala na rozsudek NSS z 21. 2. 2018, čj. 6 Afs 257/2017-31, který připouští využití závěrů z trestního řízení pouze tehdy, pokud bylo v trestním řízení dbáno práv daňového subjektu. V trestní věci jejích jednatelů žalobkyně nevstoupila do trestního řízení. Její práva v tomto řízení nikdo nechránil. Nadto v citovaném rozsudku NSS rozhodoval o případu, v němž soud shledal vinnou právnickou osobu, a tedy jinou situaci, než k jaké došlo v nynější věci. Tyto situace se liší. Závěry rozsudku 6 Afs 257/2017 nelze použít. Ani rozsudek NSS z 10. 2. 2025, čj. 9 Afs 139/2024-65, nepodporuje závěr žalovaného, že již prekludované právo doměřit daň lze prolomit i za situace, v níž trestní soudy shledaly vinnou jinou osobu než daňový subjekt. Tento rozsudek řeší odlišný případ – konkrétně možnost vydat ručitelskou výzvu vůči osobě, kterou trestní soud shledal vinnou z daňového trestného činu.
33. Žalovaný měl dezinterpretovat odbornou literaturu, která sice připouští doměření daně mimo daňovou kontrolu, ale pouze tehdy, pokud daňový subjekt souhlasí s výzvou k podání dodatečného daňového tvrzení nebo na ni nereaguje. Pokud žalobkyně hájí původní výši jí tvrzené daně, musel správce daně zahájit daňovou kontrolu. Na tom nic nemění ani odkazy žalovaného na dřívější judikaturu. Od 1. 1. 2021 zákonodárce zpřesnil § 143 odst. 3 daňového řádu, který je úzce provázán s nynějším § 143 odst. 2. Od této novelizace tato ustanovení vymezují, že správce daně může doměřit daň z moci úřední pouze na základě daňové kontroly nebo při nevyhovění výzvě k podání dodatečného daňového tvrzení. Totéž vyplývá i z důvodové zprávy k novele.
Druhé přerušení řízení
34. Usnesením z 22. 10. 2025 soud řízení znovu přerušil, a to v návaznosti na návrh žalobkyně z jejího poslední vyjádření. S ohledem na to, že si Ústavní soud vyžádal u městského soudu spis ve věci 10 Af 38/2020, tj. ve věci, o níž NSS následně rozhodoval rozsudkem 2 Afs 22/2024, soud naznal, že vyčká výsledku řízení o ústavní stížnosti vedené pod sp. zn. I. ÚS 2445/25. Nálezem z 20. 11. 2025, sp. zn. I. ÚS 2445/25, Ústavní soud zrušil rozsudky 2 Afs 22/2024 a 10 Af 38/2020. Jelikož skončilo řízení, jehož výsledku vyčkával, soud usnesením z 2. 12. 2025 rozhodl o pokračovaní v řízení. Zároveň účastníky vyzval, aby sdělili, jak dle nich závěry Ústavního soudu dopadly na nyní posuzovaný případ.
Vyjádření žalobkyně z 18. 12. 2025
35. Žalobkyně setrvala na všech žalobních bodech, tedy že žalovaný vydal napadené rozhodnutí po uplynutí prekluzivní lhůty, že daňové orgány změnily výši poslední známé pravomocně stanovené daně mimo daňovým řádem taxativně stanovené procesní postupy, a že daňové orgány chybně vyvodily vázanost trestními rozhodnutími vydanými ve věci bývalých jednatelů žalobkyně. Důvodnost posledně zmíněného žalobního bodu potvrdil svým nálezem Ústavní soud. Žalobkyně citovala pasáže z napadeného rozhodnutí, z kterých vyplývalo, že žalovaný jej chybně vystavěl na vázanosti trestním rozsudkem.
36. Dle Ústavního soudu závaznost trestního rozsudku může dopadat jen na osoby, které v trestním řízení samy vystupovaly a mohly využít procesní práva podle čl. 38 odst. 2 Listiny základních práv a svobod (Listina). Ústavní soud v nálezu I. ÚS 2445/25 zrušil pouze rozsudky správních soudů proto, že trestní rozsudek nabyl právní moci až po vydání rozhodnutí žalovaného. V nyní projednávané věci však žalovaný přijal protiústavní právní názor již přímo v napadeném rozhodnutí. Žalobkyně dále uvedla, že závěry nálezu I. ÚS 2445/25 dopadají nejen na § 52 odst. 2 zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního (s. ř. s.), ale i na § 99 odst. 1 daňového řádu. Opačný výklad by vedl k přesunu dokazování na správní soudy a narušil by procesní rovnost.
Vyjádření žalovaného z 22. 1. 2026
37. Navzdory závěrům nálezu I. ÚS 2445/25 žalovaný mohl vycházet z odsuzujícího trestního rozsudku ve věci jednatelů žalobkyně, a to pokud zachoval procesní práva žalobkyně, včetně práva vyjádřit se ke všem důkazům. V posuzovaném řízení dal tuto možnost žalobkyni prostřednictvím seznámení z 25. 4. 2023, v němž ji informoval o trestních rozsudcích a jejich obsahu podstatném pro posouzení případu. Na seznámení žalobkyně reagovala podáním z 31. 5. 2023, v němž namítala mj. neshodu v osobě daňového subjektu a pravomocně odsouzeného za daňový trestný čin a také neshodu v jednání posuzovaném v daňovém řízení a v trestním řízení. Daňové orgány zachovaly procesní práva žalobkyně.
38. V rozhodnutí, které soud přezkoumává v řízení 10 Af 38/2020, žalovaný již v roce 2020 zjistil neoprávněnost odpočtu DPH u plnění od AMG. Tou dobou nebyly ještě trestní rozsudky pravomocné. Skutkový stav v řízení 10 Af 38/2020 je totožný, a proto i právní závěr musí být shodný. Žalovaný navrhl zamítnutí žaloby a dodal, že pokud by soud považoval postup žalovaného za nedostatečný, má soud žalobkyni umožnit argumentaci přímo v soudním řízení nebo provést dokazování sám. Pro případné doplnění dokazování v daňovém řízení již téměř neexistuje časový prostor vzhledem ke konci lhůty pro stanovení daně.
Vyjádření žalobkyně z 5. 2. 2026
39. Žalobkyně setrvala na svém předchozím názoru a zdůraznila, že žalovaný v rámci daňového řízení neprovedl vlastní dokazování, nepřihlížel k důkazům předloženým v odvolacím řízení a omezil dokazování výlučně na obsah trestního rozsudku. Tím upřel žalobkyni procesní práva a možnost reálně ovlivnit výsledek daňového řízení.
40. Ústavní soud v nálezu I. ÚS 2445/25 nezrušil rozhodnutí žalovaného pouze z procesních důvodů, věc vrátil správním soudům právě kvůli protiústavnosti závěrů o závaznosti trestního rozsudku. Nadto žalovaný již v daňovém řízení předcházejícím vydání rozsudku 10 Af 38/2020 materiálně zacházel s trestním rozsudkem jako se závazným, přestože tehdy ještě nebyl v právní moci. Žalobkyně dále odkázala na rozsudky a správní rozhodnutí, které pro ni dopadly příznivě, a které taktéž vycházely ze stejných skutkových okolností jako nyní posuzovaný případ. Dle ní žalovaný nesl důkazní břemeno ohledně údajné účasti žalobkyně na podvodu, avšak svou důkazní aktivitu nahradil prostým odkazem na trestní rozsudek. Z tohoto důvodu žalobkyně nesouhlasila, že dokazování by bylo možné doplňovat v řízení před soudem. Náprava vad rozhodnutí by vyžadovala nové dokazování, které nemá provádět správní soud.
III. Posouzení žaloby
41. Žaloba je včasná, podala ji osoba k tomu oprávněná. Soud přezkoumal napadené rozhodnutí v rozsahu žalobních bodů (§ 75 odst. 2 věta první s. ř. s.), jakož i z pohledu vad, k nimž je povinen přihlížet z úřední povinnosti. Vycházel ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování žalovaného (§ 75 odst. 1 s. ř. s.).
42. Na jednání soud nejdříve s ohledem na stáří posuzované věci shrnul genezi soudního řízení. Zdůraznil, že se plánoval vyhnout riziku dalšího prodlužování řízení (kasace) nad rámec nynějšího řízení před městským soudem, a tedy vyčkával na vyřešení sporných právních otázek u NSS a Ústavního soudu. Jádro sporu tkví ve vyřešení právních, nikoli skutkových otázek. Žalobkyně co do skutkových rozměrů kauzy odkazovala na její podání obsažená již ve správním spisu. Důkazy mimo jeho rámec nepředkládala. Soud nepovažoval za potřebné jakkoli ve věci dokazovat.
43. Žalobkyně mj. zdůraznila, že trestní rozsudek řešil daňový podvod jejích jednatelů z jiného hlediska. Poukazovala na rozdíly mezi tzv. lineárním a karuselovým podvodem. Upozornila, že v daňovém spisu oproti jeho obsahu před vydáním rozhodnutí žalovaného z 19. 11. 2019 fakticky přibyl jen trestní rozsudek. S ním pak žalovaný pracoval jako se závazným podkladem nyní napadeného rozhodnutí. Pokud by soud nyní při jednání prováděl dokazování, které mělo proběhnout již před daňovými orgány, vedlo by to k porušení dvojinstančnosti daňového řízení. Takový postup by rovněž přesouval těžiště dokazování z daňového řízení do soudního řízení správního. Pokud by se soud rozhodl nyní doplňovat dokazování, žalobkyně odkázala na její důkazní návrhy z daňového spisu, jimiž se žalovaný věcně nezabýval.
44. Žalovaný setrval na svém postoji k žalobě. Jde-li o interpretaci § 148 odst. 6 daňového řádu před jeho novelou, žalovaný odkázal na důvodovou zprávu k novele, která dle něj potvrzuje, že speciální prekluzivní lhůtu bylo možné v případě žalobkyně použít i před novelou. K rozdílům v argumentaci ohledně lineárního a karuselového podvodu žalovaný odkázal na rozsudek 10 Af 38/2020. Dále také zmínil rozsudek 4 Afs 104/2018, v němž NSS v nynější kauze potvrdil, že k podvodu na DPH skutečně došlo. První rozhodnutí žalovaného z 4. 7. 2016 tehdy neobstálo jen pro nedostatek v odůvodnění podmínky, že žalobkyně věděla či mohla vědět, že se účastní podvodného řetězce. Dále žalovaný odkazoval na své vyjádření z ledna 2026. Zdůraznil, že žalobkyni opakovaně seznámil se záměrem vycházet ze závěrů trestního rozsudku, umožnil se jí k tomu vyjádřit a zachoval její procesní práva. Daňové orgány mohly vycházet z trestních rozhodnutí, i když nakonec s nimi pracovaly jako se závazným podkladem pro jejich rozhodování. Jde-li o eventuální doplnění dokazování v soudním řízení, žalovaný poukázal na to, že jeden z důkazních návrhů (žalobkyní předložený znalecký posudek) již hodnotil i Vrchní soud v Praze v usnesení 3 To 57/2020 v trestní věci jednatelů žalobkyně.
45. V návaznosti na přednesy stran soud ozřejmil, že spor spočívá v řešení právní otázky. Podklady, kterými by dle žalobkyně měl žalovaný či soud eventuálně doplňovat dokazování, jsou zahrnuty ve správním spisu, z něhož soud bez dalšího vychází. Rovněž soud zdůraznil, že těžiště dokazování spočívá v řízení před daňovými orgány. Nelze jej volně přesouvat až do fáze soudního přezkumu napadeného rozhodnutí.
46. Jde-li o věc samou, soud se nejprve věnoval právní otázce, zda trestní rozhodnutí ve věci jednatelů žalobkyně mohla aktivovat speciální prekluzivní lhůtu ve smyslu § 148 odst. 6 daňového řádu (část III.A. níže). Dále vyhodnotil komplex výtek, jestli daňové orgány nepochybily, pokud DPH doměřily, aniž u žalobkyně zahájily (opakovanou) daňovou kontrolu (část III.B.), a konečně optikou závěrů nálezu I. ÚS 2445/25 nahlížel na to, zda žalovaný mohl vycházet z trestních rozhodnutí ve věci jednatelů žalobkyně jako ze závazných pokladů v daňové věci žalobkyně (část III.C.).
III.A. Splnění podmínek k aktivaci speciální prekluzivní lhůty dle § 148 odst. 6 daňového řádu
48. Žalobkyně namítla, že odsuzující trestní rozsudek ve věci jejích jednatelů nemohl prolomit prekluzivní lhůtu pro doměření daně ve smyslu § 148 odst. 6 daňového řádu. Toto ustanovení stanoví, že v důsledku jednání,
které bylo předmětem pravomocného rozhodnutí soudu o spáchání daňového trestného činu, lze daň stanovit do konce druhého roku následujícího po roce, v němž nabylo rozhodnutí soudu právní moci, bez ohledu na to, zda již uplynula lhůta pro stanovení daně.
49. Dle žalobkyně nemohly daňové orgány postupovat dle § 148 odst. 6 daňového řádu, jelikož zde byla odlišnost v osobě žalobkyně (daňového subjektu) a odsouzených osob (jejích jednatelů). Domnívala se, že postup daňových orgánů neměl oporu v právním předpise a byl v rozporu s právní jistotou, předvídatelností práva, presumpcí neviny, zásadou zákonnosti i zásadou in dubio mitius.
50. Soud připomíná, že skutkově obdobnou situací se NSS zabýval v rozsudku z 14. 11. 2025, čj. 5 Afs 86/2025-41, JMB-STEEL. I v tehdy řešené kauze doměřily daňové orgány daň společnosti, jejíž jednatele shledal trestní soud vinnými z daňového trestného činu; i tehdy daňové orgány prolamovaly prekluzivní lhůtu dle § 148 odst. 6 daňového řádu. NSS považoval tento postup za zákonný, což je klíčové i pro posouzení nynějšího sporu (podrobněji viz dále).
51. V rozsudku JMB-STEEL vycházel NSS mj. z rozsudku z 16. 6. 2016, čj. 10 Afs 54/2015-48, ve kterém tehdejší žalobce (stěžovatel)
namítal, že je jako právnická osoba nespravedlivě postihován za jednání osoby od něho odlišné, čímž mínil svého jednatele. Nejvyšší správní soud odkazuje na obecná ustanovení o jednání právnických osob, které jednají prostřednictvím svých statutárních orgánů a v daňovém řízení nelze úkony jednatele společnosti (ke kterým je na základě společenské smlouvy či jiné zakládací listiny oprávněn) oddělit od společnosti jakožto daňového subjektu. K tvrzené trestní odpovědnosti je dále nutno uvést, že v době spáchání trestného činu nebylo možno za trestný čin zkrácení daně, poplatku a podobné povinné platby postihnout právnickou osobu, to umožnil až zákon č. 418/2011 Sb., o trestní odpovědnosti právnických osob a řízení proti nim, který nabyl účinnosti 1. 1. 2012. Do té doby bylo možno za tento trestný čin postihnout pouze statutární orgán právnické osoby, která se na trestné činnosti podílela a za právnickou osobu jednala.
52. V obecné rovině soud na tomto místně souzní s žalobkyní, že Ústavní soud nálezem I. ÚS 2445/25 zdánlivě zpochybnil „jednotu“ v chování společnosti a jejích jednatelů. Nález I. ÚS 2445/25 ovšem nelze vykládat tak široce, jak činí žalobkyně. Ústavní soud řešil toliko vázanost soudu trestním rozsudkem ve věci jednatelů ve smyslu § 52 odst. 2 s. ř. s. v řízení o přezkumu rozhodnutí žalovaného stran vyměření daně žalobkyni. Ústavní soud svými závěry zamezil tomu, aby v daňových věcech korporace soudy ve smyslu § 52 odst. 2 s. ř. s. (a dle zdejšího soudu i daňové orgány ve smyslu § 99 odst. 1 daňového řádu) mechanicky vycházely z trestních rozhodnutí ve věci jednatelů korporace jako ze závazných podkladů. Nekritizoval vlastní využití těchto trestních rozhodnutí, ale způsob, jakým s nimi soudy pracovaly v rozsudcích 2 Afs 22/2024 a 10 Af 38/2020. Zdůraznil, že žalobkyně v důsledku jimi zvolené metody nemohla využít obdobné procesní obrany, jaká by jí náležela v jejím vlastním trestním řízení. Na rozdíl od právě uvedeného ovšem speciální ustanovení § 148 odst. 6 daňového řádu nesměřuje bezprostředně k doměření daně, pouze v těchto případech otevírá procesní prostor k posouzení otázky, zda je v důsledku trestního rozsudku třeba daň doměřit, či nikoliv. Institut zakotvený v § 148 odst. 6 daňového řádu daňovým orgánům jen a pouze umožňuje přihlédnout k trestnímu rozsudku poté, co uplynula prekluzivní lhůta dle obecných pravidel § 148 daňového řádu. Znovuotevřením možnosti doměřit daň by pak za současného dodržení minimálních pravidel pro procesní obranu žalobkyně nemělo dojít k porušení jejích procesních práv, jak tomu bylo v případě, k němuž se vyjadřoval nález I. ÚS 2445/25.
53. Není ani pravda, jak uvedla žalobkyně, že z novely § 148 odst. 6 daňového řádu, v rámci které zákonodárce s účinností od 1. 7. 2025 doplnil větu, že daň lze takto stanovit i v případě, že se tohoto jednání dopustila osoba odlišná od daňového subjektu, a toto jednání má přímý dopad na daň daňového subjektu, vyplývá, že před novelou musely daňové orgány ustanovení vykládat opačně, tedy že se nemohlo jednat o trestní rozsudek ve věci osoby odlišné od daňového subjektu. Naopak, zákonodárce takto daňový řád novelizoval právě s ohledem na judikaturu, která toto ustanovení vykládala tak, že se mohlo jednat i o jednání osoby odlišné od daňového subjektu (rozsudek JMB-STEEL, bod 32). To ostatně vyplývá i z důvodové zprávy k novele č. 218/2025 Sb.[3], tedy zákona, který s účinností od 1. 7. 2025 vložil do stávajícího znění § 148 odst. 6 daňového řádu shora uvedené doplňující pravidlo. Důvodová zpráva počítala s tím, že ačkoliv
lze tedy již za stávajícího znění daňového řádu dojít k závěru, že totožnost pachatele a daňového subjektu není požadována již v současném znění jeho § 148 odst. 6, v zájmu zamezení pochybností v uvedeném směru se navrhuje do ustanovení § 148 odst. 6 daňového řádu doplnit explicitní vyjádření, ze kterého bude lépe zřejmé, že se jednání, které bylo předmětem pravomocného rozhodnutí soudu o spáchání daňového trestného činu, nutně nemusel dopustit přímo daňový subjekt, jemuž je následně daň stanovována. Princip kauzální vazby mezi trestným jednáním a předmětnou daní je plně zachován.
Soud míní, že i dřívější znění § 148 odst. 6 daňového řádu mohly daňové orgány vykládat tak, že pro prolomení prekluzivní lhůty není nutná totožnost pravomocně odsouzeného pachatele trestného činu a daňového subjektu. Tomu ostatně odpovídá shora označená novela, která v prospěch daňových subjektů vylučuje pochybnosti o rozsahu použití tohoto speciálního pravidla.
54. Přestože rozsudek JMB-STEEL řešil daň z příjmů právnické osoby a nyní jde o DPH, tato dílčí odlišnost není podstatná, neboť § 148 odst. 6 daňového řádu dopadá stejně na oba tyto typy daní. To ostatně plyne i z již shora cit. rozsudku 9 Afs 139/2024, který za obdobné situace řešil doměření DPH a také možnost za dané situace vydat ručitelskou výzvu.
55. Na právě cit. rozsudek 9 Afs 139/2024, bod 48[4], ostatně NSS odkázal i v rozsudku JMB-STEEL. Citoval z něj závěr, že z textu § 148 odst. 6 daňového řádu neplyne, že
dopadá výlučně na situace, kdy je pachatelem daňového trestného činu pouze daňový subjekt, kterému byla daň doměřena platebním výměrem. Podstatná je souvislost daňového trestného činu se stanovenou daňovou povinností, což dovodil (mimo jiné) za pomoci systematického výkladu NSS v rozsudku č. j. 10 Afs 4/2024-38.
56. S ohledem na právní závěry NSS soud shledal nadbytečným detailně vypořádávat další dílčí námitky žalobkyně stran nemožnosti použít § 148 odst. 6 daňového řádu v případě odsouzení jednatelů korporace (např. vypořádat její odkazy na odbornou literaturu). Se závěry NSS se soud bezvýhradně ztotožnil. Žalobkyně v jádru nevznáší subnámitky takové kvality, jež by věcně tento právní názor NSS vyvrátily.
57. Snad jen pro lepší uchopení soud dodává, že NSS v rozsudku JMB-STEEL upozornil na rozsudek z 12. 8. 2021, čj. 8 Afs 292/2020-23, č. 4242/2021 Sb. NSS, z kterého vyplývá, že § 148 odst. 6 daňového řádu mohou daňové orgány použít pouze na daňové povinnosti vzniklé po 1. 1. 2011, tj. po nabytí účinnosti samotného daňového řádu. V tomto směru soud nepominul, že v určitém ohledu se skutkový základ věci rozhodované rozsudkem JMB-STEEL lišil od nyní posuzovaného případu, neboť v tehdy řešeném případě byla tehdejší žalobkyně (korporace) shledána vinnou z trestného činu v období od 1. 1. 2012 [tedy od nabytí účinnosti zákona č. 418/2011 Sb., o trestní odpovědnosti právnických osob (zákon o trestní odpovědnosti právnických osob)]. Na rozdíl od rozsudku JMB-STEEL orgány činné v trestním řízení žalobkyni vinnou neshledaly. Žalobkyně upozorňovala, že část jednání, které bylo předmětem trestních rozhodnutí ve věci jejích jednatelů, již spadá do období účinnosti zákona o trestní odpovědnosti právnických osob, tedy do roku 2012. V tomto období tedy již mohly orgány činné v trestním řízení stíhat i žalobkyni. Přesto ji nestíhaly a soud ji neshledal vinnou. Žalovaný tím nadto dle žalobkyně nepřípustně předjímal, že pokud by žalobkyni mohly stíhat, soudy by ji odsoudily, což odporuje zásadě presumpce neviny.
58. S tím nesouhlasil žalovaný. Uvedl, že v případě pokračujících trestných činů, které započaly před účinností zákona o trestní odpovědnosti právnických osob, avšak skončily až v době jeho účinnosti, tedy po 1. 1. 2012, nešlo dovodit trestní odpovědnost právnické osoby dle tohoto zákona. Žalovaný se odvolával na odbornou literaturu[5].
59. Soud k tomu uvádí následující. Prvně nelze pominout, že napadené rozhodnutí se týká zdaňovacích období spadajících do roku 2011, kdežto orgány činné v trestním řízení teoreticky mohly – s ohledem na účinnost zákona o trestní odpovědnosti právnických osob – žalobkyni stíhat za spáchání daňových deliktů až od počátku roku 2012. Již jen proto je zde nedostatek přímé časové souvislosti mezi nyní spornou daňovou povinností žalobkyně a jejím údajným trestněprávním jednáním, které označil žalovaný. Zadruhé soud považuje za nesprávný názor žalovaného, že orgány činné v trestním řízení nemohly žalobkyni stíhat za pokračující trestný čin, s jehož pácháním by započala před koncem roku 2011 a v jehož páchání by pokračovala i v roce 2012. Z rozsudku Nejvyššího soudu z 13. 5. 2020, sp. zn. 7 Tdo 327/2020, především body 16 a 17, vyplývá přesný opak toho, co tvrdil žalovaný. Dle rozsudku 7 Tdo 327/2020 může právnická osoba u pokračujících trestných činů, pokud jednání pokračovalo i po 1. 1. 2012, odpovídat za tu část jednání, kterou dokonala po nabytí účinnosti zákona o trestní odpovědnosti právnických osob. To v nynějším případě znamená, že by žalobkyně mohla odpovídat za část případného pokračujícího trestného činu, kterou by páchala po 1. 1. 2012, a to nezávisle na tom, že její trestněprávní jednání (pokračující jednání z hlediska trestního práva hmotného tvoří jeden skutek) počalo již před 1. 1. 2012.
60. K tomu soud dodává, že daňové orgány nepotřebovaly k aktivaci speciální prekluzivní lhůty dle § 148 odst. 6 daňového řádu, aby orgány činné v trestním řízení dovodily trestní odpovědnost žalobkyně za daňový trestný čin spáchaný po 1. 1. 2012. Postoj žalobkyně, která se domáhala takového výkladu § 148 odst. 6, nemá oporu v právu. Jak soud vysvětlil již výše, lhůtu ve smyslu § 148 odst. 6 daňového řádu lze mít za prodlouženou i v případě, že trestného činu se dopustili jednatelé právnické osoby. V rozsudku JMB-STEEL a dále také např. v rozsudku z 16. 6. 2016, čj. 10 Afs 54/2015-48, HORES ČR, bod 29, NSS vycházel z toho, že trestní soudy nemohly odsoudit korporaci za trestný čin, protože k trestněprávnímu jednání došlo před nabytím účinnosti zákona o trestní odpovědnosti právnických osob. Z toho však nelze a contrario dovozovat, že v opačném případě, pokud by k trestněprávnímu jednání došlo již po účinnosti tohoto zákona, by daňové orgány nemohly sáhnout po speciální prekluzivní lhůtě dle § 148 odst. 6 daňového řádu jen proto, že orgány činné v trestním řízení stíhaly pouze fyzické osoby (jednatele korporace), avšak ne samu korporaci. Nic takového nelze dovodit ani z právních předpisů, ani z judikatury. NSS v rozsudku JMB-STEEL opakovaně zdůrazňoval, že podstatným je jednání, které bylo předmětem pravomocného rozsudku o spáchání daňového trestného činu. Tohoto jednání se jednatelé žalobkyně v roce 2011 prokazatelně dopustili. V tomto smyslu není podstatné, že orgány činné v trestním řízení nestíhaly, resp. neshledaly z týchž trestních činů vinnou žalobkyni v období po 1. 1. 2012, zvláště posuzuje-li soud v nynější věci, jak zdůraznil výše, daňovou povinnost žalobkyně za zdaňovací období spadající do roku 2011.
III.B. Daňové orgány mohly daň doměřit, aniž u žalobkyně zahájily daňovou kontrolu
61. Další relativně izolovaná žalobní námitka se týkala otázky, zda daňové orgány mohly doměřit daň, aniž u žalobkyně zahájily daňovou kontrolu. Dle § 143 odst. 1 daňového řádu daň lze doměřit na základě dodatečného daňového přiznání nebo dodatečného vyúčtování, nebo z moci úřední. Právní moc dosavadních rozhodnutí o stanovení daně není jejímu doměření na překážku. Podle odst. 3 téhož ustanovení zákona k doměření daně z moci úřední může dojít pouze
a) na základě výsledku daňové kontroly, nebo
b) v případě, kdy daňový subjekt nevyhoví výzvě k podání dodatečného daňového tvrzení.
62. Podle § 145 odst. 2 daňového řádu pokud lze důvodně předpokládat, že bude daň doměřena, může správce daně vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení a stanovit náhradní lhůtu. Nevyhoví-li daňový subjekt této výzvě ve stanovené lhůtě, může správce daně doměřit daň podle pomůcek.
63. Žalobkyně namítla, že jí správce daně nemohl daň doměřit na základě § 143 odst. 1 daňového řádu, neboť nepodala dodatečné daňové přiznání, které by se odlišovalo od pravomocně stanovené daně. Zároveň nemohl daň doměřit z moci úřední, neboť podle § 143 odst. 3 daňového řádu je tento postup možný pouze na základě výsledku daňové kontroly nebo pokud daňový subjekt nevyhoví výzvě k podání dodatečného daňového tvrzení. U ní nenastala ani jedna z těchto alternativ. Daňové orgány nemohly daň doměřit ani na základě výsledku daňové kontroly. V dané věci proběhla pouze jedna daňová kontrola, zahájená 25. 7. 2012 a ukončená 29. 4. 2015. Na její závěry navazovala rozhodnutí z 19. 11. 2019, která po doplnění důkazů z trestního spisu uznala nárok žalobkyně na odpočet z plnění od AMG jako oprávněný. Daňové orgány neprovedly opakovanou daňovou kontrolu. Nesplnily ani zákonné podmínky k jejímu opětovnému zahájení (§ 85a daňového řádu). Žalobkyně upozornila, že žalovaný v napadeném rozhodnutí ani netvrdil, že by daň doměřil na základě výsledku daňové kontroly. Daňové orgány nemohly doměřit daň ani z moci úřední podle § 143 odst. 3 písm. b) daňového řádu, protože žalobkyně reagovala na výzvu k podání dodatečného daňového tvrzení a v materiálním smyslu jí vyhověla. Odborná literatura[6] k § 145 odst. 2 daňového řádu uvádí, že jednou z možností reakce daňového subjektu je setrvání na správnosti poslední známé daňové povinnosti. Takové sdělení je nutno považovat za dodatečné daňové tvrzení v materiálním smyslu. Žalobkyně v reakci na výzvu výslovně uvedla, že setrvává na svých daňových tvrzeních, včetně přijatých plnění od AMG, a uvedla důvody, proč nepovažovala změnu daňové povinnosti za možnou. Žalovaný nadto netvrdil, že daň stanovil podle pomůcek.
64. Dále žalobkyně nesouhlasila s tím, že by jí žalovaný DPH doměřil na základě § 145 odst. 2 ve spojení s § 148 odst. 6 daňového řádu. Namítla, že § 148 odst. 6 daňového řádu se týká výhradně lhůty, nikoliv způsobu stanovení daně, a že i v rámci prodloužené lhůty musely daňové orgány dodržet zákonný procesní rámec. Nemohly doměřit daň v režimu dokazování, aniž provedly daňovou kontrolu, která by žalobkyni umožnila hájit její práva. Na tom nic nemění ani judikatura[7], na kterou se žalovaný odvolával. Judikatura vykládala právní úpravu účinnou před 1. 1. 2021, tedy před novelizací § 143 a § 145 daňového řádu. Soudy v těchto rozhodnutích výslovně uvedly, že k nové (nyní použité) právní úpravě nepřihlížejí. Napadené rozhodnutí je nezákonné, neboť k doměření daně došlo mimo rámec daňovým řádem předvídaných postupů.
65. V reakci na žalobní výtky žalovaný tvrdil, že postupoval procesně správně, a to dle § 145 odst. 2 ve spojení s § 148 odst. 6 daňového řádu. Správce daně měl po vydání výzev k podání dodatečných daňových přiznání k dispozici dostatečný důkazní prostředek v podobě pravomocného trestního rozsudku, který prokazoval, že žalobkyně neoprávněně uplatnila nárok na odpočet DPH. Trestní rozsudek se vztahoval k jednání bývalých jednatelů žalobkyně. Zakládal důvodný předpoklad pro doměření DPH, aniž správce daně musel zahajovat daňovou kontrolu. Žalovaný také trval na použitelnosti jím odkazovaných rozsudků (viz poznámka pod čarou č. 7). Ačkoliv tyto rozsudky rozebíraly dřívější právní úpravu, § 145 odst. 2 daňového řádu nedoznal žádných změn, které by ovlivnily jeho dopad na nyní projednávanou věc. Nově zařazené odstavce 3 a 4 se týkají pouze okamžiku zahájení nalézacího řízení, nikoliv způsobu stanovení daně. Ani důvodová zpráva k novele č. 283/2020 Sb. neobsahuje požadavek na povinné zahájení daňové kontroly po vydání výzvy dle § 145 odst. 2 daňového řádu. K námitce žalobkyně, že žalovaný již pravomocně stanovil daň rozhodnutími z 19. 11. 2019, žalovaný uvedl, že v daňovém řízení se neuplatňuje překážka věci pravomocně rozhodnuté (rozsudek NSS z 19. 11. 2020, čj. 1 Afs 101/2019-75, Veolia Energie ČR). Zdůraznil, že daňový řád umožňuje měnit výši daně po dobu běhu lhůty pro její stanovení, a to i pokud správce daně použije § 148 odst. 6. Pokud nové skutečnosti odůvodnily změnu výše daňové povinnosti, nebylo nutné „odklízet“ původní rozhodnutí z 19. 11. 2019.
66. Soud upozorňuje, že právními otázkami, jež jsou sporné mezi žalobkyní a žalovaným, se zabýval NSS zejména v rozsudcích z 20. 6. 2019, čj. 9 Afs 394/2018-33, JP - Work Agency, a z 30. 11. 2022, čj. 6 Afs 391/2021-31, AGRO 2000. Právě závěry těchto rozsudků jsou stěžejní pro posouzení tohoto komplexu žalobních námitek.
67. Předně dle rozsudku AGRO 2000 (k rozsudku JP - Work Agency pak viz bod 72 níže) správce daně musel nejprve vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení (obdobně rozšířený senát NSS v usnesení z 16. 11. 2016, čj. 1 Afs 183/2014-55, č. 3566/2017 Sb. NSS, ALGON PLUS). Správce daně ovšem nemusel doměřit daň výlučně ve vazbě na provedenou daňovou kontrolu a její výsledky. Výzva k podání dodatečného daňového přiznání je operativním nástrojem a v souladu s usnesením ALGON PLUS vytváří prostor pro dobrovolné splnění daňové povinnosti daňovým subjektem. Nevyužije-li daňový subjekt této možnosti, vystavuje se riziku dodatečného stanovení daně dle pomůcek. V opačném případě, nesouhlasí-li daňový subjekt s výzvou dle § 145 odst. 2 daňového řádu, správce daně nemůže stanovit daň dle pomůcek. Na výslovnou nesouhlasnou reakci daňového subjektu je nutné nahlížet jako na dodatečná daňová přiznání v materiálním slova smyslu bez ohledu na nedostatek formy podání. V tomto NSS odkázal na své závěry vyjádřené v rozsudku z 27. 11. 2014, čj. 5 Afs 105/2013-295, přijaté sice ještě za starší právní úpravy, tj. zákona o správě daní a poplatků, avšak i dikce tohoto dřívějšího zákona funkčně odpovídala nynějšímu znění § 145 odst. 2 daňového řádu. Dále NSS v rozsudku AGRO 2000 ukotvil tento svůj dílčí závěr také v kontextu souvisejících rozsudků z 29. 5. 2015, čj. 2 Afs 69/2015-32, nebo z 6. 8. 2015, čj. 9 Afs 66/2015-36, č. 3291/2015 Sb. NSS.
68. V rozsudku AGRO 2000 pak NSS dovodil, že pokud tehdejší daňový subjekt reagoval na výzvu správce daně podáním, v němž uvedl, že dodatečné daňové tvrzení nepodá, projevil nesouhlas s vydanou výzvou a zároveň tím projevil vůli setrvat na svém původním daňovém tvrzení. Tento nesouhlas s podáním dodatečného daňového přiznání je nutné považovat za dodatečné daňové přiznání v materiálním smyslu. I v nyní posuzovaném řízení žalobkyně setrvala na svých daňových tvrzeních. Výslovně uvedla, že „setrvává na svých daňových tvrzeních, které ve zdaňovacím období listopadu 2011 uvedl včetně podaného daňového přiznání a zdanitelných plněních přijatých od společnost AMG group s.r.o.“ (ostatně tuto větu sama citovala v bodě 97 žaloby).
69. Volba konkrétního procesního postupu je věcí správce daně, který zohledňuje konkrétní skutkové okolnosti, specifika jednotlivých postupů a zároveň je povinen v co největší míře šetřit práva daňového subjektu (srov. také rozsudek NSS z 10. 10. 2012, čj. 1 Ans 10/2012-52, č. 2729/2013 Sb. NSS, MPM Invest I, bod 22 a násl.). V tehdy projednávané věci žalovaný vycházel z toho, že na základě zjištění učiněných v předchozích pravomocně ukončených daňových řízeních disponuje dostatkem důkazních prostředků, a tedy existující pochybnosti může odstranit rychle a jednoduše, bez nutnosti provádění rozsáhlého dokazování v rámci daňové kontroly. NSS proto považoval požadované vedení daňové kontroly v rámci doměřovacího řízení za nadbytečné. Žalobkyně se mýlí, pokud s odkazem na odbornou literaturu[8] tvrdila, že správce daně měl formálně zahájit daňovou kontrolu, pokud trvala na správnosti poslední známé daňové povinnosti.
70. Na rozsudek MPM Invest I odkázal NSS i v rozsudku AGRO 2000, ve kterém nakonec shledal, že z obsahu podané kasační stížnosti
je možno dovodit, že stěžovatelka připouští toliko takový výklad § 145 odst. 2 daňového řádu, dle kterého existují pouze následující výkladové možnosti: první z nich spočívá v podání dodatečného daňového přiznání (nikoli však v materiálním smyslu), druhou možnost pak představuje dodatečné doměření daně z moci úřední (tj. podle pomůcek, anebo na základě výsledků provedené daňové kontroly, jejíž zahájení stěžovatelka požadovala). Následování tohoto výkladu, vycházejícího z doslovného gramatického znění zákona, však Nejvyšší správní soud odmítl v již zmiňovaném rozsudku č. j. 6 Afs 323/2018-38. V něm dospěl k závěru, že výsledkem postupu podle § 145 odst. 2 věty druhé daňového řádu může být doměření daně i bez předchozí daňové kontroly, a sice nikoli pouze na základě pomůcek, ale též na základě dokazování (prováděného mimo kontrolní postup), které (je-li možné daň dokazováním stanovit) má před pomůckami přednost. Závěr, že správce daně může v rámci zahájeného doměřovacího řízení stanovit daň dokazováním nejen v rámci daňové kontroly, ale také mimo ni, pak Nejvyšší správní soud potvrdil např. v rozsudku ze dne 20. 6. 2019, č. j. 9 Afs 394/2018-33, v němž současně doplnil, že se tento závěr uplatní nejen v řízení odvolacím, ale také v řízení prvostupňovém. Dovodila-li judikatura Nejvyššího správního soudu, že daňový řád v § 145 odst. 2 povinnost zahájit daňovou kontrolu nestanoví, nelze stěžovatelčin požadavek na zahájení daňové kontroly (dovozovaný z jí tvrzeného legitimního očekávání) považovat za důvodný.
(zvýraznění doplnil soud)
71. Obdobná situace nastala rovněž v nyní posuzované věci. I zde správce daně stanovil daň dokazováním (nikoli na základě pomůcek), aniž zahájil daňovou kontrolu, tedy mimo kontrolní postupy. Daňové orgány shledaly zjištění vyplývající z trestního rozsudku za dostatečná pro rozhodnutí. Stěžejní je zodpovědět otázku, zda tím, že správce daně před doměřením DPH nezahájil daňovou kontrolu, nepřišla žalobkyně o svá procesní práva (podrobněji např. rozsudek Krajského soudu v Brně z 15. 11. 2023, čj. 30 Af 72/2021-117, bod 33, či rozsudek Městského soudu v Praze z 27. 4. 2023, čj. 5 Af 19/2020-47, bod 37 a násl., který obstál v přezkumu NSS; k tomu viz rozsudek z 21. 3. 2024, čj. 4 Afs 168/2023-33).
72. Soud totiž neopomněl, že rozsudek JP - Work Agency, bod 11 a násl., sice obligatorně nespojuje negativní odpověď na výzvu dle § 145 odst. 2 daňového řádu s povinností zahájit daňovou kontrolu, avšak v tom případě musí správce daně zachovat všechna procesní práva daňového subjektu. Současně zjištění či důkazy získané mimo daňovou kontrolu by měly být takového charakteru, že naznačují izolované pochybení daňového subjektu a ve věci není třeba rozsáhlého a komplexního dokazování. I pokud se daňové orgány domnívaly, že měly dostatek podkladů pro stanovení daně dokazováním, dokazování při správě daní podléhá určitým pravidlům a nemůže proběhnout zcela bez skutečné účasti daňového subjektu. Je-li totiž stanovení daně dokazováním mimo daňovou kontrolu vedeno úmyslem šetřit práva daňového subjektu zvolením méně „invazivního“ postupu, nesmí to znamenat, že tímto postupem zároveň dojde ke snížení ochrany jeho procesních práv. Dokazování při stanovení daně mimo daňovou kontrolu bude vždy podléhat základním zásadám a obecným ustanovením o dokazování v daňovém řízení. Daňový řád zároveň neobsahuje konkrétní úpravu postupu před vydáním rozhodnutí o stanovení daně dokazováním mimo daňovou kontrolu. V takovém případě je nutné hledat vodítko v ustanoveních vztahujících se k ukončení jiných postupů, zejména k ukončení daňové kontroly (§ 88 odst. 2 daňového řádu), dokazování v rámci odvolacího řízení (§ 115 odst. 2 daňového řádu) či postupu k odstranění pochybností (§ 89 odst. 2 a § 90 odst. 2 daňového řádu). Všechny výše zmíněné postupy mají společného jmenovatele v tom, že daňovému subjektu je nejen umožněno navrhovat důkazy, neboť břemeno důkazní leží podle § 92 odst. 3 daňového řádu zčásti na něm, ale zejména seznámit se, a to ještě před vydáním rozhodnutí, se zjištěnými skutečnostmi a důkazy, které je prokazují, k výsledkům dokazování se vyjádřit, a případně také navrhnout provedení dalších důkazů. Ačkoliv je tedy správce daně při stanovení daně dokazováním mimo daňovou kontrolu oproštěn od nutnosti vyhotovit zprávu o daňové kontrole a seznámit s ní daňový subjekt, je nutné trvat na tom, aby daňovému subjektu umožnil alespoň plnou účast u dokazování vč. možnosti vyjádřit se k jeho výsledkům ještě před vydáním rozhodnutí ve věci samé. Zároveň toto procesní právo nemůže zůstat jen v ryze teoretické rovině. Daňovému subjektu musí realizace procesních práv otevřít praktický prostor k zvrácení či změně výsledků dosavadního řízení.
73. V nynější věci daňové orgány s žalobkyní mimo formálně zahájenou a vedenou daňovou kontrolu komunikovaly, seznámily ji se zjištěnými skutečnostmi a důkazy, zároveň ji žalovaný vyzval k uplatnění práva vyjádřit se ke skutečnostem zjištěným v rámci odvolacího řízení. Zdá se, že daňové orgány se do jisté míry chovaly tak, jako by vedly daňovou kontrolu. Na první pohled se může jevit, že dostály obecně formulovaným východiskům pro dokazování mimo daňovou kontrolu.
74. Soud ovšem zjistil, že žalovaný sice zachovával určitá procesní práva žalobkyně, avšak – v důsledku svého nesprávného pohledu na závaznost trestního rozsudku ve věci jednatelů žalobkyně – žalobkyni nezajistil účinnou ochranu jejích procesních práv a neumožnil jí materiálně bránit se proti zjištěním orgánů činných v trestním řízení dotýkajících se sice skutkově souvisejících jednání, avšak od ní odlišných osob (podrobněji viz část III.C. níže; zejména bod 81 a dále).
III.C. Závaznost trestních rozhodnutí ve věci jednatelů žalobkyně
75. Klíčem k doměření DPH byl pravomocný trestní rozsudek ve věci jednatelů žalobkyně. Žalovaný stavěl napadené rozhodnutí na vázanosti závěry tohoto rozsudku v souladu s § 99 odst. 1 daňového řádu. Dle tohoto ustanovení vyskytne-li se v řízení otázka,
o které již pravomocně rozhodl příslušný orgán veřejné moci, je správce daně takovým rozhodnutím vázán. Ostatní otázky, o nichž přísluší rozhodnout jinému orgánu veřejné moci, může správce daně posoudit sám. Může také dát podnět příslušnému orgánu veřejné moci k zahájení řízení nebo vyzvat daňový subjekt, popřípadě jinou osobu zúčastněnou na správě daní, aby podala žádost o zahájení řízení před příslušným orgánem veřejné moci ve lhůtě, kterou správce daně určí.
76. Soud připomíná, že také § 52 odst. 2 s. ř. s. stanoví, že soud je vázán rozhodnutím soudů o tom, že byl spáchán trestný čin a kdo jej spáchal. Ústavní soud v nálezu I. ÚS 2445/25, který se týkal daňových povinností žalobkyně v jiných zdaňovacích obdobích, řešil otázku, zda soud, který posuzuje daňovou povinnost právnické osoby, zavazuje trestní rozsudek ve věci jednatelů právnické osoby. Ústavní soud uzavřel, že tomu tak není. Soud míní, že závěry stran nálezu I. ÚS 2445/25 ohledně vázanosti trestním rozsudkem v soudním řízení (§ 52 odst. 2 s. ř. s.) je nutno plně vztáhnout i na závaznost trestního rozsudku v daňovém řízení (§ 99 odst. 1 daňového řádu).
77. Dle Ústavního soudu jednatel právnické osoby v trestním řízení vždy primárně chrání jeho vlastní práva a procesní postavení, a nikoli práva a postavení právnické osoby. Právo ostatně předpokládá, že v případě společného trestního stíhání jednatele a společnosti, za kterou jedná, je jednatel z možnosti jednat za právnickou osobu vyloučen právě kvůli riziku střetu zájmů. Pokud by zájmy jednatele a společnosti mohly být v rozporu již v případě současného stíhání, tím spíše nelze předpokládat jejich jednotu, stíhají-li orgány činné v trestním řízení pouze fyzickou osobu.
78. Dle nálezu I. ÚS 2445/25 společnost (nynější žalobkyně) neměla v trestním řízení zachována procesní práva jen proto, že orgány činné v trestním řízení stíhaly její jednatele. V trestním řízení mohli svá (vlastní) práva hájit jen jednatelé žalobkyně. Jelikož se žalobkyně trestního řízení vůbec neúčastnila, nebyla v něm ani slyšena, neměla právo vyjádřit se k veškerým důkazům, navrhovat vlastní důkazy a ovlivnit zjištění skutkového stavu. Pokud správní soudy považovaly závěry trestního rozsudku za závazné podle § 52 odst. 2 s. ř. s., zbavily tím žalobkyni možnosti reálně ovlivnit posouzení skutkových otázek v jejím vlastním (daňovém) řízení. Tím porušily čl. 38 odst. 2 Listiny.
79. Žalobkyně zdůraznila, že závěry nálezu I. ÚS 2445/25 dopadají i na nyní posuzované řízení (byť mělo odlišný osud a týká se jiných zdaňovacích období). Žalovaný s odkazem na vázanost trestním rozsudkem rezignoval na vlastní dokazování, odmítl důkazní návrhy žalobkyně a nepřihlížel k důkazům založeným ve správním spise. Řádně se nevymezil ani proti závěrům jeho dřívějších rozhodnutí v této věci z 19. 11. 2019, jimiž na podkladě důkazů (vč. těch z trestního řízení) nárok žalobkyně na odpočet dříve uznal. Rozsah vad brání jejich nápravě v řízení před soudem, protože by soud musel provést kompletní dokazování namísto správního orgánu. S tím nesouhlasil žalovaný. Žalobkyni umožnil přiměřeně reagovat na skutečnosti vyplývající z trestního rozsudku. Dostatečně chránil její procesní práva.
80. Soud vycházel z nálezu I. ÚS 2445/25. Shledal, že žalovaný pochybil, pokud vystavěl odůvodnění napadeného rozhodnutí toliko na závěrech trestního rozsudku, kterým se cítil být vázán (§ 99 odst. 1 daňového řádu). Ústavní soud uvedl, že s ohledem na odlišnost subjektů a s tím spojenou nemožnost právnické osoby uplatnit svá vlastní procesní práva v trestním řízení nemohou soudy (a potažmo i daňové orgány v daňovém řízení) hledět na trestní rozsudek ve věci jednatelů společnosti jako na závazný podklad ve věci společnosti (ve smyslu § 52 odst. 2 s. ř. s.).
orgány činné v trestním řízení bez důvodných pochybností prokázaly, že jednatelé odvolatele jménem odvolatele uplatnili odpočty DPH v příslušných zdaňovacích obdobích neoprávněně, přičemž mají za prokázané, že popsané jednání, které vyústilo v neoprávněné čerpání nároku na odpočet DPH, bylo úmyslné. Od uvedených závěrů soudu se poté odvolací orgán vzhledem k vázanosti závěry vyslovenými v trestním rozsudku odchýlit nemůže.
82. S odkazem na vázanost trestním rozsudkem žalovaný považoval další dokazování za zbytečné a jako zbytečné označil i to, že správce daně prováděl jiné důkazy než trestní rozsudek. To zřetelně vyplývá z bodu 28 napadeného rozhodnutí, v kterém žalovaný uvedl, že
o skutečnosti, že odvolatel v příslušných zdaňovacích obdobích uplatnil nárok na odpočet DPH z plnění přijatých od společnosti AMG neoprávněně, bylo již pravomocně rozhodnuto v trestním řízení, přičemž pravomocný trestní rozsudek je dostatečným důkazem pro stanovení daně odvolateli v nyní vedeném daňovém řízení. Dokazování provedené prvostupňovým správcem daně bylo tudíž nadbytečné, neboť prvostupňový správce daně měl primárně vycházet pouze ze závěrů plynoucích z výroku pravomocného trestního rozsudku a na základě těchto závěrů stanovit odvolateli daň za daná zdaňovací období. S ohledem na uvedené odvolací orgán k dokazování provedenému prvostupňovým správcem daně nepřihlížel a provedenými důkazy se věcně nezabýval. Ze shodného důvodu odvolací orgán nehodnotil ani důkazní prostředky předložené odvolatelem v rámci odvolání, neboť toto by bylo v dané věci rovněž nadbytečné.
(zvýraznění doplnil soud)
83. Skutečnost, že dle žalovaného nebylo potřeba provádět další dokazování, vyplývá i z bodu 37 napadeného rozhodnutí. V něm žalovaný uvedl, že
prvostupňový správce daně v dané věci disponoval po vydání výzev k podání dodatečných daňových přiznání dostatečným důkazem pro stanovení daně dokazováním. Tímto důkazem byl pravomocný trestní rozsudek, z jehož výroku je zřejmé, že nárok na odpočet daně za příslušná zdaňovací období byl uplatněn neoprávněně, kdy jednatelé odvolatele jednající jménem odvolatele byli pravomocně odsouzeni za daňový trestný čin spočívající ve shodném jednání, které bylo za daná zdaňovací období předmětem daňového řízení u odvolatele ve vztahu k uplatněnému nároku na odpočet DPH z přijatých plnění od společnosti AMG. V dané věci tudíž nebylo třeba vést další dokazování a daň bylo možné stanovit pouze na základě trestního rozsudku.
(zvýraznění doplnil soud)
84. Ve světle závěrů nálezu I. ÚS 2445/25 tedy žalovaný pochybil. Obecným odkazem na vázanost trestním rozsudkem nemohl rezignovat na posouzení odvolacích námitek žalobkyně, jejích důkazních návrhů, a také neměl označit za nadbytečné dokazování, jež v prvním stupni provedl správce daně. Trestní rozsudek ve věci jednatelů nynější žalobkyně není ani ve spojitosti s na něj navazujícími trestními rozhodnutími žádnou korunou důkazů. Nejde o privilegovaný důkazní prostředek, který by sám o sobě „válcoval“ zbylé důkazní prostředky či vylučoval potřebu dalšího dokazování (např. důkazních návrhů žalobkyně).
85. Není pravdou ani to, že žalovaný umožnil v daňovém řízení žalobkyni dostatečně hájit její práva (vyjádření žalovaného z 22. 1. 2026). V seznámení s podklady z 25. 4. 2023 žalovaný sice skutečně žalobkyni informoval o tom, že hodlá vycházet ze závěrů trestních rozhodnutí ve věci jednatelů žalobkyně, a umožnil jí se k této skutečnosti vyjádřit. Když však žalobkyně na toto seznámení věcně reagovala písemností z 25. 4. 2023, ve skutečnosti na její námitky a návrhy na provedení důkazů nereagoval, respektive je nevypořádal jinak než odkazem na trestní rozsudek. To ostatně potvrzují výše uvedené citace z napadeného rozhodnutí.
86. Žalovaný umožnil žalobkyni, aby hájila svá práva, toliko formálně. Materiálně tak neučinil a tím postupoval v rozporu se závěry vyslovenými v opakovaně připomínaném nálezu Ústavního soudu. Žalovaný měl nejenže umožnit žalobkyni podat námitky (formální stránka uplatnění práva), ale především byl povinen s jí vznesenými výtkami zacházet způsobem odpovídajícím tomu, že tyto mohly myslitelně ovlivnit průběh řízení. Závěry Ústavního soudu nemohou být vyloženy v kontextu nyní posuzované věci jiným způsobem, než že daňové orgány byly povinny se žalobkyní vznesenými výtkami věcně zabývat (materiální složka uplatnění práva). Jedině v tom případě mohl žalovaný zachovat dostatečný a přiměřeně efektivní prostor k ochraně procesních práv žalobkyně. Žalovaný ovšem takto nepostupoval.
88. Tento dílčí postřeh žalovaného není opodstatněný. Shora nastíněná argumentace žalovaného představuje nové doposud neznámé odůvodnění napadeného rozhodnutí, na které žalobkyně nemohla reagovat v průběhu daňového řízení. Jinými slovy žalovaný postavil své rozhodnutí na vázanosti trestním rozsudkem, a teprve když pod vlivem nálezu I. ÚS 2445/25 zjistil, že jeho závěry nejsou udržitelné, změnil, resp. obohatil odůvodnění napadeného rozhodnutí až v řízení před soudem tím, že jeho rozhodnutí v jiné věci žalobkyně je obdobně závazné jako trestní rozsudek ve věci jednatelů žalobkyně, z něhož původně vycházel. Takový postup nelze akceptovat. Žalovaný upřel žalobkyni právo vyjádřit se k jeho postupu a k důvodům, na kterých vystavěl napadené rozhodnutí přímo v daňovém řízení.
89. Uvedené pochybení je o to závažnější v kontextu další žalobkyní trefně připomínané okolnosti. Žalobkyně totiž v průběhu soudního řízení opakovaně poukazovala, že daňové orgány již vydaly v jejích věcech vícero rozhodnutí, nejen tedy rozhodnutí z 2. 10. 2020. Rozhodnutí z 19. 11. 2019 se týkala stejných zdaňovacích rozhodnutí jako v nyní posuzovaném případě. Žalobkyně přitom ještě v průběhu daňového řízení v nyní posuzovaném případě namítala, že již v řízení, z nichž vzešla rozhodnutí z 19. 11 2019, žalovaný vycházel ze stejných důkazů (zahrnujících i důkazy z trestního řízení proti jednatelům žalobkyně) jako v nyní posuzovaném případě. Tuto námitku v bodě 44 napadeného rozhodnutí vypořádal žalovaný tak, že
pro posouzení dané věci je závazný pravomocný trestní rozsudek, neboť jestliže je pravomocným rozhodnutím soudu v trestním řízení rozhodnuto o tom, že se určitá osoba dopustila trestného činu, který spočívá ve skutku, který je zároveň podstatný pro rozhodnutí v daňovém řízení, je takový závěr pro správce daně závazný.
90. Jinými slovy i tuto dílčí námitku žalovaný vypořádal pouze univerzálním a všepohlcujícím odkazem na závaznost trestního rozsudku. Kromě toho neuvedl ničeho, v čem by se lišily důkazy shromážděné a hodnocené v řízení, z nichž vzešla rozhodnutí z 19. 11. 2019, oproti důkazům, jež byly předloženy a měly být hodnoceny v nynějším řízení. Jak soud vysvětlil, tento závěr neobstojí ve světle nálezu I. ÚS 2445/25. Žalovaný nyní nemůže správnost napadeného rozhodnutí obhájit tím, že odkáže na jím zjištěný skutkový stav z rozhodnutí z 2. 10. 2020 (event. v na něj navazujícím soudním řízení 10 Af 38/2020), když tento závěr nevyjevil v průběhu v daňového řízení a kdy sám v rozhodnutích z roku 2019 na podkladě přinejmenším dílem shodných důkazů posoudil rozhodné skutkové a navazující právní otázky opačně. Odhlédneme-li od závěrů, které vyvrátil nález I. ÚS 2445/25, žalovaný v napadeném rozhodnutí řádně nevysvětlil, proč by měl navázat na zjištění a závěry jeho rozhodnutí z 2. 10. 2020, a nikoli na rozhodnutí z 19. 11. 2019. Zvláště za situace, v níž se všechna shora odkazovaná rozhodnutí zabývají stejnými skutkovými otázkami jako nyní přezkoumávané rozhodnutí, bylo na místě podrobně pracovat s důkazními prostředky, zjištěními a závěry ve všech předcházejících řízeních. Soud netvrdí, že žalovaný nemohl upřednostnit závěry z rozhodnutí z 2. 10. 2020, byť se týkalo jiných zdaňovacích období. Pokud tak učinil, měl to však jednoznačně a přezkoumatelně uvést v napadeném rozhodnutí. Přitom se měl – s ohledem na závěry nálezu I. ÚS 2445/25 – jednoznačně skutkově vymezit proti svým předcházejícím závěrům, které učinil v rozhodnutích z 19. 11. 2019 a přezkoumatelným způsobem vyložit důvody, jimiž byl v této souvislosti veden. Nadto soud podotýká, že Ústavní soud zásadně v rámci své činnosti posuzuje soulad rozhodování soudní moci s ústavností. Pouze zcela výjimečně ruší i rozhodnutí výkonné moci. Z toho, že nálezem I. ÚS 2445/25 zrušil pouze rozsudky 2 Afs 22/2024 a 10 Af 38/2020, nelze dovozovat, že jim předcházející rozhodnutí žalovaného z 2. 10. 2020 v jeho přezkumu obstálo. Ústavní soud z jím vymezených hledisek hodnotil toliko správnost východisek soudního přezkumu, nikoliv zákonnost rozhodnutí žalovaného z 2. 10. 2020.
91. Soud v žádném případě nemůže suplovat úlohu daňových orgánů v tom smyslu, jak žalovaný navrhl ve vyjádření z 22. 1. 2026, tedy aby teprve v soudním řízení umožnil žalobkyni vznést skutkové a právní argumenty, předložit důkazní návrhy a aby v návaznosti na její případné důkazní návrhy „otevřel“, přesněji řečeno sám provedl dokazování za účelem zjištění skutkového stavu věci. Žalovaný zjevně pominul, že těžiště „dokazování ohledně stanovení výše výsledné daně se nachází v daňovém řízení, v němž primárně leží důkazní břemeno na daňovém subjektu“ (rozsudek NSS z 25. 3. 2021, čj. 6 Afs 223/2020‑28, bod 18, srov. také rozsudek NSS z 21. 3. 2018, čj. 1 Afs 427/2017-48, FILÁK, bod 28 a dále). Přitom nezávisí na tom, zda o nové dokazování usiluje daňový subjekt nebo daňový orgán, neřkuli z jakých důvodů tak činí. Oba totiž mají splnit své povinnosti již v daňovém řízení. Eventuální dokazování v soudním řízení pak slouží toliko k ověření dílčích informací, ověření, co z toho kterého důkazu vyplývá, pokud na tom není mezi stranami shoda, apod. Bylo by v rozporu se zásadou subsidiarity správního soudnictví, pokud by soud zcela nahrazoval chybějící bloky důkazů či masivně doplňoval dokazování ohledně významných skutkových okolností, jež měly být zjištěny a hodnoceny ve správním, v tomto případě daňovém řízení, v němž jednu, druhou či obě strany (jako tomu bylo v tomto případě) tížilo důkazní břemeno. Takový postup by v konečném důsledku kromě jiného proměnil přezkumné řízení u soudu v nalézací řízení, což by vedlo k tolik nevítanému přesunu výkonných pravomocí na soudní moc.
92. Lapidárně řečeno, soud v řízení o žalobě posuzuje zejména otázku, zda daňový subjekt na jedné straně a na straně druhé daňové orgány unesly v předcházejícím řízení svá důkazní břemena, případně zda daňový subjekt měl dostatek prostoru k tomu, aby své břemeno mohl unést. Pokud správní soud zjistil, že tomu tak nebylo (zde žalovaný vycházel pouze z jediného důkazu, jehož závaznost popřel Ústavní soud), tento nedostatek nelze z podstaty věci zhojit „doplněním“ dokazování v soudním řízení. Dokazováním před soudem nelze zpětně změnit to, že v daňovém řízení některý z účastníků neunesl své daňové břemeno (obdobně např. rozsudek NSS z 26. 2. 2026, čj. 22 Afs 258/2025-73, CITY POINT CZ, bod 35). Na tom nic nemění poukaz žalovaného, že do konce lhůty, v níž je možné doměřit DPH, zbývá již jen krátký časový úsek. Tato okolnost nastala v důsledku jeho pochybení. Soud k ní nyní nemůže přihlížet a v soudním řízení sanovat pochybení daňových orgánů. Tím by zcela popřel roli, jež mu z § 2 s. ř. s. vyplývá.
IV. Závěr a náklady řízení
93. Soud shledal žalobu důvodnou a napadené rozhodnutí zrušil podle § 76 odst. 1 písm. a) a b) s. ř. s. Věc dle § 78 odst. 4 s. ř. s. vrátil žalovanému k dalšímu řízení (výrok I). Právním názorem, který vyslovil soud ve zrušujícím rozsudku, je žalovaný v dalším řízení vázán (§ 78 odst. 5 s. ř. s.). S ohledem na závěry Ústavního soudu nemůžou daňové orgány považovat trestní rozsudky za závazné ve smyslu § 99 odst. 1 daňového řádu. V dalším řízení k nim mohou přihlížet pouze jako k jiným listinným důkazům, jejichž váhu musí bedlivě srovnávat s žalobkyní tvrzeným skutkovým stavem a s jí předloženými důkazními prostředky. Žalovaný také bude muset – s ohledem na závěry nálezu I. ÚS 2445/25 – řádně vypořádat veškeré související námitky žalobkyně. Pokud žalovaný nezahájí daňovou kontrolu, v doměřovacím řízení zachová procesní práva žalobkyně v ekvivalentní úrovni, jaké by jí náležely během daňové kontroly, a to nejen formálně, ale i z materiálního pohledu.
94. Výrok II vychází z § 60 odst. 1 s. ř. s. Žalobkyně měla ve věci úspěch, proto jí přísluší právo na náhradu nákladů v řízení. Náklady řízení představují jednak částku 3 000 Kč za soudní poplatek, jednak náklady zastoupení. Zástupci náleží mimosmluvní odměna za tři úkony (převzetí právního zastoupení, podání žaloby a návrh na přerušení řízení z 26. 11. 2024) po 3 100 Kč dle § 7, § 9 odst. 4 písm. d) a § 11 odst. 1 písm. a) a d) vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif) ve znění účinném do 31. 12. 2024, a čtyři úkony (vyjádření z 16. 7. 2025, z 18. 12. 2025, z 5. 2. 2026 a jednání před soudem) po 10 300 Kč dle § 7, § 10b odst. 5 písm. b) a § 11 odst. 1 písm. d) a g) advokátního tarifu v nyní účinném znění. Dále žalobkyni přísluší náhrada hotových výdajů jejího zástupce ve výši 3 x 300 Kč dle § 13 odst. 4 advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024 a 4 x 450 Kč dle § 13 odst. 4 advokátního tarifu v nyní účinném znění. Náhrada ani odměna nenáleží za jednoduchá (stručná) procesní sdělení z 20. 12. 2023 a z 2. 1. 2024; tyto zástupce žalobkyně ostatně ani neúčtoval. Zástupce žalobkyně je plátcem DPH. Proto se jeho odměna zvyšuje o částku odpovídající této dani. Celkem tedy žalobkyni na náhradě nákladů řízení náleží částka ve výši 67 372 Kč, kterou jí žalovaný zaplatí v přiměřené lhůtě.
Poučení:
Proti tomuto rozhodnutí lze podat kasační stížnost ve lhůtě dvou týdnů ode dne jeho doručení. Kasační stížnost se podává ve dvou (více) vyhotoveních u NSS, se sídlem Moravské náměstí 6, Brno. O kasační stížnosti rozhoduje NSS.
Lhůta pro podání kasační stížnosti končí uplynutím dne, který se svým označením shoduje se dnem, který určil počátek lhůty (den doručení rozhodnutí). Připadne-li poslední den lhůty na sobotu, neděli nebo svátek, je posledním dnem lhůty nejblíže následující pracovní den. Zmeškání lhůty k podání kasační stížnosti nelze prominout.
Kasační stížnost lze podat pouze z důvodů uvedených v § 103 odst. 1 s. ř. s. a kromě obecných náležitostí podání musí obsahovat označení rozhodnutí, proti němuž směřuje, v jakém rozsahu a z jakých důvodů jej stěžovatel napadá, a údaj o tom, kdy mu bylo rozhodnutí doručeno.
V řízení o kasační stížnosti musí být stěžovatel zastoupen advokátem; to neplatí, má-li stěžovatel, jeho zaměstnanec nebo člen, který za něj jedná nebo jej zastupuje, vysokoškolské právnické vzdělání, které je podle zvláštních zákonů vyžadováno pro výkon advokacie.
Soudní poplatek za kasační stížnost vybírá NSS. Variabilní symbol pro zaplacení soudního poplatku na účet NSS lze získat na jeho internetových stránkách: www.nssoud.cz.
Nesplní-li povinný (žalovaný) dobrovolně, co mu ukládá výrok II vykonatelného rozhodnutí, může oprávněná (žalobkyně) podat návrh na soudní výkon rozhodnutí.
Praha 13. dubna 2026
Martin Lachmann v. r.
předseda senátu
Shodu s prvopisem potvrzuje K. Š.
[1] Sněmovní tisk č. 252/0, 7. volební období 2013 - 2017, digitální repozitář, www.psp.cz; důvodová zpráva k novele č. 267/2014 Sb.
[2] Baxa, J. a kol. Daňový řád. Komentář. Praha: Wolters Kluwer, 2011 (komentář autorského kolektivu kolem JUDr. Baxy).
[3] Sněmovní tisk č. 784/0, 9. volební období, od 2021, digitální repozitář, www.psp.cz; viz k části osmdesáté třetí – změna daňového řádu, k čl. XCIII, k bodu 28.
[4] Usnesením z 23. 5. 2025, sp. zn. II. ÚS 1126/25, Ústavní soud odmítl pro zjevnou neopodstatněnost ústavní stížnost proti rozsudku 9 Afs 139/2024. Ve vztahu k aplikaci § 148 odst. 6 daňového řádu uvedl, že s právními závěry přijatými v napadeném rozsudku souhlasí a odkazuje na ně.
[5] Fenyk J., Smejkal L., Bílá I. Zákon o trestní odpovědnosti právnických osob a řízení proti nim. Komentář. Wolters Kluwer: Praha. 2021.
[6] komentář autorského kolektivu kolem JUDr. Baxy a dále pak i Kobík, J., Kohoutková, A. Daňový řád s komentářem. Olomouc: ANAG. 2010.
[7] Viz rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové z 10. 8. 2022, čj. 31 Af 35/2021-54, a rozsudek NSS z 20. 6. 2019, čj. 9 Afs 394/2018-33, JP - Work Agency.
[8] Lichnovský, O., Ondrýsek, R. a kol. Daňový řád. 4. vydání. Praha: C. H. Beck, 2021.