[OBRÁZEK]

ČESKÁ REPUBLIKA

R O Z S U D E K

J M É N E M   R E P U B L I K Y

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně JUDr. Lenky Matyášové a soudců JUDr. Jakuba Camrdy a JUDr. Viktora Kučery v právní věci žalobkyně: Zemědělské zásobování a nákup Strakonice, a.s., se sídlem č. p. 83, Radošovice, zast. JUDr. Ing. Ondřejem Lichnovským, advokátem, se sídlem Palackého 151/10, Prostějov, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Českých Budějovicích ze dne 9. 4. 2025, č. j. 61 Af 9/2023‑71,

takto:

Rozsudek Krajského soudu v Českých Budějovicích ze dne 9. 4. 2025, č. j. 61 Af 9/2023‑71, se zrušuje a věc se vrací tomuto soudu k dalšímu řízení.

Odůvodnění:

[1]               Kasační stížností se žalobkyně (dále jen „stěžovatelka“) domáhá zrušení shora označeného rozsudku krajského soudu, kterým byla zamítnuta její žaloba proti rozhodnutí žalovaného ze dne 21. 8. 2023, č. j. 27266/23/5200‑11433‑713076 (dále jen „rozhodnutí žalovaného“), ve věci daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2016.

[2]               Dne 14. 10. 2019 zahájil Finanční úřad pro Jihočeský kraj (dále jen „správce daně“) u stěžovatelky za zdaňovací období roku 2016 daňovou kontrolu na daň z příjmů právnických osob; v jejím průběhu správci daně vznikla pochybnost ohledně uplatněného nároku na odpočet na podporu výzkumu a vývoje podle § 34 odst. 4, § 34a, § 34b a § 34c zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění účinném pro rozhodnou dobu (dále jen „zákon o daních z příjmů“).

[3]               Stěžovatelka uplatnila v roce 2016 odčitatelnou položku od základu daně z příjmů právnických osob na podporu výzkumu a vývoje ve výši 7 379 079 Kč, a to v souvislosti s projektem nazvaným „Krmné směsi pro skot bez geneticky modifikovaných surovin.“ Cílem tohoto projektu byl vývoj receptury krmiva a technologického postupu, který zajistí, aby při výrobě krmné směsi nedošlo ke kontaminaci geneticky modifikovanými organismy (dále jen „GMO“). Dle správce daně stěžovatelka neprokázala především to, že fakticky realizovala způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu tak, jak si stanovila v projektu výzkumu a vývoje, přičemž předložená dokumentace nedokládá průběh vlastního vývojového procesu a nelze z ní určit, jak proces tvorby nového technologického postupu a souvisejících kontrolních a technologických kroků probíhal; dále správce daně konstatoval, že stěžovatelka nevedla průkazně jednotlivé evidence, neprokázala, že náklady na prováděné testy souvisejí s projektem výzkumu a vývoje a rovněž nevedla oddělenou evidenci dle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů.

[4]               Dodatečným platebním výměrem ze dne 30. 11. 2021, č. j. 2185995/21/ 2211‑50522‑307699, správce daně stěžovatelce doměřil daň z příjmů právnických osob vyšší o částku 1 412 650 Kč a stanovil jí zároveň povinnost uhradit penále ve výši 282 530 Kč. Žalovaný odvolání stěžovatelky zamítl a dodatečný platební výměr potvrdil.

[5]               V obsáhlé žalobě stěžovatelka tvrdila, že již v odvolání namítala nesprávné posouzení otázky, zda činnosti realizované v rámci projektu výzkumu a vývoje splňují definiční znaky výzkumu a vývoje, tedy přítomnost ocenitelného prvku novosti a odstraňování technické nejistoty. Ačkoliv podle žalovaného správce daně vyjádřil pochybnosti o přítomnosti ocenitelného prvku novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty, tyto pochybnosti nebyly důvodem pro zamítnutí odpočtu; z tohoto důvodu nepovažoval za nutné ustanovit znalce. Tato argumentace je dle stěžovatelky účelová. Podle stěžovatelky ze zprávy o daňové kontrole vyplývá, že správce daně zpochybnil, zda projekt lze podřadit pod činnost výzkumu a vývoje. Konkrétně odmítl zahrnutí opatření proti kontaminaci při skladování a logistických procesech mezi ocenitelné prvky novosti, neboť podle něj oddělené skladování musela stěžovatelka řešit již před realizací projektu. Správce daně rovněž nepovažoval za ocenitelný prvek novosti vývoj receptur pro výrobu krmných směsí bez GMO, protože stěžovatelka již před projektem vyráběla různé krmné směsi a tvorbu receptur měla podle jeho názoru vyřešenou. Podle správce daně došlo pouze k náhradě geneticky modifikovaného sójového šrotu za nemodifikovaný, což považoval za standardní úpravu výrobního procesu. Zpráva o kontrole pak poukazuje na to, že získání certifikace produktu nemusí nutně znamenat, že projekt splňuje podmínky výzkumu a vývoje.

[6]               Stěžovatelka naopak zdůrazňuje, že v rámci projektu bylo nutné nalézt výrobní technologie a nastavit logistické procesy tak, aby se zabránilo kontaminaci krmných směsí GMO; nalezení tohoto nového postupu je ocenitelným prvkem novosti. Původní postup výroby krmných směsí totiž neřešil úplné odstranění kontaminace. Stěžovatelka dále vyzdvihla celou řadu činností, které v rámci realizace projektu musela provést. Dále zdůraznila, že v průběhu projektu bylo prováděno testování a vyhodnocování jednotlivých surovin a jejich vlastností, což potvrzují doložené laboratorní rozbory. Kromě toho stěžovatelka připomněla, že předložila novou recepturu krmné směsi, záznamy z porad vývojového týmu, finanční a technickou zprávu k projektu a certifikaci potvrzující absenci GMO v konečném produktu.

[7]               Stěžovatelka odmítla tvrzení žalovaného, že správce daně nevyvozoval žádné závěry ohledně materiální stránky projektu, když zpráva o daňové kontrole naopak obsahuje konkrétní argumentaci k této otázce. Zpochybnění přítomnosti ocenitelného prvku novosti a vyjasnění technické nejistoty tedy bylo jedním z důvodů doměření daně. Za účelem posouzení této odborné otázky měl žalovaný ustanovit znalce.

[8]               Stěžovatelka dále uplatnila námitky ke způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků. Nesouhlasí přitom s žalovaným, že nebylo prokázáno konání pravidelných porad v každé etapě projektu. Skutečnost, že nebyla zajištěna úplná shoda mezi plánovanými a skutečně provedenými kontrolami podle stěžovatelky nepředstavuje zákonný důvod pro odepření odpočtu. Správce daně obdržel čtyři zápisy z porad řešitelského týmu, které shrnují průběh jednotlivých etap projektu; podle stěžovatelky zákon o daních z příjmů nestanoví žádné konkrétní požadavky na četnost a metodu kontrol, a proto nelze hodnotit jejich formu jako nedostatečnou.

[9]               Podle stěžovatelky bylo prokázáno, že kontroly a hodnocení projektu výzkumu a vývoje skutečně probíhaly. V této souvislosti odkázala na jednotlivé důkazní prostředky, které mají tuto činnost prokázat. Nesrovnalosti v evidenci odpracované doby odmítla.

[10]            Stěžovatelka poznamenala, že žalovaný fakticky hodnotil věcnou stránku projektu, tj. samotnou vývojovou činnost, když se zaměřil na průběh vývojového procesu, pro který je stěžejní odstraňování technické nejistoty a hledání ocenitelného prvku novosti. Samotnou vývojovou činnost přitom označil za irelevantní. V této souvislosti stěžovatelka namítla, že posouzení vývojové činnosti lze pouze na základě komplexního hodnocení důkazů, kdy budou všechny provedené důkazy hodnoceny ve vzájemných souvislostech, jak vyžaduje § 92 odst. 7 a § 8 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění účinném pro rozhodnou dobu (dále jen „daňový řád“).

[11]            Rozhodnutí žalovaného je dle stěžovatelky rovněž vnitřně rozporné. V této souvislosti poznamenala, že podle žalovaného stěžovatelka na jednu stranu neprokázala návaznost doložených důkazů na výzkumnou a vývojovou činnost, současně jí však vyčítá, že nevedla řádnou evidenci nákladů na výzkum a vývoj. Stěžovatelka je toho názoru, že pokud žalovaný hodnotí evidenci nákladů na výzkum a vývoj, implicitně tím uznává, že byl doložen kompletní průběh realizace projektu, včetně kontrol a hodnocení a že vývojová činnost byla skutečně realizována.

[12]            Dále stěžovatelka namítla, že závěry žalovaného o nesplnění podmínek evidence nákladů na výzkum a vývoj jsou nesprávné. Podrobně pak rozvedla svou argumentaci ve vztahu k osobním nákladům, nákladům na materiál a nákladům na certifikaci.

[13]            Podle stěžovatelky je rozhodnutí žalovaného nezákonné též z toho důvodu, že žalovaný nedostatečně zjistil skutkový stav věci potřebný pro rozhodnutí, čímž porušil § 92 odst. 2 daňového řádu. V této souvislosti znovu zmínila, že nastolené otázky, jakož i jí dokládané důkazní prostředky, byly odborné povahy, což si vyžaduje znalecké posouzení. To však daňové orgány odmítly. Stěžovatelka se domáhala ústního jednání a místního šetření, to však bylo ze strany správce daně rovněž odmítnuto.  

[14]            Krajský soud žalobu neshledal důvodnou a výše nadepsaným rozsudkem ji zamítl. Již v úvodu soud poznamenal, že prokázání uskutečnění kontroly a hodnocení probíhající výzkumné a vývojové činnosti spadá pod otázku splnění formálních podmínek pro uplatnění daňového odpočtu; dle krajského soudu byly stěžovatelkou předložené podklady obecné a nedostačující. Z tohoto důvodu nebylo nutné věcné hodnocení samotného projektu, a tedy ani ustanovení znalce.

[15]            Námitce nepřezkoumatelnosti rozhodnutí žalovaného krajský soud nepřisvědčil. Krajský soud souhlasil s názorem žalovaného, že pokud právní předpis vyžaduje, aby byl způsob kontroly uveden přímo v písemném projektu, vyplývá z toho i požadavek na to, aby bylo kontrolováno jeho skutečné naplňování v praxi. Stejně tak krajský soud nepřisvědčil námitce vnitřní rozpornosti rozhodnutí žalovaného. Co se týče námitky nepřezkoumatelnosti rozhodnutí žalovaného spočívající v neunesení důkazního břemene správcem daně, tuto krajský soud rovněž neshledal důvodnou a odkázal na konkrétní body napadeného rozhodnutí, v nichž se žalovaný danou otázkou zabýval. Otázka (ne)uplatnění veškerých osobních nákladů nebyla dle názoru krajského soudu pro rozhodnutí věci významná.

[16]            Co se týče námitky týkající se kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, krajský soud poukázal na judikaturu Nejvyššího správního soudu, podle níž je odpočet ve smyslu § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů daňovým bonusem, tedy nadstandardním benefitem, a proto musí daňový subjekt počítat s tím, že po něm může být požadováno prokázání splnění i všech nadstandardních povinností s tímto benefitem spojených. Podle krajského soudu stěžovatelka nesplnila požadavky spojené s kontrolou a hodnocením postupu řešení projektu a dosažených výsledků, neboť realizaci těchto činností dostatečným způsobem neprokázala. V této souvislosti poznamenal, že písemný projekt, který stěžovatelka v průběhu daňového řízení předložila, požadavky stran kontroly plnění a hodnocení vymezuje vágně, přičemž z projektu nevyplývá, podle jakých kritérií mělo hodnocení probíhat.

[17]            Dle krajského soudu jsou požadavky na vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu přenositelné i na výstupy z těchto kontrol, neboť i ty musí z povahy věci obsahovat jasná hodnotící kritéria i to, zda byla naplněna či nikoliv. Je přitom věcí daňového subjektu, aby o těchto kontrolách a hodnoceních pořizoval dostatečné záznamy, neboť se jedná o významný (byť primárně formální) prvek výzkumu a vývoje, bez kterého daňové orgány nemohou hodnověrně ověřit skutečný postup výzkumných prací.

[18]            Krajský soud nepřisvědčil žalobní námitce ohledně neunesení důkazního břemene správcem daně v otázce kontroly a hodnocení postupu řešení projektu. Poukázal na výzvu k prokázání skutečností ze dne 5. 5. 2020 (dále jen „výzva“), v níž je uvedeno, že předložené zápisy z porad řešitelského týmu jsou pouze rámcové a agregované a neposkytují podrobný obraz o tom, jaké práce na projektu probíhaly. S tímto závěrem se krajský soud ztotožnil. V této souvislosti předestřel obsah jednoho z předložených zápisů z porad řešitelského týmu, z něhož podle soudu nevyplývají žádná konkrétní specifika probíhajícího projektu. Své pochybnosti správce daně  rozvinul v rámci dosavadního výsledku kontrolního zjištění ze dne 18. 5. 2021, č. j. 1373274/21/2211‑60561‑307380 (dále jen „dosavadní výsledek kontrolního zjištění“), kde dále poukázal na nesrovnalosti ohledně účastí řešitelů projektu na jednotlivých poradách. Krajský soud podotkl, že jelikož stěžovatelka v rámci daňové kontroly doložila takřka nic neříkající zápisy s tím, že písemné výstupy z jednotlivých porad ani nepořizovala, pak správci daně důvodně vznikla pochybnost o skutečném průběhu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu; správce daně tak podle krajského soudu své důkazní břemeno ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu unesl. Na druhou stranu krajský soud připustil, že správce daně formuloval samotný výrok výzvy poměrně obecně. Stěžovatelce však dle krajského soudu muselo být z odůvodnění výzvy nepochybně zřejmé, v čem pochybnosti správce daně spočívaly.

[19]            Krajský soud dále konstatoval, že zkušební protokoly Státního veterinárního ústavu Jihlava ze dne 11. 4. 2016 nejsou propojeny s dalšími kontrolními výstupy a není zřejmé, jakým způsobem s nimi v rámci kontrol a hodnocení stěžovatelka naložila a jaká opatření v rámci kontrolních postupů přijala.

[20]            Stěžovatelka tak dle krajského soudu neprokázala uskutečnění kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, tedy faktické uskutečňování jedné ze základních formálních náležitostí projektu. Dílčí nesrovnalosti v evidenci pracovní doby jednotlivých řešitelů projektu a dat pořízení předložených zápisů mají pak v dané věci podružnou povahu.

[21]            Krajský soud připustil, že správce daně v rámci zprávy o daňové kontrole dílčím způsobem zpochybnil přítomnost prvku novosti a vyjasňování technické nejistoty. Současně podotkl, že žalovaný však v závěru zprávy o daňové kontrole jednoznačně shrnul důvody neuznání daňového odpočtu, přičemž prvním z nich bylo, že stěžovatelka nedoložila dokumentaci týkající se způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, přičemž předložená dokumentace dle žalovaného nedokládá průběh vlastního vývojového procesu. Další důvody se týkaly nevedení příslušných evidencí. Žalovaný závěry správce daně potvrdil a nejednalo se tak o změnu právního názoru ve smyslu § 115 odst. 2 daňového řádu.

[22]            Krajský soud shrnul, že důvodem k odepření nároku na odpočet byly především formální nedostatky spočívající v neprokázání faktického způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu. V této souvislosti zdůraznil, že povaha vytýkaného pochybení je toliko formální, neboť přestože s výzkumným procesem souvisí (osvědčuje jeho průběh), přímo se netýká existence přítomnosti ocenitelného prvku novosti a vyjasňování výzkumné nebo technické nejistoty, tj. samotného jádra výzkumu a vývoje jako takového. Krajský soud se neztotožnil s žalobní námitkou, že uskutečňování kontroly a hodnocení postupu řešení projektu lze podřadit pod samotný průběh výzkumu a vývoje.

[23]            Jakožto primární důvod neuznání daňového odpočtu krajský soud označil neprokázání faktického způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, a nikoliv neprůkaznost doložené evidence ani to, zda daný projekt svojí povahou splňuje znaky výzkumu a vývoje. Z tohoto důvodu dle krajského soudu není zapotřebí zabývat se dalšími žalobními námitkami.

[24]            V kasační stížnosti stěžovatelka namítá kasační důvody podle § 103 odst. 1 písm. a), b) a d) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“). Stěžovatelka především namítá, že napadený rozsudek je nepřezkoumatelný, protože se žalovaný nevypořádal s její odvolací námitkou, podle níž ji správce daně k doložení skutečností ohledně způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků vůbec nevyzval. Z části rozhodnutí žalovaného citovaného krajským soudem dle stěžovatelky neplyne, že by se žalovaný zabýval otázkou unesení důkazního břemene správcem daně ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu. Pokud tedy krajský soud přezkoumal rozhodnutí, které bylo nepřezkoumatelné, sám zatížil svůj rozsudek vadou nepřezkoumatelnosti.

[25]            Podle stěžovatelky žalovaný ve svém rozhodnutí uvedl několik důvodů, na jejichž základě byla daň doměřena. Žádný z těchto důvodů však nebyl „primární“, jak dovozuje krajský soud. K odepření odpočtu na výzkum a vývoj přitom může vést kterýkoli z důvodů uvedených správcem daně. Evidencí nákladů se žalovaný zabýval na sedmi stranách svého rozhodnutí; nelze proto přisvědčit krajskému soudu, že by tato okolnost byla irelevantní pro posouzení věci. Dále stěžovatelka podotkla, že sám žalovaný ve zprávě o daňové kontrole připustil, že správce daně rozporoval, zda projekt lze podřadit pod činnost výzkumu a vývoje, což zopakoval též krajský soud. Stěžovatelka v této souvislosti namítá, že pokud v rámci daňového řízení byla spornou otázka přítomnosti ocenitelného prvku novosti a vyjasňování technické nejistoty, měl předložené důkazní prostředky posoudit soudní znalec. Stěžovatelka zdůrazňuje, že se krajský soud vůbec nezabýval žalobními námitkami týkajícími se průkaznosti evidence, respektive vedení oddělených nákladů a přítomnosti ocenitelného prvku novosti a vyjasňování technické nebo výzkumné nejistoty, jakkoliv byly tyto otázky pro posouzení dané věci relevantní. Tímto postupem krajský soud rovněž zatížil napadený rozsudek vadou nepřezkoumatelnosti.

[26]            Dále se stěžovatelka zaměřila na otázku způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků. Stěžovatelka poukazuje na výzvu ze dne 5. 5. 2020 a namítá, že v uvedené výzvě nebyla nikterak zpochybněna faktická realizace kontrolních a hodnotících mechanismů v rámci řešeného projektu. Své primární důkazní břemeno unesla předložením relativně obsáhlé dokumentace k průběhu řešení i vyhodnocování projektu. Bylo na správci daně, aby zpochybnil její tvrzení [§ 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu]. Ve výzvě však správce daně v této souvislosti neuvedl žádné konkrétní pochybnosti, a tudíž nelze dovodit, že by byly splněny podmínky pro přechod důkazního břemene zpět na stěžovatelku. Krajský soud dle stěžovatelky účelově přehlíží skutečné závěry výzvy, čímž je zpochybnění toho, že realizované činnosti spadají svým charakterem pod výzkumnou a vývojovou činnost.

[27]            Stěžovatelka podotýká, že krajský soud fakticky hodnotil věcnou stránku projektu, tj. vývojové činnosti v rámci projektu, když se zaměřuje na průběh vývojového procesu, pro který je podstatné odstraňování technických nejistot a hledání nebo dosahování ocenitelného prvku novosti; vývojovou činností se však přitom žalovaný odmítl zabývat. Nadto stěžovatelka namítá, že vývojový proces a přijatá opatření a postupy nejsou doloženy pouze zápisy z porad vývojového týmu, ale celou plejádou dalších důkazních prostředků. Těmi se však daňové orgány odmítly zabývat.

[28]            Daňové orgány, jakož i krajský soud, nepovažovaly za dostatečné stěžovatelkou předložené zápisy z porad řešitelského týmu. Podle stěžovatelky však žádný právní předpis nestanoví náležitosti, jakými by se měly tyto zápisy řídit. Žalovaný hodnotil předložené důkazní prostředky izolovaně, přičemž krajský soud tento postup bez dalšího aproboval. Stěžovatelka zdůrazňuje, že není na závadu, pokud konkrétní složení receptury není uvedeno v záznamu z kontrol a hodnocení, neboť tato byla správci daně doložena, včetně průběhu jejího hledání a laboratorních testů; stejně tak byl doložený technologický postup, avšak správce daně se tím odmítl zabývat.

[29]            Formální náležitosti ve smyslu § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů byly dle názoru stěžovatelky splněny. Odchylky od projektového plánu, včetně částečného či dílčího provedení kontrol a hodnocení, nejsou samy o sobě důvodem pro odepření daňového zvýhodnění, je‑li prokázáno, že výzkumně‑vývojová činnost skutečně probíhala a byly naplněny podmínky stanovené zákonem. Stěžovatelka nesouhlasí s tvrzením krajského soudu, že způsob kontroly byl vymezen „vágně“; tento závěr navíc daňové orgány ani samy nevyslovily. Stěžovatelka trvá na tom, že se žalovaný ve svém rozhodnutí zabýval skutečným průběhem řešení projektu výzkumu a vývoje, nikoliv pouze formálními podmínkami, jak nesprávně uvedl krajský soud.

[30]            Žalobou napadené rozhodnutí je podle stěžovatelky vnitřně rozporné. Pokud žalovaný hodnotil evidenci nákladů na výzkum a vývoj a její průkaznost, pak to znamená, že již neměl pochybnosti o tom, že řešený projekt výzkumu a vývoje je v souladu se zákonem a že tedy byl řádně doložen průběh realizace projektu, vč. provedení kontrol a způsobu vyhodnocení dosažených výsledků. Z toho dle stěžovatelky implicitně vyplývá, že vývojová činnost byla skutečně realizována. Svůj názor stěžovatelka opírá o rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 12. 2022, č. j. 5 Afs 269/2021‑55, z něhož dovozuje, že správce daně musí primárně vyjasnit, zda projekt výzkumu a vývoje splňuje zákonné formální požadavky, dále, zda byl doložen průběh řešení projektu a zda dosažené řešení skýtá ocenitelný prvek novosti a odstraňování technické nejistoty. Až poté může zkoumat průkaznost evidence nákladů na výzkum a vývoj. Tyto závěry dle názoru stěžovatelky platí i pro posouzení otázky přítomnosti ocenitelného prvku novosti a odstraňování technické nejistoty. Faktickou realizaci kontrol a hodnocení postupu řešení projektu dle stěžovatelky nelze považovat za formální podmínku, jak zcela nesprávně dovozuje krajský soud.

[31]            Stěžovatelka dále namítá, že krajský soud nesprávně posoudil námitku ohledně nedostatečně zjištěného skutkového stavu. V průběhu daňového řízení navrhovala stěžovatelka provedení ústního jednání a místního šetření ve své provozovně za účelem objasnění veškerých nejasností týkajících se odborného charakteru výzkumu a vývoje. Tato inciativa nebyla daňovými orgány akceptována. Krajský soud záměrně přehlíží skutečnost, že správcem daně vyslovené pochybnosti ve výzvě směřovaly především k ocenitelnému prvku novosti a vyjasňování technické nejistoty. Namítá, že nemohla reagovat na pochybnosti, které zůstaly správcem daně nevyřčené.

[32]            Žalovaný se ve vyjádření ke kasační stížnosti ztotožnil se závěry krajského soudu. Vytýkané nedostatky jsou podle něj stěžovatelkou uměle vytvořeny, když zjištěná pochybení stěžovatelka vztahuje k materiálnímu posouzení znaků výzkumu a vývoje (tj. k přítomnosti ocenitelného prvku novosti a vyjasňování technické nejistoty). Odmítl, že by žalobou napadené rozhodnutí trpělo vadou nepřezkoumatelnosti. Podle žalovaného správce daně výzvou ze dne 5. 5. 2020 vznesl důvodné pochybnosti stran uplatněného nároku, ve kterém zpochybnil zejména faktickou realizaci stanoveného způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a souvislost vykázaného materiálu s projektem výzkumu a vývoje. Tyto pochybnosti nebyly ze strany stěžovatelky vyvráceny, přičemž důkazní břemeno leželo na její straně. Pochybnosti vztahující se ke stanovenému způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu sice nebyly výslovně správcem daně vysloveny, avšak z výzvy, jakož i z dalších výstupů správce daně dle žalovaného vyplývají. Odpočet nebyl uznán pouze pro nesplnění podmínek spočívajících v neprokázání faktické realizace kontroly a neprokázání souvislosti vynaložených nákladů s řešením projektu. Dle žalovaného se jedná o formální podmínky uznatelnosti odpočtu na projekt výzkumu a vývoje, aniž by musela být nutně zkoumána odborná stránka věci, tj. přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasňování technické nejistoty.

[33]            K vyjádření žalovaného zaslala stěžovatelka repliku, v níž v podstatě setrvala na své kasační argumentaci. Zopakovala, že důvodem k doměření daně nebylo nesplnění formální podmínky dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů – tedy absence způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, nýbrž zpochybnění faktického provedení těchto kontrol a hodnocení; faktická realizace kontrol a hodnocení je však otázka (ne)unesení důkazního břemene, kterou nelze hodnotit bez vazby na průběh projektu výzkumu a vývoje. V této souvislosti znovu podotkla, že na ni důkazní břemeno nemohlo přejít, neboť správce daně nevyslovil dostatečně jasné a určité pochybnosti ohledně způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu, tedy neunesl vlastní důkazní břemeno ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu. Nadto je stěžovatelka přesvědčena, že faktické provádění kontrol a hodnocení prokázala; správní orgány se však odmítly zabývat věcnou stránkou projektu. Ve vztahu k otázce, zda její činnost spadá pod výzkum a vývoj, zdůraznila, že, ve zprávě o daňové kontrole se nikde neuvádí, že by pochybnosti správce daně byly vyvráceny. Stejně tak v případě údajně nedostatečné evidence nákladů není nikde řečeno, že by se jednalo o pochybnosti, které byly překonány nebo se staly právně irelevantními. Stěžovatelka dále rovněž zopakovala své námitky ohledně rozpornosti závěrů správce daně a nedostatečně zjištěného skutkového stavu.

[34]            Nejvyšší správní soud přezkoumal formální náležitosti kasační stížnosti a shledal, že kasační stížnost je podána včas, neboť byla podána ve lhůtě dvou týdnů od doručení napadeného rozhodnutí krajského soudu (§ 106 odst. 2 s. ř. s.), je podána oprávněnou osobou, neboť stěžovatelka byla účastnicí řízení, z něhož napadené rozhodnutí krajského soudu vzešlo (§ 102 s. ř. s.), a je zastoupená advokátem (§ 105 odst. 2 s. ř. s.).  

[35]            Nejvyšší správní soud dále přistoupil k posouzení kasační stížnosti v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů, přičemž zkoumal, zda rozhodnutí krajského soudu netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.).

[36]            Kasační stížnost je důvodná.

[37]            Stěžovatelka ve své kasační stížnosti uvedla rozsáhlou, mnohdy opakující se argumentaci, v níž vyjadřuje nesouhlas se závěry jak krajského soudu, tak žalovaného. Nosné důvody kasační argumentace lze rozdělit do těchto námitkových okruhů: 1) nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku; 2) vnitřní rozpornost závěrů žalovaného a nesprávná aplikace rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 12. 2022, č. j. 5 Afs 169/2021‑53; 3) nedostatečně zjištěný skutkový stav daňovými orgány; 4) neunesení důkazního břemene správcem daně v otázce kontroly a hodnocení postupu řešení projektu výzkumu a vývoje a 5) nesprávné právní posouzení toho, zda stěžovatelka prokázala realizaci kontrol a hodnocení v rámci projektu výzkumu a vývoje.

[38]            Nejvyšší správní soud se primárně musel zabývat otázkou nepřezkoumatelnosti napadeného rozsudku, neboť nepřezkoumatelnost rozhodnutí představuje takovou vadu, že se jí Nejvyšší správní soud musí zabývat i tehdy, pokud by ji stěžovatelka nenamítala, tedy z úřední povinnosti (§ 109 odst. 4 s. ř. s.). Vlastní přezkum rozhodnutí krajského soudu je možný pouze za předpokladu, že se jedná o rozhodnutí srozumitelné, které je opřeno o dostatek důvodů, z nichž je zřejmé, proč krajský soud rozhodl tak, jak je uvedeno ve výroku rozhodnutí. Nepřezkoumatelnost přitom není projevem nenaplněné subjektivní představy stěžovatelky o tom, jak měl krajský soud rozhodnout, respektive jak podrobně měl být rozsudek odůvodněn (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 2. 2017, č. j. 3 Azs 69/2016‑24). Podstatné je, aby se správní soud ve svém rozhodnutí vypořádal se všemi stěžejními námitkami účastníka řízení. Již v rozsudku ze dne 14. 7. 2005, č. j. 2 Afs 24/2005‑44, Nejvyšší správní soud akcentoval: „Není‑li z odůvodnění napadeného rozsudku krajského soudu zřejmé, proč soud nepovažoval za důvodnou právní argumentaci účastníka řízení v žalobě a proč žalobní námitky účastníka považuje za liché, mylné nebo vyvrácené, nutno pokládat takové rozhodnutí za nepřezkoumatelné pro nedostatek důvodů ve smyslu § 103 odst. 1 písm. d) s. ř. s. zejména tehdy, jde‑li o právní argumentaci, na níž je postaven základ žaloby. Soud, který se vypořádává s takovou argumentací, ji nemůže jen pro nesprávnost odmítnout, ale musí také uvést, v čem konkrétně její nesprávnost spočívá.“ V obdobném duchu se nese i četná navazující judikatura, která zásadně pohlíží na nevypořádání žalobních námitek jako na důvod pro zrušení rozhodnutí krajského soudu (srov. např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 8. 12. 2009, č. j. 8 Afs 73/2007‑78, či ze dne 24. 3. 2010, č. j. 1 Afs 113/2009‑69).

[39]            Stěžovatelka spatřuje nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku primárně v tom, že krajský soud přezkoumal rozhodnutí žalovaného ve vztahu k otázce (ne)unesení důkazního břemene správcem daně stran realizace kontrol a hodnocení projektu výzkumu a vývoje, jakkoliv se související odvolací námitkou žalovaný vůbec nezabýval. Namítá, že z napadeného rozhodnutí není zřejmé, zda správce daně postupoval v souladu s § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu. Jelikož se žalovaný nevypořádal se všemi odvolacími námitkami, porušil dle stěžovatelky § 116 odst. 2 daňového řádu.

[40]            Podle ustálené judikatury platí, že přezkoumá‑li krajský soud správní rozhodnutí, které není přezkoumání vůbec způsobilé, zatíží nepřezkoumatelností i svůj vlastní rozsudek (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 5. 2025, č. j. 8 As 200/2024‑49, bod 32.). Nejvyšší správní soud se proto nejprve zaměřil na to, zda je rozhodnutí žalovaného způsobilé soudního přezkumu.

[41]            Žalovaný se odvolací námitkou týkající se způsobu kontroly a hodnocení projektu výzkumu a vývoje zabýval v bodech 44. až 62. Nutno připustit, že napadené rozhodnutí výslovně nereaguje na odvolací argumentaci stěžovatelky, podle níž správce daně nepostupoval v souladu s § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu. Žalovaný se však obsahem výzvy a obecně pochybnostmi správce daně zabýval v bodech 49. až 53. napadeného rozhodnutí. Připustil, že správce daně ve výzvě neidentifikoval konkrétní pochybnosti; přesto se však žalovaný domnívá, že z výzvy pochybnosti stran vedení dokumentace o způsobu kontroly a hodnocení projektu výzkumu a vývoje vyplývají.

[42]            Ačkoliv se tedy žalovaný výslovně otázkou unesení důkazního břemene nezabýval, odpověď na stěžovatelčinu odvolací námitku implicitně vyvěrá z odůvodnění napadeného rozhodnutí. Takové vypořádání námitky připouští též Ústavní soud (srov. např. usnesení Ústavního soudu ze dne 18. 11. 2011, sp. zn. II. ÚS 2774/09 nebo ze dne 11. 3. 2010, sp. zn. II. ÚS 609/10). Lze tedy souhlasit s krajským soudem, že rozhodnutí žalovaného je přezkoumatelné. Žalovaný tedy svým postupem neporušil § 116 odst. 2 daňového řádu. Na tomto místě Nejvyšší správní soud zdůrazňuje, že předmětem jeho úvah byla otázka přezkoumatelnosti napadeného rozhodnutí, nikoliv jeho věcné správnosti. Zda správce daně dostatečně popsal své pochybnosti a zda je prokázal, je otázka zcela odlišná.

[43]            Podle stěžovatelky obsahuje napadené rozhodnutí vícero důvodů, na jejichž základě bylo  přistoupeno k doměření daně, přičemž žádný z těchto důvodů nelze považovat za „primární.“ Krajský soud tudíž pochybil, když se vůbec nevypořádal s žalobními námitkami týkajícími se průkaznosti evidence, respektive vedení oddělených nákladů a přítomností ocenitelného prvku novosti a vyjasňování technické nejistoty, když dovodil, že „primárním“ důvodem neuznání daňového odpočtu bylo neprokázání faktického způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu.

[44]            Pokud jde o otázku přítomnosti ocenitelného prvku novosti a vyjasňování technické nejistoty, stěžovatelka v žalobě namítla, že žalovaný v napadeném rozhodnutí dospěl k závěru, že  ačkoliv správce daně vyjádřil určité pochybnosti o přítomnosti tohoto prvku, nejedná se o důvod pro odepření uplatněného nároku na odpočet na podporu výzkumu a vývoje. Svým postojem však dle stěžovatelky žalovaný pouze zastírá skutečnost, že správce daně rezignoval na svoji povinnost zabývat se doloženými důkazy technické povahy po odborné stránce. Stěžovatelka podotkla, že ze zprávy o daňové kontrole jasně plyne, že správce daně rozporoval, zda lze daný projekt podřadit pod činnost výzkumu a vývoje. Argumentace žalovaného „vývojem pochybností“, tak dle stěžovatelky nemůže obstát. S ohledem na odbornou povahu sporné otázky tak měl správce daně ustanovit znalce.

[45]            V žalobě stěžovatelka dále namítla, že povinnost vést oddělenou evidenci podle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů splnila. Žalovaný dle stěžovatelky nerozlišuje mezi nesplněním formálních náležitostí vedené evidence a závěry o tom, že z evidence není patrná návaznost na projekt výzkumu a vývoje. Stěžovatelka má za to, že doložila podrobnou evidenci hodin, které jednotliví pracovníci věnovali práci na daném projektu, a to včetně popisu jejich činností; předložené dokumenty jsou dle stěžovatelky přesné a odpovídají realitě. Posouzení toho, zda se vykázané náklady skutečně vztahují k řešení konkrétního projektu výzkumu a vývoje dle stěžovatelky vyžaduje posouzení věcné stránky projektu; to však daňové orgány neučinily. Zákon navíc ani nestanoví požadavek na obsah evidence. Dále stěžovatelka v žalobě namítla, že není její povinností uplatnit v rámci odpočtu na výzkum a vývoj veškeré náklady; toto počínání jí nemůže být přičítáno k tíži. Stejně stěžovatelka v žalobě vyjádřila přesvědčení, že prokázala vynaložené výdaje na materiál a jejich souvislost s projektem. Ve vztahu k prokázání výdajů na certifikaci stěžovatelka uvedla, že správce daně neprokázal pochybnosti ve smyslu § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu. V této souvislosti poznamenala, že z předložených dokladů týkajících se laboratorních testů je patrná jejich provázanost s projektem.

[46]            Krajský soud dospěl k závěru, že daňové orgány jakožto „primární“ důvod neuznání daňového odpočtu považovaly neprokázání faktického způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu. Uvedl, že ačkoliv daňové orgány dílčím způsobem zpochybnily existenci prvku novosti, jejich argumentace nesměřovala k tomu, že z hlediska povahy projekt nenaplňoval znaky výzkumu a vývoje. Jako nadbytečnou krajský soud hodnotil výtku daňových orgánů týkající se neprůkaznosti doložené evidence a neprokázání skutečných výdajů na odpočet. Jelikož tedy krajský soud považoval za hlavní důvod pro odepření nároku na odpočet neprokázání faktického způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu (což považoval za formální pochybení), již se dalšími žalobními námitkami nezabýval. Postup krajského soudu by bylo lze akceptovat za situace, obstál‑li by závěr o těchto nedostatcích.

[47]            Nejvyšší správní soud předně konstatuje, že rozsudku krajského soudu co do posouzení otázek přítomnosti ocenitelného prvku novosti a vyjasňování technické nejistoty nelze ničeho vytknout. Již z rozhodnutí žalovaného, byť převážná část kontrolních zjištění skutečně směřovala právě k otázce prvku novosti, je zjevné, že důvodem neuznání odpočtu nesplnění této podmínky nebylo. Krajský soud proto implicitně posoudil tuto námitku tak, že tato podmínka byla naplněna. Ostatně takto k věci přistupoval i žalovaný, neboť jinak by posuzování způsobu kontroly a hodnocení projektu postrádalo logiku, nebyl‑li by naplněn zásadní předpoklad – tedy to, že se o výzkum a vývoj vůbec jedná. Není proto vadou, pokud se krajský soud námitkami stěžovatelky vedenými tímto směrem blíže nezabýval.

[48]            Nejvyšší správní soud v rozsudku  ze dne 16. 12. 2022, č. j. 5 Afs 269/2021‑55, konstatoval: „K tomu, aby bylo možné uplatňovat odpočet (resp. položky odčitatelné od základu daně) na podporu výzkumu a vývoje, je podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů nezbytné splnit dvě výchozí (nikoli však jediné) podmínky – musí se jednat (i) o projekty výzkumu a vývoje a (ii) tyto projekty musí mít podobu experimentálních či teoretických prací, projekčních či konstrukčních prací, výpočtů, návrhů technologií, výroby funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části a na certifikace výsledků dosažených prostřednictvím projektů výzkumu a vývoje.“ V rozsudku ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014‑56, Nejvyšší správní soud připomněl, že právě s ohledem na „poutavost“ možnosti odpočtu nákladů na výzkum a vývoj předepisuje zákon o daních z příjmů řadu materiálních a formálních podmínek, jejichž splnění je nutné k odpočtu nákladů od základu daně. Nejvyšší správní soud podotýká, že judikatura rovněž dovodila, že nesplnění ‑ byť jediné podmínky nutně vede k neuznání odpočtu.

[49]            Závěr krajského soudu o nesplnění podmínky ‑ prokázání faktické realizace kontrol a hodnocení projektu ‑ Nejvyšší správní soud shledal nepřezkoumatelný,  resp. nemající dostatečnou oporu ve zjištěném skutkovém stavu a ve spise (viz např. soudem aprobovaná nesouvislost zkušebních protokolů Státního veterinárního ústavu Jihlava ze dne 11. 4. 2016 s dalšími materiálně i časově souvisejícími výstupy; krajský soud aproboval nepotvrzení konání porad svědkem R. – v tomto případě je však např. z protokolu ze dne 1. 9. 2021 zcela zjevné, že svědek byl správcem daně dotazován výhradně k otázce novosti, byl dotazován např. na svoji pracovní náplň, na předmět projektu, kdo zadával úkoly, kdo je hodnotil, co konkrétně on objevil, jaké jsou odlišnosti řešeného projektu oproti stávajícímu stavu, zda byla sepsána směrnice, kdo byli odběratelé, etc.; na všechny otázky svědek odpovídal, v tomto směru potom zcela logicky kladla svědkovi otázky i stěžovatelka; nelze tudíž jeho výpověď bez dalšího hodnotit tak, že neprokázala realizaci faktické kontroly a hodnocení projektu, pokud se dokazování tímto směrem vůbec neubíralo). Žalovaný potažmo krajský soud nevyhodnotili veškeré podklady ve všech souvislostech, které stěžovatel k prokázání svého tvrzení předložil.

[50]            Správce daně mezi důvody pro neuznání odpočtu zařadil mimo jiné to, že stěžovatelka nevedla průkazně evidenci odpracovaných hodin na projektu výzkumu a vývoje, nevedla průkazně evidenci spotřeby materiálu, neprokázala, že náklady na prováděné testy souvisely s projektem a dále, že nevedla oddělenou evidenci ve smyslu § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů. Žalovaný v žalobou napadeném rozhodnutí potvrdil závěry správce daně (s. 13. až 19.). Z tohoto shrnutí vyplývá, že otázka způsobu vedení jednotlivých evidencí nákladů a prokázání výdajů na projekt výzkumu a vývoje hrály při posuzování uplatněného nároku na odpočet významnou roli; k těmto otázkám směřovala rovněž podstatná část žaloby.

[51]            Krajský soud úvahy daňových orgánů v uvedených otázkách označil za nadbytečné a z tohoto důvodu se žalobními námitkami stěžovatelky nezabýval. Takový postup však nemůže obstát za situace, kdy neobstál závěr o neprokázání realizace kontroly a hodnocení projektu.

[52]            Nevyšší správní soud nezpochybňuje závěry krajského soudu vycházející z jím citované judikatury NSS týkající se povinnosti prokázat oprávněnost uplatnění odpočtu na podporu výzkumu a vývoje.  Tato odčitatelná položka, kterou zákonodárce v rámci konstrukce daně z příjmů zvolil (obdobně jako např. uplatnění daňové ztráty), zcela jistě představuje určitý benefit pro určitý okruh poplatníků, kteří splní zákonem stanovené podmínky. Nicméně naplnění či nenaplnění těchto podmínek zákonem striktně stanovených (viz § 34a an. zákona o daních z příjmů) musí být posuzováno v rámci řádně a korektně (nikoli nadstandardně) vedeného dokazování; důkazní prostředky, které daňový subjekt navrhuje a předkládá musí být hodnoceny ve všech souvislostech. Pokud zcela „běžnými důkazními prostředky“ ve svém souhrnu daňový subjekt oprávněnost odpočtu prokáže, není žádný legitimní důvod požadovat další „nadstandardní“ důkazy. To platí např. o hodnocení zápisů z porad v kontextu s ostatními důkazními prostředky, které stěžovatel předkládal. Závěr o splnění či nesplnění podmínek pro uplatnění odpočtu musí přitom vycházet z řádně zjištěného skutkového stavu.

[53]            S ohledem na výše uvedené shledal Nejvyšší správní soud kasační stížnost důvodnou, proto rozsudek krajského soudu podle § 110 odst. 1 s. ř. s. zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení; v něm krajský soud vypořádá žalobní námitky, které stěžovatelka uplatnila.

[54]            V dalším řízení rozhodne krajský soud také o náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti (§ 110 odst. 3 s. ř. s.).

Poučení:

Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné (§ 53 odst. 3, § 120 s. ř. s.).

V Brně dne 24. října 2025

JUDr. Lenka Matyášová

předsedkyně senátu