ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Lenky Kaniové a soudců Ivo Pospíšila a Petra Pospíšila v právní věci žalobce: Vodňanská drůbež, a.s., se sídlem Radomilická 886, Vodňany, zastoupeného JUDr. Sylvií Sobolovou, Ph.D., advokátkou se sídlem Jungmannova 745/24, Praha 1, proti žalovanému: Ministerstvo zemědělství, se sídlem Těšnov 65/17, Praha 1, za účasti: Státní zemědělský intervenční fond, se sídlem Ve Smečkách 801/33, Praha 1, o žalobě proti rozhodnutí ministra zemědělství ze dne 25. 7. 2024, č. j. MZE‑53344/2024‑11155, v řízení o kasační stížnosti žalobce proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 20. 3. 2025, č. j. 10 A 92/2024 ‑ 97,

takto:

1. Kasační stížnost se zamítá.

2. Žalobce a osoba zúčastněná na řízení nemají právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.

3. Žalovanému se náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti nepřiznává.

Odůvodnění:

1. Vymezení věci

[1]               Předmětem sporu je otázka, zda žalovaný správně zrušil veřejnoprávní smlouvu o poskytnutí dotace uzavřenou mezi žalobcem (který je společností spadající do skupiny Agrofert) a osobou zúčastněnou na řízení (Státním zemědělským intervenčním fondem, dále jen „fond“) z důvodu existence střetu zájmů veřejného funkcionáře Andreje Babiše dle § 4c zákona č.  159/2006 Sb., o střetu zájmů.

[2]               Jediným akcionářem žalobce je společnost AGROFERT, a.s. (dále též „Agrofert“), jejímž jediným akcionářem byl do 3. 2. 2017 Andrej Babiš, který byl ode dne 6. 12. 2017 do dne 17. 12. 2021 předsedou vlády, tj. veřejným funkcionářem ve smyslu § 2 odst. 1 písm. c) zákona o střetu zájmů. Dne 3. 2. 2017 Andrej Babiš vložil 628 kmenových akcií společnosti Agrofert, s nimiž je spojen 100% podíl na hlasovacích právech a základním kapitálu společnosti, do svěřenských fondů: 565 akcií do svěřenského fondu AB private trust I, spravovaného svěřenským správcem Zbyňkem Průšou, a zbývajících 63 akcií do svěřenského fondu AB private trust II, spravovaného svěřenským správcem Alexejem Bílkem.

[3]               Žalobce uzavřel dne 17. 5. 2018 s fondem veřejnoprávní smlouvu o poskytnutí dotace ve výši 75 000 000 Kč na projekt „Optimalizace a inovace v procesech porcování a balení drůbežího masa“ z Programu rozvoje venkova České republiky na období 2014–2020 (dále též „veřejnoprávní smlouva“ či „dohoda“). Jednalo se tedy o tzv. nenárokovou dotaci, která měla být financována z 50,5 % národními zdroji ČR a ze 49,5 % příspěvkem Evropské unie. Dne 15. 11. 2021 předložil žalobce fondu žádost o platbu. Přípisem ze dne 30. 3. 2022 fond žalobce informoval, že platba nebude provedena v termínech předpokládaných v Pravidlech pro žadatele o dotaci, a to z důvodu prověřování způsobilosti příjemce dotace ve smyslu čl. 48 Prováděcího nařízení Komise (EU) č. 809/2014 (dále jen „nařízení 809/2014“) spojené s probíhajícím auditem Komise (DG AGRI) ke střetu zájmů. Dne 24. 10. 2022 zahájil žalobce sporné řízení podle § 141 a násl. zákona č. 500/2004 Sb., správního řádu, podáním návrhu na uložení povinnosti fondu schválit jeho žádost o platbu. Žalovaný usnesením ze dne 21. 12. 2022 sporné řízení přerušil do skončení kontroly prováděné fondem podle § 12a zákona č. 256/2000 Sb., o Státním zemědělském intervenčním fondu (dále jen „zákon o SZIF“), a podle zákona č. 255/2012 Sb., o kontrole (kontrolní řád), za účelem ověření způsobilosti žadatele ve smyslu čl. 48 nařízení 809/2014.

[4]               Přípisem ze dne 10. 5. 2023 fond oznámil žalobci, že po ověření způsobilosti výdajů a splnění veškerých podmínek pro proplacení finančních prostředků činí výše schválené dotace 0 Kč a že ukončuje administraci jeho žádosti. Odkázal přitom na závěry auditu Komise obsažené ve Formálním sdělení č. j. UMB/2019/003/CZ/RCOL ze dne 23. 2. 2021 (dále jen „formální sdělení“) a v souhrnné zprávě Generálního ředitelství pro zemědělství a rozvoj venkova projednanou dne 11. 5. 2022 (dále jen „Souhrnná zpráva“), z nichž dovodil, že poskytnutí dotace by bylo v rozporu se zákonem o střetu zájmů, a tedy že žalobce je nezpůsobilým žadatelem o dotaci.

[5]               Ministerstvo zemědělství (dále též „ministerstvo“ či „správní orgán I. stupně“) usnesením ze dne 17. 7. 2023 zahájilo přezkumné řízení veřejnoprávní smlouvy podle § 165 správního řádu, v jehož rámci vydalo dne 28. 5. 2024 rozhodnutí, kterým veřejnoprávní smlouvu zrušilo s účinky ode dne jejího uzavření. Vycházelo z auditního šetření stvrzeného prováděcím rozhodnutím Komise č. 2022/908 ze dne 8. 6. 2022, podle nichž se na Andreje Babiše vztahuje § 4c zákona o střetu zájmů, v důsledku čehož veškeré dotace poskytnuté skupině Agrofert po 1. 9. 2017 (tj. po rozhodném datu pro použití § 4c zákona o střetu zájmů) jsou s ním v rozporu, jestliže: a) žádost o dotaci byla podána 1. 9. 2017 nebo po tomto datu a b) dotace byla poskytnuta v době, kdy byl Andrej Babiš veřejným funkcionářem ve smyslu § 2 odst. 1 písm. c) zákona o střetu zájmů. Ministerstvo uvedlo, že v případě žalobce byly obě podmínky splněny (žalobce podal žádost o dotaci dne 27. 10. 2017; v době uzavření veřejnoprávní smlouvy byl Andrej Babiš předsedou vlády). Citovalo závěry Komise, podle nichž Andrej Babiš nepřímo ovládá celou skupinu Agrofert prostřednictvím svěřenských fondů, do nichž vložil akcie společnosti Agrofert.

[6]               Žalobce podal proti rozhodnutí ministerstva rozklad, který ministr zemědělství (dále jen „žalovaný“) v záhlaví specifikovaným rozhodnutím zamítl a rozhodnutí správního orgánu I. stupně potvrdil. Zdůraznil, že žalobce není způsobilým příjemcem dotace dle veřejnoprávní smlouvy.

2. Rozsudek městského soudu

[7]               Proti rozhodnutí žalovaného podal žalobce žalobu, ve které uvedl v podstatě čtyři okruhy žalobních námitek (jež se následně promítly také do kasační stížnosti), z nichž ani jeden neshledal městský soud důvodným, a proto žalobu zamítl.

[8]               Zaprvé městský soud konstatoval, že nedošlo k uplynutí prekluzivní lhůty pro zahájení přezkumného řízení, jakožto stíhání nesrovnalosti ve smyslu čl. 3 nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství (dále jen „nařízení 2988/95“), dle kterého promlčecí (prekluzivní) lhůta pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti dle čl. 1 odst. 1 tohoto nařízení. Za okamžik vzniku nesrovnalosti (pokud došlo k porušení unijního předpisu), tj. počátek prekluzivní lhůty, považoval soud uzavření veřejnoprávní smlouvy dne 17. 5. 2018. Čtyřletá prekluzivní lhůta byla přerušena sdělením fondu ze dne 30. 3. 2022, doručeným žalobci dne 5. 4. 2022. Jestliže tedy žalovaný zahájil řízení o přezkumu veřejnoprávní smlouvy („stíhání“) dne 17. 7. 2023, učinil tak ještě před uplynutím prekluzivní lhůty.

[9]               Zadruhé soud dospěl k závěru, že § 4c zákona o střetu zájmů dopadá i na dotace poskytované dle zákona o SZIF, tedy nejen na dotace poskytované dle zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla), jak tvrdil žalobce.

[10]            Zatřetí městský soud potvrdil závěr žalovaného, že uzavření veřejnoprávní smlouvy bylo v rozporu s § 4c zákona o střetu zájmů. Andrej Babiš byl ovládající osobou žalobce, a to i ve smyslu § 74 odst. 1 zákona č. 90/2012 Sb., o obchodních společnostech a družstvech (zákon o obchodních korporacích). Žalovaný v tomto ohledu do značné míry převzal argumentaci Komise ze Souhrnné zprávy a své závěry o faktickém ovládání skupiny Agrofert Andrejem Babišem opřel především o zjištění vyplývající ze statutů obou svěřenských fondů. Soud zdůraznil, že hlavním účelem svěřenských fondů je ochrana zájmů Andreje Babiše, přitom svěřenskými správci a protektory jsou osoby s rodinnými a pracovními vazbami na Andreje Babiše. Pokud veřejný funkcionář nadále pobírá zisk z majetku ve svěřenském fondu a ví, že po odchodu z veřejné funkce se mu celý tento majetek vrátí, pak má logicky přímý hospodářský zájem na úspěchu společností vložených do fondů. I po založení svěřenských fondů zde tedy střet zájmů existoval.

[11]            Začtvrté soud aproboval postup správních orgánů, které v přezkumném řízení zrušily veřejnoprávní smlouvu k okamžiku jejího uzavření. Rozhodné bylo, že dohoda byla uzavřena v rozporu s právními předpisy (§ 165 odst. 2 správního řádu), konkrétně v rozporu s § 4c zákona o střetu zájmů, a neexistovala tedy jiná možnost než tuto smlouvu zrušit s účinky ex tunc (viz § 99 odst. 3 správního řádu). Žalobce nenabyl v dobré víře žádná práva hodná soudní ochrany. Proti jeho právům nabytým z veřejnoprávní smlouvy stojí v prvé řadě veřejný zájem na ochraně veřejných rozpočtů. České veřejné rozpočty přitom nebyly dotčeny jen v rozsahu dotace vyplacené z národních zdrojů, ale také v rozsahu spoluúčasti EU na daném projektu. Existence střetu zájmů Andreje Babiše je dle zjištění Komise důvodem pro následné neproplacení dotace členskému státu ze strany EU. Kvůli porušení § 4c zákona o střetu zájmů vzniklo riziko, že fond při hodnocení žádosti o dotaci – a následně při uzavření veřejnoprávní smlouvy – nepostupoval podle zákonem předepsaných pravidel, tedy, že s žalobcem uzavřel smlouvu právě v důsledku veřejné funkce Andreje Babiše.

3. Důvody kasační stížnosti

[12]            Žalobce (stěžovatel) podal proti rozsudku městského soudu kasační stížnost z důvodu jeho nezákonnosti a částečné nepřezkoumatelnosti dle § 103 odst. 1 písm. a) a d) zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního (dále jen „s. ř. s.“). Navrhl, aby Nejvyšší správní soud napadený rozsudek zrušil a vrátil věc městskému soudu k dalšímu řízení. Obdobně jako žaloba také kasační stížnost obsahuje následující čtyři okruhy námitek.

III.a) Prekluze práva zahájit přezkumné řízení

[13]            Nejprve stěžovatel tvrdil, že právo žalovaného zahájit přezkumné řízení v daném případě zaniklo uplynutím čtyřleté prekluzivní lhůty stanovené v čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95. Neztotožnil se se závěrem městského soudu, že by tato lhůta byla přerušena dvěma úkony fondu, a to sdělením o pozastavení administrace žádosti o dotaci ze dne 30. 3. 2022 a zahájením kontroly ve vztahu k plnění podmínek poskytnutí dotace ze dne 21. 12. 2022. V posuzované věci totiž nebyly splněny podmínky k tomu, aby úkony fondu byly způsobilé běh prekluzivní lhůty přerušit.

[14]            To zaprvé z důvodu, že úkony provedl fond, tedy jiný orgán, než který je příslušný pro vedení přezkumného řízení. Fond je smluvní stranou veřejnoprávní smlouvy a nemá dle českého práva pravomoc vést řízení o nesrovnalosti, ke které mělo dojít v průběhu uzavírání dohody – jinak by totiž rozhodoval jako „soudce ve vlastní věci“. Opačný závěr neplyne ani z rozsudku Soudního dvora ze dne 11. 6. 2015, ve věci C‑52/14, Pfeifer & Langen II (dále jen „rozsudek Soudního dvora C‑52/14“), na nějž odkazoval městský soud a který se týkal odlišných skutkových okolností, neboť zde nesrovnalost spočívala výlučně v porušení povinností příjemce veřejné podpory. S ohledem na povahu nesrovnalosti v nyní souzené věci nemohl úkony přerušující běh prekluzivní lhůty činit fond, který měl stejné procesní postavení jako stěžovatel, tj. byl toliko účastníkem řízení.

[15]            Za druhé nemohlo dojít k přerušení lhůty proto, že dotčené úkony fondu se vůbec netýkaly vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti, jež byla následně předmětem přezkumného řízení. Konkrétně ve sdělení ze dne 30. 3. 2022 fond nespecifikoval, jaká konkrétní nesrovnalost je v auditním šetření Komise ke střetu zájmů přezkoumávána. Závěr soudu, že průběh auditu musel být stěžovateli znám z médií, není správný a nemá jakoukoliv oporu v provedeném dokazování. Stěžovatel, který ani nebyl auditovanou osobou, se s výsledky šetření seznámil až v rámci řízení u ministerstva. Úkonem způsobilým přerušit běh prekluzivní lhůty nebylo ani zahájení kontroly fondem na konci roku 2022. Fond je oprávněn provádět kontrolu toliko v mezích § 12a odst. 1 zákona o SZIF; není však oprávněn přezkoumávat zákonnost uzavřených dohod o poskytnutí dotace. Stěžovatel tak ze zahájení kontroly ze strany fondu nemohl dovodit jakékoliv ohrožení platnosti a účinnosti uzavřené veřejnoprávní smlouvy. Stěžovatel v této souvislosti odkázal na usnesení Soudního dvora (devátého senátu) ze dne 28. 6. 2022 ve věci C‑728/21, OF proti Instituto de Financiamento da Agricultura e Pescas IP, bod [19], dle kterého nemůže být prekluzivní lhůta pro zahájení stíhání přerušena jakýmkoliv úkonem kontroly obecné povahy bez souvislosti s podezřením na konkrétní nesrovnalosti.

III.b) Ovládání společnosti Agrofert veřejným funkcionářem

[16]            Dále stěžovatel brojí proti posouzení otázky, kdo byl v okamžiku uzavření veřejnoprávní smlouvy ovládající osobou společnosti Agrofert, jež je jediným akcionářem stěžovatele. Městský soud nesprávně uzavřel, že ovládající osobou byl Andrej Babiš. Podle stěžovatele byl touto osobou ve skutečnosti Zbyněk Průša, jakožto správce svěřenských fondů.

[17]            Stěžovatel namítl, že mu svědčilo legitimní očekávání, že pojmu „ovládání“ použitému v zákoně o střetu zájmů bude přiřazen stejný význam jako v zákoně o obchodních korporacích. Městský soud překročil ústavně právní mantinely výkladu zákona o střetu zájmů (viz nález Ústavního soudu ze dne 11. 2. 2020, sp. zn. Pl. ÚS 4/17, N 21/98 SbNU 163), pokud zaměnil pojem ovládání dle zákona o obchodních korporacích s širším pojmem skutečné majitelství (jakožto zákonným konstruktem), jež může být založeno i na benefitu, resp. prospěchu plynoucímu určité osobě z obchodní korporace. Takový výklad je v rozporu s principem právní jistoty, předvídatelnosti práva a jednotného a bezrozporného právního řádu. Rovněž poukaz soudu na § 3 odst. 3 písm. a) zákona o střetu zájmů je zcela nepřiléhavý; toto ustanovení vyžaduje prokázání konkrétního jednání veřejného funkcionáře, který zneužije svého postavení za účelem získání majetkového nebo jiného prospěchu, což v nyní řešené věci nikdy nebylo tvrzeno, natož prokázáno.

[18]            Soud sice založil své posouzení na konstrukci nepřímého faktického rozhodujícího vlivu, který má být zcela reálný, nijak však neprokázal žádný konkrétní projev toho, že by Andrej Babiš společnost Agrofert skutečně fakticky ovládal. Pouhou možnost faktického rozhodujícího vlivu jiné osoby dle stěžovatele nelze považovat za plný důkaz opaku zákonem stanovených domněnek ovládání, které svědčí o ovládání společnosti Agrofert Zbyňkem Průšou, jakožto svěřenským správcem. Jinak by bylo nutno dospět k absurdním závěrům, např. by bylo možno dovozovat, že všechny obchodní společnosti ovládané fyzickými osobami v manželském svazku jsou fakticky ovládané jejich manželi či manželkami. Absurdní je úvaha soudu, podle níž mají možnost výkonu faktického rozhodujícího vlivu i všechny osoby, které se na základě předchozích pracovních vztahů znají s osobou, jež je oprávněna hlasovat na valné hromadě. V rozsudku tak absentuje jakýkoliv důkaz vlivu Andreje Babiše na správce svěřenských fondů, ale i jakéhokoliv relevantního dosavadního kontaktu mezi těmito osobami.

[19]            Městský soud tedy dle stěžovatele vyložil statuty svěřenských fondů vadně. Jeho odůvodnění je v tomto ohledu částečně nepřezkoumatelné a z hlediska principu právní jistoty zcela neudržitelné, neboť z něj nelze seznat, jaké skutečnosti považoval za rozhodující pro dovození jím konstruovaného konceptu nepřímého faktického ovládání, zvláště při vědomí poměrně velkého počtu dílčích žalobních námitek, jimž dal soud alespoň částečně za pravdu. Městský soud zcela nedostatečně uzavřel, že pro posouzení věci byla stěžejní kombinace jednotlivých aspektů fungování svěřenských fondů. Odůvodnění rozsudku týkající se možného nastavení svěřenského fondu tak, aby vylučoval rozhodující vliv zakladatele, je vnitřně rozporné, protože soud na jednu stranu připouští, že by se mohlo jednat o vhodný nástroj pro vyhovění požadavkům zákona o střetu zájmů, na druhou stranu však takovou eventualitu vylučuje s ohledem na prospěch, který může ze svěřenského fondu plynout, a to bez ohledu na nastavený způsob správy.

[20]            Ačkoliv se městský soud některými aspekty řízení a správy svěřenských fondů podrobněji zabýval, jeho posouzení není správné. Účelem fondů zcela jistě mohla být nezávislá správa svěřeného majetku vykonávaná nezávisle na zakladateli těchto fondů (k tomu viz čl. 6.2 statutu svěřenských fondů). Ochrana zájmů Andreje Babiše byla pouze vedlejším účelem. Fondy byly od počátku konstruovány jako nástroj pro vyhovění zákazům stanoveným zákonem o střetu zájmů, proto byla logicky doba trvání fondů navázána na dobu, kdy bude Andrej Babiš veřejným funkcionářem. Není zřejmé, z čeho soud dovodil, že obsazení svěřenských správců a protektorů osobami, které již dříve pracovaly pro společnosti ze skupiny Agrofert, implikuje jakoukoliv závislost těchto osob na Andreji Babišovi po založení těchto fondů. Je logické, že byli jmenováni lidé, kteří již měli zkušenosti s řízením této skupiny a znali její vnitřní fungování. Pokud jde o rodinného protektora, ten neslouží k ochraně zájmů Andreje Babiše, ale ochraně zájmů jeho rodiny.

[21]            Nepřípadný je dále poukaz soudu na možnost prodeje skupiny Agrofert; najít kupce na takto rozsáhlou podnikatelskou skupinu nebylo ve vymezené legisvakanční lhůtě objektivně možné. Soudem zmíněná možnost společností náležejících do skupiny Agrofert neucházet se o dotace by vedla k poškození těchto společností v hospodářské soutěži oproti jejím konkurentům. Městský soud se nesprávně vypořádal rovněž s rozhodnutím Krajského úřadu Středočeského kraje ze dne 26. 9. 2019, který pravomocně rozhodl, že znak ovládání není ve vztahu ke společnosti Agrofert splněn v kontextu § 4a zákona o střetu zájmů.

III.c) Neaplikovatelnost § 4c zákona o střetu zájmů na dohodu

[22]            V rámci třetího okruhu kasačních námitek stěžovatel zdůraznil, že § 4c zákona o střetu zájmů na dotace poskytované fondem ve skutečnosti vůbec nedopadá, a tedy ho fond při uzavírání dohody ani nemohl porušit. Městský soud nesprávně vyložil přezkoumávaná správní rozhodnutí, která byla ve skutečnosti založena na předpokladu, že zákon o SZIF, podle něhož fond při poskytování dotací postupuje, je natolik úzce propojen se zákonem o rozpočtových pravidlech, že § 4c zákona o střetu zájmů musí dopadat i na dotace poskytované fondem podle zákona o SZIF. Proti tomuto závěru správních orgánů stěžovatel brojil žalobními námitkami, s nimiž se ovšem městský soud nevypořádal, a na místo toho nově formuloval předpoklad, že zákon o SZIF je „právním předpisem upravujícím rozpočtová pravidla“. Tento závěr je však zcela nesprávný.

[23]            Úpravou rozpočtových pravidel ve smyslu § 4c zákona o střetu zájmů nelze rozumět poskytování dotací, jak uzavřel městský soud. Z textu tohoto ustanovení plyne, že zákaz má dopadat pouze na dotace poskytované dle právního předpisu, jež (zároveň) upravuje rozpočtová pravidla. Tomu nasvědčuje i odkaz uvedený v poznámce pod čarou. Městský soud se tedy dopustil rozšiřujícího výkladu, v rozporu s nálezem Ústavního soudu sp. zn. Pl. ÚS 4/17.

[24]            Pokud jde o smysl a účel § 4c zákona o střetu zájmů, stěžovatel zdůraznil, že odlišný přístup k dotacím poskytovaným dle zákona o rozpočtových pravidlech a dle zákona o SZIF může být ospravedlněn i tím, že poskytovateli dotací dle zákona o rozpočtových pravidlech jsou typicky ústřední orgány státní správy, jejichž organizační vazba na vůli členů vlády je užší než u státních fondů. Stěžovatel nesouhlasí ani s úvahami soudu o eurokonformním výkladu zákona o střetu zájmů. Použitelnost § 4c zákona o střetu zájmů na dotace poskytované podle zákona o SZIF nelze dovodit ani ze soudem zmiňované judikatury Nejvyššího správního soudu.

III.d) Právní účinky zrušení dohody, ochrana nabytých práv stěžovatele

[25]            Nezákonný a částečně nepřezkoumatelný je dle stěžovatele rovněž závěr soudu, že dohodu bylo třeba zrušit s účinky k datu jejího uzavření. Stěžovatel odkázal na zásadu ochrany práv nabytých v dobré víře a na zásadu proporcionality přezkumného řízení (§ 94 odst. 4 správního řádu). Zdůraznil, že § 4c zákona o střetu zájmů není dotační podmínkou, za jejíž splnění by byl stěžovatel odpovědný. Stěžovatel tudíž žádnou povinnost uloženou zákonem o střetu zájmů neporušil, ani k takovému porušení nijak nepřispěl, a nelze jej proto za nedodržení zákonné povinnosti ze strany orgánu veřejné moci postihovat (viz rozsudek NSS ze dne 11. 11. 2010, č. j. 1 Afs 77/2010 ‑ 81). Nelze na něj ani aplikovat soudem citované judikatorní závěry, které se zabývají výlučně porušením dotačních podmínek ze strany příjemce dotace. Nepřezkoumatelná je úvaha soudu, že zjištěný střet zájmů vyvolává legitimní pochybnosti, zda stěžovatelův projekt odpovídá cílům dotačního programu.

[26]            Vadné je rovněž soudem provedené poměřování práv nabytých stěžovatelem a veřejného zájmu. Soud nesprávně uzavřel, že stěžovatel z dohody nenabyl žádná práva v dobré víře, což zcela nesmyslně dovozuje z toho, že neobdržel žádné konkrétní ujištění, že je projekt zcela bezvadný. Dobrou víru naopak založila nevyvrácená domněnka poctivosti a dobré víry a rovněž skutečnost, že stěžovatel neuvedl v žádosti o dotaci žádné nesprávné, neúplné či zavádějící informace o svém právním postavení. Podpořený projekt v dobré víře řádně uskutečnil.

[27]            Soud rovněž zcela nesprávně poměřoval stěžovatelem nabytá práva s veřejným zájmem na ochraně veřejných rozpočtů. Soud měl zohlednit veřejný zájem na uskutečnění projektu podpořeného z dotace. Stejně jako žalovaný i městský soud chybně vycházel z toho, že českým veřejným rozpočtům nehrozí riziko jenom ve vztahu k dotaci poskytnuté stěžovateli, ale ve vztahu k více projektům různých žadatelů ze skupiny Agrofert, a to až do výše 581 418 529 Kč.  Poměřování práv nabytých v dobré víře a veřejného zájmu v režimu § 94 odst. 4 správního řádu je logicky omezeno jen těmi důsledky, které vyvolává zrušení konkrétního přezkoumávaného aktu veřejné správy, tedy přezkoumávané dohody.

[28]            Zatímco soud dospěl k závěru, že okolnosti případu odůvodňují jiné řešení než zrušení dohody s účinky ex nunc (§ 99 odst. 3 správního řádu), rozhodnutí žalovaného odlišně odůvodňuje zrušení dohody od samého počátku výlučně smyšlenou a městským soudem explicitně vyvrácenou nesprávností a neúplností podkladů předložených stěžovatelem. Žalovaný přitom na tuto podmínku neodkázal toliko podpůrně, jak uvedl městský soud. Soud tak nezákonně a nepřezkoumatelně dotvořil odůvodnění rozhodnutí žalovaného.

4. Vyjádření žalovaného a osoby zúčastněné na řízení, replika stěžovatele

[29]            Žalovaný ve svém vyjádření uvedl, že nepovažuje námitky stěžovatele za důvodné a navrhl zamítnutí kasační stížnosti.

[30]            V souvislosti s námitkou uplynutí prekluzivní lhůty pro zahájení přezkumného řízení žalovaný upozornil, že Česká republika využila možnosti stanovit si delší lhůtu pro zahájení řízení o stíhání nesrovnalosti ve smyslu čl. 3 odst. 3 nařízení 2988/95, a to konkrétně v § 11a zákona o SZIF. Žalovaný nadto nesouhlasí s názorem stěžovatele, že úkony fondu, jako poskytovatele dotace s primární odpovědností za její administraci, nejsou způsobilé přerušit běh prekluzivní lhůty. Pokud by bylo vázáno přerušení této lhůty pouze na úkony nadřízeného orgánu (ministerstva), celá konstrukce účinného dozoru nad dodržováním podmínek dotace by selhala a promlčení by nastávalo bez ohledu na to, že věc byla aktivně šetřena prvostupňovým správním orgánem.

[31]            Městský soud dle žalovaného rovněž správně posoudil otázku existence střetu zájmů, a stejně tak i samotné použitelnosti § 4c zákona o střetu zájmů na dotace poskytované dle zákona o SZIF (jak vyplývá z dřívější judikatury NSS). Soudní praxe ostatně již potvrdila i závěr, že Andrej Babiš ovládá společnosti ze skupiny Agrofert.

[32]            V otázce stanovení účinků rozhodnutí o zrušení dohody o poskytnutí dotace žalovaný považuje za podstatné, že bylo prokázáno, že stěžovatel při podání žádosti nesplňoval zákonné podmínky způsobilosti (konkrétně porušil zákaz dle § 4c zákona o střetu zájmů), a překážka pro poskytnutí dotace tak existovala již ke dni uzavření dohody. Proto bylo nutno dohodu zrušit s účinky ex tunc. Žalovaný v rámci přezkumného řízení výslovně zohlednil charakter porušení ‑ tj. že jde o naplnění zákonného důvodu vylučujícího způsobilost žadatele v době, kdy o poskytnutí dotace žádal – tato skutečnost byla natolik zásadní, že znemožňovala uzavření dohody již při jejím vzniku. Odpovědnost za splnění podmínek dotace přitom nese výhradně žadatel, nikoliv poskytovatel dotace. Právě žadatel – stěžovatel – měl být tím, kdo musí vědět, jaká osoba jej ovládá.

[33]            Osoba zúčastněná na řízení se ke kasační stížnosti nevyjádřila.

[34]            Stěžovatel ve své replice vyjádřil nesouhlas s názorem žalovaného, že by veškerá řízení o nesrovnalostech mohla být zahájena ve lhůtě dle § 11a zákona o SZIF. K argumentaci žalovaného ohledně možnosti přerušení prekluzivní lhůty stěžovatel opětovně zdůraznil, že fond není oprávněn činit úkony, které by se týkaly vyšetřování nesrovnalosti spočívající v domnělém porušení jeho vlastních povinností při uzavírání smluv o poskytnutí dotací (tj. povinnosti neposkytnout dotaci žadateli z důvodu podezření na porušení § 4c zákona o střetu zájmů). Jediným orgánem, který má pravomoc tento typ nesrovnalosti vyšetřit, je ministerstvo jako nadřízený orgán fondu, jež má k dispozici celou řadu nástrojů ke kontrole plnění povinností fondu při poskytování dotací.

[35]            Dále stěžovatel znovu zpochybnil dovození faktického ovládání obchodní společnosti na základě „pouhé známosti“ mezi osobou oprávněnou vykonávat akcionářská práva a třetí osobou. Soud nijak neprokázal (a ani se o to nepokoušel) reálné využití této známosti za účelem výkonu rozhodujícího vlivu v dané společnosti. Stěžovatel dále vysvětlil, proč dle jeho názoru neplyne použitelnost § 4c zákona o střetu zájmů na poskytování dotací dle zákona o SZIF již z předchozí judikatury Nejvyššího správního soudu, jak se domnívají žalovaný i městský soud.

[36]            Stěžovatel nesouhlasí ani s procesní obranou žalovaného ve vztahu k právním účinkům zrušení dohody. Žalovaný se zjevně neorientuje v základních aspektech případu; není pravdou, že by stěžovatel „porušil“ podmínky § 4c zákona o střetu zájmů již v okamžiku podání žádosti o dotaci dne 27. 10. 2017, neboť v té době Andrej Babiš vůbec nebyl veřejným funkcionářem ve smyslu § 2 odst. 1 písm. c) zákona o střetu zájmů. Za nesprávnou považuje stěžovatel premisu žalovaného, že by pro posouzení podmínek § 4c zákona o střetu zájmů měl jakýkoliv význam okamžik podání žádosti o dotaci – toto ustanovení totiž zakazuje orgánům veřejné moci poskytnout dotaci stanovenému okruhu obchodních společností (nikoliv podat žádost o dotaci). Proto také pojmově nemohl toto ustanovení porušit stěžovatel, ale výlučně fond, jakkoliv se to žalovaný zdráhá přiznat.

5. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem

[37]            Nejvyšší správní soud při posuzování kasační stížnosti hodnotil, zda jsou splněny podmínky řízení. Zjistil, že kasační stížnost má požadované náležitosti a je projednatelná. Důvodnost kasační stížnosti posoudil v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.).

[38]            Kasační stížnost není důvodná.

[39]            Nejprve se soud zabýval namítanou (částečnou) nepřezkoumatelností napadeného rozsudku, ke které je případně povinen přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 4 s. ř. s.). V této souvislosti připomíná, že dle ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu je za nepřezkoumatelné pro nedostatek důvodů pokládáno takové rozhodnutí krajského (městského) soudu, z jehož odůvodnění není zřejmé, proč soud nepovažoval za důvodnou právní argumentaci účastníka řízení v žalobě a proč žalobní námitky účastníka považuje za liché, mylné nebo vyvrácené, zejména tehdy, jde‑li o právní argumentaci, na níž je postaven základ žaloby. Soud, který se vypořádává s takovou argumentací, ji nemůže jen pro nesprávnost odmítnout, ale musí také uvést, v čem konkrétně její nesprávnost spočívá (srov. rozsudek NSS ze dne 14. 7. 2005, č. j. 2 Afs 24/2005 ‑ 44, č. 689/2005 Sb. NSS). Na druhou stranu však nelze povinnost soudu řádně odůvodnit rozhodnutí chápat tak, že musí být na každý argument strany podrobně reagováno (srov. např. nález ÚS ze dne 15. 1. 2008, sp. zn. IV. ÚS 1903/07, či ze dne 16. 5. 2007, sp. zn. IV. ÚS 493/06). Podstatné je, aby se soud v rozhodnutí zabýval všemi stěžejními námitkami žalobce, což může v některých případech konzumovat i vypořádání dílčích a souvisejících námitek (srov. rozsudek NSS ze dne 24. 4. 2014, č. j. 7 Afs 85/2013 ‑ 33). Správní soud také může pro stručnost odkázat na část důkladného odůvodnění rozhodnutí správního orgánu, s nímž se plně ztotožní, a nemusí proto neprakticky a zdlouhavě říkat jinými slovy totéž (srov. rozsudek NSS ze dne 27. 7. 2007, č. j. 8 Afs 75/2005 ‑ 130).

[40]            V posuzované věci se městský soud dostatečně vypořádal s podstatou žalobní argumentace a srozumitelně vysvětlil, proč ji nepovažuje za důvodnou. Napadený rozsudek dostál kritériím přezkoumatelnosti, jak je stanovuje setrvalá judikatura. Ke konkrétním namítaným důvodům nepřezkoumatelnosti se kasační soud vyjádří níže v souvislosti s věcným vypořádáním stěžovatelových námitek.

[41]            Nejvyšší správní soud předesílá, že s ohledem na značné množství dílčích námitek, kterými se stěžovatel snaží zpochybnit téměř každé vyjádření městského soudu v napadeném rozsudku, se soud zaměří na podstatu věci. Bylo by na úkor srozumitelnosti, pokud by měl soud reagovat zvlášť na každé jednotlivé tvrzení obsažené v kasační stížnosti. Povinnost řádného odůvodnění rozhodnutí nelze mechanicky ztotožňovat s povinností soudu poskytnout podrobnou odpověď na každý jednotlivý uplatněný argument. Dále Nejvyšším správním soudem uvedené ucelené vypořádání podstaty sporu tak ve svém souhrnu obsahově vyvrátí i jednotlivé dílčí kasační námitky (v tomto směru srov. např. nález ÚS ze dne 12. 2. 2009, sp. zn. III. ÚS 989/08; a rozsudky NSS ze dne 29. 3. 2013, čj. 8 Afs 41/2012 ‑ 50, nebo ze dne 6. 6. 2013, čj. 1 Afs 44/2013 ‑ 30, popřípadě ze dne 3. 7. 2013, čj. 1 As 17/2013 ‑ 50).

V.a) Právo zahájit přezkumné řízení nebylo prekludováno

[42]            Předně se kasační soud zabýval námitkou uplynutí prekluzivní lhůty ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 pro zahájení přezkumného řízení ve věci veřejnoprávní smlouvy. K případné prekluzi by byl ostatně povinen přihlédnout i z úřední povinnosti, neboť prekludovanému, a tudíž již neexistujícímu (zaniklému) právu nelze poskytovat ochranu (k tomu přiměřeně srov. např. nález ÚS ze dne 26. 2. 2009, sp. zn. I. ÚS 1169/07, N 38/52 SbNU 387).

[43]            V posuzované věci fond stěžovateli poskytl dotaci dle zákona o SZIF, který v § 11a odst. 1 uvádí: „V případě neoprávněné platby dotace kryté zcela nebo zčásti prostředky z rozpočtu Evropské unie postupuje Fond podle přímo použitelného předpisu Evropské unie a podle tohoto zákona. Řízení o vrácení dotace Fond zahájí nejpozději do 10 let ode dne jejího vyplacení.“ V odstavci 2 stanovuje: „V případě neoprávněné platby dotace poskytnuté výhradně z národních zdrojů postupuje Fond podle tohoto zákona. Řízení o vrácení dotace Fond zahájí nejpozději do 10 let ode dne jejího vyplacení.“ Zákon o SZIF tedy upravuje prekluzivní lhůtu pro zahájení řízení o vrácení neoprávněné platby dotace. Podle žalovaného přitom bylo možno zahájit přezkumné řízení ve věci nezákonnosti veřejnoprávní smlouvy v rámci této desetileté prekluzivní lhůty.

[44]            Naproti tomu stěžovatel tvrdí, že bylo nutno dodržet čtyřletou prekluzivní lhůtu ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95. Podle tohoto ustanovení platí: „Promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst. 1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. (…) Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení. Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.“

[45]            Kasační soud pro úplnost podotýká, že byť toto nařízení označuje lhůty jako „promlčecí“, ze znění čl. 3 odst. 1, jakož i z jeho teleologického výkladu je třeba dovodit, že tyto lhůty mají povahu lhůty prekluzivní (srov. rozsudek NSS ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021 ‑ 66, č. 4333/2022 Sb. NSS, odst. [28]). 

[46]            V souvislosti s otázkou použitelnosti úpravy obsažené v čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 je namístě připomenout, že Soudní dvůr v současnosti vede pod číslem C‑539/24, Mikroregion Porta Bohemica, řízení o předběžných otázkách položených Nejvyšším správním soudem v jiné věci, které se týkají právě výkladu čl. 3 odst. 1 a 3 nařízení 2988/95 (viz usnesení NSS ze dne 31. 7. 2024, č. j. 10 Afs 82/2024 ‑ 52). Jedná se o následující otázky:

1) Umožňuje nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství,

a) vnitrostátní úpravu, která ve smyslu čl. 3 odst. 3 tohoto nařízení stanoví delší lhůtu pro rozhodnutí ve věci (zde desetiletou), než která vyplývá z čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého nařízení, aniž by současně výslovně stanovila také samostatnou lhůtu pro zahájení řízení, tak jak ji upravuje ve svém čl. 3 odst. 1 pododstavec první nařízení 2988/95?

b) členskému státu jako počátek lhůty pro vydání rozhodnutí určit – namísto okamžiku, kdy k nesrovnalosti došlo – první den následujícího kalendářního roku?

2) V případě, že bude odpověď na část a) první otázky kladná, umožňuje nařízení 2988/95 členskému státu, který využil oprávnění podle čl. 3 odst. 3 tohoto nařízení, zahájit řízení ve lhůtě delší, než jaká plyne z čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního nařízení 2988/95? Nebo je třeba – v případě, že vnitrostátní úprava zvláštní lhůtu pro zahájení řízení nestanoví – postupovat podle čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního nařízení 2988/95 a zahájit řízení ve lhůtě tam stanovené?

3) Je třeba v případě nesrovnalostí ve smyslu čl. 1 odst. 1 nařízení 2988/95, které vyvstaly při financování záměrů souvisejících s některou z politik Unie a v návaznosti na dotace poskytnuté částečně z unijních zdrojů a částečně ze zdrojů rozpočtu členského státu, postupovat jen podle nařízení 2988/95 (včetně lhůt a definic), tedy vztáhnout nařízení na nesrovnalost v celém jejím rozsahu? Nebo je třeba takto postupovat jen ve vztahu k oddělitelné části dotace poskytnuté z unijních zdrojů, a ve vztahu k oddělitelné části poskytnuté z rozpočtu členského státu naopak postupovat podle vnitrostátního předpisu?

[47]            Kasační soud tak zpochybnil soulad ustanovení § 44a odst. 11, věty poslední, rozpočtových pravidel, které upravuje desetiletou prekluzivní lhůtu pro vyměření odvodu a penále (toto ustanovení konkrétně uvádí: „Odvod a penále lze vyměřit do 10 let od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně.“), s unijním právem.

[48]            V nyní souzené věci se sice jedná o poněkud odlišnou situaci – zákon o SZIF upravuje vlastní prekluzivní lhůtu pro zahájení řízení o vrácení dotace, kterou stanovuje v délce 10 let ode dne vyplacení dotace (viz § 11a). Výslovně však nestanovuje prekluzivní lhůtu pro zahájení takových řízení o nesrovnalosti, která nevedou k vrácení dotace, a to z důvodu, že k samotnému vyplacení dotace ještě nedošlo (jak tomu bylo ve věci stěžovatele). Zodpovězení uvedených předběžných otázek by proto mohlo být relevantní i pro posouzení nyní projednávané věci, v níž je primárně potřeba si ujasnit, zda byla tato prekluzivní lhůta dle nařízení 2988/95 na posuzovanou věc vůbec použitelná. Nejvyšší správní soud nicméně nepovažoval za nezbytné přerušit řízení a vyčkat rozhodnutí Soudního dvora. Dospěl totiž shodně s městským soudem k závěru, že čtyřletá prekluzivní lhůta pro zahájení stíhání o nesrovnalosti ve smyslu citovaného nařízení byla v posuzované věci tak i tak dodržena. Úvahy, které kasační soud vedly k tomuto závěru, jsou rozvedeny dále.

[49]            Nejprve je vhodné zmínit, že pod pojem stíhání (týkající se nesrovnalosti), k jehož zahájení stanovuje čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 čtyřletou prekluzivní lhůtu, je dle judikatury Soudního dvora třeba zahrnout jednak řízení, jejichž účelem je uložení sankce (viz čl. 5 nařízení 2988/95), a jednak řízení, jejichž výsledkem je uložení správního opatření (k tomu srov. např. rozsudky SD EU ze dne 29. 1. 2009, ve spojených věcech C‑278/07 až C‑280/07, Josef Vosding Schlacht‑, Kühl‑ und Zerlegebetrieb a další, ze dne 17. 9. 2014, ve věci C‑341/13, Cruz & Companhia, či ze dne 11. 6. 2015, ve věci C‑52/14, Pfeifer & Langen II). Toto ustanovení se tedy uplatní jak na nesrovnalosti vedoucí k uložení správní sankce ve smyslu čl. 5 téhož nařízení (např. správní pokuty), tak na nesrovnalosti, které jsou předmětem správního opatření ve smyslu čl. 4 uvedeného nařízení, jehož cílem je odnětí neoprávněně získané výhody, avšak nevykazuje povahu sankce (viz rozsudek Soudního dvora ze dne 3. 9. 2015, ve věci C‑383/14, Sodiaal International, SD EU, srov. rozsudek NSS ze dne 15. 2. 2024, č. j.  4 Afs 52/2023 ‑ 85).

[50]            Soudní dvůr již ve své rozhodovací praxi rovněž jednoznačně vyslovil, že běh čtyřleté prekluzivní lhůty pro zahájení stíhání začíná od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti, kterou se podle čl. 1 odst. 2 téhož nařízení rozumí jakékoli porušení právního předpisu vyplývající z jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, v důsledku kterého je nebo by mohl být poškozen souhrnný rozpočet Unie (viz rozsudky ze dne 6. 10. 2015, ve věci C‑59/14, Firma Ernst Kollmer Fleischimport und‑export, či ze dne 10. 4. 2025, ve věci C‑657/23, Ministerstvo zemědělství). Obdobně Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023 ‑ 85, konstatoval, že za nesrovnalost ve smyslu citovaného nařízení je nutno považovat porušení dotačních podmínek, kterým byl či případně mohl být poškozen rozpočet EU. Pro závěr o nesrovnalosti ve smyslu nařízení č. 2988/95 přitom postačí pouhá potencialita poškození unijního rozpočtu. Kasační soud v odkazované věci rovněž odmítl názor tehdejšího žalovaného, že „teprve v okamžiku, kdy byly stěžovateli vyplaceny na jeho účet prostředky z předmětné dotace, byly naplněny zmíněné podmínky nesrovnalosti podle nařízení č. 2988/95“.

[51]            Ve světle uvedených závěrů lze přisvědčit závěru městského soudu, že za stíhání nesrovnalosti ve smyslu uvedené unijní úpravy lze považovat také přezkumné řízení veřejnoprávní smlouvy, o které šlo v nyní posuzované věci. Nejedná se sice přímo o řízení o vrácení již poskytnuté dotace (srov. bod 23 rozsudku NSS č. j. 4 Afs 52/2023 ‑ 85, v němž soud konstatoval, že nařízení 2988/95 v čl. 3 pododstavec 1 obsahuje lhůtu pro zahájení řízení o vrácení poskytnuté dotace); zrušením veřejnoprávní smlouvy však dochází k tomu, že stěžovatel pozbyde nárok na vyplacení již přiznané dotace, a to v důsledku existence nesrovnalosti (porušení právního předpisu upravující střet zájmů), která by potenciálně mohla vést k poškození unijního rozpočtu. V tomto smyslu tak lze přezkumné řízení veřejnoprávní smlouvy materiálně považovat za řízení směřující k uložení opatření či správní sankce ve smyslu čl. 4 a 5 nařízení 2988/95.

[52]            Mezi stranami není sporu o tom, že k šetřené nesrovnalosti (porušení zákona o střetu zájmů) mělo dojít uzavřením veřejnoprávní smlouvy dne 17. 5. 2018. Žalovaný zahájil přezkumné řízení dne 17. 7. 2023, tedy více než 4 roky po vzniku nesrovnalosti. Rozhodná proto byla otázka (mezi stranami sporná), zda došlo (kdy a jakým úkonem) k přerušení běhu čtyřleté prekluzivní lhůty dle čl. 3 odst. 1 nařízení 2899/95.

[53]            Městský soud správně konstatoval, že aby byl určitý úkon způsobilý přerušit běh prekluzivní lhůty, musí kumulativně naplňovat tyto podmínky: i) musí být vydán příslušným orgánem, ii) musí být oznámen dané osobě, iii) musí se týkat vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti (viz čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95). Stěžovatel v kasační stížnosti zpochybňuje splnění první a třetí z uvedených podmínek. Městský soud při posouzení této otázky správně vyšel z obecných závěrů rozsudku Soudního dvora ve věci C‑52/14, podle něhož „pojmem „příslušný orgán“ ve smyslu tohoto ustanovení se rozumí orgán, který je podle vnitrostátního práva příslušný učinit dotčené úkony týkající se vyšetřování nebo stíhání, přičemž tento orgán může být jiný než orgán, který přiznává nebo vymáhá částky neoprávněně získané na úkor finančních zájmů Unie“ (viz bod [33]). Soudní dvůr dále konstatoval, že „aby byl úkon kvalifikován jako „úkon, který se týká vyšetřování nebo stíhání“ ve smyslu tohoto ustanovení, musí dostatečně přesně vymezit operace, kterých se týkají podezření na nesrovnalosti“ (bod [47]).

[54]            Nelze souhlasit s názorem stěžovatele, že by závěry uvedeného rozsudku Soudního dvora nebyly na nyní posuzovanou věc přenositelné s ohledem na odlišné skutkové okolnosti, které dle stěžovatele tkví v tom, že v případě řešeném Soudním dvorem spočívala nesrovnalost výlučně v porušení povinností příjemce veřejné podpory. K tomu kasační soud podotýká, že také v nyní posuzovaném případě spočívala šetřená nesrovnalost (existence střetu zájmů) v pochybení stěžovatele, coby příjemce dotace. Podle Pravidel, kterými se stanovují podmínky pro poskytování dotace na projekty Programu rozvoje venkova na období 2014‑2020, konkrétně kap. 4 nazvané Obecná ustanovení pro poskytnutí dotace v rámci Programu rozvoje venkova, písm. e) zodpovídá za plnění podmínek stanovených Pravidly výhradně žadatel/příjemce dotace. Podle písm. j) musí být projekt v souladu s příslušnou právní úpravou (a tedy i v souladu s pravidly stanovujícími zákaz střetu zájmů, pozn. NSS) od data podání žádosti o dotaci do konce lhůty vázanosti projektu na účel. Toto pravidlo tedy platí rovněž pro zákaz střetu zájmů ve smyslu § 4c zákona o střetu zájmů. Uvedenou podmínku proto musí žadatel splňovat po celou dobu vyřizování žádosti o dotaci (viz rozsudek NSS ze dne 15. 1. 2025, č. j. 10 Afs 157/2024 ‑ 62, č. 4665/2025 Sb. NSS). Bylo proto na stěžovateli jako žadateli o dotaci/příjemci dotace, aby zajistil, že mu v čerpání dotace nebrání existence střetu zájmů. Pokud tedy stěžovatel na více místech své kasační stížnosti upozorňuje na to, že se případného porušení podmínek pro poskytnutí dotace dopustil fond, a nikoliv sám stěžovatel, nelze mu v tomto jeho předpokladu přisvědčit. Ostatně Nejvyšší správní soud již ve své rozhodovací praxi opakovaně zdůraznil, že za dodržení podmínek, které se vážou k udělení dotace, je zodpovědný primárně příjemce dotace (srov. např. rozsudek NSS ze dne 15. 8. 2012, č. j. 1 Afs 15/2012 ‑ 38).

[55]            Shodně s městským soudem i Nejvyšší správní soud považuje fond za příslušný orgán ve smyslu výše citované unijní úpravy, tedy orgán oprávněný k vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti, a to s ohledem na jeho oprávnění plynoucí mu z § 12a odst. 1 zákona o SZIF (resp. § 12a odst. 2 zákona o SZIF, ve znění účinném od 1. 1. 2023). Podle tohoto ustanovení je fond oprávněn, a to i bez ohlášení, provádět kontrolu a) správnosti a úplnosti údajů uvedených v žádostech podávaných Fondu, b) plnění povinností a podmínek vyplývajících z vydaných rozhodnutí a uzavřených smluv a dohod podle § 1 odst. 2, c) správnosti informací poskytovaných Fondu podle tohoto zákona, zákona o zemědělství a nařízení vlády vydaných k jejich provedení, d) plnění povinností vyplývajících z přímo použitelného předpisu Evropské unie, pokud zvláštní právní předpis nestanoví jinak, e) plnění kritérií způsobilosti, víceletých podmínek a povinností podle příslušného opatření, vyplývajících z tohoto zákona a ze zákona o zemědělství nebo f) dvojího financování.

[56]            Přestože je tedy fond stranou veřejnoprávní smlouvy o poskytnutí dotace (jak upozorňuje stěžovatel), zároveň je, jako poskytovatel dotace, oprávněn, v mezích svého zákonného zmocnění, provádět kontrolu plnění podmínek pro poskytnutí dotace, tj. rovněž prověřovat způsobilost příjemce dotace, a tedy také posuzovat případnou existenci střetu zájmů. Je tak třeba jej ve smyslu výše uvedené judikatury Soudního dvora považovat za orgán oprávněný činit dotčené úkony týkající se vyšetřování nebo stíhání nesrovnalosti. Stěžovateli proto nelze přisvědčit, že by úkon přerušující prekluzivní lhůtu mohl provést toliko orgán příslušný k vedení přezkumného řízení, tedy ministerstvo.

[57]            Dále bylo třeba posoudit, zda fond učinil ve vztahu ke stěžovateli úkon, který způsobil přerušení prekluzivní lhůty, tj. úkon, jenž se týkal vyšetřování nebo řízení, v němž byly dostatečně přesně vymezeny operace, kterých se týkají podezření na nesrovnalosti. Nejvyšší správní soud souhlasí s městským soudem, že takovým úkonem bylo oznámení fondu o pozastavení administrace projektu ze dne 30. 3. 2022. Fond zde sice stručně, leč dostatečně konkrétně stěžovateli sdělil, že administrace projektu a platba nebudou provedeny v termínech, jež předpokládají Pravidla pro žadatele (obecná část čl. 10), a to z důvodu prověřování způsobilosti příjemce dotace ve smyslu Nařízení Komise (EU) 809/2014, čl. 48 (správní kontroly) spojené s probíhajícím auditem EK‑DG AGRI ke střetu zájmů. Stěžovateli nelze přisvědčit v tom, že by se tento úkon fondu nijak netýkal vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Naopak, fond tímto úkonem upozorňoval stěžovatele na nesrovnalost spočívající ve střetu zájmů, jež byla předmětem šetření Komise. Fond ostatně ohledně této nesrovnalosti posléze, v návaznosti na výsledky auditu Komise, zahájil kontrolu způsobilosti příjemce dotace. Ze stejného důvodu – existence střetu zájmů – poté ministerstvo zahájilo přezkumné řízení týkající se zákonnosti uzavřené veřejnoprávní smlouvy o poskytnutí dotace. Nejvyšší správní soud souhlasí s městským soudem v tom, že fond tuto nesrovnalost ve sdělení ze dne 30. 3. 2022 dostatečně specifikoval; stěžovateli muselo být zřejmé, že se jednalo o střet zájmů Andreje Babiše, který byl v rozhodné době veřejným funkcionářem ve smyslu § 2 odst. 1 písm. c) zákona o střetu zájmů. Nejednalo se tedy o jakýkoliv úkon obecné povahy, nýbrž o úkon s jasnou souvislostí s podezřením na konkrétní nesrovnalost, která byla posléze důvodem pro zrušení veřejnoprávní smlouvy v přezkumném řízení ze strany žalovaného.

[58]            Nadto lze souhlasit i se závěrem městského soudu (viz bod [33] napadeného rozsudku), že dalším úkonem přerušujícím běh prekluzivní lhůty bylo sdělení fondu o ukončení administrace žádosti o dotaci ze dne 10. 5. 2023. Právo ministerstva zahájit přezkumné řízení tak nemohlo být a nebylo prekludováno. Pro úplnost soud uvádí, že další úkony fondu, kterými by mělo dojít k přerušení prekluzivní lhůty soud v napadeném rozsudku nezmiňoval (tj. ani zahájení kontroly fondu ze dne 21. 12. 2022, jak uvádí stěžovatel v kasační stížnosti).

V.b) Ustanovení § 4c zákona o střetu zájmů je použitelné i na poskytování dotací dle zákona o SZIF

[59]            Dále se soud zabýval otázkou použitelnosti § 4c zákona o střetu zájmů na poskytování dotací dle zákona o SZIF. Stěžovatel sice tuto otázku vznesl až v rámci třetího okruhu své kasační argumentace, z hlediska logické návaznosti argumentace je však třeba ji vyřešit již na druhém místě, neboť v případě negativní odpovědi by bylo bezpředmětné řešit samotnou existenci střetu zájmů (viz druhý okruh kasační argumentace). Kasační soud již na tomto místě předesílá, že s hodnocením této otázky městským soudem souhlasí.

[60]            Ustanovení § 4c zákona o střetu zájmů, ve znění účinném v době uzavření veřejnoprávní smlouvy o poskytnutí dotace, stanoví: „Je zakázáno poskytnout dotaci podle právního předpisu upravujícího rozpočtová pravidla nebo investiční pobídku podle právního předpisu upravujícího investiční pobídky obchodní společnosti, ve které veřejný funkcionář uvedený v § 2 odst. 1 písm. c) nebo jím ovládaná osoba vlastní podíl představující alespoň 25 % účasti společníka v obchodní společnosti.“ (znění účinné do 31. 12. 2023).

[61]            Městský soud se dostatečně vypořádal s podstatou obsáhlé žalobní argumentace vztahující se k této otázce; napadený rozsudek není v tomto ohledu nepřezkoumatelný. Akcentoval zejména závěr správních orgánů, že použitelnost § 4c zákona o střetu zájmů na poskytování dotací podle zákona o SZIF plyne již ze samotného textu tohoto ustanovení a také ze smyslu a účelu právní úpravy zákazu střetu zájmů. Stěžovateli nelze přisvědčit, že by městský soud vystavěl svou argumentaci na zcela jiných důvodech než správní orgány, a že by tak zasáhl do stěžovatelova práva na spravedlivý proces. Zmíněné důvody aplikovatelnosti § 4c zákona o střetu zájmů na posuzovanou věc jsou obsaženy v rozhodnutí správního orgánu I. stupně, který v této souvislosti citoval ze stanoviska Komise vydaného v rámci auditního šetření, s nímž se ztotožnil. Rovněž v rozhodnutí o rozkladu žalovaný zdůraznil, že správní orgány jsou vázány smyslem a účelem zákona o střetu zájmů, které nesvědčí o tom, že by se zákaz obsažený v § 4c tohoto zákona vztahoval toliko na dotace poskytované dle rozpočtových pravidel. Jak uvedl již městský soud, správní rozhodnutí obou stupňů tvoří z hlediska soudního přezkumu jeden celek, přičemž z těchto rozhodnutí jednoznačně plynou závěry směřující k použitelnosti § 4c zákona o střetu zájmů i na poskytování dotací dle zákona o SZIF, které potvrdil v řízení o žalobě rovněž městský soud.

[62]            Kasační soud považuje za podstatné zejména zdůraznit, že účelem právní úpravy zamezení střetu zájmů veřejných funkcionářů obsažené v § 4 až 4c zákona o střetu zájmů je ochrana veřejného zájmu, popřípadě zamezení situacím, ve kterých by ke vzniku možného střetu mohlo dojít. Z nálezu ze dne sp. zn. Pl. ÚS 4/17, ve kterém se Ústavní soud zabýval návrhem na zrušení mimo jiné ustanovení § 4a až 4c zákona o střetu zájmů, vyplývá, že smyslem § 4c uvedeného zákona je zabránit střetu zájmů při vynakládání veřejných prostředků, tedy poskytování dotací nebo investičních pobídek společnostem ovládaným či vlastněným veřejným funkcionářem. Má tak jít o nástroj k zamezení nežádoucího střetu zájmů veřejného funkcionáře ve smyslu § 2 odst. 1 písm. c) zákona o střetu zájmů s jeho soukromými zájmy. Dle Nejvyššího správního soudu je již na první pohled zřejmé, že primárním účelem je ochrana veřejných rozpočtů, resp. veřejného zájmu, bez ohledu na to, podle jakého zákona jsou veřejné prostředky (dotace) vynakládány.

[63]            Nejvyšší správní soud je přitom shodně s městským soudem přesvědčen, že pojem právní předpis upravující rozpočtová pravidla použitý v § 4c zákona o střetu zájmů zahrnuje nejen rozpočtová pravidla (tj. zákon č. 218/2000), výslovně uvedená v odkazu v poznámce pod čarou č. 14), ale rovněž další předpisy vztahující se k rozpočtovým pravidlům v materiálním smyslu. Městský soud správně zdůraznil, že poznámka pod čarou obsažená v zákonném textu není součástí závazné právní normy. Jejím hlavním účelem je lepší orientace v právním předpisu, nemůže však vést k restriktivnějšímu výkladu jinak obecnějšího ustanovení (viz např. nálezy ÚS ze dne 30. 11. 1999, sp. zn. II. ÚS 485/98, či ze dne 2. 2. 2000, sp. zn. I. ÚS 22/99). Ze samotného zákonného textu (bez zohlednění poznámky pod čarou) tento restriktivní výklad (tj. že by se uvedené ustanovení vztahovalo výhradně na poskytování dotací dle rozpočtových pravidel) nelze dovodit, a proto stěžovatel městskému soudu neoprávněně vytýká, že se naopak dopustil výkladu nepřípustně rozšiřujícího. Zákaz střetu zájmů stanovený v § 4c je tedy třeba vztáhnout rovněž na poskytování nenárokových dotací dle zákona o SZIF (o takovou dotaci jde i v nyní posuzované věci), jelikož se nepochybně také jedná o zákon, jenž materiálně upravuje rozpočtová pravidla. Konkrétně obsahuje úpravu rozpočtových pravidel fondu, resp. pravidel týkajících se financování fondu a využívání finančních zdrojů fondu prostřednictvím činnosti fondu spočívající v poskytování dotací (viz § 6, § 6a, § 6c, § 11, § 11a zákona o SZIF). Účelem státního fondu je vyčlenit určité veřejné finanční prostředky na poskytování dotací, které by jinak byly vyplaceny příslušnými složkami státu.

[64]            Ve prospěch předestřeného výkladu svědčí i městským soudem zmiňovaná novelizace § 4c zákona o střetu zájmů zákonem č. 253/2023 Sb., která zpřesnila zde uvedenou formulaci následovně: „Je zakázáno poskytnout dotaci podle právního předpisu upravujícího poskytování dotací (…)“. Byť tuto novelu zrušil z procesních důvodů Ústavní soud (viz nález ze dne 4. 12. 2024, sp. zn. Pl. ÚS 41/23), nepochybně rovněž vypovídá o úmyslu zákonodárce potvrdit dosavadní praxi a vztáhnout zákaz střetu zájmů na poskytování dotací i podle dalších zákonů materiálně upravujících rozpočtová pravidla, resp. poskytování dotací.

[65]            Stěžovatel ostatně nepředložil žádný přesvědčivý argument, proč by se mělo v tomto ohledu rozdílně zacházet s dotacemi poskytovanými dle rozpočtových pravidel a s dotacemi poskytovanými dle zákona o SZIF. Nejvyšší správní soud nepovažuje za případnou argumentaci stěžovatele spočívající v tom, že poskytovateli dotací dle zákona o rozpočtových pravidlech jsou typicky ústřední orgány státní správy, jejichž organizační vazba na vůli členů vlády je užší než u státních fondů. Podle Nejvyššího správního soudu by se vyplácení dotací prostřednictvím státních fondů mělo řídit pravidly, která jsou srovnatelná s pravidly pro vyplácení dotací jednotlivými ministerstvy. Účelem právní úpravy střetu zájmů je totiž zabránit situacím, kdy by určité osobě mohla být poskytnuta dotace proto, že je ovládána členem vlády (veřejným funkcionářem). K takovým situacím přitom bezpochyby může dojít i při poskytování nenárokových dotací dle zákona o SZIF. Podle kasačního soudu by tak zcela postrádalo logiku, aby se z hlediska posouzení střetu zájmů postupovalo různě v závislosti na tom, podle jakého zákona jsou dotace (tedy veřejné finanční prostředky ze státního rozpočtu či unijního rozpočtu) poskytovány.

[66]            Pokud jde o úvahy městského soudu týkající se eurokonformního výkladu § 4c zákona o střetu zájmů, kasační soud podotýká, že městský soud tím jen podpořil svou argumentaci o výkladu tohoto ustanovení, která by obstála již sama o sobě. Městský soud správně připomněl unijní rozměr národní úpravy střetu zájmů, na který upozornil rovněž Ústavní soud v nálezu sp. zn. Pl. ÚS 4/17 (viz zejména body [103] a [104]), a z něj vyplývající povinnost zamezit tomu, aby mohli veřejní funkcionáři zneužívat svěřenou moc k prosazování svých vlastních zájmů na úkor zájmu veřejného, potažmo i zájmu EU (více viz odůvodnění napadeného rozsudku, odst. [47] až [50]).

[67]            Kasační soud souhlasí s městským soudem i v tom, že předestřený výklad lze dovodit rovněž z judikatury Nejvyššího správního soudu, a to např. rozsudků ze dne 15. 1. 2025, č. j. 10 Afs 157/2024 ‑ 162, č. 4665/2025 Sb. NSS, či ze dne 14. 1. 2025, č. j. 1 Afs 172/2024 ‑ 59, a dalších, které se týkaly ukončení administrace žádosti společností spadajících do skupiny Agrofert o dotaci poskytovanou dle zákona o SZIF právě z důvodu rozporu s § 4c zákona o střetu zájmů. Soud se v nich otázkou aplikovatelnosti § 4c zákona o střetu zájmů na poskytování dotací dle zákona o SZIF sice výslovně nezabýval, z kontextu těchto rozhodnutí je však zřejmé, že takový výklad plně akceptoval.

V.c) Ovládající osobou společnosti Agrofert byl v době uzavření veřejnoprávní smlouvy Andrej Babiš

[68]            Stěžovatel dále zpochybňuje závěr soudu, že posuzovaná veřejnoprávní smlouva o poskytnutí dotace byla uzavřena v rozporu s § 4c zákona o střetu zájmů. Zejména nesouhlasí s tím, že by v okamžiku uzavření dohody byl ovládající osobou společnosti Agrofert, tj. jediného akcionáře stěžovatele, Andrej Babiš.

[69]            Kasační soud se již ve své judikatuře do jisté míry otázkou existence střetu zájmů Andreje Babiše jako veřejného funkcionáře v souvislosti s poskytováním dotací společnostem patřícím do skupiny Agrofert zabýval. V nedávné době řešil otázku, zda jsou tyto osoby způsobilým žadatelem o dotaci, konkrétně, zda jsou vlastněny osobou (společností Agrofert), kterou ovládá veřejný funkcionář. Dospěl přitom k závěru, že nelze považovat za pochybení, pokud správní orgány v této otázce vyšly z auditních zjištění Komise, která dospěla k jednoznačnému konstatování, že se na Andreje Babiše, jakožto veřejného funkcionáře, vztahuje § 4c zákona o střetu zájmů, neboť prostřednictvím svěřenských fondů nepřímo ovládá společnost Agrofert. Kasační soud tak potvrdil postup poskytovatele dotace (fondu) spočívající v ukončení administrace žádosti o dotaci z důvodu nezpůsobilosti žadatele právě s odkazem na porušení § 4c zákona o střetu zájmů vyplývající z auditních závěrů Komise (např. rozsudky NSS ze dne 13. 6. 2025, č. j. 5 Afs 228/2024 ‑ 61, bod 56; ze dne 14. 1. 2025, č. j. 1 Afs 172/2024 ‑ 59, bod 48, ze dne 20. 3. 2025, č. j. 10 Afs 269/2024 ‑ 67, bod 33, či ze dne 27. 2. 2025, č. j. 7 Afs 201/2024 ‑ 60, bod 43). Kasační soud tím zároveň připustil (i když se touto otázkou sám věcně nezabýval), že veřejný funkcionář může nepřímo ovládat právnickou osobu prostřednictvím svěřenských fondů.

[70]            Ze zjištění auditu Komise vyšly správní orgány (zcela logicky) i v nyní projednávané věci, s těmito závěry se ztotožnily a vtělily je do svých rozhodnutí. Veřejnoprávní smlouva o poskytnutí dotace tak byla dle jejich názoru uzavřena v rozporu s § 4c zákona o střetu zájmů. Městský soud tento závěr aproboval.

[71]            Kasační námitky stěžovatele směřují zejména proti výkladu pojmu ovládání a jeho aplikaci na nyní posuzovaný skutkový stav. Stěžovatel se domáhá, aby byl tomuto pojmu přiřazen stejný význam jako v zákoně o obchodních korporacích.

[72]            Nejvyšší správní soud nejprve připomíná, že ustanovení § 4c zákona o střetu zájmů (citované v bodě [60] výše) ukládá zákaz vstupovat do určitých právních vztahů, konkrétně přijímání dotací, s osobou, ve které má určitou majetkovou účast (alespoň 25 % podíl) buď přímo veřejný funkcionář, nebo jiná osoba, kterou veřejný funkcionář ovládá (tj. ovládaná osoba). Pojem ovládaná či ovládající osoba používá zákon o střetu zájmů na více místech, aniž by však bylo výslovně uvedeno, co přesně se pod konceptem ovládání ve smyslu tohoto zákona rozumí.

[73]            Povahou a účelem § 4c zákona o střetu zájmů se zabýval Ústavní soud v nálezu sp. zn. Pl. ÚS 4/17, v němž uvedl, že jde o možnost ovlivňování jednání státu, resp. jeho orgánů veřejnými funkcionáři ve prospěch jejich vlastních (osobních či soukromých) zájmů. V tomto případě je podstatná právě povaha majetkové účasti (aspekt získání prospěchu) na obchodní společnosti vstupující do obchodních vztahů s veřejným sektorem. Konkrétně je stanovena 25% hranice účasti na obchodní společnosti. Dále toto ustanovení operuje s pojmem „ovládající osoba“, což je třeba chápat tak, že vztah mezi veřejným funkcionářem a příslušnou obchodní společností je natolik intenzivní, že není žádných pochyb o tom, že v takovýchto případech střet zájmů nastává bez dalšího dokazování (viz bod [188] nálezu).

[74]            Ústavní soud rovněž vyslovil, že při výkladu sporných ustanovení tohoto zákona je třeba mimo jiné vycházet rovněž z obsahu a účelu unijní úpravy střetu zájmů, zejména pak s přihlédnutím k definici pojmu „střet zájmů“ obsažené v Nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU, Euroatom) č. 2018/1046 ze dne 18. 7. 2018, kterým se stanoví finanční pravidla pro souhrnný rozpočet Unie, mění nařízení (EU) č. 1296/2013, (EU) č. 1301/2013, (EU) č. 1303/2013, (EU) č. 1304/2013, (EU) č. 1309/2013, (EU) č. 1316/2013, (EU) č. 223/2014 a (EU) č. 283/2014 a rozhodnutí č. 541/2014/EU a zrušuje nařízení (EU, Euratom) č. 966/2012 (dále jen „finanční nařízení“). Toto nařízení v čl. 61 odst. 3 uvádí, že „[p]ro účely odstavce 1b ke střetu zájmů dochází, je‑li z rodinných důvodů, z důvodů citových vazeb, z důvodů politické nebo národní spřízněnosti, z důvodů hospodářského zájmu nebo z důvodů jiného přímého či nepřímého osobního zájmu ohrožen nestranný a objektivní výkon funkcí účastníka finančních operací nebo jiné osoby podle odstavce 1.“ Rovněž je třeba vycházet z navazujících prováděcích unijních předpisů. Konkrétně Ústavní soud odkázal na přílohu I oddíl VIII písm. D bod 5 směrnice Rady 2011/16/EU o správní spolupráci v oblasti daní a o zrušení směrnice 77/799/EHS, podle které se pod „ovládající osobou“ rozumí fyzické osoby, které mají kontrolu nad subjektem. V případě svěřenského fondu se tímto termínem rozumí zakladatel, správce svěřenského majetku, osoba vykonávající dohled nad správou fondu (pokud existuje), obmyšlený nebo skupina obmyšlených a jakákoli jiná fyzická osoba mající nejvyšší faktickou kontrolu nad svěřenským fondem, a v případě právního uspořádání, které není svěřenským fondem, se tímto termínem rozumí osoby v rovnocenném nebo obdobném postavení. Přitom toto ustanovení ukládá, aby byl pojem „ovládající osoby“ vykládán způsobem, který je v souladu s doporučeními Finančního akčního výboru (Financial Action Task Force). Odkázal také na čl. 3 odst. 6 směrnice Evropského parlamentu a Rady (EU) 2015/849, o předcházení využívání finančního systému k praní peněz nebo financování terorismu, o změně nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) č. 648/2012 a o zrušení směrnice Evropského parlamentu a Rady 2005/60/ES a směrnice Komise 2006/70/ES, podle kterého je skutečným majitelem třeba rozumět fyzickou osobu nebo osoby, které v konečném důsledku vlastní nebo kontrolují klienta, nebo fyzickou osobu nebo osoby, jejichž jménem se transakce nebo činnost provádí (viz bod [106] nálezu sp. zn. Pl. ÚS 4/17). Z nálezu Ústavního soudu tak lze dovodit spíše širší pojetí pojmu ovládání, jak ostatně upozorňuje i městský soud v napadeném rozsudku (viz odst. [55]).