[OBRÁZEK]č. j. 16 Af 22/2022-78

ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Krajský soud v Ústí nad Labem rozhodl v senátě složeném z předsedy Mgr. Václava Trajera a
soudců Mgr. Lenky Havlíčkové a Mgr. Radima Kadlčáka ve věci

žalobce: Ing. R. C., narozený X,
bytem X,

zastoupený daňovým poradcem Ing. Jaroslavem Mikešem

 sídlem Hálkova 226, 430 01 Chomutov,
proti

žalovanému: Odvolací finanční ředitelství,

sídlem Masarykova 31, 602 00 Brno,

o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 15. 10. 2022, č. j. 38131/22/5300-22441-709739,

takto:

I. Rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 15. 10. 2022, č. j. 38131/22/5300-
22441-709739, se zrušuje a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.

II. Žalovaný je povinen zaplatit žalobci náhradu nákladů řízení ve výši 11 228 Kč do třiceti

dnů od právní moci tohoto rozsudku.

Odůvodnění:

1. Žalobce se žalobou (ve znění jejího doplnění) podanou v zákonem stanovené lhůtě domáhal
zrušení rozhodnutí žalovaného ze dne 15. 10. 2022, č. j. 38131/22/5300-22441-709739, jímž bylo
zamítnuto odvolání žalobce a byl potvrzen platební výměr Finančního úřadu pro Ústecký kraj (dále
jen „správce daně“) ze dne 8. 2. 2017, č. j. 270399/17/2504-50521-502873, (dále jen „platební
výměr“). Platebním výměrem byla žalobci vyměřena daň z přidané hodnoty (dále též jen „daň“)
za období od 30. 6. 2016 do 30. 6. 2016 ve výši nadměrného odpočtu daně 126 008 Kč. Žalobce
současně požadoval, aby mu byla přiznána náhrada nákladů řízení.

2. Napadeným rozhodnutím rozhodl žalovaný o odvolání žalobce opakovaně, když jeho první
rozhodnutí vydané v odvolacím řízení ze dne 8. 8. 2019, č. j. 29954/19/5300-21445-709739,
Shodu s prvopisem potvrzuje G. Z.

2 16 Af 22/2022

(dále jen „první rozhodnutí“) bylo soudem zrušeno a věc mu byla vrácena k dalšímu řízení,

a to rozsudkem ze dne 7. 12. 2021, č. j. 16 Af 13/2019-59, (dále jen „první rozsudek“).

Žaloba

3. V žalobě žalobce především namítal prekluzi práva vyměřit daň z přidané hodnoty za měsíc červen
2016. Důvodem zániku tohoto práva je dle žalobce skutečnost, že žalovaný vydal své první
rozhodnutí ve věci krátce před uplynutím prekluzivní lhůty (22. 8. 2019) při nedodržení základních
zásad daných zákonem č. 280/2009 Sb., daňový řád, (dále jen „daňový řád“), a to právě především
za účelem prodloužení lhůty pro stanovení daně dle § 148 odst. 2 písm. d) daňového řádu. Tento
svůj závěr opřel žalobce o odůvodnění prvního rozsudku, jehož adekvátní část v žalobě citoval,
a podle něhož důvodem kasace prvního rozhodnutí bylo pochybení žalovaného, který vydal první
rozhodnutí v době, kdy dosud žalobci neuplynula lhůta k vyjádření se na základě výzvy žalovaného
k doplněnému skutkovému stavu, který vzal žalovaný za podklad prvního rozhodnutí. Na podporu
svého závěru odkázal žalobce na judikaturu Nejvyššího správního soudu (konkrétně rozsudky č. j.
4 Afs 54/2015-21 a č. j. 2 Afs 239/2017-29). Žalobce tak má za to, že prekluzivní lhůta uplynula
14 dní po vyhlášení prvního rozsudku, tedy 21. 12. 2021.

4. Ve vztahu k uvedené námitce prekluze žalobce dále uvedl, že žalovaný jakožto odvolací orgán
změnil důvody, pro které nebyl žalobci uznán nárok na odpočet daně z přidané hodnoty, a přitom
neprovedl navržené důkazy výslechy svědků za účelem zjištění rozhodných skutečností. I tento
postup žalovaného svědčí o úmyslu žalovaného pravomocně rozhodnout ve věci před uplynutím
prekluzivní lhůty.

5. Žalobce dále namítal, že daňové orgány postupovaly v rozporu s § 104 odst. 2 zákona č. 235/2004
Sb., o dani z přidané hodnoty, (dále jen „zákon o dani z přidané hodnoty“) ve znění účinném
od 30. 6. 2016. Dle žalobce totiž správce daně neměl v případě tří daňových dokladů (z nichž
žalobce uplatnil nárok na odpočet DPH o měsíc, resp. dva měsíce, dříve) oprávnění vyměřovat
nebo doměřovat daň z přidané hodnoty, ale měl pouze možnost předepsat úrok z prodlení.

6. Žalobce dále namítal nesprávné hodnocení důkazů provedených žalovaným v dalším řízení,
když z výpovědí svědků vyplynulo, že k poskytování zdanitelného plnění začalo docházet již přede
dnem 30. 6. 2016 a plnění měla charakter dlouhodobého majetku. Dle žalobce jsou předmětné
zaplacené zálohy na dlouhodobý hmotný majetek součástí jeho obchodního majetku,
a to podle § 7b odst. 1 písm. b) a odst. 2 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů a dle § 4 odst. 4
písm. c) zákona o dani z přidané hodnoty.

Vyjádření žalovaného k žalobě

7. Žalovaný v písemném vyjádření k žalobě navrhl její zamítnutí a v podrobnostech odkázal
na odůvodnění napadeného rozhodnutí, když žalobní námitky prakticky korespondují s námitkami
odvolacími, které žalovaný v napadeném rozhodnutí vypořádal. K namítané prekluzi žalovaný
poukázal na povinnost (i správních soudů) přihlížet k zániku práva vyměřit nebo doměřit daň
z moci úřední. Soud tedy před vydáním prvního rozsudku musel posuzovat i prekluzi práva státu
stanovit daň. Soud v prvním rozsudku prekluzi nezkonstatoval. V souladu s argumentem ex silentio
lze dle žalovaného dospět k závěru, že prekluze práva státu stanovit daň v daném případě nenastala.
Pokud by soud prekluzi shledal, zrušil by předchozí rozhodnutí o odvolání bez dalšího, tj. aniž by
musel konstatovat shora uvedené procesní pochybení, neboť posouzení prekluze má vždy
přednost, resp. postrádalo by smyslu vracet žalovanému věc k dalšímu řízení se závazným právním
názorem stran procesního pochybení, byla-li by daná věc (daň) prekludovaná. V případě shledání
prekluze by tak zdejší soud věc žalovanému vrátil se zkonstatováním prekluze a se závazným
právním názorem, nechť žalovaný postupuje dle § 111 odst. 6 daňového řádu.

8. Žalovaný dále uvedl, že plně vyhověl právnímu názoru soudu vyjádřeném v prvním rozsudku,
s nímž se ztotožnil a nepodal proti němu kasační stížnost. Dle žalovaného je třeba rozlišovat,
zda odvolací orgán postupoval účelově, či zda procesně pochybil. V prvém případě absentuje

Shodu s prvopisem potvrzuje G. Z.

3 16 Af 22/2022

 účinek presumovaný § 148 odst. 2 písm. d) daňového řádu v podobě prodloužení lhůty
pro stanovení daně, zatímco ve druhém případě nikoli. V dané věci žalovaný skutečně procesně
pochybil. Tvrzení žalobce o účelovosti tohoto pochybení z důvodu blížící se prekluze práva státu
stanovit daň je dle názoru žalovaného pouhá spekulace. Žalovaný dále zdůraznil princip presumpce
správnosti individuálních správních aktů a procesního postupu při jejich vydání a konstatoval,
že lhůta pro stanovení daně byla v souladu s § 148 odst. 2 písm. d) daňového řádu vydáním prvního
rozhodnutí o odvolání o rok prodloužena, a uplynula tak až dne 25. 11. 2022, a to přesto, že soud
shledal první rozhodnutí o odvolání nezákonným. K této námitce žalovaný závěrem poukázal
na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 1. 7. 2021, č. j. 5 Afs 154/2020-24, z něho
zdůraznil závěr, že „pokud vehementní procesní aktivita daňového subjektu (zde žalobce) neustále přibližuje
okamžik marného uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně, tím spíše (a minori ad maius) nelze spatřovat
účelovost vydání rozhodnutí o stanovení daně na sklonku lhůty pro stanovení daně“.

9. K námitce žalobce, že daňové orgány měly postupovat dle § 104 odst. 2 zákona o dani z přidané
hodnoty, tj. neměly oprávnění vyměřovat daň z přidané hodnoty, ale měly pouze možnost
předepsat úrok z prodlení, žalovaný konstatoval, že zmiňované zákonné ustanovení dopadá pouze
na situace, kdy plátce daně z přidané hodnoty uvedl skutečnosti rozhodné pro stanovení daně
v daňovém přiznání za jiné zdaňovací období, než do kterého příslušely, a snížil tím tak v tomto
zdaňovacím období daň. V takovém případě daňové orgány skutečně daň za zdaňovací období,
v němž měla být uplatněna, dodatečně nevyměří, ale uplatní úrok z prodlení. V posuzovaném
případě však měl žalobce, který se stal plátcem daně z přidané hodnoty k datu 30. 6. 2016,
povinnost přijmout zde řešená zdanitelná plnění toliko v režimu přenesení daňové povinnosti.
Ani v jiném zdaňovacím období mu tedy nevznikl vratitelný nárok na odpočet daně,
neboť v režimu přenesení daňové povinnosti k uplatněnému nároku na odpočet daně za splnění
podmínek daných v § 72 a násl. zákona o dani z přidané hodnoty náleží ve stejné výši daňová
povinnost, který byl uveden pouze v dřívějších zdaňovacích obdobích, než za která mohl být
uplatněn.

10. K nesprávnému hodnocení důkazů žalovaný uvedl, že z provedených svědeckých výpovědí
jednatelů dodavatelů žalobce nevyplynulo, že k poskytování zdanitelných plnění začalo docházet
již před datem 30. 6.2016, a žalobce tak neunesl své důkazní břemeno ohledně jeho tvrzení,
že plnění měla charakter dlouhodobého majetku. Slyšení svědci si buď bližší termín zahájení prací
nepamatovali, uvedli data pozdější, či sice potvrdili zahájení prací v červnu 2016, avšak z jejich
svědeckých výpovědí ve vazbě na ostatní předložené důkazy vyplynulo, že v červnu 2016 nedošlo
k předání alespoň některé části zdanitelného plnění, které se ke dni, kdy se žalobce stal plátcem
daně z přidané hodnoty, tj. ke dni 30. 6. 2016, stalo součástí jeho obchodního majetku tak,
jak ukládá § 79 odst. 1 zákona o dani z přidané hodnoty.

Replika žalobce

11. Na vyjádření žalovaného reagoval žalobce replikou, v níž zopakoval svou žalobní argumentaci,
znovu kladl důraz na svůj názor o prekluzi, a trval na tom, že žalovaný postupoval účelově.
Dále pro podporu svého názoru na vznik nároku na odpočet daně z přidané hodnoty
z předmětných zálohových plateb poukázal na „obdobný“ případ, zveřejněný Finanční správou
České republiky na jejích webových stránkách, týkající se režimu přenesení daňové povinnosti
ve stavebnictví a záloh.

Duplika žalovaného

12. Žalovaný reagoval duplikou na žalobcův poukaz v replice, kdy jiný případ žalobce shledal
obdobným jako je právě projednávaný případ. Žalovaný uvedl, že zveřejněný případ na žalobce
nedopadá. Jednak se v odkazovaném případě jednalo o obchodní vztahy mezi plátci daně z přidané
hodnoty, přičemž žalobce v době, kdy byly zálohové faktury vystaveny, plátcem daně z přidané
hodnoty nebyl. A jednak v daném případě nedošlo k uskutečnění zdanitelných plnění, resp. žalobce
neprokázal, že zálohové platby, z nichž žalobce uplatňoval nárok na odpočet daně, byly poskytnuty

Shodu s prvopisem potvrzuje G. Z.

4 16 Af 22/2022

v souvislosti s přijatými plněními, která by nastala přede dnem, kdy se žalobce stal plátcem daně

z přidané hodnoty.

Posouzení věci soudem

13. Napadené rozhodnutí žalovaného soud přezkoumal v řízení podle části třetí hlavy druhé prvního
dílu zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“), který vychází z dispoziční zásady
vyjádřené v § 71 odst. 1 písm. c), písm. d), odst. 2 větě druhé a třetí a v § 75 odst. 2 větě první s. ř. s.
Z této zásady vyplývá, že soud přezkoumává zákonnost rozhodnutí správního orgánu pouze
v rozsahu, který žalobce uplatnil v žalobě nebo během dvouměsíční lhůty po oznámení
napadeného rozhodnutí ve smyslu § 72 odst. 1 věty první s. ř. s. Povinností žalobce je proto tvrdit,
že rozhodnutí správního orgánu nebo jeho část odporuje konkrétnímu zákonnému ustanovení,
a toto tvrzení zdůvodnit. Nad rámec žalobních bodů musí soud přihlédnout toliko k vadám
napadeného rozhodnutí, k nimž je nutno přihlížet bez návrhu, včetně prekluze daňové povinnosti,
nebo které vyvolávají nicotnost napadeného rozhodnutí podle § 76 odst. 2 s. ř. s.

14. O žalobě soud rozhodl v souladu s § 51 odst. 1 s. ř. s. bez jednání, neboť oba účastníci s tímto
postupem výslovně souhlasili.

15. Dříve než soud přistoupil k přezkumu napadeného rozhodnutí z hlediska správnosti a zákonnosti
závěrů žalovaného o nesplnění zákonných podmínek pro uplatnění nároku na odpočet daně
z přidané hodnoty ze zálohových plateb za plnění, která měla být přijata v rámci akce
„Apartmánový dům Klínovec“ v době, kdy žalobce nebyl plátcem daně z přidané hodnoty,
zkoumal soud nejen ke stěžejní námitce žalobce, ale také z úřední povinnosti, zda bylo napadené
rozhodnutí vydáno v zachovalé lhůtě pro stanovení daně.

16. Podle § 148 odst. 1 až 5 daňového řádu:

(1) Daň nelze stanovit po uplynutí lhůty pro stanovení daně, která činí 3 roky. Lhůta pro stanovení daně počne
běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou, aniž by
zde byla současně povinnost podat řádné daňové tvrzení.

(2) Lhůta pro stanovení daně se prodlužuje o 1 rok, pokud v posledních 12 měsících před uplynutím dosavadní
lhůty pro stanovení daně došlo k

a) podání dodatečného daňového tvrzení nebo oznámení výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení, pokud
tato výzva vedla k doměření daně,

b) oznámení rozhodnutí o stanovení daně,

c) zahájení řízení o mimořádném opravném nebo dozorčím prostředku,
d) oznámení rozhodnutí ve věci opravného nebo dozorčího prostředku, nebo
e) oznámení rozhodnutí o prohlášení nicotnosti rozhodnutí o stanovení daně.

(3) Byla-li před uplynutím lhůty pro stanovení daně zahájena daňová kontrola, podáno řádné daňové tvrzení
nebo oznámena výzva k podání řádného daňového tvrzení, běží lhůta pro stanovení daně znovu ode dne, kdy byl
tento úkon učiněn.

(4) Lhůta pro stanovení daně neběží po dobu

a) řízení, které je v souvislosti se stanovením daně vedeno před soudem ve správním soudnictví a před Ústavním

soudem […]

(5) Lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku podle odstavce 1.

17. Smyslem stanovení prekluzivních lhůt se zabýval Nejvyšší správní soud, a to např. v rozsudku
ze dne 13. 5. 2020, č. j. 8 Afs 58/2019-48. V něm připomněl, že „smyslem jasného stanovení lhůty
pro stanovení daně a jejího prekluzivního charakteru je jednak zajištění právní jistoty jak na straně daňových
subjektů, tak na straně správce daně, ale zároveň i vytvoření stimulu pro včasné uspořádání právních vztahů obou
stran. Zároveň tato lhůta představuje určitou bariéru pro eventuální svévolné zásahy do právní sféry daňových

Shodu s prvopisem potvrzuje G. Z.

5 16 Af 22/2022

subjektů, ke kterým by při její absenci mohlo docházet. Obě strany by měly mít objektivně daný a jednoznačně
definovaný časový prostor, ve kterém mohou vzájemně vypořádávat právní vztahy plynoucí z daňových povinností.
Délka tohoto časového prostoru by pak měla být vyvážená tak, aby zohledňovala komplikovanost a náročnost dané
materie, ale zároveň nepředstavovala nedůvodný zásah do právní jistoty zúčastněných stran, které v této souvislosti
stíhá povinnost prokazovat svá tvrzení (srov. např. též závěry usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního
soudu ze dne 23. 10. 2007, č. j. 9 Afs 86/2007-161, č. 1542/2008 Sb. NSS).“

18. Z obsahu správního spisu se pro zodpovězení otázky prekluze práva vyměřit v daném případě daň
podává následující. Žalobce v přiznání k dani za zdaňovací období červen 2016 uplatnil nárok
na odpočet daně dle § 79 odst. 1 zákona o dani z přidané hodnoty (osoba povinná k dani má nárok
na odpočet daně u přijatého zdanitelného plnění, které pořídila v období zahrnujícím 12 po sobě jdoucích měsíců
přede dnem, kdy se stala plátcem, pokud je toto plnění ke dni, kdy se tato osoba stala plátcem, součástí jejího
obchodního majetku) z plnění souvisejících s výstavbou apartmánových domů. Přílohou přiznání
k dani učinil tři doklady na zálohy vystavené před datem registrace žalobce jako plátce daně
(doklady č. 2016100002 od společnosti BUILD LINE s.r.o., č. 2016054 od společnosti STAS, s.r.o.
a č. VFA19000005 od společnosti JOPO CONSTRUCTIONS a.s., na zhotovení základové desky
- Mirabel, hrubé stavby na akci „Apartmánový dům Klínovec” a na obslužné komunikace – dále
jen „zálohové doklady“). Žalobce byl jako plátce daně registrován ode dne 30. 6. 2016. Zálohy byly
dodavatelům žalobce zaplaceny. Dne 22. 8. 2016 zahájil správce daně u žalobce daňovou kontrolu
na daň z přidané hodnoty.

19. Ve zprávě o daňové kontrole správce daně zdůraznil, že „zálohová platba se nestává součástí obchodního
majetku ve smyslu § 4 odst. 4 písm. c) zákona o DPH, jelikož za poskytnuté peněžní prostředky v době registrace
ještě nebylo nic pořízeno. Vzhledem k tomu, že jak dodávka zemních prací, tak i dodávka dřevostavby je zajištěna
smlouvou o dílo, k uskutečnění zdanitelného plnění dochází dle § 21 odst. 5 písm. a) zákona o dani z přidané
hodnoty dnem převzetí díla nebo jeho dílčí části.“ Dále správce daně pokračoval „vzhledem k tomu,
že v případě záloh k uskutečnění plnění zatím nedošlo (dílo nebylo k datu registrace předáno), nemohlo se stát
součástí obchodního majetku“. S ohledem na tyto závěry správce daně neřešil, zda a kdy nějaké plnění
na základě zálohových dokladů bylo žalobci poskytnuto, ani za účelem prokázání těchto
skutečností nevyzýval žalobce k označení důkazů. Správce daně proto platebním výměrem vyměřil
dne 8. 2. 2017 žalobci za měsíc červen 2016 daň ve výši nadměrného odpočtu daně.
Proti platebnímu výměru podal žalobce dne 7. 3. 2017 odvolání.

20. Prvním úkonem žalovaného v prvním odvolacím řízení byla výzva ze dne 12. 6. 2019, na jejímž
základě měl žalobce prokázat rozhodné skutečnosti, konkrétně, že uplatnil v přiznání k dani
za období červen 2016 nárok na odpočet daně ze zálohových plateb na základě zálohových dokladů
v souladu s § 79 odst. 1 zákona o dani z přidané hodnoty, tedy že v rozhodném období
(před okamžikem, kdy se stal plátcem) v souvislosti se zálohovými doklady skutečně zdanitelná
plnění přijal. Aniž to žalovaný explicitně uvedl, z jeho konstatování s odkazem na odbornou
literaturu (DRÁBOVÁ Milena, HOLUBOVÁ Olga a TOMÍČEK Milan, 2010. Zákon o dani
z přidané hodnoty: komentář. Praha: Wolters Kluwer, a.s.), že pro nárok na odpočet daně ve smyslu
§ 79 odst. 1 zákona o dani z přidané hodnoty musí jít o přijatá plnění, která musí být součástí
obchodního majetku plátce, přičemž tato přijatá plnění zahrnují i přijaté služby, pokud se stávají
součástí obchodního majetku plátce, tudíž plátce může uplatnit nárok na odpočet daně při nákupu
služeb, po nichž mu zůstanou nějaké hmotné výsledky, je zjevné, že se žalovaný neztotožnil
s právním posouzením věci správcem daně, vyjádřeném ve zprávě o daňové kontrole. Žalobce
na tuto výzvu reagoval a žalovanému předložil doklady s tím, že tyto prokazují, že předmětné
zálohy uhradil a ty se staly součástí jeho obchodního majetku ve smyslu zákona o dani z přidané
hodnoty.

21. Dne 9. 7. 2019 vydal žalovaný pod č. j. 27766/19/5300-21445-709739 listinu Seznámení se
zjištěnými skutečnostmi a výzva k vyjádření se v rámci odvolacího řízení (dále jen „Seznámení“),
v níž mj. vyzval žalobce k uplatnění práva vyjádřit se ke skutečnostem zjištěným v rámci
odvolacího řízení, a to do 15 dnů ode dne doručení výzvy. V odůvodnění Seznámení žalovaný
nejprve projevil svou vůli stanovenou lhůtu žalobci na základě jeho žádosti prodloužit [„Ačkoliv

Shodu s prvopisem potvrzuje G. Z.

6 16 Af 22/2022

odvolací orgán nemůže na případnou žádost odvolatele lhůtu stanovenou tímto rozhodnutím prodloužit, vnímá,
že daný časový prostor nemusí být z různých objektivních důvodů pro odvolatele dostatečný. Zákonodárce
při formulaci daného ustanovení zamýšlel předejít případným procesním obstrukcím (viz například rozsudek
Krajského soudu v Plzni ze dne 28. 6. 2018, sp. zn. 30 Af 5/2017). V rámci snahy o naplnění zásady spolupráce
a vstřícnosti v souladu s § 6 odst. 1 a 4 daňového řádu, pokud odvolatel i přes její nepřípustnost žádost o prodloužení
podá, a bude v ní žádat o prodloužení lhůty o rozumně zdůvodnitelnou dobu (s ohledem na povahu a rozsah
doplněného řízení), odvolací orgán vyčká s vydáním konečného rozhodnutí ve věci až do uplynutí lhůty žádané
odvolatelem. Reakci odvolatele zohlední při vydání rozhodnutí o odvolání. Nad rámec uvedeného odvolací orgán
upozorňuje, že odvolateli není upíráno právo na doplnění odvolání dané § 111 odst. 2 daňového řádu. Odvolací
orgán též doporučuje odvolateli v případě potřeby delšího časového úseku pro jeho reakci vstoupit v neformální
komunikaci s vyřizujícím pracovníkem.“].

22. V Seznámení, a to v bodě IV. Vyhodnocení doplnění odvolacího řízení, předestřel žalovaný již
seznatelně, že má odlišný právní názor na věc než správce daně, když konstatoval, že správce daně
sice daňovou kontrolu uzavřel s tím, že vzhledem k tomu, že v případě záloh k uskutečnění plnění
zatím nedošlo (dílo nebylo k datu registrace předáno; nedošlo k dokončení stavby) a nemohlo se
tak stát součástí obchodního majetku, avšak žalovaný dospěl k závěru, že žalobce předložil pouze
doklady na uhrazené zálohové platby, v jejichž případě nejsou splněny základní podmínky uplatnění
nároku na odpočet daně ve smyslu § 79 odst. 1 zákona o dani z přidané hodnoty, poněvadž nebylo
prokázáno přijetí zdanitelného plnění (uhrazení záloh samo o sobě nesvědčí o tom,
že k uskutečnění plnění fakticky došlo, resp. byla fakticky předána alespoň část plnění dle smlouvy
o dílo). Jinými slovy správce daně dospěl k závěru, že zálohové platby se nestaly součástí
obchodního majetku, neboť dílo (či jeho část), na které byly zálohy žalobcem uhrazeny, nebylo
předáno, a žalovaný dospěl k závěru, že žalobce neunesl své důkazní břemeno, když neprokázal,
že přijal zdanitelná plnění na základě vystavených a uhrazených zálohových dokladů.

23. Na výzvu obsaženou v Seznámení reagoval žalobce vyjádřením ze dne 25. 7. 2019. V něm,
s odkazem na žalovaným předestřenou možnost prodloužit lhůtu k vyjádření na základě žádosti,
požádal žalobce (s ohledem na období dovolených) o prodloužení lhůty k vyjádření do 31. 8. 2019.
Nicméně již v tomto vyjádření označil důkazy, jejichž provedením mělo být dle žalobce prokázáno,
že došlo k přijetí zdanitelných plnění na základě zálohových dokladů, a to výslechy jednatelů
jednotlivých dodavatelů žalobce.

24. Žalovaný na žádost žalobce o prodloužení lhůty k vyjádření nikterak nereagoval a dne 8. 8. 2019
vydal první rozhodnutí. V něm odvolání žalobce zamítl a potvrdil platební výměr s odůvodněním,
že nebylo prokázáno přijetí zdanitelného plnění. V bodě 5. prvního rozhodnutí žalovaný uvedl,
že žalobci poskytl v souladu s § 115 odst. 3 daňového řádu maximální lhůtu pro vyjádření
k seznámení, že žalobce nemohl legitimně očekávat, že mu bude prodloužena lhůta až do 31. 8.
2019, a to „ani proto, že v dané věci uplyne dne 22. 8. 2019 prekluzivní lhůta, s čímž je spojen zánik možnosti
stanovení daně“. V bodě 28. prvního rozhodnutí žalovaný uvedl, že shledává žalobcem předložený
důkazní návrh a žádost o prodloužení lhůty k vyjádření až po uplynutí prekluzivní lhůty účelovým.

25. První rozhodnutí žalovaného bylo zrušeno prvním rozsudkem, když soud dospěl k závěru,
že pokud žalovaný nerozhodl o žádosti žalobce o prodloužení lhůty k vyjádření, pak platí fikce,
že žádosti bylo vyhověno ve smyslu § 36 odst. 3 daňového řádu, a jestliže žalovaný rozhodl prvním
rozhodnutím, aniž vyčkal do konce lhůty pro vyjádření, pak upřel žalobci základní procesní právo
vyjadřovat se v průběhu řízení k jednotlivým skutečnostem a důkazům, čímž zatížil řízení vadou,
která mohla mít vliv na rozhodnutí ve věci samé. V dalším řízení provedl žalovaný žalobcem
navrhované důkazy, mj. právě i svědecké výpovědi jednatelů dodavatelů žalobce a vydal napadené
rozhodnutí.

26. V napadeném rozhodnutí se žalovaný zabýval k odvolací námitce žalobce i otázkou prekluze práva
vyměřit daň, a to v bodě 64-67. Žalovaný připustil, že procesně pochybil, avšak nepovažoval svůj
postup, tj. vydání rozhodnutí o odvolání, za formální a účelový úkon pouze za účelem prodloužení
lhůty pro stanovení daně. Zdůraznil, že s ohledem na závazný názor obsažený v prvním rozsudku

Shodu s prvopisem potvrzuje G. Z.

7 16 Af 22/2022

odstranil vady řízení prvního odvolacího řízení a lhůta pro stanovení daně byla vydáním rozhodnutí
o odvolání o rok prodloužena a uplyne dne 25. 11. 2022.

27. Soud zhodnotil všechny výše uvedené skutečnosti a dospěl k závěru, že napadené rozhodnutí bylo
vydáno po uplynutí prekluzivní lhůty, neboť v daném případě nedošlo k jejím prodloužení
ve smyslu § 148 odst. 2 písm. d) daňového řádu. Soud má totiž za to, že první rozhodnutí
žalovaného naplňovalo znaky formálního úkonu, jehož jediným účelem bylo dosažení prodloužení
lhůty pro stanovení daně. Soud si je pochopitelně vědom poměrně rozsáhlé judikatury Nejvyššího
správního soudu, která se opakovaně zabývala otázkou, zda úkony správního orgánu následně
soudem označené za nezákonné mohou mít vliv na běh lhůty pro stanovení daně, a která převážně
hovoří ve prospěch zachování účinku oznámení rozhodnutí žalovaného na běh lhůty v případě
zrušení oznámeného rozhodnutí. Nicméně stejná judikatura zdůrazňuje, že v případě zrušení
oznámeného rozhodnutí nedojde zpětně k negaci jednou již nastalého prodloužení lhůty
pro stanovení daně pouze za předpokladu, že oznamované (zrušené) rozhodnutí nebylo úkonem
toliko formálním, účelově vydaným čistě (nebo převážně) za účelem prodloužení lhůty
pro stanovení daně. K těmto závěrům dospěl Nejvyšší správní soud v rozsudcích ze dne 7. 2. 2018,
č. j. 2 Afs 239/2017-29, jehož aplikace na daný případ se žalobce domáhal, dále ze dne 18. 10. 2007,
č. j. Afs 201/2006-106, či ze dne 6. 5. 2021, č. j. 7 Afs 380/2020-30.