žalobkyně:

LAMONTEX a.s., IČO 14706105,

sídlem Blanická 74/28, 350 02 Cheb,

zastoupená Mgr. Jiřím Motičákem, daňovým poradcem,

sídlem Obrněné brigády 20/20, 350 02 Cheb,

proti

žalovanému:

Odvolací finanční ředitelství,

sídlem Masarykova 31, 602 00 Brno,

1. Rozhodnutí žalovaného ze dne 20. 12. 2021, č. j. 48098/21/5300-21444-711869, se zrušuje a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.
2. Rozhodnutí Finančního úřadu pro Karlovarský kraj ze dne 26. 2. 2021, č. j. 94246/21/2403-50522-405094, se zrušuje.
3. Rozhodnutí Finančního úřadu pro Karlovarský kraj ze dne 4. 3. 2021, č. j. 147000/21/2403-50522-405094, se zrušuje.
4. Rozhodnutí Finančního úřadu pro Karlovarský kraj ze dne 4. 3. 2021, č. j. 147021/21/2403-50522-405094, se zrušuje.
5. Žalovaný je povinen do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku zaplatit žalobkyni náklady řízení ve výši 16 600 Kč k rukám zástupce žalobkyně Mgr. Jiřího Motičáka, daňového poradce.

I.

Vymezení věci

1. Žalobkyně se žalobou ze dne 28. 2. 2022, doručenou Krajskému soudu v Plzni (dále jen „soud“) téhož dne, domáhala zrušení rozhodnutí žalovaného ze dne 20. 12. 2021, č. j. 48098/21/5300-21444-711869 (dále jen „napadené rozhodnutí“), jímž byla podle § 116 odst. 1 písm. c) zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění účinném v rozhodné době (dále jen „daňový řád“) potvrzena odvoláními napadená rozhodnutí Finančního úřadu pro Karlovarský kraj (dále jen „správce daně“) ze dne 26. 2. 2021, č. j. 94246/21/2403-50522-405094, ze dne 4. 3. 2021, č. j. 147000/21/2403-50522-405094 a ze dne 4. 3. 2021, č. j. 147021/21/2403-50522-405094 (dále společně též jen „prvostupňová rozhodnutí“).
2. Prvostupňová rozhodnutí byla dodatečnými platební výměry na daň z přidané hodnoty (dále jen „DPH“) za tři měsíční zdaňovací období v roce 2016, kterými byla žalobkyni doměřena DPH podle zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění účinném pro předmětná zdaňovací období (dále jen „ZDPH“) a rovněž uložena zákonná povinnost uhradit penále z doměřené daně, a to konkrétně: (i) za leden 2016 DPH ve výši 5 777 Kč a penále ve výši 1 155 Kč, (ii) za únor 2016 DPH ve výši 19 339 Kč a penále ve výši 3 867 Kč, a (iii) za březen 2016 DPH ve výši 70 815 Kč a penále ve výši 14 163 Kč.
3. Důvodem, pro který správce daně stanovil DPH odlišně od hodnot deklarovaných žalobkyní v daňových přiznáních, bylo neuznání odpočtů daně, které žalobkyně nárokovala z přijetí plnění od dodavatelů STK TRADE COMPANY s. r. o. (dále jen „STK TRADE“) a AL-MARK s. r. o. (dále jen „AL-MARK“) vyúčtovaných daňovými doklady s obecně formulovaným předmětem fakturace. Podle názoru správce daně žalobkyně neprokázala skutečný předmět plnění a jeho rozsah v případě obou dodavatelů, resp. v případě plnění deklarovaného od dodavatele STK TRADE neprokázala, že přijatá zdanitelná plnění poskytl tento deklarovaný dodavatel. Podle správce daně žalobkyně tudíž neprokázala, že by nárok na odpočet DPH uplatněný předmětnými daňovými doklady byl v souladu s § 72 a § 73 odst. 1 ZDPH.

II.

Žaloba

4. Žalobkyně v úvodu své žaloby nejprve shrnula obsah prvostupňových a napadeného rozhodnutí. Poté namítla, že napadené rozhodnutí je nesprávné a nezákonné, že jej napadá v celém rozsahu a navrhuje, aby soud zrušil nejen napadené rozhodnutí, ale i rozhodnutí prvostupňová. Dále pak žalobkyně uplatnila dva žalobní body, a to (i) prekluzi doměřené daně, a (ii) nezákonnost stanovení daně z důvodu pochybení v provedeném dokazování.
5. V rámci prvého žalobního bodu žalobkyně nejprve odkázala na podrobnou argumentaci uplatněnou v odvolacím řízení v podání ze dne 14. 4. 2021 a poté svou argumentaci shrnula. Podle názoru žalobkyně došlo k zahájení daňové kontroly na DPH za předmětná zdaňovací období nejpozději dne 11. 7. 2016, kdy správce daně fakticky zahájil rozsáhlé prověřování u žalobkyně, přičemž má žalobkyně za to, že nezákonnost postupu správce daně potvrdil zdejší soud v rozsudku ze dne 20. 1. 2021, č. j. 30 A 315/2018 – 180. Správce daně nejméně od 24. 6. 2016 spolu s daňovou kontrolou DPH za zdaňovací období duben 2016 prováděl další kontrolní úkony ve shodném rozsahu a za použití shodných kontrolních postupů i za zdaňovací období leden až březen 2016. Přitom ale pro období leden až březen 2016 nezahájil daňovou kontrolu protokolem o zahájení daňové kontroly, jako tomu bylo v případě zdaňovacího období duben 2016. Správce daně své kontrolní postupy a prověřování skrýval pod vyhledávací činnost.
6. K formálnímu naplnění zákonných podmínek k zahájení daňové kontroly došlo až 20. 3. 2019 sepsáním protokolu o zahájení daňové kontroly. Podle přesvědčení žalobkyně správce daně pod záminkou výkonu vyhledávací činnosti prováděl ve skutečnosti úkony podřaditelné pod daňovou kontrolu, ovšem o této skutečnosti žalobkyně nebyla informována, v důsledku čehož jí postupem správce daně byla upřena práva, která jí v rámci daňové kontroly zákon přiznává. Rozsah daňové kontroly nebyl správcem daně zúžen a má se tedy zato, že předmětem daňové kontroly byla všechna plnění daných období. Daňová kontrola pak byla prováděna společně za předmětná zdaňovací období a zdaňovací období duben 2016, u kterého ale o této skutečnosti byl sepsán protokol o zahájení daňové kontroly. Na podporu své argumentace žalobkyně odkázala na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 1. 2022, č. j. 6 Afs 100/2020 – 47, z něhož citovala.
7. Žalobkyně ve vztahu k prvému žalobnímu bodu uzavřela, že lhůtu pro stanovení daně dle § 148 odst. 3 daňového řádu je třeba odvíjet od okamžiku faktického zahájení daňové kontroly ze dne 11. 7. 2016. Podle žalobkyně lhůta pro vyměření daně pak s ohledem na upřesňující stanovisko NSS pro okamžik běhu lhůty dle § 148 daňového řádu skončí 11. 7. 2019 a dále že výzva k podání dodatečného daňového přiznání není po dobu trvání daňové kontroly přípustná, a proto nemůže její vydání v tomto případě prodloužit běh lhůty.
8. Ve vztahu k druhému žalobnímu bodu žalobkyně nejprve namítala, že napadené rozhodnutí je nezákonné, když k doměření daně došlo na základě pochybení při vedení dokazovacího řízení, kdy správce daně a následně žalovaný při hodnocení předložených důkazů zjevně zneužili svoji pravomoc a předložené důkazy hodnotili v neprospěch žalobkyně. I v této části své žalobní argumentace žalobkyně odkázala na své podání ze dne 14. 4. 2021 učiněné v rámci odvolacího řízení, kterou posléze shrnula.
9. Žalobkyně nejprve označila hodnocení náležitostí daňových dokladů, které provedl žalovaný ve shodě se správcem daně, za vnitřně rozporné a nepravdivé. Žalovaný na jedné straně uvedl, že „není specifikován rozsah plnění “, ale na druhé straně sám citoval rozsahy plnění, které byly na předložených daňových dokladech uvedeny. To samé se podle žalobkyně vztahuje k argumentaci žalovaného ohledně ceny. Žalovaný tvrdí, že nelze seznat způsob stanovení ceny a přitom potvrzuje, že na daňových dokladech byla cena za plnění uvedena. Ani žalovaný, ani správní orgán neuvedli žádný argument o tom, že by žalobkyně byla povinna jimi vyžadované údaje na dokladech uvést a že bez těchto údajů nemůže být uplatněn nárok na odpočet.
10. Žalobkyně dále namítala, že žalovaný při svém hodnocení důkazů vůbec nereflektoval, co který důkaz může a má prokazovat. Podle žalobkyně není pravda, že by nebylo zřejmé, jak byla stanovena cena, když je zjevné, že cena byla sjednána za celý uvedený rozsah plnění. Dodací listy hlavně neměly prokázat způsob stanovení ceny, ale prokazují vlastní dodání předmětu plnění. Žalobkyně dále odmítala argumenty správních orgánů ohledně předložených smluv. Žalovaný argumentoval obecností, aniž by přitom odkázal na konkrétní zákonný podklad povinnosti pro jím vyžadované skutečnosti. Přitom je zjevné, že předložené smlouvy nemohly samy o sobě být důkazem o uskutečnění plnění a jeho rozsahu, ale měly být připuštěny jako dílčí důkaz o úmyslu stran plnit. Z uvedeného měla žalobkyně za zjevné, že žalovaný neprovedl hodnocení důkazů v jejich celkovém kontextu.
11. Žalobkyně dále argumentovala, že předmětem daně je úplata za zdanitelná plnění, tedy nárok na odpočet je odvozen od sjednané úplaty. Úplata je dle § 4 odst. 1 ZDPH částka v peněžních prostředcích nebo hodnota nepeněžitého plnění, které jsou poskytnuty v přímé souvislosti s plněním. Tedy to, co bylo uvedeno jako cena plnění a bylo současně uhrazeno, je třeba považovat za úplatu. Nadto není důkaz, že by ceny byly nesprávné. Ani tvrzení žalovaného, že na předložených daňových dokladech nebyly uvedeny jednotkové ceny, se nezakládá na pravdě.
12. Konečně žalobkyně nesouhlasila se způsobem, jakým se žalovaný vypořádal se svědeckými výpověďmi, a dále že odmítl provést jako důkaz protokol o kontrole Oblastního inspektorátu práce ze dne 2. 2. 2016. Svědeckou výpověď pana Rampy žalobkyně označila za přímý důkaz podporující její tvrzení, zatímco ostatní svědecké výpovědi a zmíněný protokol označila za důkazy sice nepřímé, ovšem rovněž podporující její tvrzení.
13. Podle názoru žalobkyně došlo k hrubému porušení zásad dokazování a hodnocení důkazů, když docházelo k vědomé selekci důkazních prostředků. Vyměřená daň tak nebyla stanovena v souladu se zákonem, tudíž je napadené rozhodnutí třeba označit za nezákonné, přičemž důvody pro zrušení se vztahují i na prvostupňová rozhodnutí.

III.

Vyjádření žalovaného k žalobě

14. Žalovaný ve svém vyjádření ze dne 26. 4. 2022 navrhl zamítnutí žaloby. Úvodem svého vyjádření zrekapituloval napadené rozhodnutí a dosavadní průběh řízení, vymezil předmět sporu a shrnul obě dvě žalobní námitky. Ohledně žalobních námitek nejprve v obecné rovině konstatoval, že obě již byly v jisté formě uplatněny v odvolacím řízení a že je řádně vypořádal v napadeném rozhodnutí. Přitom připomněl judikaturu Nejvyššího správního soudu týkající se dispoziční zásady ve správním soudnictví. Posléze se žalovaný zabýval vypořádáním žalobních námitek.
15. K námitce prekluze žalovaný nejprve uvedl, že stejnou námitku řádně vypořádal v bodech [53] až [58] napadeného rozhodnutí, když žalobkyně nově uvedla pouze to, že lhůta pro stanovení daně uplynula dne 11. 7. 2019, ačkoliv v odvolání uváděla den 12. 7. 2019. Podle žalovaného lhůta pro stanovení daně za předmětná zdaňovací období počala dle § 148 odst. 1 daňového řádu běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení, tj. dne 25. 2. 2016, 29. 3. 2016 a dne 25. 4. 2016. Poté byla lhůta dle § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu prodloužena o 1 rok oznámením výzev k podání dodatečných daňových přiznání, tudíž prodloužená lhůta pro stanovení daně by v daném případě uplynula dne 25. 2. 2020, 29. 3. 2020 a 25. 4. 2020. Dne 20. 3. 2019 byla u žalobkyně zahájena daňová kontrola na DPH za uvedená zdaňovací období a lhůta pro stanovení daně tak podle § 148 odst. 3 daňového řádu počala běžet znovu od tohoto dne a její konec připadl na den 20. 3. 2022. Dodatečné platební výměry byly žalobkyni oznámeny dne 11. 3. 2021 a dne 14. 3. 2021. Žalobou napadené rozhodnutí bylo žalobkyni oznámeno dne 31. 12. 2021. Vzhledem k tomu, že se tak stalo v posledních 12 měsících stávající lhůty pro stanovení daně, došlo v souladu s § 148 odst. 2 písm. d) daňového řádu oznámením rozhodnutí o odvolání k prodloužení lhůty pro stanovení daně o 1 rok. Po dobu soudního řízení se přitom lhůta pro stanovení daně staví dle § 148 odst. 4 písm. a) daňového řádu. Z uvedeného měl žalovaný za zřejmé, že dodatečné platební výměry ani žalobou napadené rozhodnutí nebyly vydány po uplynutí lhůty pro stanovení daně, jak tvrdí žalobkyně. Napadené rozhodnutí tak není zatíženo vadou nezákonnosti spočívající v prekluzi lhůty pro stanovení daně.
16. Žalovaný poté k žalobkyní odkazovanému rozsudku zdejšího soudu ze dne 20. 1. 2021, č. j. 30 A 315/2018 – 180 uvedl, že zásadně nesouhlasí s intepretací, že v tomto rozsudku zdejší soud konstatoval, že správce daně úkonem ze dne 11. 7. 2016 de facto zahájil daňovou kontrolu. Přitom žalovaný odkázal na bodě [55] a násl. cit. rozsudku. Připustil, že zdejší soud shledal úkon správce daně ze dne 11. 7. 2016, tj. telefonickou žádost o předložení důkazních prostředků, za vybočení z vyhledávací činnosti, který byl zatížen znakem nezákonnosti, avšak absentoval znak přímého zkrácení na právech žalobkyně, což vedlo k zamítnutí předmětné zásahové žaloby. Žalovaný dále doplnil, že v bodě [57] napadeného rozhodnutí sice připustil, že telefonický požadavek správce daně ze dne 11. 7. 2016 vybočil z mezí vyhledávací činnosti, neboť nesměřoval pouze ke shromáždění podkladů a informací (jako požadavek z 24. 6. 2016), nýbrž směřoval již k prověřování daňové povinnosti žalobkyně, ovšem podstatné je to, že v rámci telefonického hovoru nebyl vymezen předmět a rozsah daňové kontroly. Z tohoto důvodu dne 24. 6. 2016 ani dne 11. 7. 2016 dle žalovaného k faktickému zahájení daňové kontroly nedošlo. Dále se žalovaný vyjádřil k žalobkyní odkazovanému rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 1. 2022, č. j. 6 Afs 100/2020 – 47 tak, že se jedná o zcela mimoběžný rozsudek, který se míjí s předmětem řízení, protože v tomto rozsudku bylo předmětem sporu posouzení postupu správce daně při zahájení opakované daňové kontroly, což v projednávaném případě není předmětem sporu.
17. K druhému žalobnímu bodu žalovaný nejprve odkázal na body [59] a násl. napadeného rozhodnutí, kde se vypořádal s podobně koncipovanou námitkou. Podle žalovaného žalobkyně nespecifikovala, v čem spočívalo pochybení správce daně, respektive i žalovaného, přičemž odmítl, že by hodnotil důkazní prostředky tendenčně v neprospěch žalobkyně. Správce daně i žalovaný hodnotili předložené důkazní prostředky v souladu se zásadou volného hodnocení důkazů.
18. Důkaz protokolem o kontrole Oblastního inspektorátu práce ze dne 2. 2. 2016 byl správcem daně proveden a také řádně hodnocen, ovšem s ohledem na jeho obsah byl vyhodnocen jako neprůkazný. Navíc správce daně si zajistil od Oblastního inspektorátu práce protokol o kontrole ze dne 12. 2. 2016 ve vztahu ke společnosti STK TRADE a protokol ze dne 22. 1. 2016 ve vztahu ke společnosti AL-MARK, které také provedl a zhodnotil, ovšem ani tyto důkazy neprokázaly přijetí plnění v deklarovaném předmětu a rozsahu. Žalovaný rovněž odkázal na bod [59] napadeného rozhodnutí.
19. K námitkám směřujícím proti hodnocení svědeckých výpovědí žalovaný uvedl, že provedl hodnocení svědeckých výpovědí v případě svědkyně M. v bodě [48] napadeného rozhodnutí, svědka C. v bodě [49] napadeného rozhodnutí a svědka R. v bodě [25] napadeného rozhodnutí. K tomu žalovaný doplnil, že ze svědecké výpovědi svědka Rampy sice vyplynulo potvrzení obchodní spolupráce žalobkyně se společností STK TRADE, avšak bez vazby na žalobkyní předložené důkazní prostředky a bez informací, které by bylo možné považovat za důkaz o faktickém průběhu konkrétních šetřených plnění. Svědek se totiž vyjadřoval pouze obecně. Žalovaný shrnul, že výše zmíněné svědecké výpovědi neprokázaly přijetí předmětných plnění od společnosti STK TRADE v deklarovaném předmětu a rozsahu, resp. u společnosti AL-MARK v deklarovaném předmětu a rozsahu.
20. Žalovaný se při přezkoumání rozhodnutí správce daně ztotožnil s právním názorem vysloveným ve Zprávě o daňové kontrole. Žalovaný dále uvedl, že pouze požadoval splnění zákonných povinností, přičemž odkázal na náležitosti daňového dokladu stanovené v § 29 odst. 1 ZDPH. V dané souvislosti odkázal na bod [68] napadeného rozhodnutí, jakož i na další části napadeného rozhodnutí (k obecnosti smluv uzavřených s STK TRADE viz bod [24] a s AL-MARK viz body [38] a [42], ke specifikaci rozsahu plnění a stanovení ceny viz body [20] a [21], [22] ve vztahu k dodavateli STK TRADE a body [38] a násl. ve vztahu k dodavateli AL-MARK). Žalovaný odmítl, že by jeho závěry byly vnitřně rozporné. Správce daně kvalifikovaně vyjádřil uvedením svých pochybností o správnosti údajů na daňovém dokladu (viz výzva č. j. 700418/19/2405-60563-405085), čímž došlo k přenesení důkazního břemene na žalobkyni. K předloženým dodacím listům od společnosti STK TRADE se žalovaný vyjádřil v bodech [22] a [60] napadeného rozhodnutí, když shledal dílčí rozpory mezi daňovými doklady a dodacími listy. Žalovaný označil veškeré dílčí námitky žalobkyně obsažené v druhém žalobním bodě za nedůvodné.
21. V závěru svého vyjádření žalovaný reagoval na judikaturu Soudního dvora EU a rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ve věci „Kemwater Pro Chemie“ s tím, že uvedená judikatura se v posuzovaném případě neprosadí. Upozornil, že v případě plnění od společnosti AL-MARK neprokázání osoby dodavatele vůbec nebylo důvodem pro odepření nároku na odpočet DPH. V případě plnění od společnosti STK TRADE sice správci daně vznikly pochybnosti i o osobě dodavatele, avšak vedle toho také o rozsahu a předmětu plnění. Nadto žalovaný dodal, že žalobkyně neoznačila konkrétního dodavatele, který by mu namísto společnosti STK TRADE měl plnění dodat, přičemž tento skutečný dodavatel nevyplynul ani z daňového řízení. Podle žalovaného z předmětu plnění ani jeho ceny nelze žádným způsobem dovodit, že by jiný blíže neidentifikovaný dodavatel či dodavatelé museli mít v době uskutečnění plnění postavení plátce DPH.
22. Žalovaný uzavřel, že napadené rozhodnutí bylo vydáno v souladu se zákonem a žalobkyní vznesené námitky nejsou důvodné.

IV.

Doplňující podání žalobkyně a následné vyjádření žalovaného

23. Podáním ze dne 20. 10. 2022 žalobkyně doplnila svou žalobu. Na podporu své argumentace odkázala na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 7. 2022, č. j. 3 Afs 8/2020 – 41, ve kterém bylo rozhodováno o výkladové otázce ohledně okamžiku zahájení daňové kontroly v případě, kdy tato nebyla zahájena postupem dle daňového řádu. Tedy o skutkově obdobném případu, jako tomu je v případě žalobkyně. V obou případech došlo shodně k vyměření daně po prekluzi práva na její doměření. K prekluzi práva pak došlo za situace, kdy správce daně provedl pod záminkou vyhledávací činnosti úkony, jež byly následně soudem uznány za úkony svou povahou shodné se zahájením daňové kontroly. Tím došlo ke změně určení okamžiku zahájení daňové kontroly a bylo následně konstatováno, že daň byla doměřena po lhůtě pro její doměření.
24. Poté žalobkyně odkázala na výzvu k prokázání skutečností ze dne 20. 6. 2019, kde sám správce daně uvedl, že „v rámci vyhledávací činnosti za zdaňovací období leden – březen roku 2016 ověřoval, zda byl nárok na odpočet daně u přijatých zdanitelných plnění uplatněn v souladu s ustanovením § 72 a § 73 zákona o DPH, zejména zda byla přijatá zdanitelná plnění skutečně přijata, zda byla přijata od deklarovaného dodavatele a zda byla použita k ekonomické činnosti daňového subjektu“. Dále žalobkyně odkázala na výzvy k podání dodatečného daňového přiznání za období leden 2016, únor 2016 a březen 2016, to vše z 24. 9. 2018, kde sám správce daně rovněž uvedené potvrdil. Konečně žalobkyně opětovně připomněla již odkazovaný rozsudek zdejšího soudu vydaný ve věci sp. zn. 30 A 315/2018.
25. Dne 4. 5. 2023 bylo soudu doručeno doplňující vyjádření žalovaného, v němž žalovaný reagoval na doplnění žaloby. Předně žalovaný označil žalobkyní odkazovanou novou judikaturu Nejvyššího správního soudu za mimoběžnou nyní projednávanému případu, což odůvodnil závěry z již dříve odkazovaného rozsudku zdejšího soudu ze dne 20. 1. 2021, č. j. 30 A 315/2018 – 180. Žalovaný považuje výrok uvedeného rozsudku, kterým byla zamítnuta žalobkyní podaná zásahová žaloba týkající se postupu správce daně spočívajícího v telefonických hovorech ze dne 24. 6. 2016 a 11. 7. 2016, za závazný, tudíž i závěr, že postup správce daně není nezákonným zásahem, je konečné a závazné posouzení charakteru postupu správce daně, od kterého se nyní krajský soud nemůže odchýlit. Žalovaný poté odkázal na judikaturu i komentářovou literaturu týkající se otázky závaznosti výroku rozsudku.
26. Dále žalovaný k žalobkyní odkazovaným písemnostem správce daně uvedl, že znění či použité obraty správce daně nejsou rozhodující skutečností pro posouzení merita věci, vždy by měl být zkoumán skutečný obsah písemností, přičemž s ohledem na výše uvedené je žalovaný toho názoru, že postup správce daně nebyl nezákonným zásahem a nebyl prováděním kontrolních postupů, tedy nedošlo k zahájení skryté kontroly, jak uvádí žalobkyně. Pozdější úřední korespondence správce daně nemá potenciál toto změnit. Žalovaný považuje postupy správce daně v rozhodném období, tj. od 24. 6. 2016 do dne 20. 3. 2019 (kdy byla formálně zahájena daňová kontrola), za vyhledávací činnost, kdy správce daně pouze „mapoval terén“.

V.

Průběh řízení a ústní jednání

27. Soud konstatuje, že žaloba směřující proti napadenému rozhodnutí byla podána včas, neboť zákonná lhůta dvou měsíců byla dodržena (napadené rozhodnutí bylo žalobkyni doručeno dne 31. 12. 2021, přičemž žaloba byla soudu doručena dne 28. 2. 2022). Soud dále konstatuje, že žaloba byla podána osobou k tomu oprávněnou (žalobkyně byla adresátem napadeného rozhodnutí), proti žalovanému, který je pasivně legitimován (jako odvolací orgán, který vydal napadené rozhodnutí), po vyčerpání řádných opravných prostředků (žalobkyně podala proti prvostupňovým rozhodnutím odvolání, o nichž žalovaný rozhodl napadeným rozhodnutím, proti kterému již není odvolání přípustné) a obsahuje všechny požadované formální náležitosti. Soud proto mohl přistoupit k věcnému přezkoumání žaloby.
28. Jelikož se oba účastníci řízení ve svých písemných podáních dovolávali rozsudku zdejšího soudu ze dne 20. 1. 2021, č. j. 30 A 315/2018 – 180 (dále jen „rozsudek 30 A 315/2018“), soud si připojil příslušný soudní spis vedený u zdejšího soudu pod sp. zn. 30 A 315/2018. Uvedeným rozsudkem byla zamítnuta žaloba žalobkyně, kterou se domáhala určení, že „postup Finančního úřadu pro Karlovarský kraj, kdy souběžně s postupem k odstranění pochybností, nebo s navazující daňovou kontrolou za zdaňovací období duben 2016 pod záminkou úkonů „vyhledávací činnosti“ fakticky prověřoval tvrzení daňového subjektu k dani z přidané hodnoty za zdaňovací období leden až březen 2016, aniž by k tomuto období zahájil zákonný kontrolní postup, byl nezákonným zásahem“.
29. Vzhledem k tomu, že žalobkyně vyjádřila nesouhlas s rozhodnutím o věci samé bez jednání (podáním ze dne 9. 3. 2022, č. l. 58 soudního spisu), soud konal dne 30. 5. 2023 ústní jednání.
30. Žalobkyně při jednání setrvala na své žalobní argumentaci, kterou zrekapitulovala a v podrobnostech odkázala na svá písemná podání, která v předmětném řízení učinila. Rovněž žalovaný při jednání setrval na své argumentaci a v podrobnostech odkázal na svá písemná vyjádření.
31. Soud při jednání nejprve konstatoval obsah prvostupňových rozhodnutí (tří dodatečných platebních výměrů) a napadeného rozhodnutí a dále provedl k důkazu: (i) úřední záznam správce daně ze dne 13. 7. 2016, (ii) dvě výzvy správce daně ze dne 1. 8. 2016 adresované společnostem STK TRADE a AL-MARK k poskytnutí informací a vydání listin týkajících se spolupráce s žalobkyní v období leden až duben 2016, (iii) potvrzení správce daně o předání dokladů ze dne 11. 8. 2016 vystavené pro žalobkyni, (iv) úřední záznam správce daně ze dne 12. 10. 2016 o předložení dokladů od žalobkyně, (v) tři výzvy správce daně ze dne 24. 9. 2018 k podání dodatečného daňového přiznání za období leden až březen 2016 adresované žalobkyni, (vi) zprávu o daňové kontrole ze dne 5. 2. 2021. Provedení těchto listin soud považoval, ve spojení s obsahem správního spisu, za dostačující pro posouzení žalobních námitek. Vzhledem k tomu, že žalobkyně na provedení ostatních důkazních návrhů, které učinila ve svých písemných podáních, při jednání již netrvala, a současně že žalovaný v průběhu řízení neučinil žádný důkazní návrh, soud již další dokazování neprováděl.

VI.

Posouzení věci soudem

32. V souladu s § 75 odst. 1 a 2 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“) soud vycházel při přezkoumání napadeného rozhodnutí ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování správního orgánu, a napadené rozhodnutí přezkoumal v mezích žalobních bodů uplatněných v žalobě. Soud přezkoumal napadené rozhodnutí i z pohledu vad, k nimž je povinen přihlédnout z úřední povinnosti (srov. § 76 s. ř. s.).
33. Poté, co soud v projednávané věci přezkoumal napadené rozhodnutí, jakož i předmětný správní spis, dospěl k závěru, že žaloba je důvodná.
34. V projednávané věci bylo podstatou sporu posouzení právní otázky, zda správce daně (a potažmo i žalovaný, který postup správce daně později potvrdil jako správný) postupoval nezákonně, když žalobkyni doměřil DPH za předmětná zdaňovací období, jelikož neuznal nárok žalobkyně na odpočet daně z deklarovaných plnění od uvedených dvou dodavatelů žalobkyně.
35. Žalobkyně ve své žalobě uplatnila dvě žalobní námitky, jimiž odůvodnila namítanou nezákonnost napadeného a prvostupňových rozhodnutí, a to (i) že předmětná daň byla doměřena až po uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně, a dále (ii) že ke stanovení daně došlo na podkladě pochybení v provedeném dokazování, kteréžto pochybení spočívalo v tendenčním hodnocení důkazů v neprospěch žalobkyně.
36. Soud se nejprve zabýval prvním žalobním bodem, tj. namítanou prekluzí, neboť pokud by tato námitka byla důvodná, pak by bez dalšího musela vést ke zrušení napadeného rozhodnutí, neboť prekludovanou daň již nelze doměřit.
37. Podle § 148 odst. 1 daňového řádu daň nelze stanovit po uplynutí lhůty pro stanovení daně, která činí 3 roky. Lhůta pro stanovení daně počne běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou, aniž by zde byla současně povinnost podat řádné daňové tvrzení. Podle § 148 odst. 2 daňového řádu se lhůta pro stanovení daně prodlužuje o 1 rok, pokud v posledních 12 měsících před uplynutím dosavadní lhůty pro stanovení daně došlo k a) podání dodatečného daňového tvrzení nebo oznámení výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení, pokud tato výzva vedla k doměření daně, nebo b) oznámení rozhodnutí o stanovení daně. A konečně podle § 148 odst. 3 daňového řádu byla-li před uplynutím lhůty pro stanovení daně zahájena daňová kontrola, podáno řádné daňové tvrzení nebo oznámena výzva k podání řádného daňového tvrzení, běží lhůta pro stanovení daně znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn.
38. Pokud jde o počátek běhu prekluzivní lhůty pro stanovení daně, pak o tom v posuzovaném případě nebylo sporu, když lhůta pro podání řádného daňového tvrzení uplynula ve vztahu k období leden 2016 dne 25. 2. 2016, ve vztahu k období únor 2016 dne 29. 3. 2016 a ve vztahu k období březen 2016 dne 25. 4. 2016. Tudíž v tyto dny začaly ve vztahu k jednotlivým předmětným zdaňovacím obdobím běžet jednotlivé prekluzivní lhůty pro stanovení DPH.
39. Naopak předmětem sporu bylo, kdy jednotlivé prekluzivní lhůty uplynuly, resp. zda a kdy došlo k jejich přetržení ve smyslu § 148 odst. 3 daňového řádu, příp. k prodloužení podle § 148 odst. 2 daňového řádu. Žalobkyně se s žalovaným (a správcem daně) rozcházela zejména v tom, kdy ve vztahu k předmětným zdaňovacím obdobím došlo k zahájení daňové kontroly, což je zákonný důvod pro přetržení běhu lhůty pro stanovení daně a pro počátek běhu lhůty nové. Žalovaný ve shodě se správcem daně měl daňovou kontrolu za zahájenou dnem 20. 3. 2019, kdy správce daně konal jednání, na kterém za účasti zástupce žalobkyně formálně zahájil daňovou kontrolu a byl i pořízen a podepsán protokol o zahájení daňové kontroly. Naproti tomu žalobkyně zastávala názor, že v daném případě došlo k faktickému zahájení daňové kontroly již dříve, a to nejpozději dne 11. 7. 2016, kdy správce daně fakticky zahájil rozsáhlé prověřování a prováděl úkony podřaditelné pod daňovou kontrolu, byť tak činil pod záminkou vyhledávací činnosti.  
40. Soud ze správního spisu a z provedeného dokazování zjistil následující skutečnosti relevantní a podstatné pro posouzení stěžejní sporné otázky týkající se okamžiku uplynutí lhůty pro stanovení předmětné daně.
41. Dne 17. 6. 2016 správce daně vydal výzvu k odstranění pochybností ve vztahu ke zdaňovacímu období duben 2016.
42. Dne 24. 6. 2016 úřední osoba správce daně na základě analyticko-vyhledávací činnosti telefonicky požádala žalobkyni (paní Ing. K. - členku představenstva a kontaktní osoba za žalobkyni pro účely správy daní) o předložení evidencí pro daňové účely dle § 100 ZDPH za zdaňovací období leden až březen 2016. Dne 28. 6. 2016 správce daně obdržel od žalobkyně požadované evidence pro daňové účely za zdaňovací období leden až březen 2016. Z nich zjistil, že žalobkyně v daných obdobích uplatnila nároky na odpočet DPH opakovaně od několika konkrétních dodavatelů (mezi nimi byly uvedeny i společnosti STK TRADE a AL-MARK). Jelikož se plnění od daných dodavatelů pravidelně opakovalo a tvořilo podstatnou část nároků na odpočet DPH, rozhodl se správce daně ověřit, zda žalobkyně splnila podmínky pro uplatnění nároku na odpočet DPH z plnění přijatých od uvedených dodavatelů. Tudíž dne 11. 7. 2016 úřední osoba správce daně za účelem prověření podnětu opět kontaktovala telefonicky paní Ing. K. a požádala ji o předložení „důkazních prostředků vztahujících se k předmětným přijatým zdanitelným plněním uvedeným výše v tabulce“, tj. včetně plnění od společností STK TRADE a AL-MARK přijatých ve zdaňovacích obdobích leden až březen 2016 (tyto skutečnosti jsou obsaženy v úředním záznamu správce daně ze dne 13. 7. 2016, který soud provedl k důkazu, když si jej pořídil z připojeného spisu sp. zn. 30 A 315/2018, neboť žalovaným předložený správní spis tento úřední záznam neobsahoval, ač se zcela nepochybně týkal předmětných zdaňovacích období).
43. Dne 22. 7. 2016 žalobkyně předložila správci daně jím vyžádané důkazní prostředky, resp. doklady a písemnosti, a to ve vztahu jak k období duben 2016, tak i k rozhodnému období leden až březen 2016. Rovněž dne 11. 8. 2016 správce daně převzal od žalobkyně další jím vyžádané důkazní prostředky, které se opět vztahovaly jak k období duben 2016, tak i k obdobím leden až březen 2016 (i v tomto případě soud prováděl k důkazu dané potvrzení o předání dokladů a úřední záznam o převzetí dokladů, neboť ani tyto listiny týkající se rozhodného období žalovaným předložený správní spis neobsahoval).
44. Dne 1. 8. 2016 správce daně učinil výzvy vůči dodavatelům žalobkyně uvedeným v úředním záznamu ze dne 13. 7. 2016, a to včetně společností STK TRADE a AL-MARK. Výzvy směřovaly k poskytnutí informací a vydání listin týkajících se spolupráce s žalobkyní v období leden až duben 2016.
45. Dne 26. 9. 2016 správce daně uskutečnil místní šetření v provozovně žalobkyně (protokol o místním šetření nebyl součástí správního spisu, nicméně je o něm informace v níže uvedených výzvách správce daně ze dne 24. 9. 2018).
46. Dne 1. 12. 2016 byl postup k odstranění pochybností vedený ohledně období duben 2016 ukončen a byla formálně zahájena daňová kontrola, a to pouze ve vztahu k období duben 2016 (tato daňová kontrola týkající se pouze období duben 2016 byla ukončena dne 24. 1. 2018).
47. Dne 13. 4. 2017 správce daně zaslal výzvu Pražské správě sociálního zabezpečení k poskytnutí údajů z registru pojištěnců u společnosti STK TRADE za období leden až duben 2016 (součástí správního spisu je úřední záznam ze dne 20. 9. 2019, kterým správce daně informuje, že pořídil fotokopie předmětné výzvy a následné odpovědi z jiné části spisu daňového subjektu a že je použije pro účely daňové kontroly za zdaňovací období leden až březen 2016).
48. Dne 8. 8. 2017 konal správce daně místní šetření v sídle společnosti STK TRADE, aby prověřil obchodní spolupráci této společnosti s žalobkyní za období leden až duben 2016 (součástí správního spisu je úřední záznam ze dne 10. 12. 2019, kterým správce daně informuje, že pořídil fotokopie oznámení o místním šetření a úřední záznam o místním šetření z jiné části spisu daňového subjektu a že je použije pro účely daňové kontroly za zdaňovací období leden až březen 2016).
49. Dne 24. 9. 2018 správce daně vyzval žalobkyni podle § 145 odst. 2 daňového řádu k podání dodatečného daňového přiznání k DPH pod č. j. 604761/18/2403-50522-405094 za leden 2016, pod č. j. 872911/18/2403-50522-405094 za únor 2016 a pod č. j. 873175/18/2403-50522-405094 za březen 2016, a to v náhradní lhůtě do 15 dnů ode dne doručení těchto výzev. V těchto výzvách je velmi podrobně popsán postup správce daně, a to jak ve vztahu ke zdaňovacímu období duben 2016 (včetně zahájeného postupu k odstranění pochybností a později i zahájené daňové kontroly), tak i ve vztahu k předmětným zdaňovacím obdobím leden až březen 2016, kde správce daně sice formálně nezahájil ani postup pro odstraňování pochybností, ani daňovou kontrolu, přesto na základě shromážděných podkladů a informací ověřoval, zda byly splněny podmínky uvedené v ustanovení § 72 a § 73 ZDPH v případě nároku na odpočet daně uplatněného na základě daňových dokladů vystavených dodavateli STK TRADE a AL-MARK, přičemž v tomto ohledu hodnotil i shromážděné podklady. Ve výzvách je rovněž uvedeno konkrétní vyčíslení daňové povinnosti, kterou by podle názoru správce daně měla žalobkyně správně tvrdit, resp. doplnit v rámci dodatečných daňových přiznání k DPH za předmětná období. (K obsahu těchto výzev se soud ještě podrobněji vyjádří níže v odůvodnění tohoto rozsudku, neboť je považuje za důležité pro své posouzení.)
50. Dne 9. 10. 2018 žalobkyně podala dodatečná daňová přiznání k DPH za předmětná zdaňovací období, když uvedla shodné údaje jako v řádných daňových tvrzeních. Dne 12. 12. 2018 a dne 14. 12. 2018 byla tato dodatečná daňová přiznání prohlášena správcem daně za neúčinná z důvodu, že žalobkyně ve stanovené lhůtě neodstranila vady, které spočívaly v uvedení stejných údajů, jako v řádném daňovém přiznání (srov. § 74 odst. 3 daňového řádu).
51. Dne 20. 3. 2019 správce daně formálně zahájil daňovou kontrolu na DPH ve vztahu k předmětným zdaňovacím obdobím (tedy leden až březen 2016), a to ohledně plnění přijatých žalobkyní v tomto období od dodavatelů STK TRADE a AL-MARK. V tento den byl sepsán a podepsán protokol o zahájení daňové kontroly.
52. Dne 23. 2. 2021 byla daňová kontrola týkající se období leden až březen 2016 ukončena doručením zprávy o daňové kontrole č. j. 80379/21/2403-60563-405085 (dále jen „Zpráva o daňové kontrole“) do datové schránky zástupce žalobkyně. Výsledkem daňové kontroly bylo kontrolní zjištění, že žalobkyně neoprávněně uplatnila nárok na odpočet DPH u plnění přijatých od dodavatelů STK TRADE a AL-MARK, přičemž tato zjištění, včetně částek k doměření daňové povinnosti, byla shodná s tím, co již správce daně konstatoval ve shora uvedených výzvách k podání dodatečného daňového přiznání k DPH učiněných vůči žalobkyni dne 24. 9. 2018.
53. Dne 11. 3. 2021 byl žalobkyni doručen dodatečný platební výměr ze dne 26. 2. 2021 ve vztahu k období leden 2016. Dne 14. 3. 2021 pak byly žalobkyni doručeny dva dodatečné platební výměry ze dne 4. 3. 2021 ve vztahu k obdobím únor a březen 2016. Žalobkyni byla doměřena daňová povinnost dle výsledků daňové kontroly obsažených ve Zprávě o daňové kontrole.
54. Dne 31. 12. 2021 nabylo právní moci napadené rozhodnutí zamítající odvolání žalobkyně proti všem třem dodatečným platebním výměrům (tj. prvostupňovým rozhodnutím).
55. Jak již soud předeslal výše, pro posouzení prvého žalobního bodu, tedy otázky prekluze předmětné DPH doměřené v posuzovaném případě žalobkyni správcem daně, bylo stěžejní v prvé řadě posoudit, kdy ve vztahu k předmětným zdaňovacím obdobím skutečně došlo k zahájení daňové kontroly, tedy zda se tak stalo nejpozději dne 11. 7. 2016 (žalobkyní namítané faktické zahájení daňové kontroly, když správce daně překročil meze vyhledávací činnosti) nebo až dne 20. 3. 2019 (datum, kdy správce daně formálně zahájil daňovou kontrolu pořízením a podpisem protokolu o zahájení daňové kontroly).
56. Soud nejprve uvádí relevantní právní úpravu obsaženou v daňovém řádu (ve znění účinném do 31. 12. 2020) týkající se vyhledávací činnosti a daňové kontroly, resp. jejího zahájení.
57. Podle § 78 odst. 1 daňového řádu správce daně vyhledává důkazní prostředky a daňové subjekty a zjišťuje plnění jejich povinností při správě daní před zahájením řízení i v jeho průběhu. Podle odst. 2 vyhledávací činnost provádí správce daně i bez součinnosti s daňovým subjektem. Podle odst. 3 v rámci vyhledávací činnosti správce daně a) ověřuje úplnost evidence či registrace daňových subjektů, b) zjišťuje údaje týkající se příjmů, majetkových poměrů a dalších skutečností rozhodných pro správné zjištění, stanovení a placení daně, c) shromažďuje a zpracovává informace a využívá informační systémy v rozsahu podle § 9 odst. 3, d) opatřuje nezbytná vysvětlení, e) provádí místní šetření.
58. Podle § 85 odst. 1 daňového řádu předmětem daňové kontroly jsou daňové povinnosti, tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně vztahující se k jednomu daňovému řízení. Podle § 87 odst. 1 daňového řádu daňová kontrola je zahájena prvním úkonem správce daně vůči daňovému subjektu, při kterém je vymezen předmět a rozsah daňové kontroly a při kterém správce daně začne zjišťovat daňové povinnosti nebo prověřovat tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně.
59. Na tomto místě soud poukazuje na velmi zevrubný popis jednotlivých postupů při správě daní, včetně rozlišení mezi vyhledávací činností a daňovou kontrolou, jak se tento podává v rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 3. 2022, č. j. 7 Afs 39/2020 – 29:

„[22] Daňový řád rozlišuje mezi několika postupy při správě daní: vyhledávací činnost (§ 78), vysvětlení (§ 79), místní šetření (§ 80 až 84), daňová kontrola (§ 85 až 88) a postup k odstranění pochybností (§ 89 a 90). Správce daně přitom není oprávněn si neomezeně vybírat, který postup při správě daní v konkrétním případě zvolí, a jak dlouho a v jaké intenzitě v něm bude pokračovat. Správce daně je povinen respektovat při své činnosti zákonný rámec konkrétního postupu při správě daní a pohybovat se pouze v jeho mezích. Jinými slovy, správce daně má relativně široké správní uvážení, pokud jde o zacílení svého prověřování, které je limitováno v zásadě jen podmíněným zákazem opakovaných daňových kontrol v § 85 odst. 5 daňového řádu a obecnou zásadou proporcionality. Jakmile si však správce daně stanoví rozsah otázek, které hodlá prověřit, nemůže volně vybírat, jaký z postupů upravených v daňovém řádu bude aplikovat, ale musí respektovat zákonem stanovené podmínky pro uplatnění jednotlivých postupů a současně základní zásady správy daní, zejména v podobě povinnosti šetřit práva a právem chráněné zájmy osob zúčastněných na správě daní (srov. např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2014, č. j. 1 Aps 20/2013 - 61, ze dne 25. 1. 2017, č. j. 4 Afs 182/2016 - 18, ze dne 31. 5. 2017, č. j. 4 Afs 14/2017 - 36, ze dne 2. 7. 2020, č. j. 7 Afs 390/2019 - 44, či ze dne 10. 5. 2021, č. j. 5 Afs 301/2019 - 30).

[23] Hodlá-li správce daně komplexně prověřovat skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení konkrétní daně (či její vybrané části), musí zvolit takový postup při správě daní, který mu umožňuje provádět dokazování (srov. § 92 odst. 2 daňového řádu), tedy nejen označení a obstarání pramenu důkazu (věci či osoby), z něhož se čerpá poznatek, ale i jeho provádění a následné hodnocení. Provádění dokazování přitom daňový řád předvídá pouze v případě daňové kontroly a postupu k odstranění pochybností (srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 8. 2018, č. j. 1 Afs 300/2017 - 26 a ze dne 24. 9. 2020, č. j. 7 Afs 63/2019 - 31). Daňový řád nezná žádný jiný postup při správě daní, při němž lze provádět dokazování. Zejména pak tímto postupem není vyhledávací činnost. Obsahem vyhledávací činnosti je totiž pouhé zjišťování a sběr pokladových informací a „mapování terénu“. Správce daně v rámci vyhledávací činnosti stanoveným způsobem „ohledává terén“ a z vlastní iniciativy vyhledává a opatřuje předběžné či podkladové informace, které potom může zařadit do procesu dokazování v daňovém řízení. Při vyhledávací činnosti však nedochází k vlastnímu hodnocení a případnému osvědčení získaných důkazních prostředků jako důkazů o skutkovém stavu. Nelze při ní proto zjišťovat a ověřovat správnost stanovení daňové povinnosti daňového subjektu. Pokud by správce daně v rámci vyhledávací činnosti namísto pouhého zjišťování podkladových informací a „mapování terénu“ prováděl i zjišťování a ověřování správnosti stanovení daňové povinnosti (celé či jen její části), překročil by zákonem stanovené meze vyhledávací činnosti a místního šetření (v podrobnostech srov. např. již zmiňované rozsudky č. j. 4 Afs 14/2017 - 36 a č. j. 7 Afs 390/2019 - 44).

[24] Správce daně je tedy nepochybně oprávněn ověřovat správnost tvrzení daňového subjektu ohledně jeho daňové povinnosti, ovšem při respektování právní úpravy stanovené v daňovém řádu, garantující proporcionalitu takového zásahu daňových orgánů do právní sféry jednotlivce mj. i zaručením určitých jeho práv v průběhu daňové kontroly. Takový zásah tedy nemůže být činěn správcem daně libovolnou formou, např. vyhledávací činností, nýbrž pouze prostřednictvím nástroje k tomu zákonem předvídaného, tedy daňové kontroly.“

60. V projednávané věci měl soud na základě vyjádření účastníků řízení za nesporné, že (i) protokol o jednání, v rámci kterého došlo k zahájení daňové kontroly s vymezeným předmětem „DPH za zdaňovací období měsíce leden, únor a březen 2016“, byl sepsán až dne 20. 3. 2019, a dále že (ii) telefonický požadavek správce daně učiněný vůči žalobkyni dne 11. 7. 2016 vybočil z mezí vyhledávací činnosti, neboť nesměřoval pouze ke shromáždění podkladů a informací, nýbrž směřoval již k prověřování daňové povinnosti žalobkyně. Účastníci řízení proti takto soudem při soudním jednání vymezeným nesporným skutečnostem nic nenamítali.
61. K druhé nesporné skutečnosti soud doplňuje, že zdejší soud v účastníky odkazovaném rozsudku 30 A 315/2018 rovněž dospěl k závěru, že telefonická žádost správce daně ze dne 11. 7. 2016 „byla vybočením z vyhledávací činnosti, neboť ono ověřování mělo být prováděno v rámci postupu k odstranění pochybností nebo daňové kontroly“ (srov. bod 53. cit. rozsudku zdejšího soudu). Ostatně i samotný žalovaný v napadeném rozhodnutí připustil, že lze souhlasit s odvolatelem, že telefonátem dne 11. 7. 2016 byl prvostupňovým správcem daně již překročen rámec vyhledávací činnosti, neboť prvostupňový správce daně již začal prověřovat daňové povinnosti odvolatele (srov. bod [57] napadeného rozhodnutí).
62. Jelikož se obě strany sporu dovolávaly rozsudku 30 A 315/2018, a to každá ve prospěch své argumentace, soud na tomto místě uvádí, že když zdejší soud v odkazovaném rozsudku hodnotil předmětnou telefonickou výzvu správce daně ze dne 11. 7. 2016, činil tak z hlediska tehdejší žalobou vymezeného předmětu řízení, tj. zda došlo k nezákonnému zásahu ve smyslu § 82 s. ř. s. V tomto ohledu je tedy závazný pouze výrok odkazovaného rozsudku, kterým byla zamítnuta zásahová žaloba požadující určení, že „postup Finančního úřadu pro Karlovarský kraj, kdy souběžně s postupem k odstranění pochybností, nebo s navazující daňovou kontrolou za zdaňovací období duben 2016 pod záminkou úkonů „vyhledávací činnosti“ fakticky prověřoval tvrzení daňového subjektu k dani z přidané hodnoty za zdaňovací období leden až březen 2016, aniž by k tomuto období zahájil zákonný kontrolní postup, byl nezákonným zásahem“. Zdejší soud sice dospěl k závěru, že postup správce daně vykazoval znak nezákonnosti, neboť výzva ze dne 11. 7. 2016 učiněná správcem daně vůči žalobkyni byla vybočením z mezí vyhledávací činnosti, ovšem měl za to, že absentovaly znaky přímého zkrácení na právech žalobkyně, tudíž jím posuzovanou zásahovou žalobu zamítl. Z uvedených důvodů se soud v nyní projednávané věci necítil nikterak vázán odkazovaným rozsudkem 30 A 315/2018 stran posouzení, kdy v posuzovaném případě skutečně došlo k zahájení daňové kontroly, neboť tato otázku nebyla pro posouzení důvodnosti zásahové žaloby (v mezích vymezených tehdejší zásahovou žalobou) určující, tudíž se jí zdejší soud ani nemusel explicitně zabývat. Nutno doplnit, že k odlišnosti typových předmětů řízení u zásahové žaloby a žaloby proti rozhodnutí správního orgánu, týkají-li se obě řízení v určitém ohledu daňové kontroly, se vyjádřil rozšířený senát Nejvyššího správního soudu v usnesení ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1 Afs 183/2014 – 55, když dovodil, že „oba prostředky soudní ochrany jsou žalobci k dispozici vedle sebe (v praxi však z časového hlediska bude obvykle zásahová žaloba předcházet žalobě podle § 65 a násl. s. ř. s.), neboť každý z nich slouží poněkud jinému účelu a zabývá se daňovou kontrolou z odlišných úhlů pohledu“ (srov. bod [50] cit. usnesení).
63. Lze připustit, že zdejší soud v odkazovaném rozsudku 30 A 315/2018 zmínil (spíše na okraj a pro úplnost), že s ohledem na žalobní tvrzení se bylo možné přít toliko o zákonnost provádění vyhledávací činnosti, neboť bylo nesporné, že k formálnímu zahájení daňové kontroly, při kterém byl vymezen předmět a rozsah daňové kontroly, došlo až dne 20. 3. 2019. V nyní projednávané věci, ve které je soud přímo postaven před otázku, kdy v posuzovaném případě skutečně došlo k zahájení daňové kontroly (na rozdíl od zdejšího soudu ve věci sp. zn. 30 A 315/2018, který tuto otázku pro své posouzení zodpovědět nemusel), soud z důvodů dále popsaných a s přihlédnutím k dále citované recentní rozhodovací praxi Nejvyššího správního soudu dospěl k závěru, že ke skutečnému zahájení daňové kontroly došlo již faktickým jednáním správce daně v rámci výzvy ze dne 11. 7. 2016. I na tomto místě soud pro úplnost odkazuje na posouzení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu provedené v již odkazovaném usnesení ze dne 16. 11. 2016, č. j. 1 Afs 183/2014 – 55, v němž se v bodě [52] uvádí následující: „[…] Pokud se však již jeden ze soudů k otázce zákonnosti daňové kontroly vyslovil, je druhý soud povinen jeho názor reflektovat. Znamená to, že je povinen se tímto názorem zabývat, vzít jej v úvahu a odchýlit se od něho pouze z důvodů, které důkladně vyloží. Nezřídka mohou být odchylky v závěrech obou soudů dány nikoli v odlišném vidění reality, nýbrž v procesní aktivitě nebo pasivitě anebo argumentační přesvědčivosti samotných účastníků řízení. Stejně tak mohou být odlišnosti v závěrech soudů dány tím, že určité aspekty první z nich nehodnotil, nepovažoval za relevantní apod., zatímco druhý soud ano. Konečně, jakkoli by k tomu mělo docházet jen výjimečně, může být závěr prvního ze soudů v očích druhého nesprávný; v takovém případě je třeba, aby odůvodnění odchylky od závěrů prvního soudu bylo obzvláště precizní a přesvědčivé.“. Jak je patrné z výše uvedeného, soud názor vyjádřený zdejším soudem v rozsudku 30 A 315/2018 reflektoval.
64. Z hlediska posouzení otázky, kdy v nyní projednávané věci skutečně došlo k zahájení daňové kontroly, se soud neztotožnil s žalovaným v tom, že by byl žalobkyní odkazovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 7. 2022, č. j. 3 Afs 8/2020 – 41 „mimoběžný“. Ostatně žalovaný ani neuvedl konkrétní důvody a argumenty, proč by odkazovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu neměl být v nyní projednávané věci žalobkyně přiléhavý. Soud poukazuje zejména na závěry vyslovené v bodě [24] tohoto odkazovaného rozsudku Nejvyššího správního soudu: „Nejvyšší správní soud má tedy za to, že správce daně popsaným postupem překročil meze vyhledávací činnosti, neboť již ověřoval konkrétní skutkové okolnosti rozhodné pro správné stanovení daně z přidané hodnoty za reklamní služby poskytnuté stěžovatelce v roce 2011 a v roce 2012. Na uvedeném závěru přitom nemůže nic změnit skutečnost, že v uvedených úředních záznamech není předmět kontrolní činnosti výslovně zformulován. Z obou úředních záznamů je zcela zřejmé, že se dne 27. 6. 2013 konalo v sídle stěžovatelky místní šetření, při kterém správce daně fakticky zahájil svoji kontrolní činnost. Toto místní šetření lze s ohledem na skutečnost, že daňový spis neobsahuje žádnou předchozí komunikaci správce daně a stěžovatelky, považovat za první úkon správce daně vůči stěžovatelce ve smyslu § 87 odst. 1 daňového řádu. Skutečnost, že správce daně o jeho průběhu nesepsal žádný protokol, není pro posouzení otázky, zda při něm byla zahájena daňová kontrola, podstatná. Protokol, jak již bylo uvedeno výše, má pouze důkazní hodnotu, neboť zachycuje průběh jednání a tím současně prokazuje, co bylo jeho obsahem. Co bylo obsahem jednání uskutečněného mezi správcem daně a stěžovatelkou při „místním šetření“ dne 27. 6. 2013 je přitom zřejmé z úředního záznamu datovaného dnem 28. 6. 2013. Vyplývá z něj, že správce daně nezjišťoval pouze okolnosti obchodní spolupráce se společností Insider Solution s. r. o., jak v tomto úředním záznamu deklaroval, ale že zjišťoval a ověřoval okolnosti rozhodné pro správné stanovení daně z přidané hodnoty za reklamní služby přijaté v roce 2011 a v roce 2012. Toto jednání mezi správcem daně a stěžovatelkou lze tedy považovat za první úkon ve smyslu § 87 odst. 1 daňového řádu vůči daňovému subjektu, ze kterého je jasné, co je předmětem a v jakém rozsahu bude tento subjekt kontrolován. K zahájení daňové kontroly tudíž nedošlo až sepsáním protokolu dne 31. 1. 2014, neboť postup správce daně tomuto úkonu předcházející nebyl vyhledávací činností, ale svojí povahou daňovou kontrolou. Jednání mezi správcem daně a stěžovatelkou, ke kterému došlo o několik měsíců dříve při místním šetření dne 27. 6. 2013, tedy bylo tím úkonem, který v souladu s § 148 odst. 3 daňového řádu přerušil dosavadní běh lhůty pro stanovení daně a měl vliv na její nový počátek. K uplynutí lhůty pro stanovení daně po jejím přerušení tedy došlo již dne 28. 6. 2016, a proto platebními výměry ze dne 20. 1. 2017, které stěžovatelka obdržela dne 23. 1. 2017, byla daň z přidané hodnoty za uvedená zdaňovací období doměřena až po uplynutí prekluzivní lhůty pro její stanovení. Doručením platebních výměrů tedy nemohlo dojít ani k prodloužení této lhůty o další rok, jak v napadeném rozsudku nesprávně uvedl krajský soud.“
65. Nutno zdůraznit, že právě citovaný rozsudek a tam provedené posouzení faktického zahájení daňové kontroly, včetně důrazu na důkladné a komplexní posouzení všech okolností věci a současně na faktickou, nikoli jen formální stránku při výkladu požadavku na vymezení předmětu a rozsahu daňové kontroly ve smyslu § 87 odst. 1 daňového řádu, není v recentní judikatuře Nejvyššího správního soudu ojedinělý. Shodný přístup kasačního soudu lze nalézt také v již výše citovaném rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 3. 2022, č. j. 7 Afs 39/2020 – 29, kde se uvádí následující:

„[25] V posuzované věci Nejvyšší správní soud po důkladném a komplexním posouzení všech okolností věci shledal, že činnost správce daně v období od listopadu 2014 až po sepsání protokolu dne 2. 4. 2015 výrazně překračovala meze vyhledávací činnosti ve smyslu výše uvedené judikatury a měla charakter daňové kontroly. Z předložených spisů zřetelně vyplývá, že činnost správce daně byla od počátku vedena jednotným záměrem ověřit správnost daně tvrzené stěžovatelkou v jejím přiznání k dani z příjmů právnických osob za rok 2013, nikoliv provádět prosté zjišťování a vyhledávání podkladových informací a důkazních prostředků. Ostatně sám správce daně již v prvním e-mailu ze dne 3. 11. 2014 uvedl, že by potřeboval ověřit jednotlivé skutečnosti vyplývající z přiznání k dani z příjmů právnických osob za rok 2013. […]

[29] Popsaný sled kroků správce daně nelze dle názoru Nejvyššího správního soudu hodnotit jako pouhé zjišťování a sběr podkladových informací a „mapování terénu“, jak to má na mysli shora označená judikatura. Naopak se jedná ve své podstatě o klasické zjišťování a ověřování správnosti stanovení daňové povinnosti, které má být prováděno v rámci daňové kontroly. Ostatně, postup správce daně, který následoval po sepsání protokolu dne 2. 4. 2015, se od této „předkontrolní“ fáze nijak nelišil. Správce daně plynule pokračoval ve sdělování svých požadavků prostřednictvím e-mailové komunikace s tím, že v nich promítal své poznatky z „předkontrolní“ fáze a dále na ně navazoval.

[30] Na výše uvedeném nic nemění to, že předmět a rozsah daňové kontroly byl vymezen v protokolu ze dne 2. 4. 2015, jak akcentovali žalovaný a krajský soud. Jak bylo uvedeno výše, již v e-mailu ze dne 3. 11. 2014 správce daně výslovně deklaroval, že bude ověřovat „jednotlivé skutečnosti vyplývající z daňového přiznání daně z příjmů právnických osob za rok 2013“. Tím nepochybně dostatečně vymezil předmět své následné kontrolní činnosti tak, jak má na mysli § 87 odst. 1 daňového řádu. Z obratu „jednotlivé skutečnosti“ lze přitom legitimně usuzovat na to, že se správce daně hodlal zabývat vymezenou daňovou povinností v plném rozsahu. I pokud by však správce daně nevymezil rozsah daňové kontroly výslovně, nemělo by to vliv na účinnost (a zákonnost) jejího zahájení. V takovém případě se má totiž za to, že daňová kontrola byla zahájena v nejširším možném rozsahu, tedy že se měla týkat všech okolností souvisejících s předmětem kontroly (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 11. 2019, č. j. 1 Afs 148/2019 - 59). E-mail správce daně ze dne 3. 11. 2014 tedy splňuje požadavky stanovené v § 87 odst. 1 daňového řádu. Jedná se o první úkon vůči daňovému subjektu, ze kterého je jasné, co je předmětem a v jakém rozsahu bude kontrolován. Současně – jak vyplývá z výše uvedeného - začal správce daně zjišťovat daňové povinnosti nebo prověřovat tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně, neboť v bezprostředně navazujícím e-mailu ze dne 5. 11. 2014 zformuloval první požadavky v tomto směru. Sepsáním protokolu dne 2. 4. 2015 tedy správce daně v podstatě již jen „zprocesoval“ reálně probíhající daňovou kontrolu, čímž současně zhojil dosavadní formální nedostatky svého postupu. Daňový řád totiž předpokládá, že daňová kontrola bude zahájena formou protokolu nebo úředního záznamu [srov. § 88 odst. 1 písm. a)]. Sepsání protokolu dne 2. 4. 2015 však nic nemění na tom, že správce daně fakticky i materiálně zahájil daňovou kontrolu již o několik měsíců dříve (5. 11. 2014) a že tato plynule pokračovala až do projednání zprávy o daňové kontrole, ke kterému došlo dne 7. 3. 2018.“

66. V nyní projednávané věci není sporu o tom, že správce daně výzvou ze dne 11. 7. 2016 vybočil z vyhledávací činnosti, neboť v návaznosti na dříve vyžádané údaje a informace z evidence pro daňové účely týkající se DPH za zdaňovací období leden až březen 2016 začal prověřovat, zda žalobkyně splnila podmínky pro uplatnění nároku na odpočet DPH z plnění přijatých od jím identifikovaných dodavatelů žalobkyně. Žalovaný ovšem namítal, že tento úkon správce daně nemůže být zahájením daňové kontroly z důvodu, že při něm nebyl vymezen předmět a rozsah daňové kontroly, když k tomu mělo dojít až v rámci jednání ze dne 20. 3. 2019, při kterém byl sepsán protokol o zahájení daňové kontroly. Jak je patrné z výše citované recentní judikatury Nejvyššího správního soudu, takovýto formalistický výklad žalovaného nemůže obstát. Jak již bylo soudem uvedeno shora v rámci rekapitulace obsahu správního spisu, z úředního záznamu ze dne 13. 7. 2016, ve kterém je zachycen postup správce daně vůči žalobkyni předcházející výzvě ze dne 11. 7. 2016, jakož i obsah předmětné výzvy, jednoznačně plyne, že správce daně vůči žalobkyni přesně vymezil předmět i rozsah prověřované daňové povinnosti, a to tím, že uvedl jak prověřované zdaňovací období (tj. leden až březen 2016), tak i prověřovanou daňovou povinnost (tj. DPH od konkrétních dodavatelů, kteří byli uvedeni v tabulce obsažené v daném úředním záznamu). Soud zastává názor, že v rámci výzvy ze dne 11. 7. 2016 byl žalobkyni sdělen předmět a rozsah daňové kontroly ve smyslu § 87 odst. 1 daňového řádu. Ostatně to potvrzuje i ta skutečnost, že žalobkyně v reakci na předmětnou výzvu správci daně předložila již dne 22. 7. 2016 (a poté i 11. 8. 2016) jím vyžádané důkazní prostředky týkající se jí uplatněného nároku na DPH ve vztahu k rozhodnému období leden až březen 2016. Tudíž žalobkyni musel být předmět prověřování její daňové povinnosti ze strany správce daně jednoznačně sdělen.
67. Lze připustit, že telefonická výzva správce daně zpravidla bude působit méně formálně a nebude dosahovat intenzity výzvy písemné (byť rozdíl mezi telefonickou a e-mailovou formou, kterou Nejvyšší správní soud ve výše citovaném rozsudku považoval za dostačující, již není tak výrazný). V poměrech projednávané věci však soud přihlédl k tomu, že správce daně již v době, kdy dne 11. 7. 2016 učinil předmětnou telefonickou výzvu, s žalobkyní vedl postup k odstranění pochybností ohledně DPH za období duben 2016, tedy období bezprostředně navazující na předmětná období leden až březen 2016. Žalobkyně mohla důvodně nabýt přesvědčení, že telefonické výzvy správce daně směřující k prověřování stejné daňové povinnosti, byť za předcházející období, než byl veden postup k odstranění pochybností, a že jsou pro ni závazné.
68. Soud dále zohlednil i to, že výzva ze dne 11. 7. 2016 zcela zjevně nebyla pouhým „jednorázovým excesem“ z vyhledávací činnosti, neboť z výše popsané rekapitulace postupu správce daně (který soud zjistil zejména provedeným dokazováním) je patrné, že správce daně činil řadu dalších kroků směřujících k prověřování předmětné DPH za období leden až březen 2016, které jsou typické pro daňovou kontrolu. Vypovídající je v tomto ohledu obsah výzev správce daně vůči žalobkyni ze dne 24. 9. 2018 k podání dodatečného daňového přiznání k DPH (nutno zdůraznit, že těmto výzvám nepředcházel postup k odstranění pochybností a že daňovou kontrolu správce daně formálně zahájil až o cca 6 měsíců později), kde je velmi podrobně popsán postup správce daně ve vztahu k předmětným zdaňovacím obdobím leden až březen 2016, jakož i souvislost tohoto postupu se souběžně vedeným postupem správce daně ve vztahu ke zdaňovacímu období duben 2016 (kde správce daně poměrně záhy přistoupil i k formálnímu zahájení daňové kontroly).
69. V těchto výzvách (které jsou po obsahové stránce prakticky shodné) správce daně v úvodu nejprve v obecné rovině uvedl zejména následující: „Správce daně v rámci vyhledávací činnosti za zdaňovací období leden - březen 2016 (za duben 2016 byl současně zahájen postup k odstranění pochybností) ověřoval, zda byl nárok na odpočet daně u přijatých zdanitelných plnění plátce uplatněn v souladu s ustanovením § 72 a § 73 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, v platném znění (dále je „zákon o DPH“), zejména zda byla přijatá zdanitelná plnění skutečně přijata, zda byla přijata od deklarovaného dodavatele a zda byla použita k ekonomické činnosti daňového subjektu. […] Vzhledem k tomu, že od výše jmenovaných obchodních partnerů se přijaté plnění pravidelně měsíčně opakovalo a tvořilo převážnou část uplatněných nároků na odpočet daně daňového subjektu, rozhodl se správce daně v rámci vyhledávací činnosti ověřit, zda daňový subjekt splnil podmínky uplatnění nároku uvedené v ustanovení § 72 a § 73 zákona o DPH při uplatnění nároku na odpočet daně z přijatých plnění od výše uvedených dodavatelů.“ V další části výzev se správce daně vyjádřil k jednotlivým prověřovaným plněním od jednotlivých dodavatelů.
70. K dodavateli STK TRADE správce daně uvedl zejména následující: „Zda byly splněny podmínky uvedené v ustanovení § 72 a § 73 zákona o DPH v případě nároku na odpočet daně uplatněného na základě daňových dokladů vystavených obchodním partnerem STK TRADE COMPANY prověřoval správce daně za zdaňovací období duben 2016 (tabulka č. 8) opět v rámci postupu k odstranění pochybností a následně v rámci daňové kontroly, a za zdaňovací období leden – březen (tabulka č. 9) v rámci vyhledávací činnosti. […] Vzhledem ke skutečnosti, že v průběhu daňové kontroly daňový subjekt neprokázal a ani nebylo prokázáno, že služby uvedené na daňových dokladech, na kterých byla jako poskytovatel plnění uvedena obchodní korporace STK Trade Company, byly poskytnuty touto deklarovanou obchodní korporací, tj. STK Trade Company a ohledem na skutečnost, že daňovým subjektem byly k přijatému plnění předloženy dodací listy a tabulky, které správce daně nemůže osvědčit jako věrohodné důkazní prostředky vypovídající o předmětu a rozsahu plnění ve smyslu § 73 odst. 5 zákona o DPH a o jejich faktickém uskutečnění, dospěl správce daně k názoru, že daňový subjekt uplatnil nárok na odpočet daně z daňových dokladů vystavených touto obchodní korporací za zdaňovací období leden – březen 2016 neoprávněně. Daňový subjekt dle správce daně neoprávněně uplatnil z přijatého plnění od obchodního partnera STK Trade Company nárok na odpočet daně na ř. 40 daňového přiznání: za leden 2016 nárok na odpočet ve výši 5 777 Kč, základ daně 27 498 Kč (daňový doklad č. 205/2016), za únor 2016 nárok na odpočet daně ve výši 19 339 Kč, základ daně 92 061 Kč (daňové doklady č. 14/2016 a č.15/2016), za březen 2016 nárok na odpočet daně ve výši 51 704 Kč, základ daně 246 167 Kč (daňové doklady č. 31/2016, 32/2016 a 33/2016).“
71. K dodavateli AL-MARK správce daně uvedl zejména následující: „Správce daně neuznal daňovému subjektu nárok na odpočet daně z přijatého plnění od obchodní korporace AL-MARK uplatněný za zdaňovací období duben 2016, neboť ani daňovým subjektem ani jeho obchodním partnerem nebyly předloženy takové důkazní prostředky, které by mohl správce daně ověřit jako věrohodné důkazní prostředky, ze kterých by bylo možné zjistit skutečný rozsah přijatého plnění a ověřit správnost základu daně uvedeného na daňových dokladech. Průběh řízení a podrobné hodnocení důkazních prostředků je uvedeno ve Zprávě o kontrole č.j. 434727/17/2403-60561-404816. K přijatému plnění účtovanému daňovými doklady č. 10022016, 11022016,12022016 (tabulka č. 12), které správce daně prověřoval v rámci své vyhledávací činnosti, daňový subjekt předložil Smlouvu o dílo uzavřenou dne 30.12.2014 na provedení díla, které spočívá ve zhotovení výrobků dle požadavků a specifikace objednatele – výroba mikrofázových čistících prostředků dle objednávek daňového subjektu (tato smlouva obchodním partnerem zaslána nebyla). Objednávky, ve kterých by byly uvedeny požadavky daňového subjektu na základě této smlouvy, předloženy nebyly. Předložená smlouva nekoresponduje s předmětem plnění uvedeného na daňových dokladech č. 10022016, 11022016, 13022016, neboť na nich je uvedeno, že je účtováno za přidělené zaměstnance nikoliv za provedení díla. […] Z výše uvedeného vyplývá, že z důkazních prostředků k plnění uvedeného na daňových dokladech č. 10022016, č. 11022016 a č. 12022016 předložených daňovým subjektem ani z důkazních prostředků získaných na základě výzvy správce daně k součinnosti od obchodního partnera daňového subjektu není možné věrohodně zjistit, co bylo skutečně předmětem plnění mezi obchodními partnery, ke kterému období se plnění vztahuje, jaký byl jeho rozsah, které osoby byly popřípadě skutečně daňovému subjektu přiděleny, a jak byl stanoven základ daně. Daňový subjekt, v případě uplatnění nároku na odpočet daně z přijatého plnění, uplatněného na základě daňových dokladů č. 10022016, č. 11022016 a č. 12022016, které správce daně prověřoval v rámci vyhledávací činnosti, neprokázal splnění podmínek uvedených v ustanovení § 73 odst. 1 zákona o DPH, jak daňovým subjektem, tak jeho obchodním partnerem nebyly předloženy věrohodné důkazní prostředky ve smyslu ustanovení § 73 odst. 5 zákona o DPH. Nárok na odpočet daně za zdaňovací období březen 2016 ve výši 19 111 Kč, základ daně 90 978 Kč uplatnil daňový subjekt dle správce daně neoprávněně.“
72. Porovnáním obsahu předmětných výzev ze dne 24. 9. 2018 se Zprávou o daňové kontrole lze zjistit, že zjištění správce daně ohledně neoprávněnosti odpočtu DPH za předmětná zdaňovací období uvedená v těchto výzvách byla prakticky stejná jako zjištění, jimiž následně správce daně odůvodnil doměření DPH předmětnými dodatečnými platebními výměry (a to ve Zprávě o daňové kontrole). Jinými slovy, soud má za zřejmé, že správce daně měl o neoprávněnosti žalobkyní uplatněného nároku na odpočet DPH za předmětná zdaňovací období a o výši DPH k doměření jasno ještě před tím, než formálně zahájil daňovou kontrolu. Navíc je patrné, že pouze výzvy ze dne 24. 9. 2018 poskytují ucelený obraz o postupu správce daně před formálním zahájením daňové kontroly, neboť Zpráva o daňové kontrole o této fázi postupu správce daně informuje značně neúplně, když např. zcela pomíjí výzvu ze dne 11. 7. 2016. Soud rovněž zjistil, že neúplná byla i vyhledávací část správního spisu předloženého soudu žalovaným, když v ní absentovaly výše popsané úkony správce daně, které tento prováděl souběžně s prověřováním DPH za období duben 2016, a to včetně předmětného úředního záznamu ze dne 13. 7. 2016.
73. Na základě právě uvedeného má soud na zřejmé, že správce daně ve vztahu k DPH za zdaňovací období leden až březen 2016 de facto prováděl daňovou kontrolu již od výzvy ze dne 11. 7. 2016, a to souběžně s postupem k odstranění pochybností a poté i formálně zahájenou daňovou kontrolou za období duben 2016. Žalovaný přitom v soudním řízení neuvedl žádné vysvětlení či legitimní důvod, proč správce daně ve vztahu k období leden až březen 2016 vyčkával s formálním zahájením daňové kontroly až do března 2019, zatímco daňovou kontrolu DPH za období duben 2016 zahájil již 1. 12. 2016 (poté, co ukončil postup k odstranění pochybností zahájený již 17. 6. 2016).
74. Soud proto dospěl k závěru, že již dne 11. 7. 2016 došlo k faktickému zahájení daňové kontroly, přičemž správce daně sepsáním protokolu o daňové kontrole ze dne 20. 3. 2019, slovy Nejvyššího správního soudu, již jen „zprocesoval“ reálně probíhající daňovou kontrolu, čímž současně zhojil dosavadní formální nedostatky svého postupu. Takovéto pozdější sepsání protokolu o zahájení daňové kontroly však již nic nezměnilo na tom, že správce daně fakticky i materiálně zahájil daňovou kontrolu již mnohem dříve (11. 7. 2016) a že tato plynule pokračovala až do 23. 2. 2021, kdy byla ukončena doručením zprávy o daňové kontrole do datové schránky zástupce žalobkyně.
75. Vzhledem k tomu, že daňová kontrola na DPH za předmětná zdaňovací období leden až březen 2016 byla fakticky zahájena již dne 11. 7. 2016, začala tímto dnem běžet znovu tříletá lhůta pro stanovení této daně ve smyslu § 148 odst. 3 daňového řádu. Podle § 148 odst. 3 daňového řádu totiž platí, že byla-li před uplynutím lhůty pro stanovení daně zahájena daňová kontrola, běží lhůta pro stanovení daně znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn. V projednávané věci není tímto dnem 20. 3. 2019 (jak se nesprávně domnívali žalovaný a správce daně), ale již den 7. 11. 2016 (jak důvodně namítala žalobkyně). Konec této lhůty proto připadl na den 11. 7. 2019.
76. Zbývalo posoudit, zda v průběhu právě uvedené lhůty (tedy v rozmezí od 11. 7. 2016 do 11. 7. 2019) nenastala jiná skutečnost či událost, se kterou zákon spojuje přetržení, prodloužení či pozastavení prekluzivní lhůty pro stanovení daně. Vydání předmětných dodatečných platebních výměrů či napadeného rozhodnutí tím zjevně být nemohlo, neboť k tomu došlo až v roce 2021. Rovněž podání dodatečných daňových přiznání ze dne 9. 10. 2018 tím být nemohlo již z tohoto důvodu, že správce daně tato tvrzení daňového subjektu později prohlásil za neúčinná.
77. Konečně k prodloužení lhůty pro stanovení předmětné daně nedošlo ani oznámením výzev správce daně ze dne 24. 9. 2018 k podání dodatečného daňového přiznání k DPH na jednotlivá zdaňovací období leden až březen 2016, neboť nebyla splněna podmínka, že by dané výzvy vedly k doměření daně. V posuzovaném případě totiž výzvy k podání dodatečného daňového přiznání nevedly k doměření předmětné DPH, neboť správce daně vydal dodatečné platební výměry na základě výsledků daňové kontroly. V takovýchto případech nemá výzva správce daně zákonem předpokládaný účinek prodloužení lhůty pro stanovení daně o jeden rok (srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 5. 3. 2020, č. j. 1 Afs 66/2020 – 32, bod [14], resp. tam odkazovaný rozsudek téhož soudu ze dne 30. 4. 2015, č. j. 2 Afs 1/2015 – 49). Navíc, čistě teoreticky, ani takovéto případné roční prodloužení prekluzivní lhůty by neměl vliv na to, že by správce daně žalobkyni doměřil předmětnou DPH až po uplynutí lhůty ke stanovení daně, neboť předmětné dodatečné platební výměry byly žalobkyni oznámeny až dne 11. 3. 2021, resp. 14. 3. 2021, a napadené rozhodnutí bylo žalobkyni oznámeno až dne 31. 12. 2021.
78. V návaznosti na výše uvedené soud uzavírá, že žalobkyně uplatnila námitku prekluze doměřené DPH důvodně, neboť předmětné dodatečné platební výměry, jakož i napadené rozhodnutí byly vydány až po uplynutí lhůty pro stanovení daně.
79. Pokud jde o druhý žalobní bod, pak tím se již soud nezabýval, neboť se tento stal bezpředmětným poté, co soud shledal důvodnou námitku prekluze doměřené DPH.

VII.

Rozhodnutí soudu

80. Vzhledem k tomu, že žaloba byla podána důvodně, soud ve výroku I. tohoto rozsudku napadené rozhodnutí zrušil pro nezákonnost (§ 78 odst. 1 s. ř. s.), kterou spatřoval v tom, že správce daně (ve shodě s žalovaným) doměřil žalobkyni DPH až po uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně.
81. Soud výroky II. až IV. tohoto rozsudku vyhověl návrhu žalobkyně a rovněž zrušil prvostupňová rozhodnutí (srov. § 78 odst. 3 s. ř. s.). Zrušovacím důvodem totiž byla prekluze daně, což je jeden z výjimečných případů, kdy i v řízení vedeném podle daňového řádu je namístě společně s napadeným rozhodnutím žalovaného zrušit rovněž prvostupňová rozhodnutí správce daně o stanovení daně. K tomu srov. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 11. 2009, č. j. 1 Aps 2/2008 – 76, bod 24., kde se jako jedna z okolností odůvodňujících zrušení prvostupňového rozhodnutí správce daně soudem výslovně uvádí zánik práva z důvodu prekluze, a to s odůvodněním, že: „V těchto případech totiž nepřichází v úvahu, aby žalovaný po zrušení jeho rozhodnutí mohl v řízení pokračovat a vady rozhodnutí I. stupně sám odstranit; mohl by pouze zrušit rozhodnutí I. stupně a řízení případně zastavit. Krajský soud zde přímým zrušením rozhodnutí I. stupně nahrazuje rozhodnutí žalovaného, které by bez jakéhokoliv doplnění řízení nemohlo vyznít jinak.“ (srov. též rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 9. 2014, č. j. 5 Afs 54/2014 – 38, bod [49]).
82. Soud podle § 78 odst. 4 s. ř. s. vrátil věc žalovanému k dalšímu řízení, v němž je žalovaný vázán právním názorem vysloveným v tomto rozsudku (srov. § 78 odst. 5 s. ř. s. a dále § 106 odst. 1 písm. e) daňového řádu).

VIII.

Náklady řízení

83. Výrokem V. tohoto rozsudku soud rozhodl o nákladech řízení. Podle § 60 odst. 1 s. ř. s. má právo na náhradu nákladů ten účastník, který byl v řízení plně úspěšný. V tomto řízení byla plně procesně úspěšná žalobkyně a náleží jí proto náhrada nákladů řízení v celkové výši 16 600 Kč, kterou soud určil následovně.
84. Podle obsahu soudního spisu a s přihlédnutím k vyčíslení předloženému zástupcem žalobkyně tvoří náklady žalobkyně jednak zaplacený soudní poplatek ve výši 3 000 Kč, jednak odměna za 4 úkony právní služby podle § 11 odst. 1 písm. a), d) a g) vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif), ve znění pozdějších předpisů (dále jen „advokátní tarif“), a to (i) převzetí právního zastoupení, (ii) sepis žaloby, (iii) sepis doplňujícího vyjádření ze dne 20. 10. 2022 a (iv) účast na soudním jednání konaném dne 30. 5. 2023. Podle § 7 bodu 5 ve spojení s § 9 odst. 4 písm. d) advokátního tarifu činí výše odměny za jeden úkon právní služby 3 100 Kč (4 x 3 100 = 12 400 Kč). Náhradu hotových výdajů pak dle § 13 odst. 4 advokátního tarifu tvoří 300 Kč za každý úkon (4 x 300 = 1 200 Kč). DPH zástupce žalobkyně nenárokoval. Ke splnění povinnosti nahradit náklady řízení bylo žalovanému určeno platební místo podle § 149 odst. 1 zákona č. 99/1963 Sb., občanský soudní řád, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „o. s. ř.“) ve spojení s § 64 s. ř. s. Lhůta k plnění nákladů řízení byla stanovena podle § 160 odst. 1 in fine o. s. ř. ve spojení s § 64 s. ř. s. s přihlédnutím k možnostem žalovaného tuto platbu realizovat.

Proti tomuto rozsudku lze podat kasační stížnost. Kasační stížnost musí být podána do dvou týdnů po doručení rozsudku. Kasační stížnost se podává u Nejvyššího správního soudu; lhůta je zachována, byla-li kasační stížnost podána u Krajského soudu v Plzni.