8 Afs 168/2020-51
[OBRÁZEK]
ČESKÁ REPUBLIKA
R O Z S U D E K
J M É N E M R E P U B L I K Y
Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Petra Mikeše a soudců Milana Podhrázkého a Jitky Zavřelové v právní věci žalobkyně: HST TECHNOLOGIC s.r.o., se sídlem Zámecká 221, Vrchlabí, zast. JUDr. Ondřejem Trubačem, Ph.D., LL.M., advokátem se sídlem Klimentská 1216/46, Praha 1, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 28. 11. 2017, čj. 50759/17/5200-11435-711918, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 31. 7. 2020, čj. 31 Af 6/2018-49,
takto:
- Rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 31. 7. 2020, čj. 31 Af 6/2018-49, se ruší.
- Rozhodnutí žalovaného ze dne 28. 11. 2017, čj. 50759/17/5200-11435-711918, se ruší a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.
- Žalovaný je povinen zaplatit žalobkyni náhradu nákladů řízení o žalobě a kasační stížnosti v celkové výši 24 456 Kč, a to do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám jejího zástupce JUDr. Ondřeje Trubače, Ph.D., LL.M., advokáta.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] V nyní projednávané věci se NSS zabýval zejména tím, zda případné nesprávné ukončení daňové kontroly mohlo mít vliv na zákonnost rozhodnutí, a to i s ohledem na novelu daňového řádu, a zda stěžovatelka předložila oddělenou evidenci výdajů (nákladů) podle § 34 odst. 4 a 5 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmu, tj. výdajů (nákladů) vynaložených při realizaci projektů výzkumu a vývoje.
[2] Finanční úřad pro Královéhradecký kraj (dále „správce daně“) doměřil žalobkyni třemi dodatečnými platebními výměry daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období 2011, 2012 a 2013. Žalovaný shora označeným rozhodnutím změnil rozhodnutí správce daně ze dne 13. 4. 2016, čj. 682066/16/2714-50524-606117, tak, že se doměřená daň za zdaňovací období 2011 ve výši 528 460 Kč mění na částku 151 810 Kč a penále se mění výše z částky 107 692 Kč na částku 30 362 Kč. Napadeným rozhodnutím rovněž zrušil doměřenou daň za zdaňovací období 2012 a 2013. Důvodem doměření daně bylo, že podle žalovaného nebyla vedena oddělená evidence výdajů (nákladů) vynaložených při realizaci projektů výzkumu a vývoje u mzdových nákladů, a proto tyto náklady do odpočtu neuznal.
[3] Rozhodnutí žalovaného napadla žalobkyně žalobou. V ní mimo jiné tvrdila, že nedošlo k řádnému ukončení daňové kontroly za zdaňovací období 2011. Žalobkyně chtěla zprávu o daňové kontrole projednat a podepsat. Správce daně ji ovšem žalobkyni pouze zaslal. K podpisu zprávy o daňové kontrole správce daně ani nemohl přikročit, jelikož do té doby ani nevyřídil podanou stížnost. K neuznaným nákladům na výzkum a vývoj uvedla, že předložila celkové měsíční mzdové náklady u každého pracovníka, členěné po jednotlivých projektech. Tím dostála zákonným požadavkům a postupovala v souladu s judikaturou NSS.
[4] Krajský soud v Hradci Králové v záhlaví označeným rozsudkem žalobu zamítl. Dospěl k závěru, že žalobkyně zprávu o daňové kontrole odmítla podepsat. Z úředního záznamu plyne, že žalobkyně její projednání odmítla. Správce daně proto nepochybil, pokud poté postupoval dle § 88 odst. 5 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, tedy zaslal zprávu o daňové kontrole prostřednictvím datové schránky. Pokud se žalobkyně začala domáhat projednání zpráv o daňových kontrolách až 4 dny poté, co jí byly zaslány dodatečné platební výměry, správce daně již nebyl povinen k takovému požadavku přihlédnout. K odčitatelné položce na výzkum a vývoj uvedl, že žalobkyně nedoložila komplexní evidenci mzdových nákladů související výhradně s výzkumem a vývojem. K dodatečně doložené evidenci nelze přihlédnout, jelikož stěžovatelka sama uvedla, že bude vycházet z údajů a dokumentů, které byly předloženy již v daňové kontrole. Mzdové náklady měly být evidovány odděleně již v průběhu projektů. Žalobkyně předložila tabulky, ze kterých nebyly zřejmé mzdové náklady na konkrétní projekty ani jednotlivé účetní případy. Nesplnila tak požadavek nezaměnitelného přiřazení k jednotlivým nákladům. Soud se rovněž vypořádal s námitkami ohledně nevyřízení stížnosti před ukončením daňové kontroly. To nicméně žalobkyně v kasační stížnosti již nesporuje.
II. Obsah kasační stížnosti, vyjádření žalovaného a další podání účastníků řízení
[5] Proti tomuto rozsudku podala žalobkyně (dále „stěžovatelka“) kasační stížnost. Namítá, že je nezákonný a nepřezkoumatelný. Krajský soud nesprávně vyšel z úředního záznamu, ve kterém je uvedeno, že odmítla projednání zprávy o daňové kontrole. Správce daně ji ovšem formálně nevyzval k převzetí zprávy o daňové kontrole a pouze sepsal úřední záznam o telefonické komunikaci, což nepostačuje. K nákladům na výzkum a vývoj uvedla, že judikatura NSS výslovně připouští, aby byly mzdové náklady evidovány pouze poměrem běžných pracovních činností a činností věnovaných projektům výzkumu a vývoje. Sama však vedla evidenci podrobněji a průkazněji. Požadavek na členění oddělené evidence na jednotlivé projekty a na jednotlivé účetní případy, je nezákonný. Vyplývá pouze z pokynu Ministerstva financí D-288, k jednotnému postupu při uplatňování ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů, který pro právní posouzení věci nemůže mít žádný význam, neboť se nejedná o právní předpis.
[6] Dále tvrdí, že již v průběhu daňové kontroly předložila komplexní dokumentaci. Evidenci předloženou v odvolacím řízení vytvořila úpravou tiskové sestavy, tedy z dat, které měla již dříve k dispozici, avšak nedostaly se do tiskové sestavy předložené správci daně. Evidence v této podobě by veškeré požadavky splňovala, jak ostatně připustil též žalovaný. Odmítl k ní však přihlédnout, jelikož oddělená evidence měla být k dispozici již v příslušném zdaňovacím období. To, že datová sestava byla vytištěna a zaslána správci daně 27. 10. 2017 neznamená, že by evidence do té doby neexistovala. Stěžovatelka pochopila teprve na základě dokumentu nazvaného „Seznámení se zjištěnými skutečnostmi a výzva k vyjádření se v rámci odvolacího řízení ze dne 6. 10. 2017“ (dále jen „seznámení“), jaký konkrétní výstup tiskové sestavy žalovaný žádá a obratem mu jej dodala. Tento postup je zcela v souladu s principem jednotnosti odvolacího řízení podle § 115 daňového řádu. Žalovaný naopak nepředložil jediný důkaz, který by prokazoval, že stěžovatelka evidencí v rozhodné době nedisponovala. Žalovaný dodatečně předložené důkazy ohledně materiálových nákladů zohlednil a považoval je za průkazné. U mzdových nákladů však nikoliv. Jako příklad toho, jak vedla mzdovou evidenci, přiložila ke kasační stížnosti pracovní výkaz zaměstnance Jiřího Jakubce a přehled nákladů na zaměstnance za rok 2013. Závěr krajského soudu ohledně nepředložení komplexní evidence je nepřezkoumatelný, neboť z něj není patrné, proč je doložený přehled v rozporu s požadavkem oddělené evidence.
[7] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti uvedl, že námitky stěžovatelky se shodují s odvolacími námitkami a námitkami v žalobě, tudíž se odkazuje na odůvodnění napadeného rozsudku i svého rozhodnutí. K námitce ohledně nezákonného ukončení daňové kontroly uvedl, že z úředního záznamu ze dne 5. 4. 2016 plyne, že stěžovatelka odmítla projednat zprávu o daňové kontrole. Správce daně proto zasláním zprávy o daňové kontrole datovou zprávou nepochybil. Dodatečný platební výměr zaslal až 8 dnů od doručení zprávy o daňové kontrole. Stěžovatelka však v mezidobí nikterak nereagovala. Pokud se začala domáhat projednání zprávy o daňové kontrole až 4 dny po zaslání dodatečného platebního výměru, správce daně již nebyl povinen k takovému požadavku přihlédnout.
[8] K námitkám ohledně nákladů na výzkum a vývoj žalovaný uvedl, že předložený způsob evidence mzdových nákladů nepovažuje za dostatečně průkazný. Nejedná se o komplexní evidenci, jakožto ucelený systém nákladů souvisejících výhradně s výzkumem a vývojem. Pokyny ministerstev nejsou obecně závaznými právními předpisy, ovšem správní orgány mají povinnost se jimi ve své právní praxi řídit. Pokud daňový subjekt postupuje v souladu s Pokynem D-288, bude jeho postup v souladu s názorem správce daně. Stěžovatelka předložila evidence, ze kterých však nejsou zřejmé náklady na jednotlivé konkrétní projekty ani jednotlivé účetní případy. V průběhu daňové kontroly předložila pracovní výkazy, které obsahují evidenci odpracovaných hodin na jednotlivých projektech, nikoliv nákladů. Následná tabulka „vyčíslení osobních nákladů za rok 2013“ obsahuje souhrnné osobní náklady pro všechny projekty, nikoliv v členění na jednotlivé projekty. Z žádné tabulky není zřejmá časová osa nákladů. Již z průběhu daňové kontroly je zřejmé, že správce daně požadoval po stěžovatelce oddělenou evidenci mzdových nákladů pro jednotlivé projekty. V pracovních výkazech není uvedeno, jakou konkrétní práci zaměstnanec provedl. Materiálové náklady žalovaný uznal na základě doložení projektů výzkumu a vývoje, nikoliv na základě dokumentů vztahujících se ke splnění oddělené evidence. Důkazní břemeno v tomto případě tížilo stěžovatelku. Žalovanému není zřejmé, proč byla evidence v odvolacím řízení dodána až 27. 10. 2017, namísto 24. 10. 2017 (současně s vyjádřením k seznámení). Navíc obsahuje odlišnou evidenci nákladů od dříve předložených evidencí. Krajský soud svůj závěr ohledně nedostatků v předložených evidencích dostatečně odůvodnil v bodu 37 napadeného rozsudku, tudíž je přezkoumatelný.
[9] Stěžovatelka v replice nad rámec tvrzení z kasační stížnosti uvedla, že ke splnění podmínek na oddělenou evidenci postačí evidence nákladů prostřednictvím poměru běžných pracovních činností a činností prováděných při realizaci projektu výzkumu a vývoje. NSS v rozsudku ze dne 12. 1. 2017, čj. 9 Afs 144/2016-51, ABADIA, považoval za dostatečné, pokud daňový subjekt uvedl oddělenou evidenci jako podíl z celkových mezd jednotlivých účastníků projektu a tento podíl byl stanoven jako poměr mezi odpracovanými dny celkem a dny odpracovanými na projektu s přesností na dny. Stěžovatelka vedla evidenci mzdových nákladů výrazně přesněji, než jaký standard stanovil ve své judikatuře NSS. Žalovaný ve vyjádření uvádí pouhé spekulace ohledně významnosti třídenního rozdílu mezi ohlášením zaslání tabulky a jejím zasláním. Obvinění z dodatečného vyrábění dokumentace ohledně projektu výzkumu a vývoje bylo v řízení vyloučeno. Daňové orgány formalisticky nárok na odpočet odmítají. Tvrzení žalovaného ohledně odlišností evidence z odvolacího řízení oproti dříve dodaným evidencím není ničím podložené.
[10] K tomu žalovaný v duplice uvedl, že zákonné podmínky pro uplatnění výdajů vyžadují evidenci oddělenou od ostatních výdajů poplatníka. Správce daně nepochybil, pokud postupoval dle pokynu D-288. Naopak nepostupováním dle pokynu D-288 by se správce daně bez závažného důvodu odchýlil od své rozhodovací praxe a tento postup by se příčil judikatuře. Nedostatky v oddělené evidenci jdou k tíži stěžovatelky, která neunesla své důkazní břemeno.
III. Posouzení Nejvyšším správním soudem
[11] Kasační stížnost je důvodná.
[12] Stěžovatelka předně namítá, že rozsudek krajského soudu je nepřezkoumatelný, neboť z něj není patrné, proč jsou předložené důkazy ohledně mzdových nákladů v rozporu s požadavkem oddělené evidence.
[13] Vlastní přezkum rozhodnutí soudu je možný pouze za předpokladu, že napadené rozhodnutí splňuje kritéria přezkoumatelnosti. Tedy, že se jedná o rozhodnutí srozumitelné, které je opřeno o dostatek relevantních důvodů, z nichž je zřejmé, proč krajský soud rozhodl tak, jak je uvedeno ve výroku rozhodnutí (viz např. rozsudky NSS ze dne 4. 12. 2003, čj. 2 Ads 58/2003-75, č. 133/2004 Sb. NSS, ze dne 18. 10. 2005, čj. 1 Afs 135/2004-73, č. 787/2006 Sb. NSS, nebo ze dne 14. 7. 2005, čj. 2 Afs 24/2005-44, č. 689/2005 Sb. NSS).
[14] Nejvyšší správní soud konstatuje, že tvrzení stěžovatelky o nedostatečně vypořádané námitce, týkající se mzdových nákladů, není pravdivé. Krajský soud v bodě 36 napadeného rozsudku uvedl, že z předložených evidencí nejsou zřejmé náklady na jednotlivé konkrétní projekty ani na jednotlivé účetní případy. Dospěl tedy k závěru, že stěžovatelka nedostála požadavku stanoveného v Pokynu D-288, který vyžaduje, aby poplatník vedl oddělenou evidenci v členění na jednotlivé projekty a na jednotlivé účetní případy. Nejvyšší správní soud konstatuje, že napadený rozsudek je odůvodněný a přezkoumatelný, přestože je odůvodnění závěru krajského soudu stran nepředložení dostatečné oddělené evidence mzdových nákladů poněkud stručné. Lze z něj ovšem seznat, že krajský soud shledal pochybení stěžovatelky v nerozčlenění předložené evidence na jednotlivé projekty a nepropojení jednotlivých účetních případů k vykázaným nákladům.
[15] Stěžovatelka dále sporuje řádné ukončení daňové kontroly, jelikož ji správce daně formálně nevyzval k projednání zprávy o daňové kontrole. Krajský soud se ztotožnil s daňovými orgány a dospěl k závěru, že daňová kontrola byla řádně ukončena zasláním zprávy o daňové kontrole datovou schránkou. Stěžovatelka v kasační stížnosti ovšem tvrdí, že ji měl správce daně k projednání zprávy o daňové kontrole formálně vyzvat. Telefonická komunikace nepřesně zaznamenaná v úředním záznamu je nedostatečná k závěru o odmítnutí projednání zprávy o daňové kontrole.
[16] Nejvyšší správní soud předně uvádí, že v rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem v rozsudku ze dne 25. 4. 2016, čj. 15 Af 20/2014-39, citovaném stěžovatelkou, byl daňový subjekt vyzván pouze formou SMS zprávy k domluvě termínu projednání zprávy o daňové kontrole, na kterou ovšem nereagoval. Správce daně mu poté telefonicky oznámil, že zprávu o daňové kontrole zašle datovou schránkou, což rovněž provedl. Krajský soud v Ústí nad Labem dospěl k závěru, že správce daně pochybil. S odkazem na usnesení NSS ze dne 14. 4. 2009, čj. 8 Afs 15/2007-75, č.1865/2009 Sb. NSS, ovšem dodal, že daňové řízení končí až rozhodnutím odvolacího orgánu o odvolání proti platebnímu výměru. Pochybení správce daně spočívající v neprojednání zprávy o daňové kontrole s daňovým subjektem tak bez dalšího neznamená konec daňového řízení a jakési „kontumační“ vítězství daňového subjektu pro nenapravitelnou nezákonnost, neboť se jedná o vadu řízení, která je odstranitelná způsobem zaručujícím daňovému subjektu reálnou možnost uplatnit své návrhy a argumenty ve dvou instancích. Krajský soud v Ústí nad Labem tak dospěl k závěru, že v dané věci došlo k procesní vadě, která však byla následným postupem správních orgánů zhojena, aniž došlo k porušení práv žalobce, proto neshledal důvod ke zrušení napadeného rozhodnutí. S vypořádáním Krajského soudu v Ústí nad Labem se plně ztotožnil také NSS v rozsudku ze dne 19. 1. 2017, čj. 1 Afs 151/2016-39.
[17] Nejvyšší správní soud konstatuje, že při posouzení námitky stěžovatelky je nezbytné vycházet z materiálního významu ukončení daňové kontroly, tedy zda bylo právo stěžovatelky naplněno ve svém skutečném obsahu. Ani případné vady při projednání zprávy o daňové kontrole tak zpravidla nebudou vadami s vlivem na zákonnost rozhodnutí (rozsudek NSS ve věci sp. zn. 1 Afs 151/2016, bod 19). Ze spisového materiálu vyplývá, že stěžovatelka zprávu o daňové kontrole obdržela datovou schránkou a mohla se s ní ve všech podrobnostech řádně seznámit, přičemž proti následným dodatečným platebním výměrům podala odvolání, ve kterém se závěry zprávy daňové kontroly mohla plně polemizovat, což učinila. Tímto postupem tak nepochybně bylo naplněno její právo ve svém skutečném obsahu. Bylo by proto nadbytečné se podrobněji zabývat tím, jestli jsou okolnosti popsané v úředním záznamu pravdivé, či nikoliv.
[18] Nejvyšší správní soud dodává, že navíc v mezidobí došlo k podstatné změně zákona. Novelou č. 283/2020 Sb., účinnou od 1. 1. 2021, došlo k legislativní změně ukončení daňové kontroly. Dle § 88a daňového řádu je daňová kontrola ukončena doručením oznámení o ukončení daňové kontroly, k němuž je přiložena zpráva o daňové kontrole podepsaná úřední osobou. Dle právní věty rozsudku NSS ze dne 25. 7. 2007, čj. 1 Azs 55/2006, č. 1349/2007 Sb. NSS, platí, že „[n]ení-li v přechodných ustanoveních výslovně stanoveno jinak, je při střetu staré a nové úpravy nutno vycházet z obecně platné zásady nepravé retroaktivity procesních norem, tedy aplikace nových procesních norem pro dříve započatá řízení. V takovém případě je v řízení pokračováno dle pozdějšího zákona s tím, že právní účinky úkonů učiněných dříve zůstávají v platnosti.“ Přechodná ustanovení této novely daňového řádu výslovně nic neuvádí k ukončení daňové kontroly (na rozdíl například od jejího zahájení). I pokud by tedy NSS shledal námitku důvodnou, daňové orgány by mohly postupovat pouze podle nyní účinné právní úpravy. Zprávu o daňové kontrole by tak musely opětovně zaslat stěžovatelce prostřednictvím datové schránky. To však již učinily. To co by tedy podle dřívější úpravy mohla být alespoň formální vada, už v tuto chvíli vadou není a správní orgány by v případném řízení navazujícím na zrušující rozsudek ani takovou vadu nemohly odstranit, neboť v mezidobí se už jejich případně nesprávný postup stal postupem správným. I to vede k závěru o tom, že i kdyby se o vadu jednalo, nemohla by mít vliv na zákonnost rozhodnutí.
[19] Podstatou nyní posuzované věci je oprávněnost uplatnění položky odčitatelné od základu daně na výzkum a vývoj, konkrétně uznání mzdových nákladů. Krajský soud dospěl k závěru, že požadavek na vedení oddělené evidence dle pokynu D-288, tedy v členění na jednotlivé projekty a jednotlivé účetní případy, je v souladu se zákonnými podmínkami stanovenými § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů. Stěžovatelka tvrdí, že takový požadavek zákon vůbec nestanovuje a ani nevyplývá z judikatury NSS. Vyplývá pouze z pokynu D-288, který pro právní posouzení věci nemůže mít žádný význam, neboť se nejedná o právní předpis.
[20] Nejvyšší správní soud konstatuje, že se významem Pokynu D-288 zabýval již v rozsudku ze dne 29. 11. 2013, čj. 2 Afs 24/2012-34, č. 3002/2014 Sb. NSS, kde konstatoval, že „[m]etodický pokyn ovšem není obecně právně závazný vůči fyzickým a právnickým osobám; je pouze určitým návodem pro postup správních orgánů; zde vysvětluje některé pojmy a vymezuje činnosti, které lze či nelze zahrnout mezi činnosti výzkumu a vývoje pro odpočet od základu daně z příjmů. Přestože pokyny ministerstev nejsou obecně závazné, správní orgány mají povinnost se jimi ve své praxi řídit, což ovšem neplatí v případě, že by se taková praxe neslučovala s obecně závaznými právními předpisy; na straně druhé, postupují-li správní (daňové) orgány dle těchto pokynů, je tím zakládána ustálená správní praxe, a lze tak legitimně očekávat stejný postup ve srovnatelných případech (blíže viz rozsudek zdejšího soudu ze dne 16. 8. 2010, č. j. 2 Afs 53/2010 - 63).“ V návaznosti na to pak NSS potvrdil to, že vzhledem k tomu, že Pokyn D-288 není právním předpisem, nelze z něj dovozovat povinnosti, které právní předpis nestanoví (rozsudek ze dne 4. 11. 2020, čj. 1 Afs 270/2020-26, CCR Brno, bod 34). Pokynem D-288 tedy nelze stanovit povinnosti nad rámec zákona a je závazný toliko pro správní orgány.
[21] V nyní posuzované situaci, ovšem povinnost vedení oddělené evidence plyne přímo z § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů, který stanovil, že výdaje (náklady), které lze odečíst od základu daně, musí být výdaji (náklady) vynaloženými na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů a musí být evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů) poplatníka. Jak již krajský soud v bodě 34 napadeného rozsudku uvedl, NSS se oddělenou evidencí ve vztahu k dotčenému ustanovení věnoval v rozsudku ABADIA, ve kterém v bodě 47 uvedl, že „[s]mysl oddělené evidence Nejvyšší správní soud spatřuje ve vytvoření úplného soupisu všech výdajů (nákladů) vynaložených daňovým subjektem při realizaci projektu výzkumu a vývoje, přičemž již ze samotné evidence musí být dostatečně patrna návaznost na konkrétní výdaj (náklad) vynaložený při realizaci projektu výzkumu a vývoje. Identifikace jednotlivých výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být natolik jednoznačná, aby nemohly vzniknout pochybnosti, který z jednotlivě vynaložených výdajů (nákladů) je do evidence zahrnut, tj. na základě evidence musí být možno jednoznačně oddělit jednotlivé výdaje (náklady) vynaložené při realizaci projektu výzkumu a vývoje od ostatních výdajů (nákladů) daňového subjektu, které s projektem výzkumu a vývoje nesouvisí. Identifikace výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být takového charakteru, aby na jejím základě bylo možno propojit jednotlivé účetní doklady s evidovanými výdaji (náklady).“
[22] Požadavek daňových orgánů na jednoznačné přiřazení konkrétních nákladů zahrnutých do odpočtu k jednotlivým účetním případům tak je zcela legitimní a v souladu s judikaturou NSS. Povinnost vedení oddělené evidence ke každému projektu zvlášť potvrdil NSS také v rozsudku ze dne 23. 6. 2022, čj. 10 Afs 242/2020 - 40, bod 18. Z oddělené evidence musí být jednoznačně propojitelné evidované výdaje s jednotlivými účetními doklady. V tomto případě se nejedná o požadavek nad rámec zákona, nýbrž o požadavek vyplývající ze smyslu a účelu vedení oddělené evidence v souladu s § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů. Pokyn D-288 tak pro posouzení věci není rozhodný (srov. též rozsudek CCR Brno, bod 34). Stěžovatelka se odkazuje na rozsudky NSS ze dne 25. 10. 2006, čj. 8 Afs 3/2005-59, a ze dne 3. 9. 2015, čj. 9 Afs 310/2014-36, které shodně konstatovaly, že pokyny Ministerstva financí řady „D“ nejsou obecně závaznými právními normami. Tyto rozsudky však nejsou přiléhavé. Požadavek na vedení oddělené evidence totiž vyplývá přímo ze zákona, nikoliv pouze z pokynu D-288.
Mzdové náklady= 
[24] Stěžovatelka dále tvrdí, že až ze seznámení žalovaného ze dne 6. 10. 2017 pochopila, co po ní daňové orgány požadují. Nejvyšší správní soud konstatuje, že je takové vysvětlení velice pravděpodobné. Správce daně ve výzvě ze dne 24. 6. 2015 opakovaně uvedl, že má pochybnosti o správné výši uplatněného odpočtu podle § 34 odst. 4 a 5. Samotnou oddělenou evidenci ovšem nesporoval. Ve výzvě sporoval konkrétní položky mzdových nákladů například rozdíl mezi výší mezd vypočtených stěžovatelkou a správcem daně, důvod vykázání mzdových nákladů u S. Š. ve výkazu mzdových nákladů, avšak zaúčtování těchto nákladů S. Č., odlišnost mzdy za práci v pracovních poměrech a u dohod o provedení práce, oprávněnost zahrnutí mzdových nákladů P. M. do odpočtu apod. Ve zprávě o daňové kontrole ze dne 5. 4. 2016 dospěl na str. 21 k závěru, že mzdové náklady se vztahují k projektům, u kterých stěžovatelka nesplnila základní formální podmínku pro uplatnění odčitatelné položky na výzkum a vývoj, že v předložených výzkumných projektech neuvedla náležitosti tak, jak je určeno v ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů. Z uvedeného hodnocení správce daně není seznatelný konkrétní závěr o nedostatečnosti vedení oddělené evidence. Na str. 29 zprávy o daňové kontrole, v rámci vypořádání se s námitkami stěžovatelky v reakci na výsledek kontrolního zjištění, zmiňuje správce daně nevedení oddělené evidence, ovšem ve vztahu ke zdaňovacímu období 2008. Až ze seznámení ze dne 6. 10. 2017 ze str. 7 jednoznačně plyne závěr žalovaného o nepředložení dostatečné oddělené evidence. Toto seznámení vydal žalovaný až v rámci odvolacího řízení. Dle Nejvyššího správního soudu tak správce daně v průběhu daňové kontroly polemizoval s jednotlivými mzdovými náklady a nedoložení oddělené evidence mzdových nákladů fakticky poprvé uvedl až žalovaný v průběhu odvolacího řízení. Jelikož správce daně sporoval jednotlivé náklady, mohla se stěžovatelka důvodně domnívat, že v té době předloženou oddělenou evidenci správce daně uznal a pouze požaduje doložení jednotlivých nákladů. Pokud by totiž správce daně nepovažoval za splněné oddělené vedení evidence, postrádalo by smysl, aby sporoval jednotlivé náklady.
[25] V odvolacím řízení, v reakci na seznámení, stěžovatelka předložila podáním ze dne 27. 10. 2017 tabulky, ve kterých jsou uvedeni jednotliví zaměstnanci a k nim přiřazeny náklady za každý měsíc ke každému projektu. Krajský soud v bodě 37 napadeného rozsudku uvedl, že dodatečně dodanou evidenci nelze akceptovat, jelikož stěžovatelka sama uvedla, že bude vycházet z údajů a dokumentů, které byly předloženy již dříve. Nejvyšší správní soud se ovšem s hodnocením krajského soudu neztotožňuje. V případě, že stěžovatelka vycházela z podkladů předložených již správci daně, je nepochybné, že si údaje v tabulkách předložených v odvolacím řízení nevytvořila až dodatečně. V odvolacím řízení tak předložila pouze výpočty z podkladů, které měl správce daně k dispozici již během daňové kontroly (viz shora bod [23]). Zcela nerozhodné pro posouzení je rovněž tvrzení žalovaného, že stěžovatelka předložila tabulku v reakci na seznámení až 27. 10. 2017, nikoliv 24. 10. 2017.
[26] Nejvyšší správní soud již rozsudku ze dne 24. 6. 2020, čj. 1 Afs 438/2017-52, č. 4053/2020 Sb. NSS, v bodě 59 konstatoval, že „[v] odvolacím daňovém řízení se neuplatní zásada koncentrace řízení. Tento fakt jasně vyplývá z § 111 odst. 2 daňového řádu, podle něhož „do doby, než je rozhodnutí o odvolání vydáno, může odvolatel odvolání měnit, doplňovat nebo vzít zpět.“ Odvolatel tak může až do doby vydání rozhodnutí o odvolání pozměňovat a doplňovat odvolání o nové námitky, dosud neuplatněné, může rovněž navrhovat nebo předkládat nové důkazní prostředky. Řízení je totiž vedeno zásadou úplné apelace, připouštějící skutkové i právní novoty. Může-li odvolací orgán ve smyslu § 115 odst. 1 daňového řádu v rámci odvolacího řízení provádět dokazování k doplnění podkladů pro rozhodnutí nebo k odstranění vad řízení, není žádný důvod, aby ve své procesní aktivitě byl omezován odvolatel.“ Ačkoliv zásada úplné apelace není neomezená, v nyní posuzovaném případě byl žalovaný povinen k nově předloženým důkazům přihlédnout. S krajským soudem lze souhlasit v tom, že mzdové náklady musí být evidovány odděleně již při realizaci projektů výzkumu a vývoje. V nyní posuzovaném případě byly ovšem již v průběhu daňové kontroly předloženy takové důkazy, ze kterých lze poměrně snadno spočítat mzdové náklady na jednotlivé projekty, byť nebyly výslovně uvedeny. Stěžovatelka požadovaný rozpis nákladů dle jednotlivých projektů doložila v odvolacím řízení, vycházela však z podkladů, které byly předloženy již v daňové kontrole. Zpochybnění vedení oddělené evidence již při realizaci projektu (viz bod 72 napadeného rozhodnutí) proto není důvodné.
[27] Žalovaný ve vyjádření odkazoval na rozsudky NSS CCR Brno a ABADIA. V těchto rozsudcích NSS shodně vyjádřil potřebu vedení takové oddělené evidence, ze které je dostatečně konkrétně patrno, jaký náklad se váže k projektu výzkumu a vývoje, a aby nemohlo dojít k jejich záměně s jinými náklady nesouvisejícími s realizací projektu výzkumu a vývoje. V nyní posuzované situaci ovšem stěžovatelka předložila evidenci, na rozdíl od výše citovaných rozsudků, ze které bylo jednoznačné, kolik hodin v každém jednotlivém dni na každém projektu odpracovali jednotliví zaměstnanci. V předložené evidenci tak chyběly pouze konečné výpočty mzdových nákladů ve vztahu k jednotlivým projektům. Ty ovšem lze z poskytnutých informací jednoduše vypočítat a to bez nutnosti náročného vyhledávání dat a podkladů. Stěžovatelka tyto výpočty doložila v odvolacím řízení. Argument žalovaného z vyjádření ke kasační stížnosti, že evidence doložená odvolacím řízení obsahuje odlišné informace oproti dříve předkládaným evidencím, nemá oporu v napadeném rozhodnutí. Žalovaný v bodě 72 napadeného rozhodnutí uvedl, že dodatečně doloženou evidenci nelze akceptovat, jelikož měla být k dispozici v příslušných zdaňovacích obdobích. To žalovanému nijak nebrání, aby se těmito okolnostmi zabýval v dalším řízení.
[28] Žalovaný v duplice dále obsáhle argumentoval rozsudkem Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 27. 1. 2021, čj. 31 Af 26/2019-44. Nejvyšší správní soud podotýká, že se v části týkající se vedení oddělené evidence jedná o v podstatě totožný rozsudek jako napadený rozsudek v nyní posuzované věci. Zásadně se liší pouze posuzované zdaňovací období. Právní názor krajského soudu ovšem není pro Nejvyšší správní soud závazný. V nyní posuzované věci dospěl NSS k odlišnému závěru ohledně vedení oddělené evidence z výše uvedených důvodů. Lze uzavřít, že žalovaný k evidenci doložené v odvolacím řízení nepřihlédl, ačkoliv tak učinit měl. Námitka stěžovatelky je proto důvodná.
[29] Nejvyšší správní soud se námitkou totožného vedení oddělené evidence u materiálových a mzdových nákladů nezabýval, jelikož by to za této situace bylo nadbytečné.
IV. Závěr a náklady řízení
[30] Nejvyšší správní soud z výše uvedených důvodů dospěl k závěru, že je napadený rozsudek nezákonný, a proto jej zrušil (§ 110 odst. 1 s. ř. s.). Jelikož by krajský soud vázán názorem Nejvyššího správního soudu pouze mohl žalobě vyhovět a vrátit věc žalovanému, rozhodl Nejvyšší správní soud současně o zrušení žalobou napadeného rozhodnutí žalovaného a věc mu vrátil k dalšímu řízení [§ 110 odst. 2 písm. a) s. ř. s. za přiměřeného použití § 78 odst. 4 s. ř. s]. V dalším řízení je žalovaný vázán právním názorem Nejvyššího správního soudu vyjádřeným v tomto rozsudku [§ 110 odst. 2 písm. a) ve spojení s § 78 odst. 5 s. ř. s.].
[31] V případě, že Nejvyšší správní soud zruší rozsudek krajského soudu a současně i rozhodnutí správního orgánu, je povinen rozhodnout kromě nákladů řízení o kasační stížnosti i o nákladech řízení, které předcházelo zrušenému rozhodnutí krajského soudu (§ 110 odst. 3 věta druhá s. ř. s.). Úspěch ve věci se posuzuje dle výsledku řízení před správními soudy. Výsledkem soudního přezkumu bylo zrušení rozhodnutí žalovaného, stěžovatelka proto měla ve věci plný úspěch. V takovém případě je žalovaný povinen dle § 60 odst. 1 s. ř. s. nahradit stěžovatelce náklady řízení před soudem.
[32] Náklady stěžovatelky v řízení o žalobě tvoří soudní poplatek ve výši 3 000 Kč a odměna advokáta. Ta zahrnuje dva úkony právní služby spočívající v přípravě a převzetí zastoupení a sepsání žaloby [§ 11 odst. 1 písm. a) a d) vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif)], a činí v dané věci 2 x 3 100 Kč [§ 7 ve spojení s § 9 odst. 4 písm. d) advokátního tarifu], a paušální částku ve výši 300 Kč za každý úkon právní služby (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu), tedy 2 x 300 Kč. Odměna advokáta v řízení před krajským soudem tak činí 6 800 Kč. Jelikož zástupce stěžovatelky je plátcem daně z přidané hodnoty, zvyšuje se odměna a náhrada hotových výdajů o 21% sazbu této daně, tj. o 1 428 Kč. Náklady řízení před krajským soudem tedy celkově představovaly 11 228 Kč.
[33] Náklady řízení o kasační stížnosti tvoří soudní poplatek ve výši 5 000 Kč a odměna advokáta. Ta zahrnuje dva úkony právní služby spočívající v sepsání kasační stížnosti včetně jejího doplnění ze dne 19. 10. 2020 a v replice k vyjádření žalovaného ze dne 11. 2. 2021 [§ 11 odst. 1 písm. d) advokátního tarifu], a činí v dané věci 2 x 3 100 Kč [§ 7 ve spojení s § 9 odst. 4 písm. d) advokátního tarifu], a paušální částku ve výši 300 Kč za každý úkon právní služby (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu), tedy 2 x 300 Kč. Odměna advokáta tak činí 6 800 Kč. Jelikož zástupce stěžovatelky je plátcem daně z přidané hodnoty, zvyšuje se odměna a náhrada hotových výdajů o 21% sazbu této daně, tj. o 1 428 Kč. Náklady řízení před Nejvyšším správním soudem tedy celkově představovaly 13 228 Kč.
[34] Celkem tedy má stěžovatelka právo na náhradu nákladů ve výši 24 456 Kč. Tuto částku je žalovaný povinen stěžovatelce zaplatit k rukám jejího zástupce do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně 24. října 2022
Petr Mikeš
předseda senátu