[OBRÁZEK]11Af 36/2012 - 71-

ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

 Městský soud v Praze rozhodl v senátě složeném z předsedkyně JUDr.Hany Veberové
a soudkyň JUDr.Jitky Hroudové a JUDr. Evy Rybářové v právní věci žalobce: DREMAX,
spol. s r.o., v likvidaci, IČ 46275203 se sídlem Praha 4, Ohradní 1359 zastoupeného Mgr.
Monikou Cihelkovou, likvidátorkou společnosti se sídlem Praha 1, Lazarská 5, v řízení
právně zastoupeného Mgr. Ing. Gabrielou Jandovou, advokátkou se sídlem Praha 1, Lazarská
5, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství se sídlem Brno, Masarykova 427/31,
v řízení o žalobě proti rozhodnutí Finančního ředitelství pro hlavní město Prahu ze dne
29.6.2012, čj: 9251/12-1500-106054

t a k t o :

I. Rozhodnutí Finančního ředitelství pro hl.m.Prahu ze dne 29.6.2012 čj: 9251/12-1500-

106054 s e z r u š u j e a věc s e v r a c í žalovanému k dalšímu řízení.

II. Žalovaný j e p o v i n e n zaplatit žalobci náklady řízení ve výši 12.922 Kč do 30

dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám právní zástupkyně žalobce Mgr.Ing.

Gabriely Jandové, advokátky.

O d ů v o d n ě n í :

 Žalobce se žalobou podanou u Městského soudu v Praze domáhá přezkoumání a
zrušení rozhodnutí Finančního ředitelství pro hlavní město Prahu ze dne 29.6.2012, čj:
9251/12-1500-106054, kterým zamítlo odvolání proti rozhodnutí o žádosti o vrácení přeplatku
na dani z přidané hodnoty, vydanému Finančním úřadem pro Prahu 4 ze dne 27.2.2008, čj:
67977/08/004514/6300 a toto rozhodnutí potvrdilo.

pokračování 2 11Af 36/2012

 V průběhu řízení vedeného o žalobě před zdejším soudem došlo s účinností zákona
č. 456/2011 Sb. o finanční správě České republiky ke dni 1. 1. 2013 k přenesení působnosti
Finančního ředitelství pro hlavní město Prahu na Odvolací finanční ředitelství.
Podle ustanovení § 69 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále také „soudní řád
správní“), je žalovaným správní orgán, který rozhodl v posledním stupni, nebo správní orgán,
na který jeho působnost přešla. S ohledem na to se v řízení o předmětné žalobě stalo
procesním nástupcem původního žalovaného nově Odvolací finanční ředitelství.

 Žalobce uvádí, že podal včas a řádně daňová přiznání k DPH za zdaňovací období
srpen, září, říjen, prosinec 1999, ve kterých uplatňoval nárok na vratitelný přeplatek v celkové
výši 8,086.400,- Kč. Správce daně zahájil vytýkací řízení, ve kterém vyzval žalobce
k doložení dokladů a prokázání skutečnosti tvrzených v podaném daňovém řízení. Vydáním
výzvy se přerušila lhůta, od které je počátek běhu lhůty odvozován, tedy i lhůta pro vrácení
požadovaného vratitelného přeplatku. Na základě vedeného vytýkacího řízení správce daně
vydal platební výměry a to na za zdaňovací období srpen 1999, září 1999 a říjen 1999 dne
16.11.2000. Tyto výměry však byly shledány Nejvyšším správním soudem a později
Městským soudem v Praze nezákonnými, neboť správce daně porušil základní zásady
daňového řízení, zejména v dokazování a výslechy svědků vedl v rozporu se zákonem o
správě daní a poplatků. Žalovaný tvrdí, že nezákonnost nebyla deklarována, avšak je patrné,
že jednal v rozporu se zákonem.

 Na základě vydaných rozsudků Finanční ředitelství pro hlavní město Prahu zrušilo
platební výměry na daně z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen 1999, září 1999 a říjen
1999 ze dne 16.11.2000. V odůvodnění rozhodnutí za měsíc srpen až září bylo uvedeno, že
uplynula prekluzivní lhůta pro vyměření a rozhodnutí za zdaňovací období prosinec 1999,
které jediné stanovilo nárok, neobsahovalo žádné jiné odůvodnění.

 Správce daně vydal dne 28.8.2008 rozhodnutí, kterými zastavil vytýkací řízení u
platebních výměrů za období srpen, září, říjen 1999 s tím, že odmítl žalobci vyplatit řádně
nárokovaný vratitelný přeplatek na základě daňového přiznání podaného v zákonné lhůtě.
Tato rozhodnutí nabyla právní moci dne 1.9.2008. Správce daně zastavil vytýkací řízení, aniž
by ještě v průběhu vytýkacího řízení jakkoliv reagoval na řádně podaná daňová přiznání. Dle
žalobce k tomuto dni skončilo přerušení lhůty pro rozhodnutí a správce byl povinen vratitelný
přeplatek vyplatit. Správce daně toto však zásadně odmítá, neboť tvrdí, že po dobu trvání
vytýkacího řízení došlo k prekluzi požadovaného nároku a proto má jedinou možnost řízení
zastavit.

 Žalobce pro úplnost uvedl, že správce daně vyplatil žalobci na základě dodatečných
výměrů ze dne 16.11.2000 tyto nadměrné odpočty:

za měsíc srpen 1999 částku 223.336,- Kč namísto nárokovaných 2,699.986,- Kč
za měsíc září 1999 1,014.989,- Kč namísto nárokovaného 5,339.884,- Kč
za měsíc říjen 1999 418.850,- Kč namísto nárokovaného 1,703.705,- Kč.

 Dodatečné výměry však byly zrušeny, a tak správce daně vyzval žalobce rozhodnutím
ze dne 21.11.2008 k vrácení těchto vyplacených částek za jednotlivá období, aniž by
v uvedených rozhodnutích byl výrok s uvedením právních předpisů, na základě kterých
správce vyžaduje uvedené částky. Předmětná rozhodnutí neobsahovala žádné náležitosti.
Žalobce se těmto rozhodnutím bránil odvoláním a následně po zamítnutí odvolání žalobou
vedenou u Městského soudu v Praze pod sp.zn. 10 Ca 288/2008. Ve věci byl dne 29.12.2011
vydán rozsudek, kterým byla uvedená rozhodnutí Finančního ředitelství zrušena a městský

pokračování 3 11Af 36/2012

 soud zavázal žalovaného, aby se vypořádal s námitkou žalobce o konkludentním vyměření
daně ve smyslu ustanovení § 46 zákona o správě daní a poplatků s tím, že má vycházet
z názoru Ústavního soudu uvedeného v nálezu I. ÚS 3244/06 ze dne 10.3.2011.

 Žalovaný následně zamítl opětovně žalobci žádost o vrácení přeplatku na dani, aniž by
respektoval právní názory městského soudu. Rozhodl rozhodnutím, proti němuž směřuje
žaloba. Názor Ústavního soudu nerespektoval a opakovaně tvrdil, že dle ustanovení § 47
zákona o správě daní daň za předmětná zdaňovací období není oprávněn vyměřit. Proto musel
v odvolacím řízení zrušit platební výměry, jimiž byly vyměřeny nadměrné odpočty.

 Žalobce trvá na svém tvrzení, že pokud nebylo vyměřeno z důvodu nezákonného
postupu na straně správce daně a průtahu řízení na straně správce daně, bylo vyměřeno
konkludentně a správce daně je povinen vyplatit přeplatek na dani žalobci a nemá nárok na
vrácení již částečně vyplaceného nároku. Žalobce se odvolává na nález Ústavního soudu I. ÚS
3244/09. Tvrzení správce daně, že nároky žalobce jsou promlčeny, ale všechny úkony, které
správce daně činí, jsou ve lhůtě, nemá v právu opodstatnění. Žalobce včas a řádně plnil své
povinnosti daňové, pokud byly následně zrušeny platební výměry, které zasahovaly do
platnosti podaných daňových přiznání, zůstávají daňová přiznání nadále v platnosti a dochází
ke konkludentnímu vyměření daně. Na účtu žalobce tak vzniká přeplatek na dani. Žalobce
odkázal k námitce nesprávného posouzení přeplatku na osobním účtu žalobce vedeném
správcem daně na rozsudek NSS ze dne 31.1.2007, čj: 7 Afs 140/2005-55. K námitce
prekluze nároku žalobce na vrácení přeplatku poukázal na konkrétní obsah nálezu Ústavního
soudu I. ÚS 3244/09 ze dne 10.3.2011, ve kterém Ústavní soud uvedl, že v případě, kdy
nedošlo z důvodu uplynutí prekluzivní lhůty pro vyměření daně k uzavření vytýkacího řízení,
tj. nedošlo k pravomocnému vyměření daně, nemůže jít tato skutečnost k tíži daňového
subjektu. Účelem zavedení prekluzivních lhůt pro vyměření daně bylo stimulovat správce
daně k včasnému výkonu jeho práv a povinností a z hlediska právní jistoty daňových subjektů
pak nastavit situaci, kdy po jejich uplynutí zanikají i jejich povinnosti, které zejména, pokud
jde o povinnost prokazovat, jsou po uplynutí delší doby vždy spjaty s určitými problémy
(srovnej též nález Ústavního soudu II. ÚS 493/05 ze dne 11.1.2007).

 Žalobce pak závěrem dovozuje, že je patrné, že správce daně, jakož i žalovaný
pokračují v nezákonném jednání vůči žalobci, neoprávněně mu zadržují finanční prostředky,
které na něm byly vymoženy na základě nezákonného, nepravomocného rozhodnutí.

 Žalovaný ve vyjádření k podané žalobě shrnul dosavadní průběh řízení a uvedl, že
povinnost respektovat žalobcem zmiňovaný nález Ústavního soudu čj: I. ÚS 3244/09 uložil
Městský soud v Praze žalovanému ve svém rozhodnutí čj: 10 Ca 288/2008 ze dne 29.12.2011,
kterým je rozhodováno o žalobě proti rozhodnutí o odvolání proti rozhodnutí o zamítnutí
žádosti o vrácení přeplatku, nikoli tedy proti rozhodnutí o odvolání proti zastavení
vyměřovacího řízení. Vyměřovací řízení ohledně daně z přidané hodnoty za zdaňovací období
srpen až říjen 1999 zahájena daňovými přiznáními byla z důvodu uplynutí lhůty pro vyměření
daně dle ustanovení § 47 zákona o správě daní pravomocně zastavena. Nadměrný odpočet
nárokovaný v podaných daňových přiznáních tak vyměřen nebyl. Na účtu daně z přidané
hodnoty proto nebyl evidován žádný vratitelný přeplatek a tento nevznikl ani následně. Proto
žalovaný potvrdil postup správce daně dle ustanovení § 64 odst. 4 zákona o správě daní,
v souladu s kterým byla žádost žalovaného o vrácení přeplatku zamítnuta. Pokud by
v důsledku změn došlo v dalším řízení ke změně vyměření daně a v důsledku toho by
vratitelný přeplatek žalobci vznikl, mohl by si žalobce o vrácení takovéhoto přeplatku požádat
znovu.

pokračování 4 11Af 36/2012

 Žalovaný i přesto se vyjádřil k problematice možného konkludentního vyměření daně
dle ustanovení § 46 odst. 5 daňového řádu, když vytýkací řízení neskončí z důvodu uplynutí
prekluzivní lhůty pro vyměření daně stanovením daňové povinnosti. Odkázal na odůvodnění
napadeného rozhodnutí a uvedl, že vzhledem k tomu, že správce daně vyjádřil jednoznačně
pochybnosti o správnosti údajů uvedených v daňových přiznáních, nemůže přikročit
k vyměření daně konkludentně dle ustanovení § 46 odst. 5 zákona o správě daní, tj. v souladu
s daňovými přiznáními. Žalovaný také konstatoval, že je mu názor Ústavního soudu
vyjádřený v nálezu I. ÚS 3244/09 znám, nedomnívá se však, že by judikáty Ústavního soudu
měly obecnou platnost. Navíc předmětný případ není typově shodný s případem řešeným
tímto nálezem. K prekluzi práva stanovit daň nedošlo zaviněním správce daně – jeho
nečinností či jeho nezákonným postupem. V souladu s názorem Nejvyššího správního soudu a
Městského soudu v Praze vyjádřeného v rozhodnutí ve věci žaloby proti rozhodnutím o
odvoláních proti platebním výměrům na daň z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen až
říjen 1999 bylo třeba odstranit vady řízení a přezkoumat dostatečnost důkazních prostředků
soustředěných v rámci vytýkacích řízení ohledně daňových přiznání. Vzhledem k časovému
odstupu pěti let od již proběhlých vytýkacích řízení se důkazní prostředky jevily jako
nevyhovující ve vztahu k současným postupům správce daně a bylo třeba jejich znovu
provedení.

 Následně sdělil žalovaný soudu svůj záměr žalobce uspokojit a požádal o vrácení
spisového materiálu a stanovení přiměřené lhůty k vydání nového rozhodnutí. Soud jeho
žádosti vyhověl a zrušil i již nařízené jednání ve věci. Na to žalovaný sdělil soudu, že trvá na
zamítnutí žaloby, neboť přestože ve sporu ohledně existence nadměrných odpočtů probíhala
soudní řízení, tato řízení stavěla pouze lhůty nalézací, nikoli lhůtu pro placení daně, neboť té
se původní spor netýkal. Dospěl proto k závěru, že pokud žalobce požádal o vrácení
vratitelného přeplatku v roce 2007, uběhla promlčecí lhůty uvedená v ust. § 64 ZSDP a tento
přeplatek tak již nelze žalobci vrátit a propadl do státního rozpočtu.

 U jednání soudu zástupkyně žalobce setrvala na svém stanovisku a žalovaný trval na
svém závěru, že žádost byla podána až po uplynutí 6 let, a proto nelze vratitelný přeplatek
vrátit.

 Ze správního spisu předloženého žalovaným správním orgánem zjistil soud, že
žalobce podal daňová přiznání k DPH za zdaňovací období srpen, září, říjen a prosinec 1999,
ve kterých uplatňoval nárok na vratitelný přeplatek v celkové výši 8.086.400 Kč. Správce
daně vyzval žalobce k doložení dokladů o prokázání skutečnosti tvrzených v podaném
daňovém řízení a dne 16.11.2000 vydal platební výměry na daň z přidané hodnoty za
zdaňovací období srpen, září a říjen 1999, které ale byly, jak již soud shora uvedl,
v následujících řízení zrušeny a řízení bylo zastaveno.

 Dne 11.12.2007 podal žalobce Finančnímu úřadu Prahy 4 žádost o vrácení přeplatku
na DPH, ve kterém konstatoval, že Finanční ředitelství hlavního města Prahy zrušilo platební
výměry na daň z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen, září a říjen 1999 a z tohoto
titulu žádal žalobce finanční úřad o vrácení přeplatku na DPH a to za srpen 1999 ve výši

2.476.650, za září 1999 částku 4.324.895 a za říjen 1999 částku 1.284.855 Kč. Tuto žádost
Finanční úřad pro Prahu 4 rozhodnutím ze dne 27.2.2008 zamítl. Konstatoval, že v průběhu
řízení odvolacím správním orgánem i přezkumného řízení před Městským soudem v Praze
byly zrušeny platební výměry na zdaňovací období srpen, září, říjen 1999 a vzhledem k tomu,
že lhůta stanovená v § 47 zákona o správě daní a poplatků již uplynula, nebylo možné daň

pokračování 5 11Af 36/2012

 vyměřit, doměřit ani přiznat nárok na nadměrný odpočet. Z toho vyplývá, že za zdaňovací
období srpen 1999, září 1999 a říjen 1999 již nemohlo být na dani z přidané hodnoty
vyměření provedeno a v důsledku toho nedošlo ani ke vzniku přeplatku.

 O podaném odvolání rozhodl žalovaný napadeným rozhodnutím, ve kterém po shrnutí
dosavadního průběhu řízení konstatoval, že předchozí rozhodnutí finančního ředitelství,
kterým zamítlo odvolání žalobce proti rozhodnutí Finančního úřadu pro Prahu 4 o zamítnutí
žádosti žalobce o vrácení přeplatku na dani z přidané hodnoty v celkové částce 8.086.400 Kč
bylo zrušeno rozsudkem městského soudu ze dne 29.12.2011, čj: 10 Ca 288/2008-59. Tímto
rozsudkem bylo rozhodnutí Finančního ředitelství pro hlavní město Prahu ze dne 18.9.2008
zrušeno pro nepřezkoumatelnost, neboť nebylo patrné, kdy lhůta pro vyměření daně dle
ustanovení § 47 zákona o správě daní v tomto případě vlastně uplynula a zda vůbec uplynula.
Odvolacímu orgánu uložil, aby se po zdůvodnění uplynutí běhu lhůty pro vyměření daně
vypořádal s odvolatelovou námitkou konkludentního vyměření daně ve smyslu ustanovení §
46 odst. 5 zákona o správě daní s tím, že je v této otázce vázán právním názorem a závěrem
Ústavního soudu ČR obsaženým v nálezu čj: I. ÚS 3244/09 ze dne 10.3.2011. Žalovaný
konstatoval, že při vydání předchozího rozhodnutí ze dne 18.9.2008 vycházel ze skutkového
stavu, kdy vyměřovací řízení ve věci daně z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen až
říjen byla pravomocně ukončena rozhodnutím o zastavení řízení dle ustanovení § 27 odst. 1
písm. d) zákona o správě daní. Při vydání nyní napadeného rozhodnutí ale vychází ze
současného skutkového stavu, kdy rozhodnutí finančního ředitelství o odvolání proti
rozhodnutí o zastavení vyměřovacího řízení daně z přidané hodnoty za uvedená období srpen
až říjen 1999 byla rozhodnutím městského soudu ze dne 30.12.2011, čj: 11 Ca 98/2009-42
zrušena. Následně odvolací orgán svými rozhodnutími ze dne 15.6.2012 odvolání podané
proti rozhodnutím o zastavení vyměřovacího řízení znovu zamítl.

 K odůvodnění běhu lhůty pro vyměření daně dle ustanovení § 47 zákona o správě daní
a poplatků uvedl žalovaný, že počátek běhu lhůty pro vyměření daně z přidané hodnoty za
zdaňovací období srpen 1999 nastal v souladu se současnou soudní judikaturou dne
31.8.1999, za zdaňovací období září 1999 dne 30.9.1999 a za zdaňovací období říjen 1999
dne 31.10.1999. Dne 7.10.1999 byl ve věci daně za všechna tři zdaňovací období učiněn úkon
směřující k vyměření daně, byly podány výzvy k odstranění pochybností. Lhůta pro vyměření
daně u všech zdaňovacích období tak byla přerušena a dne 31.12.1999 začíná běžet nová
tříletá lhůta, která ve všech zdaňovacích obdobích skončila 31.12.2002. Od 6.2.2002, tj. ode
dne podání žaloby ke správnímu soudu (sice probíhalo před správním soudem soudní řízení),
to však by lhůtu pro vyměření daně přerušilo až ode dne 1.1.2003, tj. ode dne účinnosti
soudního řádu správního. V důsledku řízení před soudem tak tříletá subjektivní lhůta pro
vyměření daně z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen až říjen 1999 přerušena nebyla,
skončila proto dne 31.12.2002. Lhůta pro pravomocné vyměření daně z přidané hodnoty za
zdaňovací období srpen až říjen 1999 dle žalovaného uplynula dne 31.12.2002. Dále se
žalovaný vyjádřil k důvodům, pro které neaplikoval závěry citovaného nálezu Ústavního
soudu, a konstatoval, že i přes názor Ústavního soudu je pro něj stěžejní výklad rozšířeného
senátu NSS ze dne 27.7.2010, čj: 5 Afs 92/2007 s tím, že správce daně své pochybnosti o
správnosti údajů uvedených v daňových přiznáních odvolatele k dani z přidané hodnoty za
zdaňovací období srpen až říjen 1999 jednoznačně vyjádřil vydáním výzev k odstranění
pochybnosti a tím i zahájením vytýkacího řízení. Proto nemůže přikročit k vyměření daně
konkludentním dle ustanovení § 46 odst. 5 zákona o správě daní, tj. ve shodě s daňovými
přiznáními. Jelikož daň za předmětná zdaňovací období (nadměrný odpočet) nebyla
vyměřena, nevznikl ani žádný přeplatek. Přeplatek za tato zdaňovací období neexistoval ani
v době rozhodnutí prvostupňového správce daně a nevznikl ani v době probíhajícího

pokračování 6 11Af 36/2012

 odvolacího či soudního řízení. Žalovaný dospěl k závěru, že důvody uváděné soudem, které
byl měl odvolací orgán v řízení o žádosti o vrácení přeplatku přezkoumávat, nejsou již
v tomto řízení relevantní. Rozhodnutí o vrácení přeplatku dle ustanovení § 64 odst. 4 zákona o
správě daní je rozhodnutím procesní povahy, které odráží stav osobního daňového účtu ke dni
vydání rozhodnutí. Správce daně v tomto rozhodnutí pouze konstatuje existenci či neexistenci
vratitelného přeplatku. Nepřísluší mu ale již zkoumat správnost vyměření daně. Následně se
pak žalovaný vyjádřil k odvolacím námitkám žalobce. Uvedl, že vzhledem k tomu, že byly
zrušeny platební výměry, jimiž byly vyměřeny nadměrné odpočty (v menší výši než jak byly
přiznány v daňových přiznáních) daň za předmětná zdaňovací období (nadměrný odpočet)
nebyl vyměřen, a nevznikl ani žádný přeplatek. Proto byl správce daně oprávněn postupovat
dle ustanovení § 64 odst. 4 zákona o správě daní a žádost žalobce o vrácení přeplatku na dani
z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen až září 1999 zamítnout.

 Městský soud v Praze na základě podané žaloby přezkoumal napadené rozhodnutí,
jakož i řízení, které jeho vydání předcházelo, a to v mezích žalobních bodů, kterými je vázán
(§ 75 odst. 2 věta prvá zák.č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, dále jen „s.ř.s.“), při
přezkoumání vycházel ze skutkového a právního stavu, který tu byl v době rozhodování
správního orgánu (§ 75 odst. 1 s.ř.s.) a po provedeném řízení dospěl k závěru, že žaloba je
důvodná.

Předmětem sporu je otázka, zda má být žalobci vrácen přeplatek na DPH, o který požádal v roce 2007.

 Žalovaný a správce daně při zamítnutí žádosti vycházeli z toho, že za zdaňovací
období měsíců srpna, září a října 1999 nebyla žalobci daň ( nadměrný odpočet) v důsledku
zastavení řízení vyměřena a tudíž nedošlo ke vzniku přeplatku na DPH.

 Ačkoli byl žalovaný rozsudkem městského soudu ze dne 29.12.2011, č.j. 10 Ca
288/2008 – 59 zavázán, aby ve svém rozhodnutí vycházel ze závěrů Ústavního soudu ČR
uvedeného v nálezu ze dne 10.3.2011, č.j. ÚS 3244/09, který skutkově i právně odpovídá
projednávané věci, rozhodl žalovaný v napadeném rozhodnutí v rozporu s tímto závěrem,
když vyjádřil přesvědčení, že judikáty Ústavního soudu nemají obecnou platnost a že zde
uvedený názor nemá přesah do projednávaného případu. Podle žalovaného v projednávané
věci k prekluzi práva nedošlo zaviněním správce daně – jeho nečinností či jeho nezákonným
postupem.

 Ústavní soud v citovaném nálezu ale dospěl k jednoznačnému závěru, že „v případě,
kdy nedošlo z důvodu uplynutí prekluzivní lhůty pro vyměření daně k uzavření vytýkacího
řízení, tj. nedošlo k pravomocnému vyměření daně, nemůže jít tato skutečnost k tíži daňového
subjektu“. Z uvedeného vyplývá, že Ústavní soud rozhodoval v podstatě za shodné situace,
jaká nastala i v případě žalobce, když sám žalovaný v napadeném rozhodnutí konstatoval, že
lhůta pro stanovení daně již uplynula. Na základě tohoto zjištění ale žalovaný učinil
nesprávný závěr, že „pravomocné rozhodnutí o konkludentním vyměření daně mohl správce
daně vydat jen do 31.12.2012, tj. do lhůty pro stanovení daně dle § 47 zákona o správě daní ,
což se nestalo a vzhledem k uplynutí lhůty pro stanovení daně ani takové rozhodnutí již
správce daně není oprávněn ex post vydat.“ Tento závěr žalovaného ale vůbec neodpovídá
závěru Ústavního soudu, který zdůraznil, že účelem zavedení prekluzivních lhůt pro vyměření
daně bylo stimulovat správce daně k včasnému výkonu jeho práv a povinností a z hlediska
právní jistoty daňových subjektů pak nastolit situaci, kdy po jejich uplynutí zanikají i jejich
povinnosti, které, zejména pokud jde o povinnost prokazovat, jsou po uplynutí delší doby

pokračování 7 11Af 36/2012

vždy spjaty s určitými problémy [srovnej např. nález sp. zn. II. ÚS 493/05 ze dne 11. 1. 2007
(N 5/44 SbNU 53), dostupný rovněž na http://nalus.usoud.cz].

 Podle ustanovení § 46 odst. 5 zákona č. 337/1992 Sb. neodchyluje-li se vyměřená daň
od daně uvedené v daňovém přiznání nebo hlášení, nemusí správce daně sdělovat daňovému
subjektu výsledek vyměření, pokud o to daňový subjekt výslovně nepožádá nejpozději do
konce příštího zdaňovacího období. Možnost tzv. konkludentního stanovení daně tedy
nastupuje za situace, kdy pracovník správce daně nemá při vyměřovacím řízení pochybnosti o
správnosti, pravdivosti, průkaznosti nebo úplnosti daňového přiznání, a nemusí tedy platební
výměr vystavovat a ani doručovat, pouze zaznamená potřebné údaje do tiskopisu daňového
přiznání a současně daň předepíše. Jakkoli je zjevné, že se jedná o takovou předpokládanou
situaci, kdy se ze zákona uplatní fikce vydání platebního výměru a jeho doručení, aniž by bylo
proběhlo vytýkací řízení, není z textu tohoto ustanovení pojmově vyloučeno aplikovat je také
na situaci, kdy ve věci bylo zahájeno vytýkací řízení, ve kterém však z důvodu uplynutí
prekluzivní lhůty k vyměření daně daň nebyla pravomocně vyměřena. V takovém případě
totiž také není dána existence daně vyměřené odchylně od daně uvedené v daňovém přiznání.
Jinými slovy, pokud vytýkací řízení neskončilo zákonem předpokládaným a žádoucím
způsobem, tedy stanovením daňové povinnosti, a to z toho důvodu, že uplynula prekluzivní
lhůta k vyměření daně, pak je nastolena situace, jako by toto vytýkací řízení vůbec
neproběhlo, neboť nemá žádné zákonné účinky na daňovou povinnost daňového subjektu. Nic
tak nebrání tomu, použít za dané procesní situace ustanovení § 46 odst. 5 zákona č. 337/1992
Sb., ostatně jiný způsob vyměření daňové povinnosti zákon v takovém případě ani
neumožňuje.

 Ústavní soud v této souvislosti zdůraznil, že v dané věci došlo k tomu, že vytýkací
řízení neskončilo stanovením daňové povinnosti zaviněním správce daně, kterému dává zákon
č. 337/1992 Sb. dostatek zákonných instrumentů k tomu, aby byla daň v zákonné lhůtě
vyměřena. Pokud se tak nestalo, nelze tuto skutečnost přičítat k tíži daňového subjektu. Tyto
závěry Ústavního soudu jednoznačně dopadají i na nyní projednávanou věc, neboť ani v této
věci neskončilo vytýkací řízení stanovením daňové povinnosti, ačkoli bylo na žalovaném, aby
ve věci rozhodl v zákonem stanovené lhůtě, což neučinil Jak uvedl Ústavní soud, nelze přičíst
k tíži daňového subjektu – žalobce, že daň nebyla správním orgánem stanovena v zákonem
dané prekluzivní lhůtě. Pokud tedy žalovaný neakceptoval, že došlo ke konkludentnímu
vyměření daně a žádost žalobce o vrácení přeplatku na DPH zamítl, je tento závěr v rozporu
jak s ustanovením § 46 odst. 5 zákona o správě daní, tak i s výkladem tohoto ustanovení
provedeným v citovaném nálezu Ústavním soudem ČR. Z napadeného rozhodnutí je patrné,
že žalovaný vycházel v napadeném rozhodnutí z nesprávného závěru, že ani v době
rozhodnutí prvostupňového správce daně, ani v době probíhajícího odvolacího či soudního
řízení, přeplatek neexistoval, neboť daň za předmětná zdaňovací období (nadměrný odpočet)
nebyla vyměřena.

 Nelze přehlédnout, že žalovaný v jednom ze svých vyjádření zaslaných soudu zcela
změnil svou obranu, když poté, co dospěl k závěru, že žalobce neuspokojí, ztotožnil se oproti
odůvodnění napadeného rozhodnutí se závěry uvedenými ve shora citovaném nálezu
Ústavního soudu. V důsledku této změny svého názoru pak uvedl, že pokud bylo
konkludentně vyměřeno dle podaných daňových přiznání k DPH, a to již v roce 1999, tak
k tomuto datu vznikl vratitelný přeplatek (nadměrný odpočet), který se stal vratitelným na
základě ustanovení zákona o správě daní a poplatků. Správce daně měl povinnost přeplatek
vrátit do 30 dnů od vyměření daně bez žádosti žalobce. Tento přeplatek byl promlčen po 6
letech, a to bez ohledu na pochybení správce daně. Má za to, že soudní řízení stavěla lhůty

pokračování 8 11Af 36/2012

nalézací a nikoli lhůtu pro zaplacení daně, neboť této se původní spor netýkal. Proto nelze již

přeplatek vrátit.

 Soud si je sice vědom toho, že tuto obranu žalovaný uplatnil až v průběhu soudního
řízení, nikoli v napadeném rozhodnutí, avšak vycházel z ustálené judikatury, dle které je soud
povinen se otázkou prekluze zabývat z úřední povinnosti. Při posouzení, zda uplynula
promlčecí lhůta pro vrácení přeplatku je podstatné, že ustanovení § 41 s.ř.s. upravuje, že lhůty
pro zánik práva ve zde uvedených případech neběží po dobu řízení před soudem. Pokud jde o
daňové řízení uvádí zákon, že neběží lhůty pro zánik práva ve věcech daní. Z toho vyplývá, že
zákon nijak nerozlišuje, zda jde o lhůty pro placení daně nebo o lhůty nalézací, jak uvádí
žalovaný. Jak soud již shora uvedl, je nutné zohlednit, že došlo ke konkludentnímu vyměření
daně v důsledku čehož je nutné na vytýkací řízení, které neskončilo pravomocným
rozhodnutím, hledět, jako by neproběhlo. Nelze ale dle soudu po žalobci spravedlivě
požadovat, aby v průběhu dříve probíhajícího vytýkacího řízení řešil otázku, zda jsou splněny
podmínky pro vrácení tvrzeného vratitelného přeplatku a v podstatě ještě předtím, než bylo
vytýkací řízení skončeno, aby podal žádost o jeho vydání. Tuto situaci soud považuje za
absurdní, když nelze přehlédnout, že ke konkludentnímu vyměření daně došlo právě
z důvodu, že žalovaný nerozhodl v zákonné lhůtě.